R课件-相关回归和绘图

R

语言入门级培训课程班南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系柏建岭jbai@主要内容

相关和回归

R绘图2相关和回归相关直线相关x<-c(11.0,11.8,12.0,12.3,13.1,13.7,14.4,14.9,15.2,16.0)y<-c(5.283,5.299,5.358,5.292,5.602,6.014,5.830,6.102,6.075,6.411)data<-data.frame(x,y)attach(data)plot(x,y,pch=21,col="red",bg="orange")var(x)var(y)var(x,y)var(x,y)/sqrt(var(x)*var(y))相关cor(x,y)#相关系数

cor.test(x,y)#相关系数的假设检验

直线回归lm()的调用格式

lm(formula,data,subset,na.action,method=“qr”,model=TRUE,x=FASLE,y=FALSE,qr=TRUE,…)formula#显示回归模型必选项

data#数据框

subset#子集

na.action#数据集是否包含缺失值

method#用于拟合的方法

直线回归lm.reg<-lm(y~1+x)summary(lm.reg)attributes(lm.reg)summary(lm.reg)$coefficients#提取回归系数及标准误abline(lm.reg)自变量和响应用波浪线连接，因为只有一个变量所以“1+”可以不要。Intercept2.52118为截距X0.23850回归系数标准误0.02528t值9.435P值1.31e-05R²=0.9175调整R²=0.9072R绘图9两种绘图函数高级绘图函数 创建一个新的图形，可能包括坐标轴、标签、标题等。低级绘图函数 在已存在的图上添加更多的图形元素，如额外点、线和标签。另外绘图参数提供了丰富的绘图选项，可以使用缺省值或者用函数par()修改。10高级绘图函数plot(x,y)x(在x-轴上)与y(在y-轴上)的二元作图pie(x)饼图boxplot(x)盒形图(“box-and-whiskers”)hist(x)直方图barplot(x)条形图主要的共同选项及其缺省值axes=TRUE如果是FALSE，不绘制轴与边框type="p"指定图形的类型，"p":点，"l":线，"b":点连线，"o":同上，但是线在点上，"h":垂直线，"s":阶梯式，垂直线顶端显示数据，"S":同上，但是在垂直线底端显示数据xlim=,ylim=指定轴的上下限，例如xlim=c(1,10)或者xlim=range(x)xlab=,ylab=坐标轴的标签，必须是字符型值main=主标题，必须是字符型值sub=副标题(用小字体)低级绘图函数points(x,y)添加点(可以使用选项type=)lines(x,y)但是添加线text(x,y,labels,...)在(x,y)处添加用labels指定的文字；典型的用法是:plot(x,y,type="n");text(x,y,names)abline(a,b)绘制斜率为b和截距为a的直线abline(h=y)在纵坐标y处画水平线abline(v=x)在横坐标x处画垂直线低级绘图函数abline(lm.obj)

画由lm.obj确定的回归线rect(x1,y1,x2,y2)绘制长方形，(x1,y1)为左下角，(x2,y2)为右上角legend(x,y,legend)

在点(x,y)处添加图例，说明内容由legend给定title()

添加标题，也可添加一个副标题axis(side,vect)画坐标轴。side=1时画在下边；side=2时画在左边；side=3时画在上边；side=4时画在右边。可选参数at指定画刻度线的位置坐标box()在当前的图上加上边框低级绘图函数在当前图上增加点，points()的默认值是"p"。points(2,4)在当前图上增加连接线，lines()的默认值是"l"。lines(2,4)在图上给定的x,y位置添加文字。labels经常是整数或者字符向量，此时，labels[i]放在(x[i],y[i])处。text(2,4,"myplace");text(x,y,label)15低级绘图函数增加一个斜率为b截距为a的直线>abline(a=0,b=8)指定水平线的y-坐标>abline(h=6)指定垂直线的x-坐标>abline(v=9)预测线>lm.obj<-lm(weight~height+sex,data=ds)>abline(lm.obj)16数学公式标注通过函数expression把数学符号和公式显示在图上。例如写出二项式概率分布的公式：>text(x,y, expression(paste(bgroup("(",atop(n,x),")"),p^x,q^{n-x})))详细信息可以>help(plotmath)>example(plotmath)>demo(plotmath)17SyntaxMeaningx+yxplusyx-yxminusyx*yjuxtaposexandyx/yxforwardslashyx%+-%yxplusorminusyx%/%yxdividedbyyx%*%yxtimesyx%.%yxcdotyx[i]xsubscriptix^2xsuperscript2paste(x,y,z)juxtaposex,y,andzsqrt(x)squarerootofxsqrt(x,y)ythrootofxx==yxequalsyx!=yxisnotequaltoyx<yxislessthanyx<=yxislessthanorequaltoyx>yxisgreaterthany1819Histogramset.seed(1234)rating<-rnorm(200)rating2<-rnorm(200,mean=.8)cond<-factor(rep(c("A","B"),each=200))data<-data.frame(cond,rating=c(rating,rating2))#Histogramhist(rating)hist(rating,breaks=8,col="#CCCCFF",freq=FALSE)

Boxplotboxplot(rating~cond,data=data)上往下依次为:75%分位数+1.5*……中位数-1.5*……25%分位数PieChart#SimplePieChart

slices<-c(10,12,4,16,8)

lbls<-c("US","UK","Australia","Germany","France")

pie(slices,labels=lbls,main="PieChartofCountries")PieChartpct<-round(slices/sum(slices)*100)lbls<-paste(lbls,pct)#addpercentstolabelslbls<-paste(lbls,"%",sep="")#ad%tolabelspie(slices,labels=lbls,col=rainbow(length(lbls)),main="PieChartofCountries")图形参数当创建图形时，R的默认设置往往不能符合要求。可以利用图形参数几乎可以定制任何你想显示的方式。R拥有一个数目很大的图形参数列表。该列表包括控制线条样式、颜色、图形排列和文字对齐等方面的参数。每一个图形参数都有名字(如'col'，设置颜色)和值(如颜色值)。图形参数可以用两种方式设定：要么是永久性的，影响所有访问当前设备的图形函数；要么是临时性的，仅仅影响特定的图形函数。24图形参数-永久改变通过函数par()设定图形参数会永久地改变参数值，以后所有在当前设备中调用的图形函数都会受这些设置值影响。你可以用这种办法设定图形参数的默认值。这些默认值将会被所有图形所用。你可以通过保存par()的值来恢复初始值。当图形绘制结束后，你可以重新载入这些保存的初始值。>rawPar<-par() #保存初始值>#Yourdefinition... #自定义操作>par(rawPar) #恢复初始值25图形参数-永久改变(图形元素)R图形由点、线、文本和多边形构成。图形参数就是用来控制这些图形元素：pch="+"用于显示点的符标。默认值会随图形驱动不同而存在差异。不过常常是"o"。被显示的点稍稍高于或者低于适当的位置，除非你用位于中心的"."作为显示符标。pch=4当pch设定一个0到25之间的整数，一个特定的符标将会产生。26图形参数-永久改变(图形元素)lty=2线条类型。0不可见，1实线，2虚线，3点线，4点-线段线，5长线段线，等等。lwd=2线条宽度。以标准线条宽度的倍数设定线条宽度。坐标轴线条和利用函数lines()等产生的线条都会受影响。col=2、col=“red”点、线、文本、填充区域和图像的颜色设置。值可以是来自当前调色板的数字(请命令?palette查看帮助)或者一个命名的颜色。

28图形参数-永久改变(图形元素)font=2字体。1纯文本，2粗体，3斜体，4粗斜体，5符号体(包括希腊字母)font.axis、font.lab、font.main、font.sub分别用于轴刻度标注，x和y轴标签，主标题和次标题的字体设置。adj=-0.1调整文本的对齐方式。0左对齐，1右对齐，0.5居中。实际值表示出现在图形位置左侧的文本宽度的比率，因此-0.1表示将会在文本和图形位置间留下文本宽度的10%。29图形参数-永久改变(轴和刻度)许多R的高级图形自身就含有坐标轴，除在par()中进行参数设置外，还可以用低级图形函数axis()设置自定义的坐标轴。坐标轴主要包括三个部分：轴线(axisline)(线条格式由图形参数lty控制)刻度(tickmark)(划分轴线上的刻度)刻度标注(ticklabel)(标记刻度上的数值)。30图形参数-永久改变(轴和刻度)lab=c(5,7,12)前两个参数分别是x和y轴期望的刻度间隔数目。第三个参数刻度标记的字符长度(包括小数点)。这个参数设的太小会导致所有的标记变成一样的数字。las=1刻度标记的方向。0平行于坐标轴，1水平，2垂直于坐标轴。tck=0.01刻度的长度，以画图区域大小的比率作为度量。当tck比较小(小于0.5)，x和y轴上的刻度强制大小一致。值为1时，给出网格线。负值时刻度在图形外。tck=0.01和mgp=c(1,-1.5,0)表示内部刻度。31图形参数-永久改变(轴和刻度)font.axis、font.lab坐标轴的标注的字体、标签的字体col.axis、col.lab坐标轴的标注的字体、标签的颜色cex.axis、cex.lab坐标轴的标注的字体、标签的大小xaxt、yaxt坐标轴显示的类型。n不显示、s标准。32图形参数-永久改变以下参数只能通过par()设置askfig,finlheight