测序技术能替代微生物检验技术

1、NGS能取代微生物学传统技术无锡市第二人民医院检验科 第1页传统微生物检测技术病原检出阳性率低，培养时间长病原颗粒抗原/抗体代谢产物涂片培养免疫学质谱生化第2页第3页第4页判定疑难感染病原-经典案例14岁联合免疫缺点综合征男孩8个月旅行后脑膜炎住院6周内-38项感染病原检测5种抗生素经验治疗48小时脑脊液高通量测序钩端螺旋体475条序列，更换青霉素32天痊愈出院第5页判定疑难感染病原-经典案例第6页判定疑难感染病原-经典案例-中国上海华山医院感染科“战狼3”输入性非洲锥虫病：中国感染与疾控团体72小时救援第7页判定疑难感染病原-经典案例-中国上海华山医院判定新发病原体猪疱疹病毒跨物种传输年6月

2、，江西女性患者，重复发烧，头痛两周，视力下降。病情恶化,转诊到上海华山医院，全方面检验均未明确病原体。手术眼玻璃体液送至宏基因组测序平台，36小时传来汇报:测出4832条猪疱疹病毒序列，确诊病原体。由抗生素转为抗病毒治疗，一周后患者体温正常，视力稳定，出院后定时随访,最终治愈。经过调查，该患者来自江西某养殖场，曾被污水泼溅入双眼。上海教授远赴江西采取样本检测，明确了病毒跨种传输路径。该研究发表于美国疾控中心主办权威杂志。该案例引发中国国家疾控系统高层重视,推进了新发感染精准诊治政策落地。第8页判定疑难感染病原-经典案例-中国北京协和医院判定新发病原体猪疱疹病毒跨物种传输第9页判定疑难感染病原-

3、经典案例-中国上海中山医院“中山探索系列”第10页快速判定新发病原体 重大传染病第11页传染病暴发溯源 重大传染病西非肆掠埃博拉病毒遗传多样性和传输路径分析Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the outbreak. 2月从几内亚开始，3月到利比里亚，5月塞拉利昂，7月末到尼日利亚病例指数增加New genomic technologies can provide near-real-time insights into the pathogens origin,transmis

4、sion dynamics,and evolution.怎样进入并在人群中传输，变异情况，是否有来自自然宿主新毒株？第12页来自血流、肺部、CNS、脓肿等不一样感染部位和不一样标本类型第13页来自血流、肺部、CNS、脓肿等不一样感染部位和不一样标本类型mNGS用于ICU脓毒症患者病原学诊疗(血液)mNGS用于肺部感染患者病原学诊疗(肺组织)mNGS用于中枢神经系统感染患者病原学诊疗(脑脊液)mNGS在检测不一样起源脓肿标本方面技术优势(脓肿标本)mNGS用于骨关节感染患者病原学诊疗(骨关节液)第14页检测出细菌、病毒、真菌、寄生虫等不一样病原体第15页检测出细菌、病毒、真菌、寄生虫等不一样病原

5、体mNGS用于诊疗罕见肺外肝结核(结核杆菌)mNGS用于诊疗新发传染病(猪疱疹病毒)mNGS用于诊疗真菌感染(耶氏肺孢子菌)mNGS用于诊疗实质外脑囊虫病(脑囊虫)第16页受惠于儿童、青年、老人、免疫缺点等不一样人群第17页受惠于儿童、青年、老人、免疫缺点等不一样人群mNGS用于儿童肺炎病原学探查罕见肺外肝结核(儿童)mNGS用于检出罕见鼻病毒和博卡病毒混合感染(青年女性)mNGS用于免疫缺点人群病原学诊疗队列研究(免疫缺点患者)mNGS用于老年人关节感染病原诊疗(老年人)第18页Nature、NEJM、Cell、CID、JCM等超高水平文章层出不穷第19页Nature、NEJM、Cell、CID、JCM等超高水平文章层出不穷mNGS测序将变革临床病原检测中国科学家Cell主要评述文章: mNGS成为病毒分类新方法技术变革带来急性和慢性肺部感染管理新机遇新诊疗工具mNGS用于临床机遇及挑战mNGS临床应用离现实更近一步第20页第21页测序技术NGS（next generation sequencing），又称高通量测序技术，一次并行能对几十万到几百万条DNA分子进行