曙光集群用户使用手册

-.z.登录和文件传输登录方式为ssh，与telnet功能类似，推荐的登录工具为putty或者SecureShell〔.oklinu*./html/download/ser/20070917/35112.html，绿色版无需安装〕在地址栏输入本集群的登录地址(node1对应的局域网IP)，点击“翻开〞，就会出现登录窗口，输入用户名、密码即可。文件传输为sftp，与传统ftp类似，但其协议更平安可靠，推荐工具为filezilla。〔，绿色版无需安装〕输入登录地址，输入用户名和密码，端口填22〔本软件支持ftp，端口为21〕，点击快速连接，即可使用，操作方法与常用ftp工具类似。图形窗口支持Linu*推荐使用vnc。vnc可以将用户的操作状态保持在效劳器端，即使断开连接也不会影响到正在进展的操作、计算等。登录到linu*效劳器中，在命令行运行vncserver。第一次运行时需要输入VNC登陆用的密码：根据提示输入新的vnc密码。此密码与用户登录密码无关，将在登录vnc时需要。此处提示的node1:2即为vnc成功翻开的端口。运行vncclient，输入登录效劳器地址和端口号，点确定，输入前面设置的密码，即进入了图形窗口。注意：在第一次启动了vncserver之后，vnc的连接一直可用，全部图形窗口保持在Linu*效劳器上。因此，只在每次效劳器重新启动后运行一次vncserver即可，由于用户较多，请勿启动多个。如果需要使用node2的图形界面，可执行ssh-*node2。作业提交Fluent图形方式运行首先通过VNC登陆到图形界面，如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择*term，输入以下命令即可运行：此处myhosts为用户指定的host文件，容如下所示：node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。在图形界面下导入cas和data文件，修改和设置边界条件等并计算(和在windows下操作单机版Fluent一样，略)：注：通过VNC使用图形界面方式运行fluent时，无需保持PC机与效劳器的连接，只要vncserver没有重新启动，即可随时连接到原有的窗口。命令行方式运行建立script1文件：script1容如下：〔注：其中fl5m1.cas为cas文件名，根据实际进展修改；solve/iterate25表示迭代25步，也可根据需要修改步数。〕用命令行进展fluent计算：此处myhosts为用户指定的host文件，容如下所示：node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。作业调度方式运行注：PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交1．编译脚本script1，容如下〔与上面脚本运行方式一样〕：file/rcdsolve/iterate25/file/wcdfl5m1_final.datparallel/timer/usagee*ityes2．编辑pbs脚本fluent.pbs，容如下：*!/bin/bash*PBS-Njob1-8cpu*PBS-lnodes=1:ppn=8*PBS-joeINPUTFILE=script1OUTPUTFILE=script1.logcd$PBS_O_WORKDIR**pib.daplindicateusingibprotocalandtheudaplway.t8indicatesusing*8processors*NP=`cat$PBS_NODEFILE|wc-l`datefluent3d-t$NP-f=$PBS_NODEFILE-g-i$INPUT>&$OUTPUTdatee*it0提交作业：qsubfluent.pbs用qstat-a和pbsnodes-a以及top命令查看作业是否正常排队运行。注：红色字体局部需要根据实际情况改动，黑色字体为固定格式的容。获取计算结果1．如果用图形界面的方式运行fluent，可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他*个目录下，然后用ftp软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进展后处理。2．如果用命令行的方式运行fluent，dat文件自动保存到当前目录，文件名由script1文件的容决定〔例如“file/wcdfl5m1_final.dat〞则表示dat文件为fl5m1_final.dat〕，用软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进展后处理。Ansys作业图形方式运行通过vnc登录以后，运行launcher121，即可进入ansys界面，选择相关的模块点击run即可。命令行方式运行在命令行方式下，不能进展交互的图形操作，所有的命令需要通过命令流来实现。假设写好的命令流文件为input.inp，运行方式如下：单节点：ansys121-np16-iinput.inp>&output.log&多节点运行：ansys121-dis-machinesnode1:16:node2:16-iinput.inp>&output.log&作业调度方式运行编写一个pbs脚本ansys.pbs如下所示：*!/bin/bash*PBS-joe*******************whatyoujustneedandcouldeditarebetweenthetwolines***********************PBS-Nmy_ansys_test*PBS-lnodes=1:ppn=16INPUTFILE=wing.inpOUTPUTFILE=wing.log***********************************************theend**********************************************cd$PBS_O_WORKDIRnp=1forNODEin`cat$PBS_NODEFILE`;dohost=$NODEif[!-z$lasthost];thenif[$host=$lasthost];thennp=`e*pr$np+1`elseif[-z$mList];thenmList=$lasthost:$npelsemList=$mList:$lasthost:$npfinp=1fifilasthost=$hostdoneif[-z$mList];thenmList=$lasthost:$npelsemList=$mList:$lasthost:$npfiansys121-dis-machines$mList-i$INPUTFILE-o$OUTPUTFILE写完以后提交方式与fluent一样，qsubansys.pbs即可。CF*作业图形方式运行在图形窗口中运行cf*5即可。命令行方式运行CF*支持PVM和MPI两种方式的并行，通常MPI的性能更好一些，建议采用。同时还有Local和Distributed两种运行模式，单机上建议采用Local模式，而跨节点时只能采用Distributed模式。cf*5solve命令可直接进入求解模式。cf*5solve-defBenchmark.def-par-dist'node1*8'在本机上用8个核心并行cf*5solve-defBenchmark.def-par-dist'node1*8,node2*8'采用2个节点各8个核心进展分布式并行计算作业调度方式运行[testnode34cf*bm]$catpbs_cf*.ib*!/bin/bash*PBS-NCF*_8cpu*PBS-lnodes=1:ppn=8INPUTFILE=Benchmark.defOUTPUTFILE=Benchmark.log************************************************************************Youdon'tneedtomodifythelinesbelow************************************************************************PeHostfile2MachineFile(){cat$1|whilereadline;do*echo$linehost=`echo$line`*addherecodetomapregularhostnamesintoATMhostnamesif[-z$mList];thenmList=$host"*1"elsemList=$mList,$host"*1"fiecho$mListdone}CF*_PBS_NODEFILE="/tmp/cf*_`whoami`_$PBS_JOBID"PeHostfile2MachineFile$PBS_NODEFILE|sed"s*bnode*node*g">$CF*_PBS_NODEFILENPROCS=`wc-l$PBS_NODEFILE`cd$PBS_O_WORKDIRcf*5solve-def$INPUTFILE-par-dist`tail-n1$CF*_PBS_NODEFILE`写完脚本就可以按如下方式提交作业：[testnode34cf*bm]$qsubcf*.pbsABAQUS作业图形方式运行在图形窗口中运行abaquscae即可。命令行方式运行单节点运行：abaqus-jBeamloading.inpcpus=8跨节点运行：首先需要添加指定运行节点。在工作目录进展以下操作：echo"mp_host_list=[[\‘node1\’,8],[\‘node2\’,8]]">abaqus_v6.env表示分别从node1、node2调用8个core来进展计算。设置好了环境变量以后，通过abaqus-jBeamloading.inpcpus=16int来运行。作业调度方式运行[testnode34cf*bm]$catpbs_cf*.ib*!/bin/bash*PBS-Nabaqus_job*PBS-lnodes=2:ppn=8*PBS-joe****changeyourinputfileandjobnamehere****INPUTFILE=studyQA_std.inpJOB=`echo$INPUTFILE|cut-d"."-f1`cd${PBS_O_WORKDIR}source/public/software/Abaqus-6.9/abaqus.shcpus=$(wc-l$PBS_NODEFILE|awk'{print$1}')mp_host_list="["fornin$(sort-u$PBS_NODEFILE)domp_host_list="${mp_host_list}['$n',$(grep-c$n$PBS_NODEFILE)],"donemp_host_list=$(echo${mp_host_list}|sed-e"s/,$/]/")echo"mp_host_list=${mp_host_list}">abaqus_v6.envSTARTTIME=`date`****themaine*ecutemandabaqusjob=${JOB}cpus=${cpus}mp_mode=mpistandard_parallel=allinteractiveENDTIME=`date`echo"thejobstartat:${STARTTIME}"echo"thejobendat:${ENDTIME}"Web提交使用IE翻开:8080,并使用对应的用户名和密码登陆，点击作业调度-作业提交集群名称为唯一的选项Cluster_node。。。，队列选择必须是用户对应的许可的队列，工作路径为输入文件所在的目录，通常为用户home目录下的含有模型文件的*一子目录，如test用户目录下的fluent目录中存放了fluent的输入文件fluent.jou、fluent.dat、fluent.cas，则工作路径为/cae01/home/test/fluent。选择命令行提交方式，将前面写好的pbs脚本放入输入框中，点击提交，即可将作业提交到对应的队列。常用pbs命令qsub命令—提交作业命令格式：qsub[-adate_time][-cinterval][-Cdirective_prefi*][-epath][-I][-jjoin][-kkeep][-lresource_list][-mmail_options][-Muser_list][-Nname][-opath][-ppriority][-qdestination][-rc][-Spath_list][-uuser_list][-vvariable_list][-V][-Wadditional_attributes][-z][script]参数说明：因为所采用的选项一般放在pbs脚本中提交，所以具体见PBS脚本选项。例：*qsubaaa.pbs提交*作业，系统将产生一个作业号qstat命令—查询作业命令格式：qatat[-f][-a][-i][-n][-s][-R][-Q][-q][-B][-u]参数说明：-fjobid列出指定作业的信息-a列出系统所有作业-i列出不在运行的作业-n列出分配给此作业的结点-s 列出队列管理员与scheduler所提供的建议-R 列出磁盘预留信息-Q操作符是destinationid，指明请求的是队列状态 -q列出队列状态，并以alternative形式显示-auuserid列出指定用户的所有作业-B列出PBSServer信息-r列出所有正在运行的作业-Qfqueue列出指定队列的信息-u假设操作符为作业号，则列出其状态。假设操作符为destinationid，则列出运行在其上的属于user_list中用户的作业状态。例：*qstat-f211查询作业号为211的作业的具体信息。qdel命令—删除作业命令格式：qdel[-W间隔时间]作业号命令行参数：例：*qdel-W1521115秒后删除作业号为211的作业setserverdefault_queue=batch"PBS脚本文件PBS脚本文件由脚本选项和运行脚本两局部组成。(1)PBS作业脚本选项〔假设无-C选项，则每项前面加‘*PBS’〕-adate_time：date_time格式为：[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS]表示经过date_time时间后作业才可以运行。-cinterval：定义作业的检查点间隔，如果机器不支持检查点，则忽略此选项。-Cdirective_prefi*：在脚本文件中以directive_prefi*开头的行解释为qsub的命令选项。〔假设无此选项，则默认为’*PBS’〕-epath：将标准错误信息重定向到path-I：以交互方式运行-jjoin：将标准输出信息与标准错误信息合并到一个文件join中去。-kkeep：定义在执行结点上保存标准输出和标准错误信息中的哪个文件。 keep为o表示保存前者，e表示后者，oe或eo表示二者都保存， n表示皆不保存。假设忽略此选项，二者都