细菌的分类与命名

第五章细菌的分类与命名易建云概述细菌分类学（Bacterialtaxonomy）是微生物分类学的一个分支，是对细菌进行分类（classification）鉴定（identification）命名（nomenclature）的一门科学。细菌分类学的任务研究细菌的种类探索细菌的起源、演化研究细菌与其它类群之间的亲缘关系建立分类命名系统1.分类(taxonomy)

根据每种细菌各自的特征，并按照他们的亲缘关系分门别类，以不同等级编排成系统。分类的任务是通过收集大量的个体资料，经过科学的归纳、整理，使之形成一个完整的分类系统。

基本概念（1）人为分类法：以细菌形态和生理生化特征为依据，分为：传统分类法（classicalclassification）数值分类法(numericalclassification)（2）系统分类法：将化学分析和核酸分析方法引入细菌分类，使细菌种群的划分更为客观。以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类，称为种系分类（phylogeneticclassification）或自然分类（naturalclassfication）。2、命名：

在分类基础上，按照细菌命名的法则，给予每种细菌一个科学名称。3、鉴定

将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌的分类地位。若与已知细菌相同即采用已知菌的名称，不同者则按命名原则确定一个新名称。

分类等级：界（Kingdom）门（Division）纲（class）目（Order）科（Family）属（Genus）种（Species）概念种细菌分类的基本单位。生物学性状基本相同的细菌群体构成一个菌种。菌属性状相近关系密切的若干菌种组成属。菌株

对不同来源的同一菌种的细菌称为该菌的不同菌株。

标准菌株或模式菌株具有某种细菌特征的菌株。株常以数字、地名或符号表示，例如：金黄色葡萄球菌ATCC25923（标准菌株）

概念型：按某种细微特征在种内进一步区分。血清型、噬菌体型、生物型、细菌素型。用于流行病学的分析研究。群：不是固定分类单位，按某种生物学特征，把相应的菌株归在一起，组成群。例如：沙门菌血清分群。命名法

细菌科学名称（学名）的命名法采用生物双名法（binominalnomenclature）。具备拉丁化文字的形式和明确的分类等级两个特点，即由一个属名和一个种名构成。属名在前，种名在后。

细菌学名的中文译名：种名在前，属名在后。如：Mycobecteriumtuberculosis（结核分枝杆菌）Salmonellatyphi（伤寒沙门菌）。

第二节细菌的分类方法一、生物学特性分类法——人为分类法（一）传统分类法（二）数值分类法（一）传统分类法选择一些较为稳定的生物学性状作为分类依据，然后按主次顺序逐级分级。包括：细菌的形态结构细菌的染色性细菌的培养特性细菌的生化反应性细菌的抗原性（一）传统分类法根据生物的共同特征进行分门别类。其原则是将生物的基本特性分为主要和次要，然后根据主次顺序编制双歧图和检索表，一级一级往下分，直到最小区分单位。由于分类中选择鉴定力强的生化特征为基础，所以也称为偏重性鉴定方法。革兰阴性杆菌葡萄糖发酵+-氧化酶非发酵菌+-弧菌科肠杆菌科双歧索引法（一）传统分类法优点：使用方便、分类较明确。缺点：对分类性状的选择有一定主观性。（二）数值分类法借助计算机将细菌按其性状的相似程度进行分类，一般选用20-50项以上的生理、生化指标逐一进行比较，通过计算机分析各菌的相似度来划分种和属。相似系数越大表示相同特征越多，说明两个菌种间有较高的亲缘性。商品鉴定试剂及自动化细菌鉴定系统即采用数值分类原理。肠杆菌科细菌编码的检索方法举例(手工法)葡萄糖赖鸟硫靛乳卫苯尿枸产产氨氨化基茅丙橼酸气酸酸氢质糖醇酸素酸(A)(G)421421421-+-++----

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查码结果为大肠埃希氏菌临床常用手工细菌鉴定系统(API鉴定系统)API肠杆菌API非发酵菌API酵母菌自动化鉴定系统二、遗传学分类法——系统分类法㈠、化学分析法化学分析应用电泳、色谱、质谱等方法对菌体组分、代谢产物组成与图谱特征进行分析，揭示细菌表型差异。二、遗传学分类法——系统分类法㈡、核酸分析法比较各种细菌DNA组成的结构相似性，可从本质上阐明细菌间的亲缘关系。方法1、DNA碱基组成(G+Cmol%)2、核酸分子杂交(DNA-DNA同源性3、DNA-rRNA同源性）4、16SrRNA同源性分析。

细菌分类命名系统细菌分类系统《伯杰系统细菌学手册》根据细菌细胞壁的结构特点将原核生物界分为四个菌门：薄壁菌门-有细胞壁的革兰阴性菌厚壁菌门-有细胞壁的革兰阳性真细菌软壁菌门-缺细胞壁的真细菌（支原体）疵壁菌门-古细菌细菌分类系统《伯杰系统细菌学手册》第1卷：医学、工业和普通微生物中重要的 革兰阴性菌第2卷：放线菌以外的革兰阳性菌第3卷：古细菌、蓝细菌和其它革兰阴性菌第4卷：放线菌《伯杰系统细菌学手册》第1-4卷将所有细菌根据类型排列成1-35群群11：保留蓝藻菌目、保留蓝藻菌科群5：保留肠杆菌科、弧菌科和巴斯德菌科卷次及主要细菌种类群细菌属/类群第1卷1~11组包括医学、工业、农业重要的革兰阴性细菌1234567891011螺旋体革兰阴性、需氧、微需氧、有动力、螺形菌革兰阴性、无动力、弯曲菌革兰阴性、需氧、杆菌或球菌革兰阴性、兼性厌氧、杆菌革兰阴性、厌氧、杆菌或螺形菌异化还原硫酸盐的细菌革兰阴性、厌氧球菌立克次体和衣原体支原体内共生菌第2卷12~17组包括除放线菌以外的革兰阳性细菌121314151617革兰阳性球菌革兰阳性、形成芽胞的球菌和杆菌革兰阳性、规则的无芽胞杆菌革兰阳性、不规则的无芽胞杆菌分枝杆菌诺卡菌形的细菌第3卷18~25组包括光合细菌、古细菌、蓝细菌、其他革兰阴性细菌1819202122232425不产氧光合细菌产氧光合细菌需氧、化能自氧菌及有关细菌出芽和（或）有附属物的细菌鞘细菌非光合、无子实体的滑行细菌形成子实体的滑行细菌——粘细菌古生菌第4卷26~33组包括可形成菌丝体的放线菌2627282930313233诺卡菌形放线菌多腔孢囊放线菌游动放线菌链霉菌和有关菌属马杜拉菌高温单胞菌有有关菌属高温放线菌其他属

细菌的分类方法主要有两类：生物学特性分类法和遗传学分类法。遗传学分类法以细菌的核酸、蛋白质等组成的同源程度进行分类，更具科学性和稳定性。其中16SrRNA寡核苷酸分析，由于其核苷酸数目适中、信息量大、具有高度稳定性、易于提取和分析，成为理想的研究工具。