生态样本制备及DNA提取方法

1、超实用干货！生态样本制备及超实用干货！生态样本制备及 DNA 提取方法提取方法2016-07-15 姚美玲 诺禾致源“众里寻她千百度， 蓦然回首， 那人却在灯火阑珊处”苦苦追寻的她小编为您找到啦 今天小编要带大家共同解密常见生态样本的取样方法以及 DNA 提取方法，让你的生态样本制备轻松在握，不再成为你的困惑，赶紧来看看有没有你关注的生态样本类型吧！常见生态样本一览表常见生态样本一览表1.1. 普通土壤普通土壤1） 取样方法取样方法根据研究目的确定采样范围，取样器具要事先消毒灭菌处理。采样时应去除表面浮土，使用乙醇火烧的铲子挖取地下 520cm 的土层，去除可见杂质后，土壤过 2mm 筛网。每

2、个样品从 3 个或以上采样点采集并混合，去除杂质后，每 510g 分为一份，保存于无菌离心管中，置于 0以下运回实验室，用于抽提 DNA。如不能马上实验，置于-80保存。2） 提取方法提取方法手工提取参考文献：手工提取参考文献：Clegg C D, Ritz K, Griffiths B S. Direct extraction of microbial communityDNA fromhumified upland soils J.Letters in Applied Microbiology, 1997,25(1):30-33.推荐试剂盒：推荐试剂盒：MoBioPowerSoilDNA

3、Isolation Kit2.2. 根际土壤根际土壤1）取样方法）取样方法取样器具要事先消毒灭菌处理，采集 20cm 深的根际土壤置于 50mL 的无菌管里，迅速放在液氮里储存，用 20 目的筛子过筛，去除植物根、动物残骸以及其他杂质后分装到无菌离心管里，每管 35g，密封后立即放于-80储存备用。2）提取方法）提取方法手提方法可参考：手提方法可参考：1Niemi R M, Heiskanen I, Wallenius K,et al.Extraction and purification ofDNA in rhizosphere soil samples for PCR-DGGEanalys

4、is of bacterial consortia J.Journal of Microbiological Methods, 2001,45(3):155-1652 Wang J, Wu G, Li W,et al. A DNA extraction method used for evaluationof diversityof the plant rhizosphere microbial communityJ. 2013推荐试剂盒：推荐试剂盒：MoBio PowerSoilDNA Isolation Kit 或 MoBio PowerSoil High-ThroughputDNA Is

5、olation Kit3.3. 水体水体1） 取样方法取样方法根据研究目的确定采样深度和范围，采集好的水样需要通过滤膜进行过滤，可以根据水样的浑浊程度选择相应孔径的滤膜，之后置于-80保存备用。清亮水样清亮水样：可选择小孔径的滤膜，一般选 0.22m 或 0.45m 的滤膜，过滤水样体积大于 10L；浑浊水样浑浊水样：过滤前静置分离悬浮颗粒，也可以用大孔径的滤膜预过滤一遍，再用小孔径的滤膜进行过滤。2）提取方法）提取方法手提手提 DNA 可参考文献：可参考文献：1 Arumugam R, Chan X Y, Yin W F,et al. Metagenomic analysis ofMicro

6、bial Diversity of Tropical Sea Water of Georgetown Coast, Malaysia J.Life Science Journal,2013, 10(3).2 Shi P,Jia S, Zhang X X,et al. Metagenomic insights into chlorinationeffects onmicrobial antibiotic resistance in drinking water J.WaterResearch, 2013,47(1): 111-120.推荐试剂盒：推荐试剂盒：PowerWaterSterivex

7、DNA Isolation Kit (MoBio, USA)4.4. 活性污泥及海洋沉积物活性污泥及海洋沉积物1） 取样方法取样方法活性污泥活性污泥：从曝气池中取 25mL 悬浮的活性污泥样本放入无 RNA 酶的管中，迅速放入液氮并运送到实验室提取 DNA；地表沉积物地表沉积物： 取距地表 0-10cm 的地表沉积物， 每个位点取 1-2kg 的沉积物装入消毒聚乙烯塑料袋中，立刻置于 0运到实验室进行 DNA 提取。2） 提取方法提取方法推荐试剂盒：推荐试剂盒：FastDNASpin Kit for Soil (MP Biomedicals, USA) 或 UltraCleanMega Soi

8、lDNA Isolation kit(MoBio，USA)进行提取并利用 PowerClean DNA Clean-Upkit (MoBio，USA)进行纯化。注：每个样本提取两次并将提取好的 DNA 混为一管以减少 DNA 提取的潜在偏好性，参考 Cai L, Yu K, Yang Y,et al. Metagenomic exploration reveals highlevelsof microbial arsenic metabolism genes in activated sludge andcoastalsediments J.Applied microbiology and b

9、iotechnology, 2013,97(21): 9579-9588.5.5. 植物内生菌植物内生菌1） 取样方法取样方法用流水冲洗植物根样本表面并摘掉小侧根， 粘根土壤粒要进行化学消毒 （95%的次氯酸钠 2min），用无菌玻璃珠在无菌水中剧烈摇晃，物理去除细菌。之后用手术刀片划开根部组织以释放内生菌，用无菌玻璃珠在 9%的生理盐水中振荡，在 30的条件下振荡 4h 以分离内生菌，之后用 5m 滤膜过滤，15000r，4离心收集沉淀并置于液氮中保存。2）提取方法）提取方法内生真菌样本内生真菌样本 DNA 提取参考文献：提取参考文献：Sessitsch A, Hardoim P, Drin

10、g J,et al. Functional characteristics of anendophytecommunity colonizing rice roots as revealed by metagenomicanalysis J.Molecular Plant-Microbe Interactions, 2012, 25(1): 28-36.内生细菌样本内生细菌样本 DNA 提取方法参考文献：提取方法参考文献：Shi Y W, Yang H, Zhang T,et al. Illumina-based analysis of endophyticbacterialdiversity

11、 and space-time dynamics in sugar beet on the north slopeof Tianshanmountain J.Applied microbiology and biotechnology, 2014,98(14): 6375-6385.6.6. 空气空气1）取样方法）取样方法（采样使用的器具要每天进行更换，并且使用 75%的酒精进行洗涤）a.收集目标区域的空气微颗粒，采用不同孔径大小的无菌滤膜进行目的颗粒的筛选，如果不分颗粒小大，可直接选取最小孔径的无菌滤膜进行过滤，以保证空气微生物最大程度上被过滤下来；将过滤好的无菌滤膜迅速密封，置于-80条件

12、下进行保存；截取适当大小的滤膜放在含有 1PBS 缓冲液的 50mL 离心管中，于 4条件下，用200g 加速度离心 3h；最后温和漩涡处理，使用 0.2m 的 Supor200 PES Membrane Disc Filter 过滤重悬液后待提取。2） 提取方法提取方法手提可参考文献：手提可参考文献：1 Jiang W, Liang P, Wang B,et al.Optimized DNA extraction andmetagenomic sequencingof airborne microbial communities.J.NatureProtocols, 2015, 10(5):

13、768-792 Yooseph S, Andrews-Pfannkoch C, Tenney A,et al. A MetagenomicFramework for the Studyof Airborne Microbial Communities J.Plos One,2013, 8(12): e81862；推荐试剂盒：推荐试剂盒：MoBioPowerSoil DNA isolation kit7.7.物体表面物体表面1） 取样方法取样方法将所研究的物体放在事先灭好的无菌容器当中，加入 PBS 缓冲液后进行振荡，使得微生物从物体表面充分的脱落并聚集在 PBS 缓冲液当中， 之后直接提取 PBS 缓冲液中的微生物或者将缓冲液用滤膜过滤之后再进行 DNA 的提取。2） 提取方法提取方法提取具体流程可参考文献：HewittK M, Gerba C P, Maxwell S L,et al. Office space bacterial abundanceand diversityin three metropolitan areas J. 2012.今天小编就先为大家整理到这里， 不知道是否解开了你心中的疑惑呢？如果你有更棘手的样本不知该如何处理就请积极留言吧，