生物信息学学习心得

-精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 1 生物信息学学习心得 生物信息学是上世纪 90 年代初人 类基因组计划依赖，随着基因组学、蛋 白组学等新兴学科的建立，逐渐发展起 来的生物学、数学和计算机信息科学的 一门交叉应用学科。目前生物信息学的 研究领域主要包括基于生物序列数据的 整理和注释、生物信息挖掘工具开发及 利用这些工具揭示生物学基础理论知识 等领域。生物信息学作为新型交叉应用 学科，可以依托本校已有的计算机科学、 信息学、生物学和数学等学科优势，充 分展现投入少、见效快、起点高的特色， 推动学校学科建设和本科教学水平。 本实验指导书中的 8 个实验均设 计为综合性开发实验，面向生物信息学 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 2 院全体本科学生和研究生，以及全校对 生物信息学感兴趣的其他专业学生开放。 生物信息学实验室将提供系统的保障， 包括采用 mail 服务器和 linux 帐号管理 等进行实验过程管理和支持。限选生 物信息学及实验的生物技术专业本科 生至少选择其中 5 个实验，并不少于 8 个学时，即为课程要求的 0.5 个学分。 其他选修者按照课时和学校相关规定计 算创新学分。 实验一 熟悉生物信息学 网站及其数据的生物学意义 实验目的： 培养学生利用互联网资源获取生 物信息学研究前沿和相关数据的能力， 熟悉生物信息学相关的一些重要国内外 网站，及其核酸序列、蛋白质序列及代 谢途径等功能相关数据库，学会下载生 物相关的信息数据，了解不同的数据文 件格式和其中重要的生物学意义。 实验原理： 利用互联网资源检索相关的国内 外生物信息学相关网站，如： -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 3 ncbi、sanger、tigr、kegg 、swissport、e nsemble、中科院北京基因组研究所、 北大生物信息 学中心等，下载其中相关的数据， 如 fasta、genbank 格式的核算和蛋白质 序列、pathway 等数据，理解其重要的 生物学意义。 实验内容： 1. 浏览和搜索至少 10 个国外和 至少 5 个国内生物信息学相关网站，并 描 述网站特征； 2. 下载各网站的代表性数据各 10 条以上，并说明其生物学意义； 3. 讨论各网站适合做何种生物信 息学研究的平台，并设计一个研究设想。 实验报告： 1. 各网站网址及特征描述； 2. 代表性数据的下载和生物学意 义的描述； 3. 讨论：这些生物信息学相关网 站的信息资源，可以被那些生物信息学 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 4 研究所利用。 参考书目： 生物信息学概论 罗静初 等 译， 北京大学出版社， 2014；生物 信息学手册 郝柏林 等著， 上海科 技出版社， 2014； 生物信息学实验指导 胡松 年 等著， 浙江大学出版社， 2014。 实验二 利用 blast 进行序列比对 实验目的： 了解 blast 及其子程序的原理和 基本参数，熟练地应用网络平台和 linux 计算平台进行本地 blast 序列比对， 熟悉 blast 结果的格式和内容并能描述 其主要意义，同时比较网上平台和本地 平台的优缺点。 实验原理： 利用实验一下载的核算和蛋白质 序列，提交到 ncbi 或者其他拥有 blast 运算平台的网页上，观察其基本参数设 定库文件类型，并得到计算结果；同时 在本地服务器上学会用 formatdb 格式化 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 5 库文件，并输入 blast 命令进行计算， 获得结果文件。 实验内容： 1. 向网上 blast 服务器提交序列， 得到匹配结果； 2. 本地使用 blast，格式化库文 件，输入命令行得到匹配结果； 3. 对结果文件进行简要描述，阐 述生物学意义。 实验报告： 1. 阐述 blast 原理和比对步骤； 2. 不同类型 blast 的结果及其说 明； 3. 讨论：不同平台运行 blast 的 需求比较。 参考书目： 生物信息学概论 罗静初 等 译， 北京大学出版社， 2014； 生物信息学实验指导 胡松 年 等著， 浙江大学出版社， 2014；。 实验三 利用 clustalx 进行 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 6 多序列联配 实验目的： 掌握用 clustal x 工具及其基本参 数，对具有一定同源性和相似性的核酸 与蛋白质序列进行联配和聚类分析，由 此对这些物种的亲缘关系进行判断，并 且对这些序列在分子进化过程中的保守 性做出估计。 实验原理： 首先对于输入的每一条序列，两 两之间进行联配，总共进行 n*/2 次联配， 这一步通过一种快速的近似算法实现， 其得分用来计算指导树，系统树图能用 于指导后面进行的多序列联配的过程。 系统树图是通过 upgma 方法计算的。在 系统树图绘制完以后，输入的所有序列 按照得分高低被分成 n-1 个组，然后再 对组与组之间进行联配，这一步用 myers 和 miller 算法实现。 实验内容： 1. 明确软件所支持的输入文件格 式，搜集整理出合适的数据； -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 7 2. 在 windows 环境运行 clustal x，在 linux 环境运行 clustal w； 3. 实验结果及分析，用 treev32 或 njplotwin95 生成 nj 聚类图。 实验报告： 1. 整理好的符合 clustal 的序列 数据； 2. 提交数据网页记录和各步骤记 录； 3. 提供聚类图和多序列联配图， 并说明意义。 参考书目： 生物信息学概论 罗静初 等 译， 北京大学出版社， 2014； 生物信息学实验指导 胡松 年 等著， 浙江大学出版社， 2014。 实验四 ests 分析 实验目的： 熟悉使用一系列生物信息学分析 工具对测序得到 ests 序列数据进行聚类 处理，由此对获得表达基因的丰度等相 关信息，并且对这些表达基因进行功能 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 8 的初步诠释，为后续实验通过设计 race 引物获得全长基因，以及进一步的功能 注 释和代谢途径分析做好准备。 实验原理： 首先用 crossmatch 程序去除 ests 原始序列中的载体成分和引物成分，然 后用 phrap 生成 congtig 和 singlet，用 blast 程序进一步将有同源性的 contig 和 singlet 进行功能聚类，最后通过 blast 对聚类获得的 cluster 进行功能注 释。在实验过程中将用到一些本实验室 写好的 perl 程序用于连接各数据库和工 具软件。 实验内容： 1. 运行 codoncode aligner 程序， 并用它建立工程文件，导入例子文件 夹里面的数据；练习对序列的各 种查看方式。 2. 使用 codoncode aligner 程序里 的 clip ends, trim vector, assemble 等功能，完成序列的剪切、去杂 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 9 质、组装工作。 实验报告： 1. 实验各步骤记录和中间结果文 件； 2. 举例简要说明结果文件中数据 的生物学意义。 参考书目： 生物信息学概论 罗静初 等 译， 北京大学出版社， 2014； 基因表达序列标签数据分析手 册 胡松年 等著， 浙江大学出版社， 2014。 实验五 利用 primer premier5.0 设 计 race 引物 实验目的： 熟悉 pcr 引物设计工具 primer premier5.0 的一些基本功能，能够根据 实验需要选择相应的引物设计方法设计 pcr 引物。 实验原理： pcr 实验是当代分子生物学的基 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 10 本实验之一，由于目标序列和实验目的 的不同，相应设计引物的要求也不一样。 本实验延续 ests 分析结果，对于其中需 要获得全长的基因进行 race 引物的设计， 及 5和 3race 引物，配合接头序列 设计单向引物，并模拟练习通过连接获 得全长的基因 cds 序列。最后设计已知 全长基因序列的 pcr 扩增引物。 实验内容： 1. 从网站下载并安装 primer premier5.0； 2. 从 genbank 中任意获取一个 dna 序列，设计出该序列的合适引物； 实验报告： 1. 实验各步骤使用的数据、运算 平台、结果文件记录； 2. 比较不同引物设计平台和不同 pcr 实验的差别； 参考书目： 生物信息学概论 罗静初 等 译， 北京大学出版社， 2014；生物 信息学实验指导 胡松年 等著， 浙 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 11 江大学出版社， 2014; 。 实验八 perl 程序的安装、编写、 调试 实验目的： 培养学生能在 windows 和 linux 两种平台安装 perl 解释器、编写 perl 程 序以及 debug 和运行的能力，熟悉 perl 语言基本语法，学会熟练编写和运用 perl 程序进行基础生物信息学研究。 实验原理： perl 语言是一门通用的脚本语言， 具有强大的字符串处理功能，是生物信 息学研究的强大帮手，学会了 perl 语言， 就能方便地处理生物信息学研究中遇到 的各种字符串文本，促进研究的快速进 行。 实验内容： 1. 下载 perl 程序在 windows 和 linux 下的安装包并进行安装； 2. 编写简单的 perl 程序，并学 会 debug； 3. 编写具有简单功能的碱基处理 perl 程序。 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 12 实验报告： 1. perl 解释器安装方法； 2. perl 解释器 debug 方法； 3. 讨论：perl 语言在生物信息学 研究中所起到的积极作用。 参考书目： perl 编程 24 学时教程 皮尔 斯著 王建华等译，机械工业出版社， 2014； 生物信息学手册 郝柏林 等 著， 上海科技出版社， 2014；生物 信息学实验指导 胡松年 等著， 浙 江大学出版社， 2014 生物信息学是在生命科学的研究 中，以计算机为工具对生物信息进行储 存、检索和分析的科学。它是当今生命 科学和自然科学的重大前沿领域之一， 同时也将是 21 世纪自然科学的核心领 域之一。其研究重点主要体现在基因组 学和蛋白质组学两方面，具体说就是从 核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 13 达的结构功能的生物信息。 具体而言，生物信息学作为一门 新的学科领域，它是把基因组 dna 序列 信息分析作为源头，在获得蛋白质编码 区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和 预测，然后依据特定蛋白质的功能进行 必要的药物设计。基因组信息学,蛋白质 空间结构模拟以及药物设计构成了生物 信息学的 3 个重要组成部分。从生物信 息学研究的具体内容上看，生物信息学 应包括这 3 个主要部分：新算法和统计 学方法研究；各类数据的分析和解释； 研制有效利用和管理数据新工具。 生物信息学是一门利用计算机技 术研究生物系统之规律的学科。目前的 生物信息学基本上只是分子生物学与信 息技术的结合体。生物信息学的研究材 料和结果就是各种各样的生物学数据， 其研究工具是计算机，研究方法包括对 生物学数据的搜索、处理及利用。1990 年代以来，伴随着各种基因组测序计划 的展开和分子结构测定技术的突破和 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 14 internet 的普及，数以百计的生物学数 据库如雨后春笋般迅速出现和成长。对 生物信息学工作者提出了严峻的挑战： 数以亿计的 acgt 序列中包涵着什么信息？ 基因组中的这些信息怎样控制有机体的 发育？基因组本身又是怎样进化的？ 生物信息学的另一个挑战是从蛋 白质的氨基酸序列预测蛋白质结构。这 个难题已困扰理论生物学家达半个多世 纪，如今找到问题答案要求正变得日益 迫切。诺贝尔奖获得者 w. gilbert 在 1991 年曾经指出：“ 传统生物学解决问 题的方式是实验的。现在，基于全部基 因都将知晓，并以电子可操作的方式驻 留在数据库中，新的生物学研究模式的 出发点应是理论的。一个科学家将从理 论推测出发，然后再回到实验中去，追 踪或验证这些理论假设” 。生物信息学 的主要研究方向： 基因组学 - 蛋白质 组学 - 系统生物学 - 比较基因组学， 1989 年在美国举办生物化学系统论与生 物数学的计算机模型国际会议，生物信 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 15 息学发展到了计算生物学、计算系统生 物学的时代。 姑且不去引用生物信息学冗长的 定义，以通俗的语言阐述其核心应用即 是：随着包括人类基因组计划在内的生 物基因组测序工程的里程碑式的进展， 由此产生的包括生物体生老病死的生物 数据以前所未有的速度递增，目前已达 到每 14 个月翻一番的速度。同时随着 互联网的普及，数以百计的生物学数据 库如雨后春笋般迅速出现和成长。然而 这些仅仅是原始生物信息的获取，是生 物信息学产业发展的初组阶段，这一阶 段的生物信息学企业大都以出售生物数 据库为生。以人类基因组测序而闻名的 塞莱拉公司即是这一阶段的成功代表。 原始的生物信息资源挖掘出来后，生命 科学工作者面临着严峻的挑战：数以亿 计的 acgt 序列中包涵着什么信息？基因 组中的这些信息怎样控制有机体的发育？ 基因组本身又是怎样进化的？生物信息 学产业的高级阶段体现于此，人类从此 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 16 进入了以生物信息学为中心的后基因组 时代。结合生物信息学的新药创新工程 即是这一阶段的典型应用。 刚刚接触生物信息的时候，大家 都比较迷茫，我觉得它是一个交叉学科， 要想学好得有一定的毅力。我的导师要 求我至少作到以下几个方面： 1，数学基础要好点。线代，高 数，统计等。 2，计算机知识。windows ,linux, unix 系统等，各种常用生物软件的使用。 可以自己找来一个个试。 3，matlab 里面有的关于生物方 面的工具包也很多的。 4，生物知识，不用说的。 其他： 如果要深入的话，最好 会编程。什么 java，perl，等。我是刚 开始学。大家多指教。 导师推荐了好几本书： 生物信息学概论 “introduction to bioinformatics” t k attwood , d j parry-smith 著罗静初 等译 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 17 北京大学出版社 2014 年 4 月第一版本 书从生物信息学的研究对象、意义出发， 介绍生物信息学研究的基本方法和常用 工具。主要介绍的是核酸和蛋白质序列 的计算机分析方法，探讨利用现有的计 算机程序，从现有的数据库中能够获取 什么、不能够获取什么。全书共分十章： 1.概论，2.信息网络，3.蛋白质信息资源， 4.基因组信息资源，5. dna 序列分析，6. 双序列比对，7.多序列比对，8.二次数 据库搜索，9.数据库搜索实例，10.序列 分析软件包。每章末尾均提供了进一步 阅读指南和有关的网址。这本书的一大 特色在于丰富的例子和图表，使读者可 以很直观的了解和掌握书中的内容。此 外，书的末尾还附有与生物信息学相关 的词汇表。总的说来，这本书实用性强， 可以作为高等院校生物信息学教材，也 可以作为生命科学和生物技术各领域分 子生物学研究和开发工作者的生物信息 学参考书。 生物信息学手册郝柏林 张 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 18 淑誉 编著上海科学技术出版社 2014 年 10 月第一版一本手册式的生物信息 学书籍。除了介绍了生物信息学，还包 括了计算机及计算机网络和分子生物学 的知识。更为重要的是，该书的主要部 分?quot;生物信息数据库”和” 服务、软 件和算法”部分，提供了大量的网址。 几乎是每一个条目下面都有不少网址。 这本书将网络上的生物信息学资源进行 了索引式的介绍，并作了必要的说明。 书中列举了近千条网址和引文，基本涵 盖了生物学研究的各个方面，堪称生物 信息的汪洋大海中的导航图。对生物信 息学的服务、软件和算法，本书也作了 较全面的描述。本书可供广大生命科学 工作者以及由物理学、数学和计算机学 转入生命科学领域的研究教学人员参阅。 生物信息学赵国屏 等 编著 科学出版社 2014 年 4 月 第一版本书是” 863”生物高科技丛书之一。它比较全面 地介绍了生物信息学的若干个主要分支， -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 19 并特别介绍了与人类基因组研究 相关的生物信息学的一些较新成 果；着重介绍了数据库和数据库的查询、 序列的同源比较及其在生物进化研究中 的应用；以生物芯片中的生物信息学问 题为例，介绍与基因表达相关的生物信 息学问题；还介绍了蛋白质结构研究中 的生物信息学问题，以及与分子设计和 药物设计相关的生物信息学技术。本书 可供生物信息学专业和生命科学相关专 业的本科生、研究生和教学科研人员阅 读学习，也可供相关专业的科技和应用 机构的科研、管理和决策人员参考。注 意，本书有很大篇幅是讲基因芯片和蛋 白质结构预测的。 生物信息学-基因和蛋白质分 析的实用指南 “bioinformatics-a practical guide to the analysis of genes and proteins “andreas d.baxevanis b.f.francis ouellette 著李衍达 孙之荣 等 译清华大学出版社 2014 年 8 月 第一版 这本书由前卫计算生物学家撰写，贯穿 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 20 了已有的工具和数据库，包括应用软件、 因特网资源、向数据库提交 dna 序列以 及进行序列分析和利用核酸序列与蛋白 质序列进行预测的的方法。以下是该书 的目录：1.因特网与生物学家，2. genebank 序列数据库，3.结构数据库， 4.应用 gcg 进行序列分析，5.生物数据 库的信息检索，6. ncbi 数据模型，7.序 列比对和数据库搜索， 8.多序列比对和实际应用，9.系 统发育分析，10.利用核酸序列的预测方 法，11.利用蛋白质序列的预测方法，12.鼠 类和人类公用物理图谱数据库漫游，13. acedb: 基因组信息数据库，14.提交 dna 序列数据库。本书有很多实际的序列和 序列分析的例子。这本书适合高等院校 的师生和从事生物工程研究的科技工作 者阅读。 在第 14 章提及的通讯资源：互 联网和通信地址；电话和传真号码 ddbj/embl 和 genbank 的一般联系 信息以及提交 dna 序列到这些数据库的 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 21 入口。 ddbj 地址：ddbj，1111 yata， mishima，shiznoka 411，japan 传真：81-559-81-6849 e-mail 提交： ddbjsubddbj.nig.ac.jp 更新： ddbjupdddbj.nig.ac.jp 信息： ddbjddbj.nig.ac.jp 互联网 主页： webin ： genbank 地址：gen bank national center for biotechnology information, nationtional library of medicine, national institutes of health, building 38a, room 8n805, bethesda md 20144 电话：301-496-2475 传真：301-480-9241 e-mail 提交： -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 22 est/gss/sts batch- 更新： 信息： datalibebi.ac.uk 互联网 主页： bankit: 在 dna 序列数据库中使用的遗传 密码： ddbj/embl/genbank 特征表文档可 用 www 方式获得或者从 ebi 或 ncbi 的 ftp 服务器上得到 postscript 文件。 /genbank/docs/ ftp:/ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/ embl 和 genbank 数据库的版本信 息 embl ftp:/ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/relea se/relnotes.doc genbank /genbank/gbrel sequin: dna 序列数据库的提交和 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 23 更新工具 /sequin est, sts 和 gts 主页，获取信息和 向这些特定 genbank 数据库提交序列 est /dbest sts /dbsts gss /dbgss htgs 主页：高吞吐量基因组序列 资源，工具和信息 /htgs 浅谈对生物信息学的认识 摘要生物信息学是采用计算机技 术和信息论方法研究蛋白质及核酸序列 等各种生物信息的采集、储存、传递、 检索、分析和解读的科学, 是现代生命 科学与信息科学、计算机科学、数学、 统计学、物理学和化学等学科相互渗透 而形成的交叉学科。经过一学期的学习， 我学到了很多很有用的知识，给我印象 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 24 最深的有序列比对、蛋白质结构分析、 核酸序列分析、数据库及数据库检索等 内容。 关键字：生物信息学认识基因 组学数据库 时光飞逝，一学期马上就要结束 了，本学期的专业选修课也即将结束。 在上课之前，我一直认为生物信息学就 是在讲关于人类及动物的基因，以及基 因之间的差别。但是，刚上了几节课， 我就发现生物信息学根本不是我想象的 那么简单，就这样我怀着对自己的怀疑 和对这门课的好奇走进了这门课。 生物信息学是一门新兴的、正在 迅速发展的交叉学科, 美国国家基因组研究中心认为, 生物信息学是一个代表生物学、数学和 计算机的综合力量的新兴学。 现代生物信息学是采用计算机技 术和信息论方法研究蛋白质及核酸序列 等各种生物信息的采集、储存、传递、 检索、分析和解读的 科学, 是现代生命科学与信息科 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 25 学、计算机科学、数学、统计学、 物理学和化学等学科相互渗透而 形成的交叉学科。 在这短短的一学期课中，在老师 的带领下，我们学到了很多关 于生物信息学的知识，其中给我 印象最深的有序列比对、蛋白质结 构分析、核酸序列分析、数据库 及数据库检索等内容。 比如，序列比对，它的基本问题 是比较两个或两个以上符号序列 的相似性或不相似性。从生物学 角度来看，它包含很多意义；如从 相互重叠的序列片段中重构 dna 的完整序列等。老师主要给我们介 绍了 blast 比对。 再如，对蛋白质的分析。比如我 们实验测定了一条蛋白质序列 或者从 dna 序列翻译得来一条蛋 白质序列，我们要借助生物信息学 方法来对它进行基本性质及结构 分析。其中基本性质包括它的分子 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 26 量、氨基酸数目、排列顺序、等 电点分析等。结构分析包括跨膜螺 旋分析等。要运用的工具是 protparam tool 和 tmhmm。对于这两 个工具我都进行了实际操作练习， 我觉得这对我们以后的理论学习 和实验分析都非常重要。现代生 物信息学的主要研究领域及其进展 1、基因组学和蛋白组学研究 基因组和蛋白组研究是生物信息 学的主要内容. 同样, 生物信息 学是基因组和蛋白组研究中必不 可少的工具。 基因组学和蛋白组学的实质就是 分析和解读核酸和蛋白质序列中所表达 的结构与功能的生物信息. 这方面的研 究已成为生物信息学的主要研究内容之 一. 一种生物的全部遗传构成被称为 该种生物的基因组. 有关基因组的研究 称为基因组学. 其中, 序列基因组学主 要研究测序和核苷酸序列; 结构基因组 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 27 学着重于遗传图谱、物理图谱和测序等 方面的研究; 功能基因组学 则研究以转录图为基础的基因组 表达图谱; 比较基因组学的研究内容包 括对不同进化阶段基因组的比较和不同 种群和群体基因组的比较。 蛋白组和蛋白组学的概念是随基 因组和基因组学的出现而出现的. 蛋白 组的概念是由于基因表达水平并不能代 表细胞中活性蛋白质的数量, 基因组序 列并不能描述活性蛋白质所必需的翻译 后修饰和反映蛋白质种类和含量的动态 变化过程而提出的. 在一定条件下某一 基因组蛋白质表达的数量类型称为蛋白 组, 代表这一有机体全部蛋白质组成及 其作用方式. 有关蛋白组的研究称为蛋 白组学. 其中, 蛋白组的研究技术与方 法、双向凝胶电泳图谱以及对不同条件 下蛋白组变化的比较分析是蛋白组学的 主要研究内容。生物信息学在基因组和 蛋白组研究中所起的作用主要有:、基因 组数据库、基因图谱数据库、蛋白质序 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 28 列数据库和蛋白质结构数据库等。随着 生命科学的不断发展，数据库种类不断 增加、结构日益复杂、使用也越来越方 便。 生物信息学作为一门新兴学科已 经成为生命科学研究中必不可少的研究 手段 本文对数据库与数据库搜索序列 比对蛋白质结构预测药物设计基因芯片 技术几个方面做了介绍较为系统地阐述 了生物信息学在这些领域的应用 当然 它所涉及 的内容与方法远远不只上面提到 的那些 新基因和 的发现与鉴定非编码 区信息结构分析遗传密码的起源和生物 进化完整基因组的比较 研究 大规模基因功能表达谱的 分析等都是生物信息学研究的对象 相 信不久的将来生物信息学会在生命 科学领域扮演越来越重要的角色。 参考文献： 1、现代生物信息学及其主要研 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 29 究领域 萧浪涛 2、生物信息学技术进展 郭志云 张怀渝 梁龙 军事医学科学院 生物工 程研究所,北京 100071;四川农业大学生 命科学及理学院,雅安 625014 3、利用生物信息学技术研究蛋 白功能的几种方法 王剑利 杨章民综述 王一理审阅 西安交通大学医学院免疫 病理学研究室 精要速览系列-先锋版生物信 息学 d.r.westhead，j.h.parish & r.m.twyman 科学出版社 2014 a 生物信息学概述 相关学习网站 www.bios.co.uk/inbioinformatics b 数据采集 dna,rna 和蛋白质测序 1dna 测序原理 dna 中核苷酸的顺序是通过链式 终止测序来确定。 -精选财经经济类资料- -最新财经经济资料-感谢阅读- 30 2dna 序列的类型 基因组 dna，是直接从基因组中 得到，包括自然状态的基因 复制 dna，通过反转录 得到的 重组 dna，包括载体序列如质粒， 修饰过的病毒和在实验室使用的其他遗 传元件等 3基因组测序策略 散弹法测序包括随机 dna 片段的 生成，通过大量片段测序来覆盖整个基 因组 克隆重叠群测序 dna 片段用推理 的方法亚克隆，并且进行系统的测序直 到整个序列完成 4序列质量控制