5基因克隆的几种常用方法

1、基因克隆的几种常用方法基因(gene)是遗传物质的最基本单位，也是所有生命活动的基础。不 论要 揭示某个基因的功能，还是要改变某个基因的功能，都必须首先 将所要 研究的基因克隆出来。特定基因的克隆是整个基因工程或分子生物学的 起点。本文就基因克隆的几种常用方法介绍如下。1根据已知序列克隆基因对已知序列的基因克隆是基因克隆方法中最为简便的一种。获取 基因序列多从文献中查取，即将别人报道的基因序列直接作为自己克 隆的 依据。现在国际上公开发行的杂志一般都不登载整个基因序列 而要求作者在投稿之前将文章中所涉及的基因序列在基因库中注册 拟发表的文章中仅提供该基因在基因库中的注册号(accession

2、number), 以便别人参考和查询。目前，世界上主要的基因库 有：(1)EMBL,为设在欧 洲分子生物学实验室的基因库，其网上地址为http:/www ebi. ac. uk/ebihome, html;(2)Genbank,为设在美国国 家卫生研究院(NIH)的基因库, 其网上地址为 http:/www nebi nlm nih gov/web/search/index html;(3)Swissp ort 和 TREMBL, Swissport是一蛋白质序列库，其所含序列的准确度比较高，而 TREMB只含有从EMB库中翻译过来的序列。目前，以Gen ba nk的应用最 频繁。这些基因库是

3、相互联系的，在Gen ba nk注册的基因序列，也可能 在Swissport注册。要克隆某个基因可首先通过Internet 查询一下该基因或相关基因是否已经在基因库中注存。查询所有基因文 库都是免费的，因而极易将所感兴趣的基因从库中拿出来，根据整个基 因序列设计特异的引物，通过PCF从基因组中克隆该基因，也可以通过 RT-PCR克隆cDNA值得注意的是，由于物种和分离株之间的差异,为了保 证PCRT增的准确性，有必要采用两步扩增法，即nested PCRo根据蛋白质序列也可以将编码该蛋白质的基因扩增出来。在基因文库中注册的蛋白质序列都可以找到相应的DNA或cDNA序列。如蛋白质序列是自己测定的

4、，那么需要设计至少1对简并引物(degenerated primer),从cDNA文库中克隆该基因。以这种方法克隆 的基因必须做序列测定才能鉴别所扩增产物的特异性。另外，在基因克隆之后，如还要进一步做表达研究，所使用的PCR 酶最好不用Taq DNA聚合酶，而采用其他有自我检测(reading proof)功能 的酶，如pfu。这样可以避免由于扩增过程中出现的点突变或终止密码子 而导致整个研究结论的错误。2根据已知探针克隆基因这也是基因克隆的一种较直接的方法。首先将探针作放射性或非放射性标记，再将其与用不同内切酶处理的基因组DNA杂交，最后将 所识别的片段从胶中切下来，克隆到特定的载体(质粒、

5、噬菌体或病毒)中作序列测定或功能分析。这种方法不但可以将基因克隆出来，还能同时观察该基因在基因组中的拷贝数。但在探针杂交后，要注意高 强度(high stringent)漂洗，以避免干扰信号，即保证克隆的特异 性，同时节省时间。3未知序列的基因打靶根据已知序列进行基因克隆，多数是重复别人的工作，或者是在 别人工作的基础上继续自己的工作，因而不存在新基因的克隆过程。对 未知序列的基因克隆才是真正的创造性研究。3. 1随机引物法克隆未知序列基因随机引物PCR（arbitrar订y primed PCRAP-PCR首先被用于 基因组DNA 或RNA勺指纹图谱（fingerprint）分析，后来也有人

6、将这种方法用于克隆与表型相关的基因或mRNA该方法的理论依据是：表型受基因支配，在一个生物体发生了表型变化后，其基因组DNA很可 能发 生变化或出现不同基因的激活或关闭等；另一方面，如在寄生虫的发育过 程中，不同发育阶段的虫体所表达的基因很可能不同，如将不同发育阶 段的虫体mRNAl取出来，用单一引物（随机引物，其长度 不超过16 nt）对不 同时期的虫体mRNAS行扩增比较，即可找出导致表型变异的遗传学依据。 这种方法是一种 比较PCR,它要求至少有2种来自不同表型但又很类似 的基因组DNA或mRNAAP-PCF扩增后的 产物必须99%是一致的，只有个 别特异的产物出现在特异的表型个体中。该

7、方法对表型或种源关系相差甚远的生物个体之间没有比较意义（见图1）。图1应用AP-PCF法进行2种或多种表型特征类似的个体间指纹图谱分析或表型相关基因克隆箭头所指扩增带为特异于个体(H)的扩增产物AP-PCF的操作一般采用两步法，即前10个循环多以较低的退火温度(annealing temperature)进彳亍扩增，后20个循环则采用较高的退火温 度扩增。AP-PCR产物多较短，一般需高浓度的琼脂糖凝胶检测，也可用聚 丙烯酰胺凝胶检测。如扩增的模板为mRNA通过比较扩增产物的强度，可以得知该基因在2种生物或同一生物不同发育阶段 的 表达强度。另外，在AP-PCF检测到与某一表型相关的基因或基因

8、产 物(mRNA以后，下一步工作就是克隆出整个基因或mRNA主要操作程序为：(1) AP-PCR产物的提取、克隆及序列测定。首先将AP-PCF检测 到的特定片段从凝胶中切下，提取DNA克隆到适宜的载体内(如TA载 体），再测定其核昔酸组成。根据其核昔酸组成设计2个方向相反的引物 （P-1,P-2,见图2）。引物长度多在20 nt以上；退火温度在60C以上；（2） 将基因组DNA故适当酶切，然后在其两端连接上相同的接头（见图2,这种 接头可从生物制品公司购买）。根据接头的序列扩增。L1S32含WAP-PCR产物的特宦基因的扩曙与豆隆3. 2 Differe ntial display PCR（D

9、DPCR）DD-PCR是在AP-PCR基础上发明的一种RT-PCR方法，主要用于2种 或多种类似生物个体在基因表达上的差异分析。其基本原理是：所有真 核生物的成熟mRN都含有不同长度的poly+ （A）尾部序列，根据poly+ （A）内 部的2个核昔酸排列的不同，可以将所有的mRN分子分为12类（见图3）。常N1G TAAAAAAMr G MAAAW玄 C G JMAAAAAAL3G C AAAAAAAA -Tcmui wi，（ E电（3 AAAAAAAAC C AAAAAAAA 67 r AAAAAAAAA T AAAAAAAA 图3真核生物12种mRNA勺序列特点M NH1 yM Nmii

10、sn IW151 (nT汕 UUAAA, M.NTirirm 图4 DD-PCR示意图箭头所示为特异扩增产物根据这12种mRNA序列可合成12种相应的反转录引物，即M N TTTTTTTT-,用其分别进行反转录，即可将所有mRN分类合 成12种 cDNA于12个试管内），然后再用随机引物，以这12种cDNA分别做模板进 行PCR扩增（见图1和图4）,那么与表型相关的mRNA就很容易被发现并克 隆出来。但不论AP-PCF还是DD-PCR都适用于2种种源近似生物或不同发育 阶段的同一个体之间的比较。因而，其PCR的模板必须是来自2个生物或同一生物的不同发育阶段的mRNA DD-PCR勺优 点是快速

11、、方便，可以检测表达量极低的mRNA但其技术条件要求较高，所 扩增的mRNA勺质量不能有差异，即mRN不应降解。目前这一方法已广泛应 用于生物表型相关基因的克隆及比较研究。3.3 Represe ntative differe nee an alysis PCR (RDA-PCR)这是一种差减杂交(subtractive hybridizatio-n)与 PCR 相结合的技术，其整个操作程序完全不同于AP-PCF和DD-PCR前2种方法是将两模板DNA或cDNA分别进行PCRT增，最后通过扩增产物的差异, 分离和克隆特异扩增带，其缺点是需要将特异扩增产物从胶中切下来，提 取DNA再扩增后才能克

12、隆。RDA-PC只扩增区别于某一表型的特异基因，因而更便于扩增产物的克隆与分析（见图5）耗：4 r. 1 AH I： X；RDA-PCR示意图亡二尬心K孔霍它性一盘丸it h rZ、 r 1aiTtr其基本原理是：用一个在种源上相近的基因组将靶基因组中所有 共同的基因掩盖起来，而只暴露出特异的基因，在整个反应中只有特异基因能 被扩增。其操作程序为：（1）用同一限制性内切酶（一般用血m HI,Bgl II或Hind III）同时处理靶基因组和掩盖基因组DNA其中 掩盖基因组DNA的量至少要2倍于靶基因组DNA的量；（2）在经酶切 的靶基因组片段的两端 加上连接头，其序列与酶切产生的粘性末端的 序

13、列相对应；（3）将2个基因组的DNA昆合后，高温变性，低温退火。由于 掩盖基因组DNA的量远大于靶基因组DNA量，那么与掩盖基因组DNA相同的 靶基因就会与掩盖基因形成杂合体，而只有特异的靶基因才能重新组合，不 会受掩盖基因的影响；(4)用Tag DNA聚合酶将粘性 末端补齐后，加入与连 接子相对应的引物，经过30个左右的PCF扩增，就可以将靶基因组中与掩 盖基因不同的特异基因扩增出来。这种方法的起始操作程序较复杂，各 反应步骤要求准确无误，但其检测的准确 度较高。对于基因组内的点突 变、重排、插入序列等变化均可检测出来。4用特异抗体克隆基因用抗体克隆基因的关键是抗体的特异性。一般以单克隆抗体

14、最为理 想。获取特异抗体的方法主要有：(1)制备识别功能抗原的单克隆抗 体；(2)将SDS-PAG分离的蛋白质特异带切下免疫动物，其抗体只识别该特 异蛋白质;(3)用Western-blot法将识别某一蛋白质带的抗体 从膜上洗脱 下来。在获取理想的抗体后，便可以用这些抗体筛选表达型基因组文库或 cDNA文库，从文库中将编码某一特异蛋白质的基因克隆出来。5特异基因的功能克隆它是借助于基因产物即基因所编码的蛋白质的 功能将该基因克 隆出来的一种方法。基因的功能克隆主要有2种:一是 phage display,另一是peptide display。后者的原理与前者基本相同。 目前以phage dis

15、play的应用最为广泛,本文只对这一方法加以介绍。任何一种病原体，包括细菌、病毒和寄生虫，在其对宿主侵入或致 病过程中，病原体本身的蛋白质成分(ligand)需要首先与宿主细胞上的 受体(receptor)相互识别连接。如口蹄疫病毒需要借助于受体细胞上的 Heparan sulfate受体，并与其相互作用后才能侵入细胞内；巴贝斯虫裂殖 子需借助于宿主的补体作为桥梁，才能与红细胞结合并最后侵入红细胞 内。对病原体与宿主受体相互作用成分的特性与功能分析，是制订免疫预 防措施及制备阻断药物的前提。phage display法是克隆病原体ligand的 一种最为理想的手段。lj JiiSZMTUd A

16、 MiI句预助两齿不円仃悴爭号董2塔合*图6 phage display克隆基因不意图Phage display的基本操作过程为：（1）提取某一病原体基因组DNA用超声波将DNA切割成500-1 500的片段；将片段末端用T4DNA聚合酶处理后，与载体DNA（phagemid连接形成噬菌体质粒。用 这 些质粒与辅助噬菌体（helperphage）同时转染大肠杆菌。phagemid在大肠杆菌内包装成噬菌体，大量繁殖，同时将插入的外源基 因片段表达，表达产物主要集中在噬菌体颗粒的表面；（3）将特定的受体固定于载体上（多为ELISA板），方法同一般的ELISA包被。将噬菌体悬液 作适当稀释后，加入平板孔内，感作一段时间，用PBS等缓冲液漂洗。 最后，只有表达特异功能蛋白的噬菌体才能与包被在平板上的受体相互 结合，那些表达非相关蛋白的噬菌体由于不能与受体连接而被洗 脱；(4)用高强度NaCl液将结合在受体上的噬菌体分离下来，再感染 大肠杆菌，便可将编码特异功能蛋白质的基因克隆。一个真核生物至少含有10万个不同的