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首份!17条共识!美权威机构发布NGS生物信息流程标准和指南生物探索编者按11月14日,《TheJournalofMolecularDiagnostics》期刊在线发布了首份“临床NGS生物信息流程标准和指南”,明确高通量测序生物信息学流程的概述、设计、开发、验证、实施和质量控制指标。更重要的是,第一次针对生物信息学流程提出了17条共识,旨在规范NGS在临床诊疗应用的准确性。过去10年,得益于新一代高通量测序技术的发展,生命医学领域经历了翻天覆地的变化。这一技术能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,快速生成非常大的基因组学、表观基因组学和转录组学研究数据集。但是如何解读数据,使其在临床诊疗中发挥更大的价值?这是我们面临的难题和挑战。生物信息学是NGS的一个重要组成部分,从原始测序结果中找寻致病根源,是完成疾病诊断以及治疗策略制定的重要依据。但是,该领域缺乏统一的标准和指南。对此,由美国病理协会(AMP)、美国病例学家协会(CAP)领导的工作小组联合制定、发布了这份《NGS生物信息流程验证标准和指南》,针对二代测序的生物信息学流程(pipelines)提出了17条共识,建议实验室在验证生物信息学流程时充分考虑这些问题。该指南是AMP和CAP第三次发布解决NGS工作流程的文件——今年早些时候,该组织联合发表了NGS验证为基础的肿瘤学panel和指南;去年发表了报告和解释癌症相关序列变异的指南。1指南细则在这份指南中,工作小组强调,这些建议只适用于一个测试的生物信息学部分,并假设测序部分已经被验证了。此外,建议涉及了SNVs、indels和多核苷酸置换(multi-nucleotidesubstitution)。同时,指南覆盖了生殖细胞突变体和体细胞突变体。概括来说,指南提出了NGS生物信息学流程概述、设计、开发、验证、实施和质量控制指标,强调了受过培训的分子医学专业人员的重要性。2解决问题在制定指南的过程中,美国分子病理学会(AMP)与美国病理学会(CAP)首次回顾了关于生物信息学流程验证的同行评议文献,并鉴定出这些方法明显缺乏一致性。工作小组指出的一个主要问题是,通常在“最终进行NGS测试的临床实验室”与“最初开发算法或软件工具的研究者或厂商”之间存在一个脱节。不同的算法和软件工具有时会在一个给定的临床测试中被结合起来,形成一个完整的流程,例如,一个工具可能被用于校准(alignment),另一个工具可能被用于变异注释。此外,一些厂商会提供各种各样的信息服务,因此,一些临床实验室有时候会将生物信息学流程中的一部分“外包出去”。针对这些问题,工作小组提出几条建议,例如建议实验室熟悉并验证生物信息每一个步骤和流程(甚至于外包部分);流程应该对试验检测所有突变样本进行验证;当依赖于软件进行变异注释(Variantannotation)时,需要经过验证,并确保有一个人工审查的警示系统。工作小组还强调了培训专业人员监督、参与验证流程的重要性和必要性。此外,生物信息学流程还需要保护患者的隐私。另一个问题是质量控制。对此,工作小组提出建议:确保信息流程被正确授权,包括追踪、维护样本验证。质量控制和保证指标应该针对测序的敏感度、特异性、阳性预测值进行合理的评估。如果序列

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