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文档简介

野生稻O.rufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析NCGR2008-09-03背景

野生稻O.rufipogon(AAgenome)是与栽培稻关系最近的祖先水稻品种1,2。具有许多优于栽培稻的农艺性状,比如耐旱、耐盐等等3,4;公共数据库中有大量栽培稻的基因组序列信息5,6,同时也有大量的cDNA资源7,8;极少野生稻的序列和克隆资源,比较成规模的是Oryzaminuta(BBCCgenome)5,211条叶片ests9。现状与目的

NCGR野生稻资源:克隆并精确测序了1,888个unique的O.rufipogonW1943cDNA克隆。期望通过W1943cDNA序列与籼、粳稻cDNA序列的比较:汇总一些水稻新基因、潜在野生稻特有的基因、W1943特有剪切方式基因、组织特异性高表达的基因和与microRNA相关的基因;提供一些线索,供有兴趣者作进一步研究之用。1昏8各8平8宗W座1跪9器4智3祖c存D丽N似A楼sB但L棋A戴S杏T若a灵g印a旧i针n喝s记t遭c扁u氏l吓t玩i麦v局a猫t蜻e阁d睛r凳i轻c适eg胀e愤n疮o粘m捷i犁c尖s逐e闸q扮u吧e公n他c厉e绳s驻a膛n达d男c块D端N宾A齿s1震8蹄8首8抖W斜1卸9时4芦3卫c损D食N蕉A知sS申S更R闭c窃o宰m虑p帅a碎r户i老s角o背nw亮i滚t烤h盯i帽n姐d符i江c刘a增a招n敏d租j后a聪p阵o污n辛i缺c慈a泄c武D广N起A理s一约、腰未旦匹给配锹粳推稻循基狗因端组棵之原基酷因定场义:祝未被能战定嫩位剑到O直.迎s锐a拦t版i何v访aj犬a牢p详o长n扔i系c泛a仇N紫i割p精p五o隙n鞠b德a笔r弄e缺g戏e篇n术o果m油e师s普e安q兄u毫e谎n凝c蝴e捞s,犯但堂与额籼感稻网9路3摄-醉1螺1惭基断因偏组忘序筹列洞有厉同扔源娱或鼻与榴水酿稻擦e皱s尤t酬s蒜序洗列鲜有索同恒源天或顶与鉴其泳它惕禾亲本漆科犬e兽s草t咳s偿序粮列剃有轻同乓源碧。祥且宿去剪除筋与梢细愉菌验有哑同加源丙的察基士因解俩释:嫂或凉者阿落度于沫粳缠稻林基毒因丽组撕测耗序老g蕉a诸p笑中峡,笑或康者讨籼途稻堡特阔有袋的放基讨因涛,汇或手者妄野哑生续稻弃特瞧有侍基弦因乳。name93-11contigsESTsormRNAhitsproteinname93-11contigsESTsormRNAhitsproteinCT842002Contig005912AK241925-CU406895Contig003011CT859459-CT842007Contig008507CT856206-CU861744Contig000750AK099287ring-boxproteinCU405940Contig001402AK103326-CU405657-CT856885-CU406172Contig014596AK242967-CT841712-CA766528-CT842006Contig000383AK111647GTP-bindingproteinCU405768-CT83665660SribosomalproteinL7ACU861753Contig000750AK099287ring-boxproteinCU405675-CA75623560SribosomalproteinL17CU406308Contig000444AK070131-CU406202-NM_001063334-CT841996Contig002576CT834800-CU406924-AC145809-CU406568Contig003848AK064050BowmanBirktrypsininhibitorCU405898-CN130755.1(Sorghumbicolor)ribulose-bisphosphatecarboxylaseCU406582Contig000444AK107776-CU406778-BE429292.1(Triticumturgidum)-CU406596Contig001277AK242711-CU861677-FF534517.1(Manihotesculenta)-CT842008Contig008507CT856206--CT841912-EH277383.1(Spartinaalterniflora)-二竭、水槽稻咬新基匠因定掠义芒:能祖定虾位蹈到轰栽朴培锈稻赞基尖因丢组鹅序虚列金的廉同余源溉,援但双无改任移何仅已脑知栏水刃稻述表下达鸭序奥列蛙的胖同属源关。六与孙r薯i博c舞e显M怪P拌S幸S浙搜距索满比梨较粮几庄乎雄没墓有寻找歇到收匹览配笼片袖段座。解匹释栽:水挤稻思新恐基交因斗。暮或絮者颜在扮栽导培湾稻察中致表拨达孔量市过壳低及难乱于倍克伏隆驳,积或姻者电野纲生殿稻轧特辣有各。nameLen(bp)ChrlocationIdentity(%)nameLen(bp)ChrlocationIdentity(%)AntisenseproteinCU4069106561099CU4057857270599CA764081DNA-directedRNApolymerase3CU4061385680299CU8617954750979CT858901-CU4060225431299CU4063558371297AK107125AP2domain,putativeCU40575747704100CU4063965200299AK103485-CU40692141402100CT8418009411199AK121962patatin,putativeCU40653538902100CU8616886930899AK109182-CU4068325301092CT84193715520898AK106713-CU4068714580184注:该17个基因均没有找到任何蛋白同源匹配。右侧的7个基因与已知的水稻表达序列成反义RNA对。CU8618043830699CU86172155401100三侵、W商1廉9谜4监3特颂有裹剪纲切煎方盛式村基蔬因定走义:奋与畜栽浴培艳稻j袄a扇p丙o眨n裤i梢c孙a基降因害组山序按列睬完茅全寺一特致宿(1线0俩0晚%雹i哲d曲e住n驱t搞i塔t侨y)诵,肆同症时恒与肯栽装培冷稻壶表蔬达杀序砌列袄同残源种但辣剪宁切骨方置式港独锅有孟(苦独雄特伏的盛A乖S休剪列切趴方鸭式之)饭。解哗释:劝或婶只哗是音尚深未远克鲁隆般到军该她A狡S默表旁达竿方变式望;饲或爪为款野过生幕稻榴所跪独钩具食。nameLen(bp)ChrlocationNo.ofexonproteinCT841942978076(1stintron:GC-AG)-CU406810958066(1stintron:GT-TG)dual-specificityphosphataseproteinCT8418931011016drought-inducedproteinCT8418741369014vesicletransportproteinCU4058531377051dehydration-responsiveproteinCU405923639071IAAamidohydrolaseCU406279648051-CU406025839021-CT841561740062-CU406579468092-CU4069351345012-CU4066001107012-CU405570952012-CU406091893013-CU406134665103-s吐o锤m翻e己W碧1毛9壤4悦3牛c县D吐N值A扔s枪u他n望i占q锅u陆e毯s贫p逮l蜡i锐c锅i梯n签g断p街a宋t曲t章e蕉r器nⅰ暗:拜T顽h狸e址e迎x脚p射r熔e渠s宝s侵i此o泻n尚l逮e脆v研e舒l匆o辽f冻e甘v雕e径r秘y协g宝e懒n爱e招s陪h已o施u荣l尼d涉e谜x淘c璃e咽e破d走1独0陕0呀t踪蝶p嚼m现(板t萄i扰m缠e绣s侧p鸭e居r逗m针i党l曲l玩i离o纹n详)盖o钟f倾a瞎t园l它e睡a犁s嘉t笑o疫n末e柔t姻i夺s浪s百u立e兼.ⅱ伯:掏I抚f歇t冲h硬e猛g及e避n帜e饲e香x铅p饿r描e华s越s垫e舌d蚀i花n袜s萌e摔v宽e川r熔a姓l酬d畜i耽v粪e裁r乳s邻e闪t信i麻s梳s回u棍e闭s皆,顽t威h扩e绣n淋t笛h丈e嘴p关e堤r谅c虏e殊n颤t社a折g兆e缓o附f虫t事h椒e络h偿i芬g知h获e宵s贝t梁e万x脱p今r好e场s药s恒i茂o异n崖l禁e谈v底e幻玉l宁s瓦h陪o让u弄l疮d炮b层e响m毛o机r棋e煌t炉h荡a往n成7厕5演%春a替m寨o鸡n夜g督a割l验l溉t润i烈s闲s谈u昏e俘s笑.ⅲ绑:劝T盯h百e金r吼a扫t鞋i处o饰o犯f斑t楼h锦e沃f杠i叔r渠s御t简t棍w牧o像h族i疏g逼h牺e蚊s朵t宇e胜x肆p秩r证e旧s倍s彩i填o案n级l怖e书v弟e沾l自s船h店o攻u梅l猪d窄b仗e内o峰v文e设r旬1俊0汪.4颗1赤p辛u稳t么a户t桃i拾v距e稿t涨i除s捏s穗u歇e攻-鸣s怕p卷e遣c摘i揉f续i译c泡g输e坦n系e寨s1敏0h林t巨t侨p内:犬/践/呆m劝p济s筝s膝.丈u皆d后e东l述.帜e箭d您u鼓/舰r励i贪c推e循/e酸x玩o梦n剪艳切嫩出巾现i逆n突t翅r壁o眉n逃;龙i捎n温t断r叼o麦n手中泡出纤现使e磁x欲o菜ne骡x骂o族n剪设切蜓出块现i招n摧t叛r躬o乌ni苗n锄t缘瑞e腹r乐g镜e疮n群i者c缴区出适现e酬x抄o磁n2疲个考e锹x泡o件n基合沿并皇成再单声e摩x论o愁n四轮、焦组盯织苗特桃异壤性兄高修表学达兽基肺因namelenORFtissueproteinorw1943s101k15619bp51-434bpleaflight-regulatedproteinorw1943c102c24833bp62-463bpleafsubunitofribulose-1,5-bisphosphatecarboxylaseorw1943s101p081544bp111-650bpleafglycolateoxidaseorw1943s101h18912bp120-752bpleafH+-transportingATPsynthasechain9-likeproteinorw1943c113b17837bp108-623bpleafretrotransposonprotein,putative,unclassifiedorw1943c002g13843bp58-576bpleafalanineaminotransferaseorw1943c003d24404bp18-227bpleafferredoxin-NADP(H)oxidoreductaseorw1943c104a05985bp70-777bpleafphotosystem-1Fsubunitprecursororw1943c006o21625bp89-310bprootmetallothionein-likeproteintype1orw1943c103g16916bp110-553bprootMAPEGfamilyorw1943c003o09619bo111-311bprootPotatoinhibitorIfamilyorw1943c112g141008bp58-825bprootreceptor-likeproteinkinaseorw1943c104g04805bp115-618bprootpathogenesis-relatedproteinPR-1aorw1943c006h22664bp1-453bprootpathogenesis-relatedprotein4borw1943s101p06512bp36-353bprootN-carbamyl-L-aminoacidamidohydrolaseorw1943c111d191399bp59-1312bpgerminatingseedlingputativealpha-galactosidaseorw1943c002o05769bp82-432bpgerminatingseedlingnonspecificlipid-transferprotein2precursororw1943c002p22518bp92-331bpmeristematictissuemetallothioneinorw1943c109d02682bp45-230bpmuturepollenputativelipase五誉、冈潜鼠在m工i尸R乌N全A柏及僻m沾i买R基N淘A国靶轿基慌因m谷i糖c陵r狗o励R偷N篇A晋s冬:2听1芝-残2起3鼓n偿t小步分熟子游R洁N搬A支,半由膜具督发职夹借结隔构贡的益7像0芳-泰9降0返n揪t刚单永链蒙R怜N焦A障前孕体钳经厚D猴i锯c包e削r限酶甘加乌工级而签来饱。兰具败种唐间避保互守古性辟。作漆用芬方费式烂:锐通独过不效完简全愉互感补岔结宾合到忙靶罢目最标乳m皇R弯N客A绿(河多珍数容3谎’痕U鲜T恳R辆区的)帽,附诱车发鸡蛋谊白泰翻粪译予抑谦制碎,投不烈影碌响动转自录秘本密的焦稳谈定闷性衫;至少侄数译m汁i楚R苍N引A梨可杠能崭以声类窃似机s棕i谈R狡N比A亮的仆方德式势诱流导益靶拌目旬标浓m担R信N尘A辩的召降土解详。蝴根读据疑互凑补驰的锄完丧全搅程轰度笋发乓挥瓣不乌同断的茄作秋用穴。判液断鹿流薪程动及牵标鞋准1轰1:鉴鲁定衰潜都在泡的风野绑生驰稻m须i巨R炎N义AputativemiRNALength(bp)pre-miRNAlen(bp)hit_miRNAChrlocationmiRNAsequenceCU4062921416262osa-MIR159a01uuuggauugaagggagcucugCU4059431511101osa-MIR156j06ugacagaagagagugagcacCU86181956180osa-miR818e04aaucccuuauauuuugggacggCU861752727150osa-miR44610aucaauaugaaugugggaaauC易U佳4泽0族6那2哀9携2唯p功r宰e注-作m丘i催R缎N撒AC统U蹄4幼0奏5呆9项4牧3蹲p窑r绵e煤-遵m签i重R恰N挽Ar遥e皮f进e溜r驾e碗n镇c假e1锋.但W秤a烈n柄g减,青Z居.忆Y修.核,舍S歼e浆c各o剑n她d给,串G独.各,贩a吊n号d承T男a纷n鸟k惹s由l御e研y浴,母S史.鼓D较.驳1融9死9料2张,运P码o份l劈燕y心m归o充r异p桨h川i她s蹲m丹a挤n召d浇p创h抚y屈l折o旅g薄e能n共e欲t执i娃c坦r碧e愈l速a加t槐i龄o乒n幅s酸h荣i许p求s榜a桐m挪o等n住g宽s甘p座e兽c击i此e绸s铲i驶n烫t辰h袍e午g足e腐n美u献s汪O淋r建y仗z在a齐a宋s纲d乘e第t乡丰e军r即m双i叛n献e想d功b订y暮a换n粥a惧l腊y育s绍i攻s酷o轨f辞n戒u私c蛇l心e尿a匙r店R名F炮L躲P斩s贯,荣T屈h渐e差o页r柴.崖A赔p负p决l罪.铁G沟e封n翻e致t著.副,篇8侍3旨,领5狡6绵5咱–县5骑8御1点.2帖.播L姨o太n测d撑o遣,挣J纽奉.被P扒.闪,域C押h瓶i由a批n挡g惊,腥Y港.池C蒙.箩,兔H铃u冻n霞g壶,累K贵.砖H敌.赖,江C寇h腐i秧a族n恭g潜,肿T抱.师Y筐.算,嘴a拥n产d事S硬c朋h改a幸a樱l庄,失B拿.准A蜘.剧2腹0碰0恩6农,罢P矩h筋y页l腾o吗g晒e常o名g颗r某a禁p停h圣y砌o桨f霉A锄s歼i磁a仪n仰w泛i誓l凡d袍r纱i赞c等e辟,帅O庭r您y聪z抚a持r伐u宅f沟i寻p许o掉g权o炕n须,武r制e怨v争e牢a敏l叨s脏m排u兰l拾t约i滚p扬l芬e愧i臭n微d坐e属p膜e当n搜d谨e支n贵t堪d音o今m猫e泊s冈t锯i泳c梯a忌t量i喘o差n讲s覆o舅f升c隙u款l豆t私i正v劝a具t栽e辉d蒸r勇i逝c杂e殊,钱O岂r筛y槽z泰a校s槽a营t泥i拍v重a姓,赚P介r傍o物c帅.搏N斤a讨t蜻l贞.雄A抖c辅a威d菜.自S称c旨i抬.温U迷S距A讲,海1跃0歼3驾,陆9失5伟7明8摔-骑8病3列.3校.仿Z罪h沈a膀n李g溪,司X遥.史,彻Z残h术o馅u秘,踪蝶S廊.随,怀F揭u念,鄙Y谈.倚,态S寸u蔽,量Z耐.刮,清W冲a晕n春g肥,违X格.告,凭a幸n地d带S转u拐n腹,骄C化.族2银0嚼0袭6长,单I枪d翠e崭n秒t皂i嫩f僚i担c礼a羞t阁i卧o们n榆o浆f态a泪d凭r哈o肺u僵g益h膏t逆t虏o欲l椒e箱r齐a央n皆t谁i眯n搁t返r牲o能g笛r拘e纵s挤s亿i刃o赔n禽l辨i喉n检e河d享e驱r徐i投v海e项d著f及r汗o尘m津D任o熟n此g扎x次i鼓a桨n抹g眠c虫o调m黄m文o负n漫w题i胳l再d常r使i嗽c代e勇(椒O期.遍r草u文f板i挽p哗o秒g换o棍n则G虽r碗i攀f拿f潮.妻)钥,外P住l鸽a值n捆t乏M梨o咳l允.罩B咱i堤o秘l厉.泥,畅6串2板,泄2桐4糖7艺-请5刘9台.4隙.月T少i泛a联n伯,葱F倾.泽,剥Z宏h滥u作,忘Z渗.毛,剃Z津h阻a势n劲g枣,摄B罢.葛,工e茶t戚a舟l回.楼2牺0榴0很6傲,驴F丙i乘n则e淋m申a月p激p色i截n捐g庙o辰f煤a巩q彻u浆a撒n屋t注i胖t异a参t胖i斯v锋e田t荣r身a铺i堵t避l谋o耍c封u颜s歌f肥o骄r园g作r咐a继i菌n弄n钱u攻m蛙b介e辞r杠p请e秆r册p驳a幼n站i汉c佩l辣e籍f顿r偶o秆m杨w辱i唐l搜d研r伟i轰c员e朋(劲O岂r岂y亭z竟a阿r创u轿f冶i泻p爬o热g女o笑n悔G乒r顶i招f答f门.舱)足,朗T疼h纸e树o笋r膛.拴A事p像p恼l激.库G示e撒n伤e晌t誉.蛙,弄1卖1敏3汤,矿6悲1抓9嘴-燃2借9师.5骂.泥I葵n鸭t休e正r破n诊a刻t屠i眨o赌n字a闲l揭R柱i尊c活e净G穿e廉n冻o锤m索e剪S哪e粉q戒u厦e吊n挤c匪i哗n捕g买P脆r鸟o外j顺e健c扇t您.赛(泰2搂0贵0怠5雁)颂,跪T翼h洽e胁m能a点p驰-逆b异a蒜s陵e该d肤s胞e告q纽奉u慎e垃n俯c申e劣o咏f康t手h斯e跳r壮i枝c抽e筐g坐e锻n摇o莫m墙e伟,墙N产a黑t立u嚷r半e粱,步4禽3纤6忘,址7基9针3零-丢8精0唱0钟.6层.机Y碧u屿,记J叼.鞠,负H箩u疾,露S兴.数,正W督a刊n搞g留,累J否.订,净e缎t捷a集l晚.昌2豪0请0些2筑,典A碍d属r非a巡寿f劳t激s诞e偶q选u够e舒n挖c众e有o苦f袭t突h取e川r具i性c点e倘g滔e床n克o若m单e象O方r脉y挨z脾a竞s者a勾t笼i袖v渣a暖L贡.糠s淘s招p逝.浅i饺n探d彼i流c备a板,厕S研c凳i育e严n挪c箩e露,海2飞9翼6垮,抖9足2健-类1稍0库0缴.7泰.盏T故h奴e雀R族i奇c辞e厌F球u珠l盏l落-状L挖e塔n先g象t宵h且c糕D曲N犬A偶C臂o德n存s珠o塑r奇t柜i纳u胖m卧.史(兔2锹0术0较3旁)谎,彼C透o拾l闹l鞭e牵c最t丙i概o绞n每,盈m逝a扇p肃p宣i麻n托g族,贼a葛n瞧d逼a垄n兵n办o挡t尽a引t窜i兄o夺n习o势f恩o剃v株e拍r霸2信8杰,竿0日0朝0叶c惯D豪N陷A窄c嫂l设o撤n摇e气s赞f饰r装o务m吐j敲a艺p蚊o尸n扎i品c巩a恼r针i末c愈e踢,学S执c连i肝e弟n震c山e谷,须3亚0越1浊,远3烟7灰6库-辩3顷7找9雀.8朵.待L受i侄u卸,喷X室.接H怨.满,届L急u趟,色T蛮.肚T抬.屿,铲Y慈u宏,香S垒.缸L钳.上,处e废t链a畏l约.宜2壳0株0僻7衫,祝A辣c贝o签l竟l模e抬c且t腿i携o税n及o室f尺1朋0祖,翼0辰9纳6验i骡n解d替i炭c聋a吓r置i气c检e山f究u贩l坏l泽-盘l饱e孕n馋g仰t侧h后c哗D致N惊A访s丘r摇e悼v代e悄a孤l鞠s言h泛i眨g涉h肌l陡y兴e殊x手p宏r爸e签s泰s荐e跑d协s林e蹲q终u后e北n瘦c饺e牵d即i弓v穷e积r沈g压e增n升c框e劲b仙e蝇t滴w厉e扭e耕n离O栽r杰y愚z饥a累s兴a添t沈i脖v衫a甩i芳n佣d碧i刺c煮a千a昆n乒d伯j逝a忍p殿o卖n奋i妖c伸a呢s暗u军b伴s煮p碗e姜c胆i党e离s知,栗P装l垦a幸n绘t铲M摆o鹅l抵e底c渗u朱l敲a符r扔B妙i扒o伴l组o洗g谎y泄,僚(念a治c恒c传e抵p呼t鹿e沫d剪)而.C任h良o过,美S闻.笔K殊.送,孕O勿k输,域S佳.酱H仙.碑,完J显e梯u漠n着g秩,卸J涌.抄U领.漠,烤e想t折a米l击.宏(碌2但0债0卷4岛)黎,笋C依o宏m友p杜a刊r疤a恼t索i翠v畅e各a没n肠a哨l亭y祝s赔i尝s纸o最f移5缩慧,窄2慈1概1锁l备e鬼a准f显E鸦S也T贸s号o叛f带w校i何l毙d械r守i武c晨e胞(反

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