系统与进化生物学方法实践-第一二讲

PracticeofSystematicandEvolutionary、张富（中 植 系统与进化生物学方第一部分：多种生物信息学数据库的联合运用及操作实践 ，6学时第二部分：系统进化树的构建及方法比较 ，3学时第三部分：群体遗传学基本参数的计算 ，3学时 第七部分：方法的综合运用 ，3学时第一部分：多种生物信息学数据库的联合运用及操作实践 ，6学时大数据时代，信息量倍增，如何获取各种有用的信不是简单的数 或者上传 利用数据库成自己的部分甚至全部研究工第一部分：多种生物信息学数据库的联合运用及操作实践 ，6学时1、系统与进化生物学的主要研究2、NCBI数据库的操作3、PFAM数据库的操作4、利用ExPASy分析蛋白质的基本性 5、比 组学数据库Phytozome的操作实 6 表达数据库的操作实7、多种数据库联合运用的实践第一部分：多种生物信息学数据库的联合运用及操作实践 ，6学时第一部分：多种生物信息学数据库的联合运用及操作实践 ，6学时比 组学数据第二部分：系统进化树的构建及方法比较 ，3学时3、3、各种建树方法1、建树数据的类型及常用系统树构建的方法及其2、邻接树、简约树、似然树 树构建的实践操第三部分：群体遗传学基本参数的计算 ，3学时第四部分：谱系生物地理学分析方法与实践 ，3学时第三部分：群体遗传学基本参数的计算 ，3学时33、中性检(Tajima’sD，FuandLi’sD*and1、群体遗传学常用参数的意2、等 多样性（Hd）及核苷酸多态性（θ和π）计第四部分：谱系生物地理学分析方法与实践 ，3学时11、核酸序列变异及多样2、单倍型谱系分3、群体遗传结构分 ，3学时）第四部分：谱系生物地理学分析方法与实践 ，3学时1997年7年毕业于华中师范大学生2000年7月在华中师范大学获2003年7月 植物所获博研究领域:分子系统学及生物地理第五部分 组学数据分析方法与实践（张富民，9学时第五部分 组学数据分析方法与实践（张富民，9学时1、二 数据的格式、特点和预处 2 组二 数据的分析流 3、比对参 4、检测变5、校正检6、转录组二 数据的分析流 7、比对参 8、检 表达水9 差异表达分第五部分 组学数据分析方法与实践（张富民，9学时张富民第六部分：蛋白质三维结构模拟 ，3学时第六部分：蛋白质三维结构模拟 ，3学时11、PDB数据库介绍及操作2、基于SWISS-MODELRepository的蛋白质三维结构3、基于InsightII生物分子模拟软件平台的蛋白质三维第七部分：方法的综合运用 ，3学时第二部分：系统进化树的构建及方法比较第三部分：群体遗传学基本参数的计 预预修课统与进化1、课程内容设置 思想：实践、基（强调操作，理论已经在系统与进化生物学课程中讲过了（内容不会面面俱到，只是“引进门2、对学生的要求：课上拓展与课下3、教学方式：以“Project”（教师手把手指导并辅以简单的课堂教学，把各种方法串起来（培养学生研究工作的系统性4、考试方式：大开课程信箱 1、系统与进化生物学的主要研究2、NCBI数据库的操作实3、PFAM数据库的操作4、利用ExPASy分析蛋白质的基本5、比 组学数据库Phytozome的操作实6 表达数据库的操作实7、多种数据库联合运用的实践Project如果你从某个未知样品中通过PCR获得一段cDNA序列，你是否想知1、这个序列来源于什么物2、这个序列是编码什么3、如果的编码蛋，编码的