生物信息学序列比对方法

生物信息学

Bioinformatics

1问题一：这是什么基因？问题二：编码的蛋白质序列是怎样的？问题三：有没有保守的功能结构域？问题四：它的功能是怎样的？问题五：它在真核生物中保守吗？问题六：有没有三级结构信息？问题七：和哪些蛋白有相互作用？问题八：不同组织中基因表达特异性是怎样的？问题九：该基因启动子序列是什么？是否受到某些转录因子的特异性调节？问题十：是否受到某些小RNA的调节？2问题一：这是什么基因？/Blast.cgi3提交序列Blast结果Edem2Gene

info:

2号染色体相关文献功能注释：Gene

Ontology结论一：核酸序列2.染色体定位：2号染色体，位置155701673..155729475；含有个11外显子。mRNA序列号NM_145537。

3.初步的功能分析：分子功能

生物过程1.该基因为鼠的Edem2基因，也被称为AI327354;9530090G24Rik。问题二：

编码的蛋白质序列是怎样的？/gene/16NP_663512:577aa获取FASTA序列结论二：氨基酸序列小鼠的Edem2基因编码蛋白名字为ERdegradation

enhancer,mannosidasealpha-like2precursor这个蛋白质包含577个氨基酸，序列号NP_663512。

>gi|254540029|ref|NP_663512.2|ERdegradationenhancer,mannosidasealpha-like2precursor[Musmusculus]MPFRLLIPLGLVCVLLPLHHGAPGPDGTAPDPAHYRERVKAMFYHAYDSYLENAFPYDELRPLTCDGHDTWGSFSLTLIDALDTLLILGNTSEFQRVVEVLQDNVDFDIDVNASVFETNIRVVGGLLSAHLLSKKAGVEVEAGWPCSGPLLRMAEEAARKLLPAFQTPTGMPYGTVNLLHGVNPGETPVTCTAGIGTFIVEFATLSSLTGDPVFEDVARVALMRLWESRSDIGLVGNHIDVLTGKWVAQDAGIGAGVDSYFEYLVKGAILLQDKKLMAMFLEYNKAIRNYTHFDDWYLWVQMYKGTVSMPVFQSLEAYWPGLQSLIGDIDNAMRTFLNYYTVWKQFGGLPEFYNIPQGYTVEKREGYPLRPELIESAMYLYRATGDPTLLELGRDAVESIEKISKVECGFATIKDLRDHKLDNRMESFFLAETVKYLYLLFHPNNFIHNNGSTFDSVMTPHGECILGAGGYIFNTEAHPIDPAALHCCRRLKEEQWEVEDLIKEFYSLKQSRPKRAQRKTVRSGPWEPQSGPATLSSPANQPREKQPAQQRTPLLSCPSQPFTSKLALLGQVFLDSSFASTA格式序列如下：问题三：

有没有保守的功能结构域？

http:///Structure/cdd/wrpsb.cgihttp:///Structure/lexington/lexington.cgi?cmd=rps23查询保守结构域查询保守结构域保守结构域结构检索工具（CDART）结论三1.这个蛋白质具有保守结构域Glyco结构域。2.很多生物有该结构域。保守结构域问题四：它的功能是怎样的？//gene/31UniProt:

蛋白质数据库在哺乳类数据库中做BLAST搜索Q8BJT9蛋白质信息功能注释结论四：功能分析1.功能分析：钙离子结合分子功能。2.亚细胞定位：无。3.配体结合：无。问题五：它在真核生物中保守吗？

/blast/http:///homologene/http://cegg.unige.ch/orthodb643/blast/71ChordataMammalia-mammals(15transcripts,13species)Actinopterygii-bonyfishes(10transcripts,10species)Amphibia-amphibians(3transcripts,2species)Amniota-vertebrates(2transcripts,1species)Ascidiacea-tunicates(2transcripts,2species)Aves-birds(2transcripts,2species)Hyperoartia-vertebrates(1transcript,1species)ArthropodaInsecta-insects(12transcripts,11species)Arachnida-arachnids(2transcripts,2species)Branchiopoda-crustaceans(1transcript,1species)Malacostraca-crustaceans(1transcript,1species)Maxillopoda-crustaceans(1transcript,1species)PlatyhelminthesTrematoda-flatworms(4transcripts,2species)Turbellaria-flatworms(2transcripts,1species)CnidariaHydrozoa-hydrozoans(3transcripts,2species)MolluscaGastropoda-gastropods(2transcripts,2species)NematodaChromadorea-nematodes(2transcripts,2species)AnnelidaPolychaeta-segmentedworms(1transcript,1species)Hirudinida-segmentedworms(1transcript,1species)ChlorophytaChlorophyceae-greenalgae(1transcript,1species)DictyosteliidaDictyostelium-cellularslimemolds(1transcript,1species)CodonosigidaeMonosiga-choanoflagellates(1transcript,1species)脊索动物哺乳-哺乳动物（15转录物13种）辐-硬骨鱼类（10转录物，10种）两栖纲-两栖类（3转录物，2种）羊膜-脊椎动物（2转录物，1种）海鞘纲-被囊动物（2转录物，2种）鸟纲-鸟（2转录物，2种）七鳃鳗纲-脊椎动物（1转录物，1种）节肢动物昆虫-昆虫（12转录物，11种）蛛形纲-蛛形纲动物（2转录物，2种）鳃-甲壳类动物（1转录物，1种）软甲纲-甲壳类动物（1转录物，1种）颚足纲-甲壳类动物（1转录物，1种）扁形动物吸虫-扁形虫（4转录物，2种）涡虫纲-扁形虫（2转录物，1种）刺胞动物门水螅–水螅

（3转录物，2种）贝类腹-腹（2转录物，2种）线虫色矛纲-线虫（2转录物，2种）环节动物门-分段多毛类蠕虫（1转录物，1种）蛭纲-分段蠕虫（1转录物，1种）绿藻绿藻-绿藻（1转录物，1种）网星目粘菌-细胞粘菌（1转录物1种）CodonosigidaeMonosiga-领鞭毛虫（1转录物，1种）76结论五：分子进化1.该EDEM2基因是人类，黑猩猩，猕猴，狗，牛，大鼠，鸡，斑马鱼，线虫，果蝇，蚊子，拟南芥，水稻保守，和青蛙。2.在大鼠Q6AYI8中同源性很高3.在大肠杆菌和酵母中同源性很低问题六：有没有三级结构信息？/pdb/home/home.do81没有此图结论六没有3D结构问题七：和哪些蛋白有相互作用？/proteomicshttp://string.embl.de/89结论七：蛋白质相互作用1.AI327354在小鼠中无相互作用蛋白。2.AI327354在果蝇中同源物与YOS9，

DER1，HRD3，DFM1，SEL1L，OS9相互作用蛋白。问题八：不同组织中基因表达特异性是怎样的？/unigene/geoprofiles//http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/cgi-bin/source/sourceResult99结论八：基因表达1.小鼠Edem2基因的表达：身体部位：膀胱，血液，骨髓，大脑，结缔组织，眼，心，内耳，小肠，肾脏，肝脏，肺，淋巴结，肌肉，鼻咽乳腺，卵巢，输卵管，胰腺，唾腺，皮肤，脊髓，脾，胃，睾丸，子宫，胸腺，卵母细胞，未孕卵，新生儿少年，成人；发育过程中：胚胎组织，胚外组织，胚泡，原肠胚，器官发生，胎儿2.无表达：身体部位：脂肪组织，骨，肾上腺，背根神经节，受精卵，附睾，臼齿，嗅觉粘膜，松果体，脑下垂体，前列腺癌，交感神经节，甲状腺，舌头，阴道，泡状腺。发育过程中：卵裂期，受精卵，桑椹胚，卵筒。问题九：该基因启动子序列是什么？是否受到某些转录因子的特异性调节？//tools/FirstEF/http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html/pub/programs.html#matchhttp://www.genomatix.de/cgi-bin//sessions/login.pl?s=6ab17a99c7e9bc3ccb95bcefe1bbf27d131UCSC下载启动子序列/132结论九：基因上游调控区分析>mm10_ensGene_ENSMUST00000040833range=chr2:155729476-1557314755'pad=03'pad=0strand=-repeatMasking=noneAAATTTCTCTTGCTTTAAGCTTCCATGTTGGTGATAATTTGTTCTAGTAGCTTGGGAAACCTATACAGTCTCCCTGTGTTATTATCCAGGTCTTAGTTTCTTTTGGTTTCCCTTCTATCTGGCCCCTCTAAGAAGTATTTAAAAAATATTCTCCTAGTGACTCAGTATTTGCTATGCCATTATTATAGGCATTTTATATGGTTCACTGAATCCTCTAACCCTATTAAGCAGGTATTAATATTCTTCATAATTTATAAATGAGAAAAAAAGGTGAGGCCACACTCCTAATAATACTGCCCCAATTTAACACTGACACATTGACCCTTGACCCATCTATACTAAAACCTTTTTATTGAATTTAGGACCCACTTTGGGTTAGATATGGAGTTTAATTTGTTTATCAACTGATGGCACTTTGGGACACTTAATGAGGGATATTTTCAAGAATGCTGGATTGGGATTGGAGAGATGGATCAATGGTTAAGAGTACTAACTACTCTTCTAGAGCACCTGGGTTGAGTCTTAGCACCACATGGAAGCTCACAATACCTATAATTCTAGACCCAGAGGACTCTACACCCTTTTCTGGCCTCAGAGGTGACCTGGCATGCACAAAATTATGTACAAAATCCTCATGTACATAAATAAATAATATTATTGTGTGCTCCAAACTTGCTTATAACTCTTCACCTATGCTTATGTAAGCAGCCCTAATTAAACCTAATCTACCCCAATCACAACCACAAAAAATGACAGTAGGAGGGGTTTGGGAGGAAAAAGGAGGAGAGAAGAATGGTGAAGGTAATGGGGGAGGGGCGGTGACCAGAACATATTCATACATATATGAAATTGTCAAAGAACAAGAATTAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAACTGGGCCAAAGAAGGCAGAGTCTGCCTGCACTTTGCTCAATAAATGGAGCAGCCATTTCCCTCTGAATTTTTCAGCAAAGAAGAGTTGGGCAATGCTAGAATTAAAGAAAAGTTCAAATTAAAAGGATCTCAAATATCAGTTTAGACAAACCCTTTCATAAATGTGGGTGCTGTGCCTGGAGGATGAGAGGGACTCCTTTAAGGTTATATAGGTTATGTGTGAATGGTAGAGTCGTAATGAACCCCAATCGAACTTCAAATCTAGGGTTGTCTACAGCTCATTCCACTGACCAAAGAGAAGGGGGTTGCTGTAGATAGCGCACTAACAGAGTCTAGGACCTAGCAAGAGAGTGGGGAAACTGGCCCAGATGTTCTTTTTATTTTGTTTTATTTTGTTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTGACTTTGTAGACCAGGCTGACCTCGAACTCAGAAATGTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACCGCCCGGCCGGCCCAGATGTTCTTAAAGGAAGAATGCTGGGTCTTCATTCTCACCAGGGATGGCAGCCACTGAGATGGTCCAGGTAAAGTCCTGGGTTGATTTAGAGACTGAAGGGACCGTGATTTCATGGCACCCTAAAGTGAAAGACCGTCATAAATGTATGAATTCCTAGAACAAAAGGGATTTCTGGAAACCTTAAGGCTTTGGGAAAATAATTCTAGAGTTTACTTACACAATGGTTTGTCAAACCCTGTGTCTATTATAGTCAAAGCCGAACATTTTTCATCCATATTTACATAGGCATCTGCTCAAATCTTGAGTACCTGCTAGCCCCTCCTTTAAAAGGTATTTGGAAAAAAAACAAAAATTAACTAGATGGCGCCTGTAAAGTGCTCCTAACACTTTAATTCACCGAAGGTGCTCAACAAACAGAAACTGGGATTGTGAAAACATTATTAACAGCAGCCACAGCAACCACTGTCTTTAAGACACGTTGAACTCCTCTCTGTAGACCAGAAATCCCGAGATGCTCTTTTGCCAGGGCTCCACCGCCCATTGCATCCTGGGCTTTGT小鼠Edem2基因启动子序列问题十：

是否受到某些小RNA的调节？/miRecords/prediction_query.php/microrna/home.do153miRNAExpressionmmu-miR-2123mmu-miR-590-5p23mmu-miR-199a-5p1mmu-miR-290-5p15mmu-miR-292-5p15没有视图表达概要结论十：miRNA的调节1.多个软件预测小鼠Edem2基因可能受到几个miRNA的调节。2.miR-590-5p定位3号染色体。这个基因编码丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族成员和TGFB受体亚科。编码的蛋白质是一种跨膜蛋白,蛋白激酶域,形成heterodimeric复杂的与另一个受体蛋白质,绑定及护。这种受体磷酸化蛋白质/配体复杂,然后进入核和规范的一个子集,基因的转录与细胞增殖有关。这个基因的突变与马凡综合征,Loeys-Deitz主动脉瘤综合症,和各种类型的肿瘤的发展。或者拼接成绩单变体编码不同亚型特点。(由RefSeq提供,2008年7月)

总

结1.核酸：该基因为鼠的Edem2基因，也被称为AI327354;9530090G24Rik，染色体定位在2号染色体，位置155701673..155729475；mRNA序列号NM_145537；含有个11外显子。

3.功能分析：分子功能

生物过程2.蛋白：小鼠dem2基因编码蛋白名字为ERdegradation

enhancer,mannosidasealpha-lik