体外核酸诊断试剂盒引物探针研发的基本流程

体外核酸诊断试剂盒引物探针研发的基本流程体外核酸诊断试剂盒研发引物和探针的设计检测病原体流行病学调查病原体代表株系的全基因组序列比较检测靶序列的确定基于靶序列设计引物和探针引物探针整体评分靶序列数据库内特异性验证（NCBI&clustal）PrimerPremier5评分（发夹，二聚体）Oligo6评价(基因组错配，二聚体验证)靶序列空间结构预测（DNAfold）引物探针是否合格引物探针是否特异PickPrimer评价种间交叉反应评价种内保守性评价引物探针序列的确定检测范围的确定第1页，共24页。在我国内地主要流行A、B、C、D4种HBV基因型,所占比例分别为1.2%、39.3%、50.2%、8.1%,并且各地区流行的基因型也存在较大差异,北方地区以C型为主,约占81.6%;南方地区则以B型为主,C型也占相当比例（冯琴,杨桂英,朱善军等.乙型肝炎病毒基因分型的研究进展[J].医学检验与临床,2011,22(2):77,56.HBV流行病学调查：确定需要检测的分型以及靶序列地区分型特点分子生物学特征GenesS,C,andP,regionX,theprecoreregion,andthepre-S2/pre-Slregionswererankedinorderofincreasingvariability.（LauderIJ,LinHJ,LauJY,etal.ThevariabilityofthehepatitisBvirusgenome:statisticalanalysisandbiologicalimplications[J].Molecularbiologyandevolution,1993,10(2):457-470..临床病理学B基因型的治疗反应、耐药发生率均优于C型,HBVYMDD突变株(YIDD/YVDD)多发生于基因型C和D（谢南,朱小诚.90例HBV基因型与拉米夫定疗效的研究[J].实用临床医学,2003,4(4):5-8.）第2页，共24页。地区分型特点文献资料的检索第3页，共24页。第4页，共24页。分子生物学特征文献资料的检索第5页，共24页。第6页，共24页。临床病理学文献检索第7页，共24页。病原体代表株系的全基因组序列比较第8页，共24页。第9页，共24页。第10页，共24页。第11页，共24页。HBV（A,B,C,D）分型代表株系的全基因组序列比较FPR第12页，共24页。PrimerPremier5评分（发夹，二聚体）Oligo6评价上游引物vs下游引物探针VS下游引物第13页，共24页。HBV基因组错配评价第14页，共24页。空间结构DNAfoldingform|http://=mfold/dna-folding-form第15页，共24页。第16页，共24页。HBV引物在种内中间（针对中国地区以及其他地区ABCD代表分型）特异性评价

FPR

FPR

第17页，共24页。第18页，共24页。NCBIPickprimer程序对引物2在种内交叉反应评价第19页，共24页。…………..HepatitisBvirus第20页，共24页。NCBIPickprimer程序对引物以及探针在种间特异性的评价第21页，共24页。HBV-E,F,G,H基因组检测特异性评价

FPR第22页，共24页。引物整体评价优点：1序列上特异较高

2探针引物总体评分较高

3在自身基因组中不存在错配，在临床类似病原体中不存在显著的交叉反应缺点：1探针自身二聚体较严重

2对于C型耐药突变株，重组型HBV样本的检测能力差

3不具有检测HBVABCD外基因型（F,G,H）的潜力

4PCR产物长度可能不适合（86bp）第23页，共24页。内容梗概体外核酸诊断试剂盒引物探针研发的基本流程。PrimerPremier5评分（发夹，二聚体）。南方地区则以B型为主,C型也占相当比例（冯琴,杨桂英,朱善军等.乙型肝炎病毒基因分型的研究进展[J].医学检验与临床,2011,22(2):77,56.。HBV（A,B,C,D）分型代表株系的全基因组序列比较。DNAfoldingform|。http://=mfold/dna-folding-form。HBV引物在种内中间（针对中国地区以及其他地区ABCD代表分型）特异性评价。NCBIPickprimer程序对引物2在种内交叉反应评价。HepatitisBvirus。NCBIPickprimer程