最新Diamond基础操作指南(大全)

1、精品文档精品文档Diam ond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。Diamond整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据 冗长的工作，不仅适用于研究和教学， 同时也可以应用与出版和作报告。1.配合物分子结构的绘制(1)双击diamond快捷方式，进入主程序。打开数据.cif文件，程序将出现一系 列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面StartLMUMKriantHi *-M K13n-Mkiiii.«aj Be dzAH LEWFi mH bi.

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3、lD74D(2)在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原 子组去掉(如Cd-C Cd-H)，并根据已知键长范围设定原子组，如下图 Cd-0键 最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。Cnnnect i vi tySelect atom group Qair(s) to be con仃&匸tui;At.grpa#3 At .grp.设定原子间是否成摆1帕02画1340 Z.7OTCd0L 4401-440B-44Dh 軽 DMas 基兴CmcdConnect hk刖Bonding sphereSelected dtmn group pdk

4、; Cd - O设定最犬最小成键范围帥in A;l.HOCMoj 旳:2.70回st盘瀟器Diet anc&s7 calculatBd:ii111 !11111!11i111 !1:111111111 i111 I111111111111111123出彩(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中 的原子(未键连)。4*3 '头 3U：Iuh 0Eluv "J片a Jah ffiratov 卄D U M Utt 牛 旳 弊翟独IE耳巴屉It 4E* 4 M < fiRru 旳 FlliTTTtr nr.w-vrwri7ti4JUE汕

5、 E：讪L(M匚 Alia? HTwdUOXHjMDn2LCrwdHl tmri>jj£Or0C*iQJUmLiMEkrdhb*aTwl-EaiWaI*0Pfti+wiijn Fjr50Dvldrcai3L呻r dheh47Htad'K*KQEJnrhMrvriprr!(4) 在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子刖若挑钩 则表示其在屏幕中会正常显示出来。如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显 示出来。在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将 H原子的钩去掉。wtom groupsCdo.lJ.INrfFilterAtom

6、stes From parameter ht:Mark all Moms 在原子前方框中#未 j Unnwrkoll如E5 |挑钩的原子将不显 岀来ftavais tr3 仃 slations:011+<0.0；0)Mark all11 y,:*j|2: -Xj O.&l-yj 0.5-z3: % -yt 'Z4: xt 0.5-y, 0.5+2Symmetry operations:Uimark 对 ICancel（5）配位环境图的绘制。选择屏幕左下方的连接原子按钮，将（3 ）中孤立的原子连接起来。由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模

7、式按钮，将另外两个三唑长出来。对于配位环境图中的非碳原子需标 出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按 钮。如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。注意对后长出来的与金属离子直接相连 的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相 应的对称操作记号。如 N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2在.txt文件中对应的操 作码符号为#1,则该原子在标注时为N2A。L.却问AUlLum patAirhi >LiWiril>O D «曙.械.冈一沏mov&g

8、t; j还出 fl i we rt urv- rd£* C MKiHii. ungoiE M m mnEM 皿 2!HLEgIILallgIBr aoooo-a-NNKNNHHHMMCC7 6 5 J- T 7 口:LLmuR3Q33arllaMlEil".NIBEdL4 JUm. iHbrLxF« iviI.A11 n «卄I血3 i唤X 紳札Y崗艸 I4L -OtBeJ 0-5啊1炳艸0 5S*r：1 utoiMai' uriddaf|餌| 叶耐I-5*如 nWM-rindm .alnpLiM Mwi|£«r殂.(6)原子

9、颜色与键长的修改，在picture菜单下的Atom Design和Bo nd Design选 项。QN-hti3-> ail 応Ssi.y«wU0>f4 . Dfla_.t* QiHniUtei =.IW?SUriDi Aii AnuNl百Mi »»>£.Dng*i.EnW-iRdTrir*7»?%.0655 flSS-'Nl咖皿d 吋z閒Lkw DaLrunVKh4JO<d(ilCr；Q 38也譌域-O 1 口 嘗屮111 li L F E *4* M < fi歴.M B S .仙护¥匸10 |

10、For Mth EHW Fl.MM(7)在画配合物的高维结构图的时候，需要使用补全原子配位模式按钮使配合物骨架不断生长，为避免程序反应过慢，请将屏幕下方的Represe ntation setti ng中的Rendering前的对钩去掉。> 咖 C=HffiuLuvIJAJFjpvw Jjxh 査Rm 卄ES便用补全脈子比谊樓式就让配昔詢丹架生萇l*r*"ri0 lAl'> «ffRqMK*IirhrK ftmw rnnhrnL为巔免眾图中计 算机反应述慢关闭"m* riMviv4H*.wXTflFiiJTi g 二 W»GCiuw Iwdi Hgr如 畑酣容.Mil沁TmhtnflkBMBg IM.iM(8)将(7)中无序的平面图按照一定的排列规则裁剪出来。(使用鼠标左键选择与键盘Delete键配合)其中坐标系与文字说明部分可分别通过双击打开相应对话 框进行编辑。(10)使用图像旋转移动按钮，将配合物骨架图调整到易于观察的方向iiBuni - rtri iiHzaEi匚!宜承Mote pjnilias2£SYnhVifcY lALfiih-4riiiCd讪Eifltaxdr.0jMdnoni-Xijiwradtfflcb1D3