常见系统发育软件使用

1、常见系统发育软件使用方法Xie Lei BJFU1 Paup MP流程: Mac准备nex文件(interleave和noninterleave均可) 存入新建文件夹拖入paup或用paup打开 execute log file cstatus tstatus hsearch define outgroup roottrees savetrees describetrees contree(save to file) save pictbootstrap(save tree file) print bootstrap treesave pict. stop log.PC版操作，可将附录批处理文

2、件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。2 Paup ML 流程：Mac准备nex文件(interleave和noninterleave均可) 存入新建文件夹拖入paup或用paup打开execute从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型生成score file打开modeltest中的bin读取score数据生成结果文档存档并打开此文档AIC将begin paup的运算模块贴至原nex数据文件后面重新将其拖入paup运行选择ML运算模式hsearch打印树图save pict. bootstrap.PC版操作，可将附录5批处理文件内容粘贴至nex文件后面，exe

3、cute即可。3 Garli运算ML流程：准备nex文件(interleave) 存入新建文件夹拖入paup或用paup打开execute输出noninterleave文档（若直接是noninterleave上述过程省略，又如果是PC机paup，无菜单操作，可在paup命令行中输入附录1*的命令回车即可生成noninterleave数据）。使用noninterleave文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中内容删除）推荐精选新建文件夹存入按照流程2进行modeltest在苹果机上打开Garli导入数据把model定好run(切记此处不要激bootstrap选项)将上次运算数据拷贝

4、至一新建文件夹导入苹果版Garli激活bootstrap选项定好modelrun所有结果用paup软件打开save pict打开bootstrap树做50% majority rule contreesave pict.注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。数据格式：和算PAUP一样的nexus格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题：1 一定要noninterleave的数据，否则软件无法运算2 虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面内容在算之前全部删除为好。3 taxon名称中可以有下划线但是不得有空格，

5、逗号句点等，否则无法运行。Mac版GUI的菜单界面，只要有上述正确的nexus格式的数据文件即可运算。PC版Nex format plus a command file每次使用时拷贝一个软件的文件夹，将此文件夹重新命名（尽量清楚易查询）。将正确的数据文件拷贝到此文件夹下（与garli运行程序在同一目录下）。编辑命令文档（名称是garli），进行参数设置。完成后双击garli运行程序图标即可运算。4 Bayes 流程Noninterleave 文件贴运算程序到文件后面（见附录）将其拷贝至MrBayes文件夹下打开运行程序execute 文件名.扩展名运算结束后用paup运行源文件从.t文件中取树

6、burnin做50% majority rule contreesave pict.推荐精选5 r8s流程按照流程2进行modeltest按照流程2进行ML运算运算结束print tree检查这棵带枝长的树是否有分支长度为0的分支如果有在restore和delete taxa中将这些类群去除存储带枝长的树到file(nex格式) 将树的taxa名称更换为实际类群名称将树文件贴至运算模版（见附录）首先进行第一步cross validate得到smooth值替换smooth值再算一遍即可。注：r8s:该软件与BEAST不同，是对已存在的树进行操作，校订分子钟。算法为PL法。先选择模型算出一个ML树

7、（要带枝长），注意如果要用这个树算r8s要保证该树各个分支清晰，有较高的分辨率，没有0枝长分枝和polytomy。在这个树的tre的nexus文件上面编辑各种命令，然后输入r8s进行运算。一定要固定root，ingroup最好有一个以上的constraints.运算两次，第一次为cross-validation得出smooth value，第二次再设置这个值算出最终结果。6 BEAST流程Noninterleave 文档 BEAUTI打开 定义节点基本设置化石点标定生成xml文档BEAST打开运算运算完成Tacer打开log文件TreeAnnotator打开树文件生成out文件Figtree打

8、开out文件。7 DIVA在数据文件中确定树形，标注分布区，然后运算1 open DIVA2 proc filename.txt;3 optimize;Batch: optimize maxareas=8 weight=0.5 bound=200 hold=10000;推荐精选8 Haplotype network简明流程：1、NETWORK 4.5用DNASP软件打开fas或者nex文件 另存为Roehl File Format文件（rdf格式） 用NETWORK打开 进行编辑（更改名称、连续的gap合并、添加删除序列等）后保存 选择Median Joining进行calculate net

9、work 在新出现的窗口中导入rdf文件（也可以在这一步直接导入noninterleave的nex文件而省去以上步骤，但是不能重新编辑） 设置参数后进行计算，生成out格式的输出文件 选择draw network，在新窗口中导入out文件 按照提示就可以生成network图，保存fdi文件或可另存为bmp或者pdf文件。2、TCS 1.21准备noninterleave的nex或者phy文件 导入TCS 设置Parsimony Limit或Fix connection Limit，并定义gap后点击run 运行完成后就会自动生成network图，编辑后保存GML文件或可另存为postscrip

10、t 或者PICT文件。9推荐使用：Mega 5. 全能系统发育分析软件，从序列校对到系统发育分析、分子钟、性状演化、居群分析全能做。Mesquite 2.7 也很全能，但是主要还是做性状演化分析。McClade是其收费版。TNT是原来的Hennig86，做系统发育分析。PAST十分强大的统计软件，居群分析，分类学的morphometric分析很好。S-DIVA川大开发的带统计功能的地理分析软件。建议访问：/phylip/software.html附录1.最大简约法分析批处理文件1.begin PAUP;log file=hsea

11、rch1.log;set autoclose=yes;推荐精选set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes nchuck=200 chuckscore=1;savetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file=hsearch1.

12、best.tre;gettrees file=hsearch1.best.tre;contree all/majrule=yes treefile=contree.tre;log stop;end;2.begin PAUP;log file=hsearch1.log;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=ye

13、s;savetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file=hsearch1.best.tre;gettrees file=hsearch1.best.tre;contree all/majrule=yes treefile=contree.tre;log stop;end; 2的策略较好，是hsearch中首选，而如果此程序运算时间太长则用上面一个程序。本实用方法只提供hsearch，而branch and bound和exhaustive方法省略。附录1*推荐精选export

14、 format=nexus interleaved=no file=temp.txt （此为生成noninterleave文件命令）附录 2. ILD分析;endblock;charpartition dna=ITS:1-848,trnLF:849-3051;begin paup;set criterion=parsimony;log file=iscap.hom;hompart part=dna nreps=100/addseq=random;hsearch swap=tbr;endblock;附录 3. Bayes分析1. 单一模型begin mrbayes;lset nst=6 rate

15、s=gamma;mcmcp ngen=2000000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrlens=yes filename=P_combined;mcmc;sumt filename=P_combined.t burnin=2000;end;Begin mrbayes;2. 多模型begin mrbayes;charset its=1-622;charset trnlf=623-1696;推荐精选charset matk=1697-3221;charset chs=3222-4406;charset psbm2trnd=4407-550

16、6;charset psbm=5507-6279;charset gpd=6280-6972;charset LFY=6973-8426;partition Names = 8: its, trnlf, matk, chs, psbm2trnd, psbm, gpd, LFY;end;begin mrbayes;The following lines set up a model in which all four genes have their unique GTR + gamma+ propinv modelset partition=Names;prset ratepr=variabl

17、e;lset applyto=(1,2,3,4,5,6,7) nst=6; lset applyto=(8) nst=2 rates=gamma;unlink shape=(all) pinvar=(all);end;begin mrbayes; mcmcp ngen=100000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrlens=yes filename=solms8mys; mcmc; sumt filename=solms8.t burnin=3000;end;推荐精选3. 带支长contree的运算batchbegin mrbayes

18、;log start filename=cp.log;mcmc filename=cp ngen=2000000 samplefreq=100;sump burnin=5000 filename=cp printtofile=yes outputname=cp.sump;sumt burnin=5000 filename=cp contype=allcompat;log stop;end;附录4. bootstrap分析begin paup;log file=bootstrap.log;set maxtrees=100 increase=auto;set criterion=parsimony;set root=outgroup;outgroup 56 57;bootstrap nreps=1000 conlevel=50 treefile=bootstrap.tre keepall=yes cutoffpct=50/start=stepwise addseq=random nreps=100 sav