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文档简介

用GOLD进行对接1 使用 Wizard 进行对接：进入后直接选择wizard2. 按照给出的流程一步一步做就行了：首先选择用来对接的蛋白：然后选择下一步对蛋白进行准备：选择Global Option旁边的3MXF点Add Hydrogens进行加氢处理点Protonation & Tautomers 下面的 Extrace/Delet Waters 可以选定对接时想保留的水分子（可以从主窗口中点选）勾选后选择以取出对接时想保留的水，保存然后点删掉剩余的水分子。然后再进行下一步，可以删除和保留PDB里的ligand与上一步水分子一个道理，可以取出ligand（可用来检查对接的重现性）下一步Define the binding Site选中ligand后定义结合位点，此时该ligand周围的残基变成灰色下一步对接采用的模板，直接跳过然后就可以选用来对接的分子了：单击add添加想要用来对接的分子然后下一步选用对接的评分函数，这里选择默认的GoldScore然后选择遗传算法的速度也可以点More进行进一步的调整然后就Finish了点Run GOLD后，选择储存的路径等等，就可以运行了。3但是，其实可以做一些调整设置，我们这里点Advanced，就变成了一开始的GOLD Setup，但不用惊慌，之前的设置已经保存在里面了（其实一开始就可以在这里进行设置）我们这里选Output Options，取消对于Save lone pairs的勾选这样的话，输出的结果文件就不会有lone pair了（感兴趣的读者可以试试不取消这一项，在maestro中打开输出结果是什么样的）另外，也可以根
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