查找启动子区ppt课件.ppt

1、如何判断序列的正反向,NCBI里的序列，mRNA，CDS序列等等，都标注的很清楚，只是有的基因序列给的是反向互补的序列，需要大家在primer5等软件里转换一下。 具体看是不是反向互补的序列，办法就是看在第一个CDS区的前三个碱基是不是ATG，如果是ATG，那么这个序列就是你要的了，如果不是，那八成就是你要得序列的反向互补序列了,1,目的： 寻找promoter区域 预测核心启动子区,2,寻找promoter区域,用NCBI：/ 用UCSC：/ 用Ensembl：http:/www.ensem

2、/index.html 用公司信息（只包含公司拥有promoter clones的信息）： http:/ （*种类比较少） 用SIB-EPD: http:/www.epd.isb-sib.ch/ (可直接提供TSS，但是库容较小，很多基因查不到) 预测核心启动子区,3,NCBI数据库,4,寻找promoter区域,NCBI /pubmed/ 选择Gene, 输入ankh,点击search 选择第一项，以人类Homo sapiens的ANKH为例； Chromosome 5 location 14704909-14871887, c

3、omplement(反义链)即-14871887 到 -14704909为基因范围 此例中选取-14873887 到-14871887 约2000bp核苷酸序列作为启动子区域,5,选择Ensembl或者HGNC_，进入ensembl分析,寻找promoter区域,6,寻找promoter区域,图形显示,FASTA格式显示的核苷酸序列,输入序列可以查询染色体位置,ANKH gene在反义链上，所以用负数表示,可以查询具体核苷酸序列,Genomic context 点击Graphics-Tools-Sequece Text View,7,寻找promoter区域,点击Go To Position,

4、 输入-14873887，点击Prev Page找到具体位置 复制白底黑色区域即为promoter区域,白底黑字为启动子区域,紫底黑字为基因区域,粉底黑字为编码区，ATG为启示密码子,8,寻找promoter区域,在前两张幻灯片中选择FASTA 在右边Change region shown输入14871887到14873887 Display options选择Show reverse complement 可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可以输入14871887到14873886,可以选择展示反向互补序列,9,1. 选择基因示意图： 1）.向下查

5、看“Genomic regions, transcripts and products” 2）. 将鼠标放在Genes的”NR_”示意图上， 3）. 在弹出的窗口中点击 2. 点击”FASTA View，序列范围表示NR_的位置。 出现该基因的实际序列，第一个序列的位置表示“起始位置” 3. 调整显示位置：将起始位点先前排1000bp，向后排1000bp。 更改后的位置认为是启动子区,10,UCSC数据库,11,寻找promoter区域,UCSC / 选择左侧边栏的“Table Browser” 在clade选择Mammal，genome选择H

6、uman，assmebly选择最新的数据库， 在position后面的搜索框内写入待查的基因名称，如actin。 点击get output,方法一,12,寻找promoter区域,出现一系列候选序列。当搜索用词不特异的时候会出来太多的结果，只显示500条,13,寻找promoter区域,点击自己目的基因的结果链接，会出现该基因在染色体上的位置 (有时候会直接跳到选择genome，protein，mRNA那一页面，可能是在搜索词比较特异的情况写)， 继续 getout put 选择 genome,14,寻找promoter区域,选择Promoter/Upstream by 2000 bases

7、Exons in upper case, everything else in lower case：外显子大写，其他小写,15,寻找promoter区域,小写字母为promoter区域,大写字母为基因区域，与NCBI结果相同,ATG为CDS区起始密码子,16,寻找promoter区域,promoter/upstream前面的框中打勾，一般的启动子长度大约为2kb左右，这个数字可以修改。 为便于观察，可继续修改下面的几个选项。这里选择CDS大写。 点击get sequence即可得到结果,17,寻找promoter区域,UTR和upstream是分开的，CDS是大写的，可以看到起始码。Copy

8、 ATG以前的序列进行启动子分析。PCR以genome为模板,18,寻找promoter区域,UCSC /，点击左侧边栏的“Genome Browser,方法二,19,寻找promoter区域,以大鼠（rattus orvegicus）的结缔组织生长因子（CTGF）为例， 在Organism的下拉菜单中选择Rat，在assembly的下拉菜单中选择最新日期Nov.2004，在position框中键入CTGF，image width选择默认即可，如下图所示： 点击 Submit,20,寻找promoter区域,结果显示该基因的已知序列和相关mRN

9、A序列， 点击“Known Gene”中的第一个序列,21,寻找promoter区域,出现包含这序列的图解概要 为了获得这个区域更清晰的图像，可以点击紧靠zoom out的1.5X按钮，如下图： 对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5端和3端非翻译区。起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示,22,寻找promoter区域,本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。 按照视图利用页面底部的Track Controls按钮，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其

10、他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300,23,寻找promoter区域,Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较。若查询启动子区域，我们需要将Ensembl Genes选择为dense 或full模式，点击Refresh，即刷新，出现下图： 图中多出了Ensembl Genes的预测路径，我们在红框中圈出。点击用于表达该序列的任何方块出现以下页面,24,寻找promoter区域,点击红框中的条形深色方块（不是Ensembl Genes文字,25,寻找promoter区域,选择

11、并点击Link to sequence中的Genomic Sequence，即显示基因组序列,26,寻找promoter区域,将promoter改为2000bp，具体多少bp合适，可根据文献资料和实验目的获取，有的基因可能在其上游戏几百bp就可以了,其他的几个选项分别为5端非编码区，编码区外显子，3端非编码区，内含子（内含子用绿框圈了起来）等。 Sequence Formatting Options序列显示方式，选择上图红框里的内容，即外显子大写，其余的小写，也就是说mRNA的外显子大写，其余上下游非编码区以及内含子均为小写,27,寻找promoter区域,第一个大写字母以后就是mRNA序列，

12、之前的小写字母序列即为启动子区域了,28,第一个大写字母以后就是mRNA序列，但该序列包含外显子和内含子，是未经剪切修饰的mRNA, 图中两段大写字母中间的小写字母便为内含了序列,寻找promoter区域,29,Ensemble数据库,30,寻找promoter区域,Ensembl：/index.html 选择human 输入 ankh 选择Gene，点击 GeneID ENSG00000154122 点击左边的Export data,方法一,31,寻找promoter区域,5 Flanking sequence 输入2000 Options for

13、FASTA sequence中Genomic选5 Flanking sequence， deselect all 点击Next（不管正反此法都适用,32,寻找promoter区域,得到2000 bases 的核苷酸序列,33,寻找promoter区域,Ensembl：/index.html 在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名ankh，点击Go,方法二,34,寻找promoter区域,找到所需要的gene，点击 出来2个结果。本例中貌似是同一个。点击相应链接进入新

14、页面,35,寻找promoter区域,貌似有2个不同的转录本。点击Exon Info,36,寻找promoter区域,新页面中即可看到5 upstream sequence。可以在Flanking sequence at either end of transcript后面的框中修改期望显示的序列长度。一般启动子最好选2kb。然后copy所显示的上游序列进行分析,37,Genecopoeia公司,38,寻找promoter区域,http:/ 点击search product， 选择promoter clones，因为没有ANKH的信息，此处输入FIBRONECTIN 选择目的基因,39,寻找p

15、romoter区域,点击click here to view the promoter sequence 得到promoter信息,40,EPD数据库,41,寻找promoter区域,SIB-EPD 网址：http:/www.epd.isb-sib.ch/ 具体使用方法大同小异，就是输入物种名、基因名，限定启动子序列区域,42,预测 核心启动子区,43,Transcript start site (TSS) 附近-60bp到+40bp是核心启动子区，是精确转录必须的最小单元。 CpG岛是一段200 bp 或更长的DNA 序列,核苷酸G+C 的含量较高,并且CpG双核苷酸的出现频率占G+ C 含

16、量的50%以上。许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合,44,常见的在线预测工具有： 真核启动子数据库第85版（The Eukaryotic Promoter Database Current Release 85 ，EPD，http:/www.epd.isb-sib.ch/ ）http:/epd.vital-it.ch/ 转录起始位点数据库：http:/dbtss.hgc.jp/ 该数据库主要包括人，小鼠等常见生物的基因转录起始位点及该基因启动子的可能情况。 Promoter scan (/molbio/proscan/ ), Promo

17、ter2.0 Prediction Server (http:/www.cbs.dtu.dk/services/promoter/ ) 神经网络启动子预测器 NNPP（/seq_tools/promoter.html ） Soft Berry (http:/ ) Dragon Promoter Finder (.sg/promoter )（好像不能用了,45,FirstEF (/tools/FirstEF/ ) UROGENE (http:/www.ur

18、/methprimer/ )，可用于位点甲基化的预测 CpGPlot/CpGReport/Isochore (http:/www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/)CpGProD (http:/pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html)CpG Island Searcher (http:/ Prediction (http:/www.ualberta.ca/stothard/jaascript/cpg_islands.html,CpG岛预测软件,46,1、获取目的基因的mRNA序列，并且在NCBI的数据库中查获转录起始点;2、截取转录起始