磷酸化抗体芯片项目常见FAQ

1、磷酸化抗体芯片所需样本类型有哪些？答：磷酸化抗体芯片可以做的样本类型最常做的是细胞和组织类型的样本。2、磷酸化抗体芯片到底有什么用处？答：磷酸化抗体芯片主要是能够帮助客户在最短的时间内定位到关键信号通路和通路中的信号分子。与常规的Western实验不同，抗体芯片的数据更为全面，可以对整条信号通路进行综合评价，在省时省力的同时提高了数据的完整度和科学性。3、磷酸化芯片是怎么检测信号通路的？答：针对每一条信号通路，如p53：从细胞膜到胞浆到核内，针对参与整条信号通路的关键蛋白质均设置抗体进行检测。某些蛋白会有多个磷酸化位点的情况，同样也会设置多个磷酸化位点特异抗体对其进行检测。将这些抗体结合到一张玻璃片基上，然后样本与芯片孵育反应，以实现对于一个样本中整条p53通路的检测。同时，我们还设计有广谱筛选芯片，它是将多条信号通路中的相关蛋白的特异抗体结合到玻璃片基上，从而实现对信号通路蛋白的广谱筛选。4、想知道某个基因在信号通路中的作用，可以使用信号通路抗体芯片吗？答：我们有很多类似研究方向的文献应用到信号通路抗体芯片(KangSumin,etal.J.Clin.Invest.2010、JiaD，etal.Cellresearch,2014)。比如JCI文献中，研究人员发现这个基因与头颈部肿瘤的高转移密切相关，由于RSK2属于MAPK信号通路，在探索机理的时候，研究人员将RSK2在细胞系中进行敲除后用蛋白芯片去研究MAPK通路的变化，结果迅速定位到MAPK通路中受到RSK2敲除扰动的蛋白及磷酸化位点，为机理的解释奠定了基础。在CellResearch这篇文章中，研究人员遇到同样的问题，他们发现MPZL1这个蛋白与肝癌的转移密切相关，而MPZL1并不属于现有经典信号通路，因此作者将采用PEX100芯片将现有的大多数信号通路分子进行全面筛选，结果自己找到了一条受到MPZL1敲除扰动最大的新的信号通路，完整的解释了MPZL1基因与肝癌转移的关系。5、芯片上的抗体是针对人的吗？能不能用作其它物种的检测？答：磷酸化位点具备保守性，芯片上的抗体都是以目标蛋白的保守多肽序列为抗原进行设置，芯片除了可检测人、小鼠、大鼠这3个物种之外，也有检测过鸡和猪的。其他物种要根据磷酸化位点的保守性具体判断。6、有没有适合干细胞分化、发育生物学、神经系统和细胞自噬研究的抗体芯片？答：现有的芯片一般按照信号通路、蛋白功能类别等进行设计，这些种类的蛋白质可能在多种研究方向中都起着重要作用。因此，如果想运用芯片进行诸如干细胞分化等方面的研究，则需要针对研究目的进行分析，进而细化出需要检测的某一类或几类蛋白质，从而选用相关芯片进行检测，这样无论在实验成本上还是创新上均更加合适。7、做药效是做蛋白差异好呢还是做磷酸化好？答：一般情况是磷酸化更好，除非这个药直接入核，去调节基因表达，大部分药在膜上和胞浆都起作用，主要是影响信号通路活性。如果客户的药在24小时内就引起效应，一定是信号通路磷酸化在起作用，因为蛋白表达变化一般发生在48小时以后。8、有代谢相关的信号通路蛋白芯片吗？答：经典的代谢通路目前还没有抗体芯片产品，但越来越多的研究在关注信号通路对于代谢通路的调控效应，比如Warburg效应。在此效应中AMPK、PI3K-AKT、IGF等信号通路的变化最终都会影响糖脂代谢通路的变化。因此，可以采用这些通路的芯片来观察对代谢通路的影响。如果只关注代谢通路的变化，还可尝试利用我们的代谢组学平台，通过代谢通路终产物代谢物的变化来分别推导每一步代谢酶可能的活性变化。还可以采用MRM质谱技术挑选特定的蛋白指标进行检测，既起到高通量筛选的作用，又摆脱了抗体的限制。9、我想检测与AD相关的Tau蛋白磷酸化变化，你们有这方面的蛋白芯片吗？答：首先，与AD相关的信号通路有很多，如Wnt,CREB,PI3K-AKT等通路，我们都有对应的磷酸化抗体芯片。其次，我们还有Neuroscience磷酸化抗体芯片和广谱芯片，这些芯片不仅包含很多Tau蛋白及磷酸化位点抗体，而且可以较为系统的认识AD相关通路的整体变化情况。如果做标志物研究，想从血清或者脑脊液中检测Tau及p-Tau181等磷酸化蛋白，可以是使用simoa技术做检测。10、广谱筛选芯片怎样确定关键信号通路及蛋白位点？答：比较有代表性的信号通路广谱筛选芯片如PEX100对31条信号通路进行全面筛选。在数据分析过程中，可以将这些信号分子归属到具体的信号通路当中，如果发现在自己的研究对象中某条信号通路中的超过20%以上的蛋白均发生了调变，就足以说明这条信号通路与研究信息密切相关。进一步通过梳理信号通路间的关系找到最为关键的一条