ChembioOffice-软件的操作与使用.ppt

1、第二章化学编辑排版和分子模拟计算，第二章化学编辑排版和分子模拟计算，第二部分化学生物办公软件的使用，目录，2。1简介2。2 ChemDraw使用2。3 Chem3D使用2。4 ChemFinder的使用，分子式和结构式是化学家的语言，化学办公软件，主要内容，第一部分：ChemWin 1简介。chemdraw 2中的ChemWin。钥匙、戒指、箭头和箭头工具3。编辑工具、原子标记、轨道、组合工具、菜单命令等。第2部分：chemoffice1。chemdraw2。chem3d3。化学软件的集成桌面系统第3部分：数学公式和长文章的布局。数学类型2。剑桥软件公司()的最新版本是世界上最好的、最重要的、

2、最权威的桌面化学办公应用软件，它集成了强大的应用功能，为化学家提供了优秀的化学辅助系统。它可以方便地绘制分子结构图和化学反应方程式、实验室仪器和化学工艺流程图等。并将其应用于文字处理软件；而且，化合物的名称可以直接转换成结构图，省去了绘图的麻烦；也可以用已知的结构命名化合物，并给出正确的化合物名称。共有三个模块：1 .化学结构绘图模块化学结构绘图是世界上最流行的化学结构绘图软件，是国际论文和期刊指定的格式。2.Chem3D模块具有完整的分子构型和模拟分析界面和功能，并提供工作站级的3D分子等值线图和分子轨道特征分析，结合了多种量子化学软件。3.ChemFinder模块化学信息搜索集成系统智能快

3、速化学搜索引擎。可以建立、存储和搜索化学数据库，也可以使用现成的化学数据库。2.2 ChemDraw的使用，2.2.1概述2.2.2化学结构图2.2.3 ChemNMR-计算核磁共振谱2.2.4 ChemProp-计算分子的物理化学性质和标准命名2.2.5制备原子轨道和分子轨道图，ChemDraw可以在Win9X/Win2000/WinXP下运行双击。程序打开后，窗口的主界面类似于一般的窗口软件，包括菜单栏、工具栏、文档区和状态栏。工具栏提供了许多常用的化学分子和化学键。使用时，只需点击工具栏中所需的工具。将鼠标移动到编辑区后，鼠标指针变为，然后在文档区的适当位置点击鼠标，分子结构式就会出现。

4、它使用起来非常方便，并且支持窗口剪贴板。所有的结构公式都可以方便地剪切粘贴到Word文档中。当您要修改时，只需双击Word文档中的结构式，打开“化学绘图”进行修改。2.2.1概述，化学绘图所追求的哲学是：化学家可以理解它，化学绘图也应该理解它。ChemDraw是ChemOffice中最常用的组件，包括结构工具栏、主工具栏、格式栏、绘图区域、模板工具栏、菜单栏、状态栏、主边界等。套索实键双键虚键切割键楔键黑体楔键空心楔键波键形成长链环丙烷环环戊烷环庚烷环环己烷椅子环戊二烯环，天棚橡胶文字笔箭头轨道绘图元素原始化学符号弧原子反应模板环丁烷环环己烷环辛烷环环己烷椅子苯环，模板，箭头，轨道，绘图元素，

5、支架，化学符号，查询工具模板，氨基酸模板，芳香，双环，生物艺术模板，玻璃仪器模板，构象异构体模板，环戊二烯模板，环烷烃模板， DNA模板、官能团模板、己糖模板、苯环模板、多面体模板、立体中心模板、超分子模板，垂直工具栏上的【模板】按钮包含常用的和重要的模板，如各种复杂的分子种类和玻璃仪器模板、绘图示例和绘制阿司匹林结构式点击选择框按钮选择绘制的阿司匹林结构式； 执行菜单命令结构/清理结构，将图形排列到最佳状态。图形保存ChemDraw文件扩展名为 cdx ，执行文件/另存为菜单命令保存。图形的旋转和缩放、检查结构错误和整理结构式、根据化合物名称获得结构式、获得化合物名称、预测核磁共振化学位移、

6、估计分子结构、估计性质、绘制元素周期表符号、字体和颜色、绘制快捷菜单和快捷键、绘制化学反应类型绘制实验装置、执行结构/检查结构功能、自动执行、执行结构/将名称转换为结构菜单命令，如阿司匹林、乙二胺四乙酸、吗啡、2-乙酰氧基苯甲酸等。2.2.2结构图功能，1。简单的无机反应公式和有机分子公式ChemDraw可以一次输入反应文本，当使用“公式”进行优化时，其公式格式化智能比其他软件更强。2.费希尔投影公式3。霍沃斯投影公式4。纽曼投影公式5。立体化学，1。费歇尔投影公式，文本工具和单键工具。下图显示了葡萄糖分子的费歇尔投影公式。首先，使用单键绘图工具建立主碳链。关键是要确保下一个单键跟随上一个单键

7、。完成后，仍可使用单键绘图工具建立其他CH和COH键，并应确保每个键之间的连接点。最后，文本输入工具用于输入文本。“视图”菜单的“分析窗口”功能可以提供当前结构的一些简单信息。这条直线实际上是由五个单键连接的。2。霍沃斯投影类型，下图显示了葡萄糖的霍沃斯投影。要绘制此图，请使用单键、文本、楔形键等工具。和缩放等操作。首先，创建一个六元环(环己烷)，选择六元环并将其旋转90度(使用鼠标或对象菜单中的旋转命令)，使用文本输入工具将六元环中的一个碳原子变成氧原子，然后使用单键工具栏建立其他化学键。该键位于第五个碳原子的向下方向，为了避免与其他键交叉，需要按住Alt键并再次绘制。然后选择整个图形，按住

8、Shift键进行缩放(非对称缩放)，将高度降低到50%，用文本输入工具输入相应的组，然后用楔形键工具进行修改。使用单键工具按住Alt键进行绘制，并适当缩短长度以避免与后续键接触。3.纽曼投影，纽曼投影的绘制相对简单。关键在于化学键的堆叠顺序(层间相互覆盖的问题)。方法是选择一部分对象，然后按鼠标右键选择“发送到后面”和“带到前面”，以更改它们的层次关系。立体化学，下图中的四个结构式是同一物质，第二个图是使用对象菜单的显示立体化学命令创建的，第三个图是第二个图的水平反转结构，第四个图是第三个图垂直旋转180度的结果。为了显示“垂直旋转180度”，此菜单项需要同时按住Alt键。2.2.3化学核磁共

9、振谱的计算，化学绘图提供核磁共振位移的估算计算，选择分子后，可以在估算菜单中选择1H核磁共振位移或1C核磁共振位移，并相应给出分子每个h或c的位移。列表中给出了详细信息：心得安，一种心血管药物，分别执行结构/预测1h-NMR-shift菜单命令，执行结构/预测13c-NMR-shift菜单命令，执行查看/显示分析窗口和查看/显示化学性质窗口菜单命令，执行查看/显示周期表窗口菜单命令，得到该元素的物理性质。执行视图/其他工具栏/剪贴画，第1部分或第2部分的菜单命令，绘制实验装置图。您可以通过毛玻璃仪器的连接器快速构建化学反应装置。2.2.4 ChemProp分子物理化学性质计算和标准命名。Che

10、mDraw使用轨道绘制工具箱绘制轨道，该工具箱可以绘制S轨道、S轨道、单叶轨道、P轨道等。每个轨道包括三种填充类型：背景色、阴影和纯色，具体颜色可以自行设置。下图是一个例子：7.2.5制作原子轨道图和分子轨道图，2.3使用Chem3D，这是一个与ChemDraw结合使用的软件，主要是打开一个三维结构，然后使用各种量子化学软件来计算和预测结构的各种性质。它可以很好地与ChemDraw配合使用，在ChemDraw上绘制的二维结构式可以正确地自动转换成三维结构。3D-D-葡萄糖在Chem3D中的显示效果图，垂直工具栏，模型窗口，旋转手柄，旋转手柄，旋转手柄，线性模型，棒形模型，圆柱形关键模型比例模型

11、，建立3D模型的方法使用关键工具建立，文本工具建立，子结构建立，模板建立，ChemDraw结构公式和3D模型之间的转换，ChemDraw结构公式到3D模型，选择结构公式，复制到3D窗口，自动转换到3D模型。直接打开chemraw文件，并在3D窗口中执行文件/打开菜单命令。选择“chemraw (*。键入文件/打开窗口，点击“打开”按钮打开文件。3D模型被转换成平面结构模型。选择3D模型，执行编辑/复制为/化学绘图结构菜单命令，复制模型并将其粘贴到化学绘图窗口中。以乙烯为例，首先使用文本输入工具输入分子式CH 2CH 2，然后使用“分析”菜单的“扩展哈克曲面”功能，然后使用“查看”菜单的“分子轨

12、道”。对话框出现后，您可以选择显示HOMO或LUMO。根据不同参数产生的不同轨道形状，还可以选择不同的表面显示效果。整理结构并简单优化，执行【编辑】/【全选】菜单命令【编辑】/【全选车型】；执行工具/清理结构菜单命令，组织结构并执行mm2/最小化菜单命令，弹出最小化能量对话框。点击运行按钮优化模型，最后给出最低能量状态。显示3D模型信息，将鼠标移动到3D模型的原子上，会弹出一个窗口显示原子的相关信息；将鼠标移动到3D模型的化学键上，会弹出一个窗口显示化学键的相关信息，包括键长和键位。按住Shift键，用鼠标依次选择三个连续的原子，然后将鼠标放在任意一个原子上，显示这三个原子形成的键角；要显示更

13、详细的信息，您可以执行分析/显示测量值/显示焊接长度菜单命令。下图显示了LUMO(N=7)的显示效果。2.4化学查找器的使用，2.4.1概述化学查找器是一个智能的快速化学搜索引擎。ChemInfo是世界上最丰富的数据库之一。根据结构式搜索根据化学名称搜索根据相对分子量搜索使用化学反应数据库查找免费网络资源，2.4.2根据结构式搜索，ChemFinder附带多个数据库，扩展名为“sfw”，启动ChemFinder打开对话框，包括3个选项卡。点击现有选项卡选择“CS_DEMO”数据库，点击“打开”按钮，根据分子式搜索，输入分子式，输入C5-6N2，按回车键，有7个结构选项与输入的分子式相关，可以点

14、击按钮逐个查看，点击切换到表格按钮，显示窗口将变成一个列表，根据化学名称搜索，然后输入*。输入“160-170”，按回车键，找到14个相关信息，包括尼古丁和邻苯二甲酸。，使用化学反应数据库，执行文件/打开菜单命令，弹出打开对话框查找 ISICCsm 数据库，点击打开按钮显示主界面，打开化学反应数据库 ISICCSm 搜索化学反应并查找免费网络资源。如果你注意的话，你会在ChemFinder的菜单栏上找到一个在线菜单。这个网站提供了很多化学信息，当然，我们也可以通过IE直接浏览和查找。/chemistry/,retrieval示例：C6H6(苯)，1。输入分子式2。回收16种异构体，3。检查他们的物理属性数据。显示红外光谱数据，参考，化学和化学工程中的计算机