液体活检专家共识

1、液体活检的专家共识军事医学科学院附属医院秦海峰ContentContent基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断-分子分型ContentContent基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断-分子分型原癌基因(proto-oncogene)癌基因活化(oncogene)基因变异类别抑癌基因(tumor suppressor gene, TSG)功能缺失活化失活基因突变扩增或缺失易位融合表观遗传修饰 其他基因 Modifying gene调节功能异常表达异常分子标志物种类及其对应的检测方法 Bio-specimen & variati

2、on DNA： mutation, translocation, CNV, MSI Deletion RNA: Single gene expression Gene expression profile Protein Single protein Protein profiling Epigenetic: Methylation pattern Technology DNASequencing, RT-PCRqPCR, aCGHFISH, CISH RNAqRT-PCRMicroarray techniquesTaqMan gene expression array ProteinIHC,

3、 ELISA, mass spectrometry EpigeneticMS-PCR, bisulphate-PCR-sequencingMethylation micorarrayNGS目前NGS检测变异类型：SNV, Indels, Rearrangement/fusion, CNV及少数表观变异 二代测序（NGS）技术应用于临床肿瘤精准医学诊断的共识（第一版2016.04.23）中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）中国临床肿瘤学会（CSCO）国内共识推荐NGS用于临床检测“首先我们非常清楚液体活检和NGS的哪些部分可以应用到临床，如小的PANEL可用于现在市场上CFDA已经批准的药物的检

4、测，这些可以应用到临床”。2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛吴一龙共识：检测已知的、多个平行临床可药物抑制的靶点，液体活检技术推荐NGS方法共识：用于发现未知基因，探索疗效监测、预后判断和发现耐药机制等，液体活检技术建议使用NGS方法。 2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛共识中包括的9个内容、36项声明 共识NGS在肿瘤临床诊断中的质量要求NGS在肿瘤临床应用中的检测内容NGS在应用中的样本要求NGS测序技术及流程NGS数据的产生、管理及分析NGS结果分析报告及查询NGS在肿瘤临床应用中的知情同意书临床诊断与研究的区别CAGC POI项目NGS测试（Test）的监督管理Cont

5、entContent基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断-分子分型西方： 2013 ASCONRAS1%KRAS25%未检测到突变36%ERFR (敏感)17%MEK11 gone 3%HER2 3%2%东方： 370例中国肺腺癌BRAF M+2%PI3K M+4%C-MET Amp5$PTENM+6%EML4-ALK7%KRAS7%EGFR M+40%未知29%肺癌中已发现的驱动基因及频率 关注de novo Unkown！ 关注耐药后的变异 ！ !肺癌中已发现的驱动基因及频率原发灶和转移灶的基因突变异质性（空间分布差异性）同一瘤灶内基因突变异质性治疗前后基因突

6、变异质性时间分布差异性肺癌瘤内异质性实例 肿瘤细胞之间存在较强的分子异质性Cancer Genome Landscapes. Science (New York, NY). 2013;339(6127):1546-1558.ContentContent基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断-分子分型A Single Dominant Mechanism of Acquired Resistance to Rociletinib is not Readily IdentifiableA Single Dominant Mechanism of Acquired Res

7、istance to Rociletinib is not Readily IdentifiablePresented By Lecia Sequist at 2015 ASCO Annual Meeting耐药机制的精准分析15 AZD9291 treated pts6 cases of C797S mutations (40%) Oxnard, et al. Nat med, 2015耐药机制的精准分析耐药机制的精准分析Acquired resistance to Rociletinib 12 Pts with 13 T790M+ samples: 7 samples retained T

8、790M (3 EGFR amp); 6 samples loss of T790M ( 2 conversion to SCLC) 2015 ASCO, 20 cases:FGFR3 mut;MET ampAcquired resistance to AZD 9291 15 plasma DNA samples from 15 pts6/15 C797S + E19 del + T790M5/15 E19 del + T790M4/15 E19 del HER2 amp BRAF mut NRAS mut MET amp EGFR-independent Presented By Chris

9、tine Lovly at 2015 ASCO Annual Meeting耐药机制的精准分析Circulating tumour DNA profiling reveals heterogeneity of EGFR inhibitor resistance mechanisms in lung cancer patientsPresented By Jacob J.Chabon at 2016 ASCO Annual MeetingALK TKI resistanceCamidge DR;Doebele RC ;Treating ALK-positive lung cancer-early

10、 successes and future challenges.Nat Rev Clin Oncol.2012V9N5:268-77 耐药机制的精准分析耐药机制的精准分析EGFR mut T790M C797S L798IOxnard, et al. Nat med, 2015; ASCO 2015; Lin, Nat Genet, 2015; Alice Shaw, NEJM 2015TKIALK fusion ALK C1156YALK L1198F +C1156YBypassBypassBypassBypassTKITKITKITKITKI耐药机制的精准分析ContentContent

11、基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断-分子分型7540Liquid biopsy: blood sampling for testings as done in biopsied tissue samplesCirculating markers: DNA Circulating tumor cells (CTCs) Exosome Proteins RNA Platelets Immune cells (TCR repertoire) Liquid Biopsy and Circulating BiomarkersAM Newman, et al. Nat Me

12、d, 2014CAPP_Seq: targets 521 exons and 13 introns from 139 recurrently mutated genes, in total covering 125 kb (0.004% of the human genome) 17 NSCLC pts5000X coveragectDNA 超敏感深部测序：发现临床药物靶点约3/4 ALK融合为经典的EML4-ALK融合，但有1/4为与其他基因的融合，包括：STRN-ALKCATSPERB-ALKACVR1-ALKCLIP1-ALKDPH6-AS1-ALKKIF5B-ALKRP11-320M2

13、.1-ALKUGP2-ALK燃石血检：10000X coveragectDNA 超敏感深部测序：发现临床药物靶点Burning Rock Dx 内部数据请勿拍照Aaron M Newman et al. Nat Med. 2014 突变谱动态变化反映实时肿瘤负荷大小 基于NGS的ctDNA动态监测可实现定性与定量有机结合，准确反映肿瘤时空异质性 液体活检带来的动态监控Zofia, et al. Journal of Thoracic, March 2016液体活检带来的动态监控L858R+T790ML858R全脑放疗全脑放疗+6 周期的卡铂周期的卡铂+培美培美+贝伐贝伐+厄洛替尼厄洛替尼厄洛替

14、尼厄洛替尼联合治疗联合治疗NivoAZD9291biopsytimeline L858R36912female, aged 60lung adenocarcinoma with bone metastases4.26.36.307.278.17T790M出现ALK融合消失C797S出现1st gen EGFR-TKI+3rd gen EGFR-TKILiver PD1st gen ALK-TKI+3rd gen EGFR-TKI2st gen ALK-TKI+3rd gen EGFR-TKIPRLiver PDLiver PR, Other PDTP53EGFR 19delALK fusion

15、EGFR T790M液体活检带来的动态监控结合随访，动态监测，新方向，国际最前沿COMPASS（ctDNA Ominibus Mutations Predictive Association）是燃石医学使用其朗清NGS产品检测晚期NSCLC病人ctDNA从而进行疾病随访以及支持治疗决策的一个诊断行动。燃石医学血液检测产品的敏感性/特异性在前处理合适的情况下已达到国际领先水平是COMPASS行动开展的技术基础液体活检带来的动态监控晚期晚期NSCLC驱动基因异常驱动基因异常临床随访信息临床随访信息 B和和IV期的期的NSCLC 初治复治均可初治复治均可 鳞癌，腺癌均可鳞癌，腺癌均可 身体状况和器官身体状况和器官功能允许开展下功能允许开展下一步抗肿瘤全身一步抗肿瘤全身治疗尤其是靶向治疗尤其是靶向治疗治疗 已知具有至少一已知具有至少一个明确的异常驱个明确的异常驱动基因动基因 患者配合临床患者配合临床随访以及必要随访以及必要的治疗的治疗 可以提供研究可以提供研究所需要收集的所需要收集的临床资料临床资料液体活检带来的动态监控目标人群具有下列至少一个明确的基因异常EGFR：18-21号外显子COSMIC或TCGA收录的所有突变ALK：19