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1、生物信息学 Bioinformatics, 选择“Undertaken Courses” 点击“Bioinformatics（spring）” 下载“参考ppt”,密码: bioinformation,进入以上公用邮箱下载幻灯片“ppt10-上机2” 到电脑桌面,第四章 DNA与蛋白质序列分析,第一节 序列比对 第二节 Blast应用 第三节 序列功能分析,Question1: 1. 我刚刚分离一个水稻基因片段序列，大概250bp，我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以及是否已经被别人克隆，应该采用什么工具和数据库？,Blastn B.Blastp C.tblastn, D.tblast

2、x, E. blastx F. nr G. EST H. nr/nt,Question 2:,什么是HMM？ 如何进行基因结构的预测？ Promoter的位置在哪里? 什么是TSS, 为什么要预测TSS?预测TSS有哪些方法?,第2节 Blast的应用,主要的blast程序,/Blast.cgi,具体步骤,1.登陆blast主页 /BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果,序列组成/分子量/等电点-初级分析 酶切位点分析(载体构建

3、) 基因结构分析/启动子序列分析,第3节 序列功能分析的内容,Part 1. 初级序列分析 序列的组成/分子量/等电点分析, 点击“BioXM version 2.6 ” 点击“运行”进行安装,序列组成分析,序列组成分析,序列组成分析,A/G/C/T的组成，尤其是G+C含量的预测（进化？探针设计？）,蛋白分子量和等电点,蛋白分子量和等电点,蛋白分子量和等电点,蛋白质分子量/等电点预测 online Compute pI/MW,/tools/pi_tool.html,Part2. 酶切位点分析,只要进行基因工程利用必须用到各种限制性内切酶 如 GGATCC

4、BamHI,Part 3. 基因结构分析/启动子序列分析,1）基因结构分析:,Genomic DNA,cDNA,用softberry预测基因结构 http:/www.bio-,一个例子: 用softberry预测基因结构,2)启动子序列分析: 什么是启动子? 启动子序列，一般在TSS之前2000bp， 了解哪个位点是TSS，哪个是起始ATG?,TSS,ATG,TATA,promoter,2)启动子序列分析: 所以，我们必须得到TSS的位置. 如何通过生物信息学方法确定TSS? 首先截取包括ATG之前3000bp和基因的序列采用以下两种方法 1)软件预测,如Softberry; 2)搜索EST数

5、据库;,分析的目的: 2)首先找到ATG前面约3000: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.,2)首先截取ATG之前3000bp序列 以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.,方法一: 用softberry预测.,方法二: 用Fruitfly网站的promoter预测程序预测.,练习:,(1) 查找序列:AY900120 (2) 请用两种方法分析该基因可能的TSS? 给出从TSS开始10bp的序列.(提示：首先搜索基因组数据库，获得包括该基因第一个外显子之前3000bp和该基因的基因组序列；然

6、后进行预测：方法1：搜索dbEST数据库；方法2：用softberry的FGENESH进行预测TSS；) (3) 根据（2）的结果请列出该基因的启动子序列; (4) 根据（2）的结果请画出该基因的基因结构图（包括外显子和内含子的排列和长度）; (5) 请预测AF486280基因编码产物的分子量和等电点(可以采用BioXM软件); (6) 请对AF486280基因序列进行限制性酶切位点分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位点?(可以采用BioXM软件) (7) 请分析AF486280基因编码产物的亚细胞定位情况; (8) 请分析AF486280基因编码产物的功能域(domain); (9) 请分析AF486280基因编码产物序列中有哪些重要的motif?,练习:,(5) 请预测AY900120基因编码产物的分子量和等电点(可以采用BioXM软件); (6) 请对