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文档简介

小麦细胞色素P450蛋白

的电子克隆过程周口师范学院生命科学系王俊生种子序列1：小麦细胞色素P450家族基因est片段

Aaccaccggagctcgctccaatgagctttcccagcccggtccaatcagcacattccggactaatcgacgttgatgagccactggaactagcttcatcgagcttagcgggctcagacgtatcagcgccttcaaaactacttcctgttggtgaatcgctggaccaaagttcatcgagcttggtcggctccgtcgtatcggcgccttccaaactgttctctgtctgtgagccacttcagctagcttcatcatgggcccatttttcatttgcagaaaacaagatagcttgggctggatgctctgtccttccaccagctccacatcaaagttccacatgactgcagcgacgatggtcgtcatctgcataaccgcgatttccttgcccatgcacaccctcgggcccgagttgaaggccaggaacttgcgagacggtacgttcttgagcttggtgctaccctccaagagccatctgtttgggttact同源比对BLAST-EST,限定物种为小麦把同源EST序列下载到指定文件夹在指定文件夹中用记事本打开序列文件，复制到CAP3中粘贴并提交获得第一次拼接结果，点击打开并复制更多的同源EST获得第二次拼接的结果和序列>Contig3CCGGTCCTCCCTACACCACACTAGTTAGTGATAATTATGTCACTCATCTCCACAGCACTTGTGCTACTTGTTCCCCTAGGCCTTTACTTGTACCTGCTGCAGTCTAGTCGTAGAAGATCAAATAACCCAGCAGCAGCAGTGTTCCCCACAAAATGGCCAATGCTAGGCATGCTCCCTTCTCTCTTGGCCAACATGTACAACTTCCATGAGTACAGTTATTTGGTCCTCGCTGGATCAGGCCTCAACTTCAATGGGGACGGCCCTCCTGGGGCCGGGATGCGGTTCTTCATCACCTGCGACCCTGCCAACATCCAGCACATCTTCACGACCAACTACCACAACTTCCCCAAGGGTGCGGAATTCGCTGCCATCTTTGACATCATGGCAGGTGGCCTCTTCACTATCGACGGCGAGCTGTGGCATCGGCGCCGCGTGAAATTTGTGGGCGTGATCAGCAGCCCGTGGTTTACTGACCGTGTGGCAGCTCATTGCCATGACAAGGTGAAGGACCACCTCCTCCCGTTGCTTGCCCACATGGCGAGTACCGGCACTTCATTCGACATGCAAGAATTAATGGTGAGGTTAATGTTTGACATGACCGCCATGGCAGTCTTTGGCGTGGACCCTGGCTTCCTGTCCTTGGACATGCCTCCCATTGATGCCTCCATTGCCATGGACACGGTCATGGAGGTGGGATTTCTACGGCACACCATGCCGGCCTCTTTGTGGAAGGCAATGAGGTGGCTAAATATTGGTCTTGAGAGAAAGCTCCACGAAGCGAAGAAAGTGCTCCACAGGTTTGTTGTGGATACAATTGAGAGGAGGAAGACCACCAGAGAAAATGTTGGCCACGATGAGGATGAAGAGGTTGTGGGTGATATTTTATCTTCCTACATCAATGACCCGGACTTCGCCGACGATGACTTGCTCCGTGCGACACTCATTAACTTCATGATCGCTGGGAGGGACACAATCGGCACGACCCTGCCATGGATATTCTATAATCTCGCCCAGAACCCTAACATCGTATCAATCATCCGTAATGAACTCTCCCCAATTGCATCGCACAAAGTAGCCCACGGTATGGGTGCAATGGTCTTTGAGCCGGAGGAGACCAAATCTCTGGTCTATCTAAGAGCCACCTTGTACGAGACTCTCAGACTATACCCGCCAGCGCATATGGAGCGCAAGACAGTGGTTACCGATGATATCATGCCAAGTGGCCATGAGGTGCACGCCGGTGATGCCATCTTTATCTCTCTTTACTCCATGGGAAGAATGGAGAGCTTGTGGGGTAAAGACTGCCTCGACTTTAACCCAAACAGATGGCTCTTGGAGGGTAGCAACAAGCTCAAGAATGTACCGTCTCGCAAGTTCCTGGCCTTCAACTCGGGCCCGAGGGTGTGCATGGGCAAGGAAATCGCGGTTATGCAGATGAAGACCATCGTCGCTGCAGTCATGTGGAACTTTGATGTGGAGCTGGTGGAAGGACAGAGCATCCAGCCCAAGCTATCTTGTTTACTGCAAATGAAAAATGGGCTCATAGTGAAGCTGAAGAAACGAGAAGCGTAATACTATGCCCTCTTGTCTTAAAATGGTTGTGGGTGGCGCGCGTATGTCTGTGTGTCCATATACTTTGTTTTTTGCTTTTATGTGGNACA获得第二次拼接的结果和序列利用ORFfinder软件初步验证是

否具有完整编码框点击保守结构域完整，编码511个氨基酸把第二次拼接的结果序列继续进行第三次BLAST-est,如果获得的同源EST序列不再增加，表明第二次拼接结果就是最终拼接结果。对最终拼接结果序列利用ORFFinder确定其编码框是否完整，结合blast-p功能，与同源蛋白序列进行仔细比较。长度差异较小时，表明拼接结果具有完整编码框蛋白质理化性质与二级结构分析氨基酸序列：>lcl|Sequence1ORF:37..1572Frame+1MSLISTALVLLVPLGLYLYLLQSSRRRSNNPAAAVFPTKWPMLGMLPSLLANMYNFHEYSYLVLAGSGLNFNGDGPPGAGMRFFITCDPANIQHIFTTNYHNFPKGAEFAAIFDIMAGGLFTIDGELWHRRRVKFVGVISSPWFTDRVAAHCHDKVKDHLLPLLAHMASTGTSFDMQELMVRLMFDMTAMAVFGVDPGFLSLDMPPIDASIAMDTVMEVGFLRHTMPASLWKAMRWLNIGLERKLHEAKKVLHRFVVDTIERRKTTRENVGHDEDEEVVGDILSSYINDPDFADDDLLRATLINFMIAGRDTIGTTLPWIFYNLAQNPNIVSIIRNELSPIASHKVAHGMGAMVFEPE

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