中心WRF使用指南

1、中心 WRF使用指南1、 以下内容中hpc-user表ZF用户已开通的局性能帐号；login node表不不同分区登录节点；2、 在编译节点也可以提交任务；3、 文件及文件夹命名方式仅供参考；4、 在作业提交之前， 建议使用者熟悉Linux操作的几个常用命令 （例如：vi或vim、cd、mkdir、Is、pwd等）和WRF建模。作业提交 1、在电脑上用Xshell客户端（或其他类似软件）登陆高性能账号，若不知道自己的 高性能帐号在哪个分区，登陆帐号以后输入：pwd ,可以看到如下图，home-后面的 就是高性能帐号所在的分区（图中为YW分区）：nsyw21 l_LZGycn24pwd/horn

2、e-yw/i2sers/nsyw211 LZ-2、如需直接提交作业,在高性能账号下创建放计算任务的文件夹test/run-12/wrf （该名称可以根据自己习惯命名）：rnkdir -p test/run-12/wrf3、用FTP工具登录高性能帐号，将计算所需的算例文件通过XFTP上传至账号目录下test/run-12/wrf :D /test/wrf/run-12名称；ETAMPNEWDATADBL5CliGENPARM.TBL261 BUljHLC.TBLcJIki LAN DUSE.TBL2$UliMPTABLE.TBL4efl R.EADME.namelist14CR.EADME.ra

3、sm_diagREADME.tsl：st RRTMG_LW_DATA82E4、切换至Xshell界面，进入算例文件夹中：cd test/run-12/wrf 5、创建或拷贝提交作业的脚本文件wrf-4.0_YW.lsf（也可在Windows系统写好以后 用FTP工具上传；现以YW分区直接从公共目录中拷贝为例），WRF软件脚本的路 径在/home-yw/soft/jobscripts/中。先查看脚本是否存在,图中wrf-4.0_YW.Isf即为所 需脚本：nsywl45_QLLi9ycn24 $ Is /home-yiv/soft/jobscripts/ Gaussianfi9D91 VASP5

4、.4.1g romac s - 515_YW, Is fMOLPROcp2k-6.l_YW.lsflaranps -2018Ma rl6_YW. 1stM5gr omac s-2018.4_YW. Is f laranps 2019 Au g07_YW. Is fnsywl45_QLUgycn24| 6、采用您最熟悉的方式将上述脚本拷贝至需要提交任务的文件夹中（注意 cp后.J J前有空格）：nsyw211_LZycn24 run-12$ cp /home-yw/soft/jobscripts/wrf-4 0_YW.lsf / 7、修改模板脚本:vi wrf-4.0 YW.lsfnamd-2

5、11_YW .Lsfqe-6.3_YVI .1stnamd-2.12_YW.lsf wrf-4.5_*YWAsfnwchera-6. &_YW. Is f -&输入字母i,进入编辑模式。脚本内容如下，部分内容需要根据况进行修改：1、APP_NAME=intelY_mid为提交作业计算的队列， 不同的分区、 不同的核数所使 用的队列不相同，参见各分区提交作业脚本及队列说明；2、NP=12为计算该作业设置的核数”可以根据任务的需要进行修改。 除FN分区 外，其他分区每个节点12核（FN分区32核），需要跨节点并行时,建议使用12的多倍值（新节点除外）O#!/bin/bashAPP_

6、NAME=intelY_midNP=24NP_PER_NODE=12RUN=”RAW”CURDIR=$PWDsource /home-yw/soft/envdir/wrf-4.0.shmpiiun -np $NP 9、按下键盘上的esc键后,输入“q保存脚本文件,并退出。10、将脚本文件转换为UNIX格式（如从Windows系统上传的话必须要转换，不然提交作业时会报错； 若直接拷贝公共目录中的脚本， 并在Linux环境中进行修改， 则 可以省略步骤10、11。若提交作业的脚本名称不为wrf-4.0_YW.lsf，则需要修改为对 应的脚本名称）：dos2unix wrf-4.0 YW.lsf11

7、、 赋予脚本文件可执行权限：chmod +x wrf-4.0_YW.lsf12、 用bsub命令提交作业脚本：bsub wrf-4.0_YW.lsf13、如果提交正确，则会出现如下内容（其中Job后面的数字为：JoblD,每个任务 的JoblD不一样,可根据JoblD查看该任务情况,出问题时,请及时告知JoblD， 保 留计算的输出文件）：nsyw21 l_LZiycn24 mn-12 bsub wrf-4 0_YW.lsf Job Is submitted, co queue.14、查看任务是否计算完成；可以使用bjobs命令（当出现：Done successfully. TheCPU ti

8、me used is xxxx seconds说明计算结束）：bjobs -1(nsyw211-LZ?ycn24 run- 12S bjobs -1 333926815、任务计算结束后，可以查看输出文件z检查任务是否计算成功（作业脚本中指定的输出文件）：Job3339268”USMThuJan 16 17:38:03ThuProject:ApplicacionStacusrQueuerJ-ob Erloxlvy rComro and lstSubmittedfromhoserCWD.OutputFilez/home-yw/users/nsyv21lLZ/test/wrf/ run-12/out

9、pue.%JrNoelfy when 30b ends, 24Processor 5 Requested Requ皀皂d Resources ;Started on 24 Hosts/Processors ,Executiion Home ?ExecutX9nCWD 1188 elapsecS secondsTiming for mziin: time 2QISi-07-0_2 3 : 5:on donialn1:4 51441 elapsedTinlfia E Mini tiae 20L5.-07-08_2 3 ； 572 00 6R d&ftAin1!4.L1910 elapsed

10、 see&ndsTimina for mam: time 201S-07*08_23:57:36 on domain 1: 05819 elapsed secondsTiming tor main: time 2OLS-O7-0S 2 3 :S&: 12 on docmaxn1:4.14991 elapsed scconcisTisiiMtlftie 201S-07-08_23:58i 48 Oft1:4.23-440 elapsedTuning tor mains tune 20157-03_23;59;2弓on domain1;哎.28035 elapaedl second

11、sTunxag for main: time 201500:0&: 00 on doroaxn1:4 .&S4S4 elapsed! secondsTuning f&r Writina urfout_d01_201&-07-09_00:00:00 for donam1116 042S8 elapsed secondsi-1doi 50is0-0d_0d:do：od| wrf: SUCCtSS COMtlXTt WftFnsyw211_LZ8ycn24 ruR-lSTSTT二、短时间使用软件相关命令1、WRF软件安装完成后会生成如下可执行文件:(AH_ABS0TA

12、ETAMPHFW_DATA_()BIaerosoljon .formattedozone, fonwattedCAM_AF商PT_DATAGEMPARN.TBLaero$ol_plev format tedozone_lat. formattedc AM? r_volunip_niix lng_rat lo. A1BHLC.T8Ltxilkdens .asc_s_e_93_9_9ozone_plev foniiatledCANtr_volunip_nitx ing_rat lo. A21 AWMJSF.TBLtxilkradii.asc s 6 93 i 9p3_l ookup_table_l

13、 .dat-v2.8.2f AKtr_voliinip_nilx ing.rat io. RCP4.c MPTABLE.TBLcapacity .ascp3_l ookup_t able_2. da t - v 2.8.2CAMlrvcltimpniix ing_rat io RCP6RFN)NF.nMBelistco2_t racisreal.exef AHtrvolunipnitx ing_ratio. RCP8.c RFM)NF. rasni_dldgcoeff_p .ascrsl.error.0066C(JI_AEVATEBTNRFADNF.tSllStcoeff_q .ascrsl.

14、oiit .0606C LN_ALB_TCE_DF5_D AT ARRTHG_LW_DATAconstants.asctc.exeCLH_AI B_ICE_DRC_DATARRTM6_ULDA_DBIcr“2_p3_lookiipTable_l f9Etemvels.asc(LM_ASM_ICF_DF5_D AT ARRT也SW_DATAgrlb?nap.tbl49167CLLASM_ICE_DRC_DATARRT也SW_DA_DRLgrlbnap.txt49185CLMDRDSDTflDATARRTHDATAkenwls .astr67t85C LM_EXT_ICF_()FS_D ATARR

15、TH_DATA DBLkernels_2 aswlnd-tu rt) )lne-l tblC LN_FXT_ICE_DRC_D AT ASOILPARH.TBLiiasses .as( (wrf.exeCLMKAPPADATA(JRRPARN.TBLnanelist.inputwrfoti 1_dei_28巧: 60:06CLM_TrtJ_nATA(JR8PARN_UZE.TBLnaiielist. input .backup. 2019-09-65_16_f)9_?8 rf OU t_dei-2615-97-98_01:60:66FTAMPNAi DATAVEGPARN.TBLnaiiellst. inpit.backup. ?019-e9-e5Z15Zi?Z19wrfou t-d61-2015-97-98_O2:06:66FTAHPNFVi DATA.expandedrdinaerosol, fo mat tednanelist.outputFTAMPNFW DATA.expanded rainDBIaero$ol_lat. fornMttedndown.exe 2、若需直接使用WRF软件的可执行文件进行短时间文件处理或操作,必须进入编 译节点/ssh +编译节点IP/名称。3、需把脚本中关于WRF的环境变量拷贝/添加至账号的bashrc文件下即可（以YW分区