微生物的分类学习教案

1、会计学1微生物的分类微生物的分类(fn li)第一页，共73页。微生物种的学名表示方法有双名法和三名法1、双名法属名种名加词（首次定名(dng mng)人）现名定名(dng mng)人现名定名(dng mng)年份大肠埃希氏菌 Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 19192、三名法属名种名加词符号subsp或var亚种或变种的加词苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis (subsp) galleria第2页/共73页第二页，共73页。1、亚种：是进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明显而稳定的特征外，

2、其余鉴定特征都与模式种相同的种。2、菌株：它表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而成的纯遗传型群体(qnt)及其一切后代。因此微生物的每一不同来源的纯培养物均可称为某菌种的一个菌株。如：E.coli K12 、 E.coli O-157:H7等 第3页/共73页第三页，共73页。一、三域学说及其发展细菌域古生菌域真核生物域细菌、古生菌与真核生物若干重要(zhngyo)特征的比较第4页/共73页第四页，共73页。第5页/共73页第五页，共73页。一、伯杰氏手册简介 1923年美国出版了一部原核生物分类体系的权威著作，名为伯杰氏鉴定细菌学手册(Bergeys Manual of De

3、terminative Bacteriology) ，此部著作一直再版至今已出版了11个版本(bnbn)，编写人员由最初的美国学者D.Bergey等人进一步国际化和扩大化。 1980年代初起，该手册组织了国际上20余国的300多位专家，合作编写了4卷本的新手册，书名改为伯杰氏系统细菌学手册(Bergeys Manual of Systematic Bacteriology)，此书是目前国际上最为流行的实用版本(bnbn)。 第6页/共73页第六页，共73页。一、微生物分类鉴定中的经典方法1、微生物分类鉴定的工作步骤（1）获得该微生物的纯培养物（2）测定(cdng)一系列必要的鉴定指标（3）查找

4、权威性的菌种鉴定手册 第7页/共73页第七页，共73页。 不同的微生物往往有自己不同的重点鉴定指标。如：在鉴定形态特征较丰富、细胞体积较大的真菌等微生物时，常以形态特征为主要指标；在鉴定放线菌和酵母菌时，往往形态特征与生理特征兼用；而在鉴定形态特征较单调的细菌时，须使用较多的生理、生化和遗传等指标；在鉴定属于非细胞生物类的病毒时，除使用电子显微镜和各种生化、免疫(miny)等技术外，还要使用致病性等一些独特的指标和方法。第8页/共73页第八页，共73页。 形态 个体：细胞、大小、排列、运动性、特殊构造和染色反应等 群体：菌落形态，在半固体或液体培养基中的生长状态 营养要求：能源、碳源、氮源、生

5、长因子等 酶：产酶种类和反应特性等经典鉴 生理、生化反应 代谢产物：种类、产量、颜色和显色反应等定指标(zhbio) 对药物的敏感性 生态特性：生长温度、与氧、pH、渗透压的关系， 宿主种类，与宿主关系等 生活史，有性生殖情况 血清学反应 对噬菌体的敏感性 其他第9页/共73页第九页，共73页。 由于致人、畜疾病和植物病害的微生物种类的不断增加，以及经济的发展，人们对食品、日化、环境等行业微生物要求的不断提高，传统的用单个试验来鉴定微生物不仅工作量十分浩大，而且对技术熟练度的要求也很高，因此，出现了以数值分类(fn li)为基础的鉴定系统，使细菌鉴定简易化、微量化和快速化。 目前，有关细菌鉴定

6、的系统应用得较多的国外的鉴定系统，主要有法国的API；美国的Biolog；Enterotube等。第10页/共73页第十页，共73页。 由法国生物-梅里埃集团（bio-Merieux）生产，设计了不同的项目与底物组合，ATB是将API鉴定电脑化，该系统有许多种类各有相应的数据库，可鉴定出不同数目的细菌(xjn)，鉴定后可根据鉴定的可信度（id）作出评价：id 99.9 “最佳的鉴定” excellentid 99.099.8 “很好的鉴定” very goodid 90.098.9 “好的鉴定” goodid 80.089.9 “可接受的鉴定” acceptableid 79.9以下 “低分辨

7、率” low discrimination第11页/共73页第十一页，共73页。 API系统已为国内外微生物学家所公认，并为许多实验室普遍选用(xunyng)，适用于API系统鉴定的细菌有700多种，由于具有自动、快速、高效的特点，可广泛应用于医药、临床、兽医、食品、水质测定、环境保护、药物生产、发酵、生物工程、动植物检疫、生态学和土壤学等研究，特别适合于快速、大量的菌株鉴定。第12页/共73页第十二页，共73页。第13页/共73页第十三页，共73页。第14页/共73页第十四页，共73页。第15页/共73页第十五页，共73页。 由美国安普科技(kj)中心（ATC US）生产，可鉴定1千多种微生

8、物。第16页/共73页第十六页，共73页。1、rRNA测序是一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的寡核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系(px)的方法。 rRNA测序的优点：（1） 它们普遍存在于一切细胞内，不论是原核生物和真核生物，因此可比较它们在进化中的相互关系；（2）它们的生理功能既重要又恒定；（3）在细胞中的含量较高、较易提取；（4）编码rRNA 的基因十分稳定；（5）rRNA的某些核苷酸序列非常保守，虽经30余亿年的进化历程仍能保持其原初状态；（6）相对分子质量适中。 尤其是16S rRNA和18S rRNA不但核苷酸数适中，而且信息量大、易于分析，故成了理想的研

9、究材料。第17页/共73页第十七页，共73页。 数值分类法是依据数值分析的原理，对生物按表型性状的相似性程度进行统计、归类的方法。数值分类的基本步骤(bzhu)为：（1）计算2菌株间的相关系数（2）列出相似度矩阵（3）将矩阵图转换成树状谱 第18页/共73页第十八页，共73页。第19页/共73页第十九页，共73页。 进行数值分类时，首先明确被分类的单位，如菌株、种、属等，每一个分类单位被称为“运算的分类单位”（Operational Taxonomic Units，缩写为OTU）或操作分类单位，在多数情况下，OUT是指菌株。而性状的选择，是用于确定数值分类的性状，包括形态学、生理学、生物化学以

10、及生态学等许多方面的特征。把性状转化为计算机所能识别、运算的符号，即为性状编码, 再根据一定的方法计算各个菌株间的相似值或相似度系数，再对相似值进行聚类，在同一水平的各个OUT总体(zngt)为一类。因此，事实上，数值分类得到的是表观群或表元。 第20页/共73页第二十页，共73页。第21页/共73页第二十一页，共73页。第22页/共73页第二十二页，共73页。第23页/共73页第二十三页，共73页。第24页/共73页第二十四页，共73页。第25页/共73页第二十五页，共73页。第26页/共73页第二十六页，共73页。第27页/共73页第二十七页，共73页。第28页/共73页第二十八页，共73

11、页。第29页/共73页第二十九页，共73页。第30页/共73页第三十页，共73页。第31页/共73页第三十一页，共73页。第32页/共73页第三十二页，共73页。第33页/共73页第三十三页，共73页。第34页/共73页第三十四页，共73页。第35页/共73页第三十五页，共73页。第36页/共73页第三十六页，共73页。第37页/共73页第三十七页，共73页。第38页/共73页第三十八页，共73页。第39页/共73页第三十九页，共73页。第40页/共73页第四十页，共73页。第41页/共73页第四十一页，共73页。第42页/共73页第四十二页，共73页。第43页/共73页第四十三页，共73页。

12、第44页/共73页第四十四页，共73页。第45页/共73页第四十五页，共73页。第46页/共73页第四十六页，共73页。第47页/共73页第四十七页，共73页。第48页/共73页第四十八页，共73页。第49页/共73页第四十九页，共73页。第50页/共73页第五十页，共73页。第51页/共73页第五十一页，共73页。第52页/共73页第五十二页，共73页。第53页/共73页第五十三页，共73页。第54页/共73页第五十四页，共73页。第55页/共73页第五十五页，共73页。第56页/共73页第五十六页，共73页。第57页/共73页第五十七页，共73页。第58页/共73页第五十八页，共73页。第59页/共73页第五十九页，共73页。第60页/共73页第六十页，共73页。第61页/共73页第六十一页，共73页。第62页/共73页第六十二页，共73页。第63页/共73页第六十三页，共73页。第64页/共73页第六十四页，共73页。第65页