Maquant使用说明复习课程

Summary该总结文件包含了所有在Maxquant运行当中所有原始数据文件的信息名称分隔描述说明Rawfile原始数据的处理加工Enzyme用于消化蛋白样品的蛋白水解酶Enzymemode同上Enzymefirstsearch用于firstsearch的蛋白水解酶Enzymemodefirstsearch同上Useenzymefirstsearch当有不同的蛋白酶用于设置firstsearch时，标记为"+"Variablemodifications（翻译为可变修饰）用于多肽鉴定当中的可变修饰

Multimodifications多重修饰用于鉴定多肽当中Variable modifications firstsearch在firstsearch当中的可变修饰Usevariablemodificationsfirst当有不同的可变修饰用于设置firstsearchsearch时，标记为"+"Requantify用在鉴定当中的标签的数量（例如同位素标签，这里应该特质同位素标签）的数量Multiplicity同上Max.missedcleavages允许最大的漏切数量LabelsO用于标签实验当中的标签，其中，0为轻标，1为中标，2为重标LC-MSruntypeLC-MS运行的模式，当用于数据依赖性的传统的鸟枪法来做蛋白质组学时，设置为"standard"（标准模式）Time-dependentrecalibration时间依赖性的再校准：当出现该校准时，数据框内标记为“+”，时间依赖性的校准用于提高数据的质量MS在原始数据当中的MS1记录的数据量MS/MS在原始数据当中的MS2记录的数据量MS3在原始数据当中的MS3记录的数据量MS/MSsubmitted用于软件分析的串联的MS的数量1MS/MSsubmitted(SIL)用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。MS/MSsubmitted(ISO)用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。MS/MSsubmitted(PEAK)用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。MS/MSidentified鉴定到的串联质谱数的总数量MS/MSidentified(SIL)鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。MS/MSidentified(ISO)鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。MS/MSidentified(PEAK)鉴定到的串联质谱数的总数量，这里1这里所说的串联质谱可以认为是二级质朴精品文档检测的是作为单个峰（singlepeak,这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。MS/MSidentified[%]被鉴定到的串联质谱的比例MS/MSidentified(SIL)[%]被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。MS/MSidentified(ISO)[%]被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。MS/MSidentified(PEAK)[%]被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。PeptideSequencesIdentified通过记录在二级质谱上的谱图而鉴定出来的氨基酸序列的多肽的总数量Peaks被检测到的MS1（fullseans）的总数量PeaksSequeneed通过MS2测出氨基酸序列的多肽的总数量PeaksSequeneed[%]通过MS2测出氨基酸序列的多肽的比例（这里指的应该是串联质谱鉴定到的多肽的数量与MS1鉴定到的数

量之比）PeaksRepeatedlySequeneed在二级质谱当中被重复鉴定的次数（超过1次）PeaksRepeatedlySequeneed[%]在二级质谱当中被重复鉴定的多肽的数量站总鉴定多肽数量的比率IsotopePatterns检测到的同位素峰的总数量IsotopePatternsSequeneed被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量IsotopePatternsSequeneed(z>1)被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量（电荷数＞1）IsotopePatternsSequeneed[%]被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例IsotopePatternsSequeneed(z>1)[%]被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例（电荷数＞1）IsotopePatternsRepeatedlySequeneed用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的总数量IsotopePatternsRepeatedlySequeneed[%]用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的比率Reealibrated重新校准：当原始数据当中的质量被重新校准时，会在该框下显示"+"Av.AbsoluteMassDeviation[ppm]被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的

平均值，单位为白万分之一MassStandardDeviation[ppm]被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的标准差，单位为百万分之一Av.AbsoluteMassDeviation[mDa]被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一道尔顿MassStandardDeviation[mDa]被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的标准差，单位为百万分之一道尔顿Labelfreenormparam用于label-free实验当中测定峰强度值的标准因素

Evidence名称分隔描述说明Sequenee鉴定出来的多肽的序列Length保存在sequenee框内的序列长度Modifications在被鉴定的多肽上的转录后修饰Modifiedsequenee包含修饰位点的多肽序列修饰位点会标记在被修饰的氨基酸前面修饰方式会以缩写的形式呈现出来，一般情况下，多肽会被下划线标记Carbamidomethyl(C)Probabilities半胱氨酸被烷基化的可能性包含翻译后修饰的多肽可能出现修饰的可能性，其中概率为0—1其中1为最大，该列表示半胱氨酸烷基化的可能性Oxidation(M)Probabilities甲硫氨酸氧化的可能性包含翻译后修饰的多肽可能出现修饰的可能性，其中概率为0—1其中1为最大，该列表示甲硫氨酸氧化的可能性Carbamidomethyl(C)ScoreDiffs通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负则说明其修饰的可能性

近乎没有Oxidation(M)ScoreDiffs通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负则说明其修饰的可能性近乎没有Acetyl(ProteinN-term)发生在蛋白质N末端的乙酰化的数量Carbamidomethyl(C)发生在半胱氨酸上的烷基化修饰的数量Oxidation(M)发生在甲硫氨酸上的氧化修饰的数量Missedcleavages水解酶漏切多肽的数量Proteins根据多肽而推断出来的蛋白质的名称LeadingproteinsLeadingrazorproteinGenenamesProteinnamesTypeRawfileMS/MSm/zCharge

m/zMassResolutionUncalibrated-Calibratedm/z[ppm]Uncalibrated-Calibratedm/z[Da]Masserror[ppm]Masserror[Da]Uncalibratedmasserror[ppm]Uncalibratedmasserror[Da]Maxintensitym/z0RetentiontimeRetentionlengthCalibratedretentiontimeCalibratedretentiontimestartCalibratedretentiontimefinishRetentiontimecalibrationMatchtimediffereneeMatchm/zdiffereneeMatchq-valueMatchscoreNumberofdatapointsNumberofscans

NumberofisotopicpeaksPIFFractionoftotalspectrumBasepeakfractionPEPMS/MScountMS/MSs