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文档简介
1、Phylogenetic TreesImportance of phylogenetic treesWhat is the phylogenetic analysisExample of cladistics Assumptions in cladisticsFrequently used termsFundamentals of Phylogenetc modelsPhylogenetic softwareImportance of Phylogenetic TreeClassification is important to understandEvolutionary history o
2、f an OrganismStudy of Biological DiversityOrganizationProgressive Multiple Sequence AlignmentWhat is Phylogenetic AnalysisStudy of evolutionary relationshipInferring or estimating relationshipUsually presented as branching, treeGene Tree: Inherited relatioshipsIt is also called cladistics clade mean
3、s branch in GreekMember of group/clade share a common rel.Example of Cladistics Assumptions in CladisticsAny group of oragnisms is related by descent from a common ancestorMembers of a group or clade share common evolutionary historyA group sharing a unique feature, different from other groups There
4、 is bifurrcating pattern of cladogenesisChange in charterstics occurs in lineages over timeFrequently Used TermsClade: A monophyletic taxon. Clades are group of organismsTaxon: Named group or organisms but not necessarily a cladeBranch Length: In some case it repersent divergenceNode: A bifurcating
5、branch point Fundamentals of Phylogenetic ModelsSequence alignment (AMPS,Clustal-W)Substitution model (weight model)Rates between BasesSite Substitution(overall compositional change)Tree buildingTree EvaluationTree BuildingDistance Based MethodsUPGMA: Unweighted Pair Group MethodIt is a Clustring algorithm, it cluster tree branches based on greatest similarity among pairs and averages of joined pairsNJ: Neighbor JoiningFirst, it join nearest pair in start and then continue till one remainCharacter-BasedMaximum Parismony (MP)Maximum Likelihood (ML) Tree EvaluationRandomize TreeRandomize Chara
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