05多位点序列分析(MLST)分析

1、北京中科助腾科技有限公司中国区 Bionumerics 中文版唯一的总代理多位点序列分析（ MLST）分析多位点序列分型的原理： MLST 方法一般测定 610 个管家基因内部 400600bp 的核苷酸序列，每个位点的序列根据其发现的时间顺序赋予一 个等位基因编号，每一株菌的等位基因编号按照指定的顺序排列就是它的 等位基因谱，也就是这株菌的序列型（ sequence type ，ST ）。这样得到的 每个 ST 均代表一组单独的核苷酸序列信息。 通过比较 ST 可以发现菌株的 相关性，即密切相关菌株具有相同的 ST 或仅有极个别基因位点不同的 ST， 而不相关菌株的 ST 至少有 3 个或

2、3 个以上基因位点不同。多位点序列分析（ MLST）分析多位点序列分型 （MLST）是一种分子分型技术， 通过该技术， 通常会对 部分精心挑选的管家基因（位点）进行测序。在典型的 MLST 方法中，重组的发生频率要比点突变高得多。因此，人 们不会研究菌株之间的总的序列相似性。相反，而去筛选给定位点的每个 序列与该位点的已知序列的相似性。如果序列不同，则将其视为新的等位 基因，并为其分配唯一的（任意）等位基因编号。如果研究了七个管家基 因，那么每个菌株的特征就是七个等位基因的图谱。等位基因图谱可被认 为是由 7 个分类字符组成的字符集。 MLST已成功用于研究种群遗传学和流行细菌和其他微生物的重

3、建微观进化Bionumerics 中的 MLST 分析Applied Maths 公司通过使用最小生成树为 MLST 数据的分析做出了贡 献（请参阅 L. Vauterin 和 P. Vauterin.综合数据库和分析。 在 E. Stackebrandt， ED，分子鉴定，系统学和原核生物的种群结构中。 Springer-Verlag Berlin Heidelberg ，2006 年，以及许多研究文章） 。 MLST 插件 的使用，使 BioNumerics 软件被广泛用于 MLST 序列的存储和分析。 BioNumerics 会自 动分析一批序列跟踪文件，连接到在线 MLST 数据库，检

4、索相应的等位基 因编号，序列类型以及可用的克隆复合体信息。 BioNumerics 可以在几秒 钟内处理数百个分离株。 结果被存储在数据库中， 并可使用 BioNumerics 非 常好用的分析工具进行统计和种群分析、聚类、分组、鉴定。MLST 数据库的简易配置MLST 数据库可以轻松设置，例如大肠杆菌、肠炎沙门氏菌、肺炎克雷伯菌、弯曲杆菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌或可从在线存储库（例如 或 网站）获得的任何其他生物，只需从列表中选择生 物即可。 BioNumerics 可以在本地下载等位基因，剪切位置和 MLST 类型， 并在启动时更新其数据库，或从 Web 服务获

5、取每次分析的数据。或者，用 户可以设置自己的 MLST 框架。配置框架全自动的处理流程：自动从各种来源 （AB、Beckman、Amersham 、FASTA）导入和拼接一批 测序跟踪文件；使用解析规则将文件名解析为菌株和基因信息。使用开始和停止标记自动剪切一致性序列，并按正确的方向放置 序列拼接完成后，将显示预览报告，列出每种菌株 / 基因组合的状态。 双击有问题的 contig 以显示详细信息窗口。 双击一个特定的问题以打开选择问题位置的拼接窗口。 对于每个问题位置，显示最接近的现有等位基因和建议的碱基 - 通过谱 图易于验证。可以通过与 MLST服务器数据库的实时连接或与本地存储的等位基因数 据库进行比较（更快）来识别等位基因和 MLST 类型。在后一种情况下， 本地数据库可以在启动时自动更新。自身菌株的等位基因和 MLST 类型信息存储在数据库中， 可以随时更新 以选择菌株。 BioNumerics 将提示在 MLST 服务器数据库中发生的等位 基因/ MLST 类型定义的任何更改。使用标准或自定义优先级规则以