pubmed数据库

1、 陈 萍2014.9NCBI:美国生物技术信息中心的缩写。（National Central for Biotechnology Information,NCBI) 网址：/NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。该中心创办了一个生物技术和生命科学的优秀网站，建立了一系列的生物信息事实数据库和文献数据库，提供网络的免费信息服务。Entrez是NCBI网站基于多种数据库的集成检索系统，也是网上最大的免费检索生物医学资源的网站。Ent

2、rez是NCBI为广大生物研究人员提供的一个基于文本的集成检索系统。通过该平台可以检索到NCBI提供的28个数据库，这些数据库包括文献数据库、DNA和蛋白质序列数据库、三维蛋白质结构数据库、种群研究库、表达库、完全人类基因组库、分类信息等。特点一：它把序列、结构、文献、基因组、系统分类等不同类型的数据库有机地结合在一起，通过超文本链接，用户可以从一个数据库直接转入另一个数据库。特点二：它把数据库和应用程序结合在一起。如通过“Related sequence”工具，可以直接找到与查询所得蛋白质序列同源的其它蛋白质。查询得到的蛋白质三维结构，可以通过在用户计算机上安装的Cn3D软件直接显示分子图形

3、。Books 出版社提供之数字生物医学图书与医生参考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数

4、值结果数据GEO Profiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库） Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，孟德尔人类遗传疾病相关文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列

5、数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMed，生物医学文献题录数据库PubMed Central，科学文献数字全文免费数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，

6、人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库概况 PubMed检索系统由隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的国家生物信息中心（NCBI）于1997年推出的基于internet的免费生物医学文献检索系统，是检索生物医学期刊论文的重要工具，可免费检索MEDLINE、PREMEDLINE，部分记录还可链接到全文。特点 免费检索服务 检索词自动转换匹配 链接功能强大，部分记录能链接到全文登录入口 /Medline 收录了1966年以来全世界包括美国在内的80多个国家的5000多种生物医学期刊，内容涉及医学的各个领域、牙科学、护理学、

7、兽医学、保健系统和基础医学。数据库中大多数记录为英文或具有英文摘要。 PubMed-indexed for MEDLINEOLDMedline 收录1946-1965年的约200万条记录。没有摘要。 PubMed-OLDMEDLINE for Pro1966 In Process Citations（PreMedline）临时医学文献数据库 收录PubMed中未经标引的最新记录。经过主题词、文献类型、基因库存取号等加工索引后，添加到Medline数据库中，并从PreMedline库中删除。 PubMed-in processPublisher-Supplied Citations 出版商直接提

8、供的文献，每条记录都标有 PubMed-as supplied by publisher。 数据库结构AB-Abstract LA-Language AD-Affiliation 第一责任者的工作单位、地址 AU-Author Name 著者姓名ALL-All Fields Pubmed可供检索的全部字段 CY-Country PT-Publication Type DP-Publication Date SO-SourceEDAT-Entrez Date TA-Journal Title Abbreviation GS-GeneSymbo TI-TitleIS-ISSN UID-Unique

9、 Identifiers备注：检索词字段标识符如：AB、TI、AD逻辑运算符 支持逻辑运算符“AND”、“OR”、“NOT” （运算符不区分大小写且前后都要有一个空格） 如：common cold AND Vitamin C字段限定符 检索词字段标识符 如：cancerti词汇自动转换 MeSH Translation table(MeSH转换表) Journals Translation table（刊名转换表） Phrase List（短语表） Author Index（著者索引） 检索词自动对照上述四个表中进行词语的匹配查询，直到找到合适的词。 注：如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配

10、的词时，PubMed就将短语分开，再重复以上顺序单独分别查找，直到找到相匹配的词。如果仍找不到匹配词，则用AND 将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找。如： single cell 系统会自动将其分成两个词：single和cell检索，其检索表达式为：“single AND cell ”。强制检索功能 强迫短语检索，在检索词上加双引号，将不执行自动转换匹配和扩展检索. 如： “single cell”（单个细胞） “oxygen free radicals” （氧自由基） 系统将作为一个不可分割的词组进行检索，使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能。 截词检索功能 输入bacter *，检

11、出bacteria、bacterium等 不执行转换功能 截词检索只限于单词，对词组无效 如输入“infection *”，能检出“infections”，但不包括“infection control”等基本检索主题词检索其他检索基本检索框 在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“词汇自动转换功能”。 例如：检索肺肿瘤 (lung cancer)方面的文章。 在检索框中输入：“lung cancer”，再点击“Go”按钮。 PubMed将自动地利用它的“词汇自动匹

12、配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“lung cancer” 将自动转换为： lung neoplasmsMeSH Terms OR (lungAll Fields AND neoplasmsAll Fields) OR lung neoplasmsAll Fields OR (lungAll Fields AND cancerAll Fields) OR lung cancerAll Fields输入检索词检索结果检索结果显示方式设置检索结果按年度分析相关检查在题目中检索的结果在PubMed Central中免费获取全文在其他数

13、据库中查询相关数据详细检索表达式最近操作记录检索结果概览页面检索结果的过滤与限定文献类型文本选项出版日期物 种语 种性 别子 集期刊类别 年龄组检索字段标签检索结果显示方式设置检索结果保存方式检索构建器检索历史高级检索界面检索式编号清楚历史检索式检索出的篇数检索时间匹配过程检索词转换明细系统经词汇自动转后的详细检索式检索式1、查找转基因动物（Transgenic Animal）的基因（genetics）的临床试验、meta分析和随机对照试验方面的文献。2、查找南京医科大学（NANJING MEDICAL UNIVERSITY）流行病学教研室沈洪兵在Cancer Letters上发表的文章。 医

14、学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相互关系。基本概念 主题词表：PubMed采用的主题词表是美国国立医学图书馆的医学主题词表(Medical Subject Headings，简称MeSH) 。 MeSH ：是美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表。它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表。美国国立医学图书馆以它作为生物医学标引的依据，编制医学索引（Index Medicus）及建立计算机文献联机检索系统MEDL

15、INE数据库。MeSH汇集约24，357多个医学主题词(2007年)。 副主题词：又称限定词(Qualifiers)，与主题词进行组配，对某一主题词的概念进行限定或复分，使主题词具有更高的专指性。如诊断（Diagnosis，DI）、药物治疗（Drug Theray，DT）、血液供给（Blood Supply，BS）等。正确选择副主题词也很关键。例如肺发育不全，输入主题词“肺”后，在副主题词菜单中选择“畸形”表示发育不全；再例如，双子宫 用 子宫/畸形 检索。优势 准确性（准确揭示文献内容的主题）和专指性。标引（对文献进行主题分析，从自然语言转换成规范化检索语言的过程）人员将信息输入检索系统以及

16、检索者(用户)利用系统内信息情报这两个过程中，以主题词作为标准用语，使标引和检索之间用语一致，达到最佳检索效果。医学主题词表数据库(MeSH Database) 利用主题词进行检索方法:1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面；2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词；3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口；5、点击Search PubMed将显示检索结果。检索框主题词轮排表主题词主题词注解所有可选副主题词限定作为主要主题词检索不扩展检索该主题

17、词所替代的非规范词形式主题词树形结构表：显示该词的学科隶属关系1、选择副主题词2、选择和组配方式点击Search Pubmed完成检索检索结果页面（默认为题录格式)主题检索举例查找醛糖还原酶抑制剂（aldose reductase inhibitor）预防糖尿病肾病（Diabetic Kidney Diseases）的方面文献。 引文匹配器（Citation Matcher）已知一篇文献的简单题录信息，可通过引文匹配器“Single Citation Matcher”查找到详细的信息。 输入题录信息，查找特定文献进行补缺。 刊名要准确，缩写也要标准。 姓名为姓的全称加名字的首字母缩写。 例：查

18、找南京医科大学（NANJING MEDICAL UNIVERSITY）流行病学教研室沈洪兵在Cancer Letters上发表的文章。期刊名输入框作者名输入框篇名执行检索期刊数据库（Journals in NCBI Database）查找某一期刊上发表的文章。 通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文献。 提供电子原文的超链键。 1: Scott JA, Horner TG, Leipzig TJ. Retrograde suction decompression of an ophthalmic artery aneurysm using balloon occlusion. Technical

19、note. J Neurosurg. 1991 Jul;75(1):146-7. PMID: 2045901 PubMed - indexed for MEDLINE 已知期刊缩写：J Neurosurg 要求查找出其全称及出版情况 查找刊名中包含immunology的所有期刊浏览全部期刊 点击屏幕中部的LinkOut jourals lists，可获得PubMed收录的全部期刊列表，按英文字母顺排列。依据此列表可以了解Pubmed的收刊情况以及录入这些期刊的电子出版商的网址。浏览全部期刊列表五种方式进行输出 保存到文件中（file） 保存到剪贴板（clipboard） 保存到收藏夹（colle