化学常用软件教案课件

会计学1化学常用软件第1页/共126页会计学1化学常用软件第1页/共126页北京宏剑科迅计算机技术中心

北京宏剑科迅计算机技术中心创立于1997年3月，总部位于加拿大温哥华，在北京设此公司负责在华的有关业务。面向有关化学、材料科学和生命科学领域的用户，提供系统集成服务的专业计算机公司。目前，公司同GaussianInc，CambridgesoftInc，FujitsuInc，HypercubeInc，MolproBirminghamUniversity等世界30余家著名化学软件供应商签署了中国总代理业务协议，并为用户提供了技术支持、培训中心。销售相关领域软件200多种产品及版本。第2页/共126页北京宏剑科迅计算机技术中心北京宏剑科迅计算机软件Gaussian03ChemOffice2004HyperChem7.1CacheworksystemPro6.0Molpro2002.6Jaguar4.4第3页/共126页软件Gaussian03ChemOffice2004Hype高精度能量计算

Gaussian03MOLPRO2002DFT计算

Wien2KADF

量化程序

Gaussian03HyperChem7.5MOLPRO2002JaguarSpartanQ-ChemGAMESSPQSTurbomolOrientEmbed01CAMOADFWien2KCrystalsDGaussVASP(VAMP)deMonMacroModel

教学软件:HyperChemModelChemlabScivisionSpartan

半经验程序:

CacheMOPACAMPACPCMODELAlchemyZINDOMicroAVS软件分类第4页/共126页高精度能量计算软件分类第4页/共126页软件分类分子力学动力学程序

AmberBioMedCacheGROMOSMaterialsExplorer

药物设计

CacheMFLineDataBaseVisualCloning

图形界面软件

Chem3DGaussView3.0AIM2000NBO5.0WebMODLVisualizeLenCrystalOrbdrawMolsuite

数据库搜索ChemDinderMFLineDataBaseTAPP质谱软件NIST/EPA/NIHMassSpectralDatabase其它.COSMOthermHASLNLREGCenehubterEQs4winPRO-IIicroModel第5页/共126页软件分类分子力学动力学程序第5页/共126页硬件Gaussian03forIBM小型机

RS600044P270-1

RS600044P270-2

RS/6000Model270

P系列620

P系列630-1

P系列630-2

P系列650IBM小型机联想icluster解决方案

深腾1800(4节点)

深腾1800(8节点)

深腾1800(12节点)

深腾1800(16节点)

联想Cluser第6页/共126页硬件Gaussian03forIBM小型机

RS60004用户群北京大学

北京工业大学

北京航空航天大学

北京化工大学

北京化工研究院

北京科技大学

北京理工大学化学院

广西大学

哈尔滨工业大学

衡阳师范学院化学院

湖北大学

湖北师范大学化学系

华中师范大学化学系

吉林大学

辽宁大学化学系

辽宁大连理工大学新疆大学兰州大学化学化工学院

南京大学化学系

南京东南大学

南京航空航天大学

南京理工大学化工学院

青岛海洋大学

清化大学物理系原子分子测控中心

清华大学核能技术研究院

山东大学化学系

山东大学物理系

山西大学分子科学研究所

山西理工大学

上海复旦大学

上海交通大学

上海同济大学

上海医科大学

四川大学原子与分子物理所天津南开大学中心实验室

西安交通大学

武汉大学化学系

武汉理工大学

湘潭大学化学化工学院

云南大学化学系

云南大学生化公司

昆明医学院基础医学部

浙江大学化学系玉泉校区

浙江工程学院

浙江化工研究院

浙江绍兴文理学院理学院化学系

福州大学化学化工学院

大连理工大学化工学

河北工业大学理学院

安徽工业大学

中山大学理工学院第7页/共126页用户群北京大学

北京工业大学

北京航空航天大学

北京化工大学用户群北京微量化学所

北京药物研究所解放军防化指挥工程学院军事医学科学院西安核技术物理研究所山西煤化所天津药物所上海有机化学院研究所上海通用电气（中国）四川抗菌素工业研究所武汉物理数学研究所沈阳中科院金属所

浙江工程式学院福建物质结构研究所大连化学物理研究所安徽光机所中国工程物理研究院化工材料所中国科技大学

中科院化学研究所

中科院研究生院

中科院金属所（沈阳）

中科院长春光学物理研究所

中科院兰州化学物理研究所

中科院武汉物理与数学所

中科院福建物质结构研究所

中科院上海技术物理所

中科院昆明植物所

中国药品生物制品检定所

中国中医药大学

中南工业大学冶金系

唐都医院

百汇电脑医院第8页/共126页用户群北京微量化学所

北京药物研究所中国工程物理研究院化工材Chemoffice2004ChemDrawUltra8.0Chem3DUltra8.0ChemFinderUltra8.0第9页/共126页Chemoffice2004ChemDrawUltra

ChemDrawUltra8.0功能简介第10页/共126页ChemDrawUltra8.0功能简介第

ChemDrawUltra8.0的新增功能FloatingPeriodicTableFloatingCharacterMapMassFragmentationTool

StructurePerspectiveToolEnhancedGraphics

TLCPlateToolStruct=NameEnhanced

ChemNMREnhanced

第11页/共126页ChemDrawUltra8.0的新增功能FloatingPeriodicTable第12页/共126页FloatingPeriodicTable第12页/共1

FloatingCharacterMap

第13页/共126页FloatingCharacterMap第

MassFragmentationTool第14页/共126页MassFragmentationTool第

StructurePerspectiveTool第15页/共126页StructurePerspectiveToEnhancedGraphics第16页/共126页EnhancedGraphics第16页/共126页

TLCPlateTool

第17页/共126页TLCPlateTool第17页/共126

Struct=NameEnhanced命名第18页/共126页Struct=NameEnhanced命名第1

Struct=NameEnhanced1-(4-(2,3-dihydro-2-hydroxy-1H-inden-1-ylcarbamoyl)-2-hydroxy-5-phenylpentyl)-N-tert-butyl-4-((pyridin-3-yl)methyl)piperazine-2-carboxamide命名第19页/共126页Struct=NameEnhanced1-(4Name=Structure3-methylbenzoicacid结构第20页/共126页Name=Structure3-methylbenzoicName=Structure3-methylbenzoicacid结构第21页/共126页Name=Structure3-methylbenzoic

ChemNMREnhanced第22页/共126页ChemNMREnhanced第22页/共12

第23页/共126页第23页/共126页

第24页/共126页第24页/共126页

第25页/共126页第25页/共126页

NewTemplates第26页/共126页NewTemplates第26页/共126页

Chem3DUltra8.0

图形显示功能第27页/共126页Chem3DUltra8.0

图形显示功能Molecule第28页/共126页Molecule第28页/共126页

EnhancedGraphicsSpinaboutX(Y,Z)axis第29页/共126页EnhancedGraphicsSpinab

EnhancedGraphicsMolecularOrbitalsHOMOBenzeneLUMO第30页/共126页EnhancedGraphicsMolecul

EnhancedGraphicsSolventAccessibleSurface第31页/共126页EnhancedGraphicsSolvent

EnhancedGraphicsDepthFading第32页/共126页EnhancedGraphicsDepthF

EnhancedGraphicsPerspective第33页/共126页EnhancedGraphicsPerspec

GaussianInterface第34页/共126页GaussianInterface第34页/共

GaussianInterfaceJobTypeComputerPropertiesMinimizeEnergySpectralAnalysisHartree-FockB3LYPB3PW91B3P86B1B96B1LYPMP2MP4MPW1PW91QCISDCASSCFExcitedStateMolecularMechanicsSemi-EmpiricalZINDOG1G2G961LYPBHandHBhandHLYPCBS-4CBS-QTheory第35页/共126页GaussianInterfaceJobTy

GaussianInterfacePropertiesSCFEnergyRMSForceDipoleChargesElectronDensityMolecularSurfacesSpinDensityHyperfineCouplingConstantsPolarizabilitiesIonizationPotentialSolventModelGasPhaseDipole&SpherePCMModelI-PCMModelSCI-PCMModel第36页/共126页GaussianInterfaceProper优化过程模拟以动画形式连续显示优化过程第37页/共126页优化过程模拟以动画形式连续显示优化过程第37页/共126页显示Gaussian计算结果GaussView界面Chem3D界面第38页/共126页显示Gaussian计算结果GaussView界面Chem3

输出格式Chem3d*.c3dChem3d3.2*.c3dAlchemy*.alcCartCoords1*cc1CartCoords2*cc2ChemDraw*cdxConnTable*.ctGamessInput*.inpGaussianInput*.gjcIntCoords*.intMacroModel*.mcmMDLMolFile*.molmmCIF*.cifMSIChemNote*.msmMOPACInput*.mopProteinDB*.pdbROSDAL*.rdlSMDFile*.smdSYBYL*.sm1SYBYL2*.sm2TinkerMM2Input*.xyzTinkerMM3*.xyzTinkerMM3(Proterins)Inputs*.xyzBitmap*.bmpEnhancedMetaFile*.emfGIFCompressedPicture*.gifJPEGCompressedPicture*.jpgPNG*.pngPostScript*.epsQuickDraw3DMetafile*.3dmTIFF*.tifWindowsAVIMovie*.avi第39页/共126页输出格式Chem3d*

ChemFinderUltra8.0功能简介第40页/共126页ChemFinderUltra8.0功能简ChemDraw/Excel第41页/共126页ChemDraw/Excel第41页/共126页

ChemFinder第42页/共126页ChemFinder第42页/共126页

ChemFinder第43页/共126页ChemFinder第43页/共126页ChemFinderReactant第44页/共126页ChemFinderReactant第44页/共126页

ChemFinderProduct第45页/共126页ChemFinderProduct第45页/共1

ChemFinderReactionType第46页/共126页ChemFinderReactionType第

自定义数据库界面第47页/共126页自定义数据库界面第47页/共126页

自定义数据库第48页/共126页自定义数据库第48页/共126页

查询第49页/共126页查询第49页/共126页ΨGaussian03计算化学面临的挑战是艰巨的，但也正在取得很大的进展，年轻化学家若对计算机有兴趣的话，那末计算化学是具有令人兴奋前景的研究领域。

──美国化学会会长R.布里斯罗第50页/共126页ΨGaussian03计算化学面临的挑战是艰巨的，但也正在取

Gaussian输入界面第51页/共126页Gaussian输入界面第51页/共126页NH3的几何构型优化输入窗口第52页/共126页NH3的几何构型优化输入窗口第52页/共126页NH3的振动频率计算输入窗口（作为优化的后继作业）第53页/共126页NH3的振动频率计算输入窗口（作为优化的后继作业）第53页/

Gaussian应用范围Gaussian是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件，可以研究：分子能量和结构过渡态的能量和结构化学键以及反应能量分子轨道偶极矩和多极矩原子电荷和电势振动频率，红外和拉曼光谱，NMR极化率和超极化率热力学性质，反应路径计算可以模拟在气相和溶液中的体系,模拟基态和激发态第54页/共126页Gaussian应用范围Gaus

Gaussian03的新增功能

-EnhancedONIOMMethodQM区：发生强相互作用或反应发生区域MM区：无相互作用区域QM/MM区：由QM区向MM区过渡区域第55页/共126页Gaussian03的新增功能

ONIOM简介EONIOM2=E3-E1+E2JournalofMolecularStructure(TheoChem)461-462(1999)1-21ONIOM:ourownn-layerintegratedmolecularorbitalandmolecularmechanics第56页/共126页ONIOM简介EONIOM2=E3-E1+E2Journal

应用范围酶反应有机体系的反应机理表面和表面反应的簇模型有机物种的光化学反应有机物和金属有机物的取代基效应和反应性均相催化ApplicationofONIOMtoclustermodelingofthemetalsurfaceHai-RongTang,Kang-NianFanDepartmentofChemistry,FudanUniversity,Shanghai200433第57页/共126页应用范围酶反应有机体系的反应机理表面和表面反应的

应用实例“InvestigationoftheS0->S1excitationinbacteriorhodopsinwiththeONIOM(MO:MM)hybridmethod,”T.VrevenandK.Morokuma,Theor.Chem.Acc.(2003).第58页/共126页应用实例“Investigationofth

Gaussian03的新增功能-PBC

(PeriodicBoundaryConditions)polymerssurfacescrystalsNaCl型晶体结构第59页/共126页Gaussian03的新增功能-PBC

(Pe

PCM

(PolarizableContinuumModel)体系在溶液中的激发态能量以及激发态的相关性质NMR谱和磁性质通过分析能量的二阶导数来计算振动频率、IR和Roman光谱以及相关的性质极化率和超极化率运算方面的改进第60页/共126页PCM

(PolarizableContinu

MolecularProperties自旋-自旋耦合常数g张量以及其它的超精细光谱张量谐性振-转耦合常数非谐性振动及振-转耦合预共振Raman光谱旋光性以及旋光色散电子圆二色性(ECD)含频极化和超极化用量度无关原子轨道(GIAO)方法计算磁化率ONIOM预测电、磁特性预测气相和在溶剂中的电、磁特性和光谱第61页/共126页MolecularProperties自旋-自

GaussView3.0第62页/共126页GaussView3.0第62页/共126页

ONIOM图形界面MM区QM区第63页/共126页ONIOM图形界面MM区QM区第63页/共126

PBC图形界面第64页/共126页PBC图形界面第64页/共126页VisualizingGaussianResults分子轨道原子电荷

由电子密度、静电势场、NMR屏蔽以及其他性质得到的表面。可以用实体、半透明和网格三种方式显示。使用不同的颜色来标记不同部分表面的性质用动画的方式来演示振动频率用动画的方式来演示几何优化过程、势能面扫描、IRC反应路径以及采用BOMD和ADMP动力学计算的轨迹第65页/共126页VisualizingGaussianResults分子

DisplayingSurfacesTheNMRshieldingdensitiesforthemethineproton(surface1)andthephenylproton(surface2)inin-3(4,10)7metacyclophaneSurface1Surface2第66页/共126页DisplayingSurfacesTheN

ViewingSpectra855.91857IRVibrationforAmmonia

第67页/共126页ViewingSpectra855.9185

ViewingSpectraVCDspectrafortwoconformationsofspiropentylacetate,achiralderivativeofspiropentane

第68页/共126页ViewingSpectraVCDspect

VisualizingandManipulatingMolecularOrbitals第69页/共126页VisualizingandManipula

AnimatingOptimizationsandReactionPathsStepsfromageometryoptimizationofbenzeneThissequencedisplaysaseriesstructuresfromanIntrinsicReactionPath(IRC)calculationofthe1,2hydrogenshiftreactioninwhichformaldehydetransformsintotranshydroxycarbene第70页/共126页AnimatingOptimizationsFujistuCache6.01新增功能简介Computer-aidedChemistryModelingSoftwareonWindows第71页/共126页FujistuCache6.01新增功能简介Compute新的QSAR（构效关系研究）

分子设计的意义主要是提高寻找具有特定性分子的命中率,即节省人力财力,提高效率第72页/共126页新的QSAR（构效关系研究）分子设计的

运行CAChe中的Gaussian计算，加入了强大的”从头算分子轨道算法”Gaussian接口第73页/共126页Gaussian接口第73页/共126页2维－3维批量转换

由MDLSD文件的平面结构转换为三维立体结构,为下一步目标前体提供模型.第74页/共126页2维－3维批量转换由MDLSD文件的平面结

通过对简单的蛋白质分子外观的显示和分析,使化学家对蛋白质有一个直观的了解,并能够根据经验来进行下一步处理.条带状和卷曲状渲染第75页/共126页条带状和卷曲状渲染第75页/共126页采用Needleman-Wunsch算法来进行蛋白质参基序列鉴定自动残基序列校准第76页/共126页采用Needleman-Wunsch自动残基序列校准第76页可以绘制势能－原子位移曲线反应路径图第77页/共126页可以绘制势能－原子位移曲线反应路径图第77页/共126页用于比较柔性或刚性配位体与柔性或刚性蛋白质侧链

自动配位体对接第78页/共126页用于比较柔性或刚性配位体与柔性或刚性蛋白质侧链自动配位体对以彩色方式显示了氢键的供体和受体的亲水、亲油区域可靠近表面（图像）第79页/共126页以彩色方式显示了氢键的可靠近表面（图像）第79页/共126页

通过新的配位体在蛋白质键包围中的简单图样显示其化学性质和形状配位体口袋状表面（图像）第80页/共126页通过新的配位体在蛋白质键包围配位体口袋状表面优势4倍精确度支持所有的主族元素AM1支持更多过渡金属大型分子蛋白质和生物分子Windows桌面操作第81页/共126页优势4倍精确度第81页/共126页FujistuBioMedCache6.0功能简介Protein-to-DrugDiscoverModelingSoftwareonWindows

第82页/共126页FujistuBioMedCache6.0功能简介Pr采用Needleman-Wunsch算法来进行蛋白质参基序列鉴定自动残基序列校准第83页/共126页采用Needleman-Wunsch自动残基序列校准第83页鉴定活性位采用自动的同类体序列匹配方式搜索活性位第84页/共126页鉴定活性位采用自动的同类体序列第84页/共126页氢键和相互作用点程序会自动为氢建和相互作用点进行标示,以利于对比不同配位体的对接相互作用.第85页/共126页氢键和相互作用点程序会自动为氢建和相互作用点进行标示,第85以彩色方式显示了氢键的供体和受体的亲水、亲油区域可靠近表面（图像）第86页/共126页以彩色方式显示了氢键的可靠近表面（图像）第86页/共126页裂隙图采用势能面显示独特的联结位表面拓扑第87页/共126页裂隙图采用势能面显示独特的第87页/共126页

通过对简单的蛋白质分子外观的显示和分析,使化学家对蛋白质有一个直观的了解,并能够根据经验来进行下一步处理.条带状和卷曲状渲染第88页/共126页条带状和卷曲状渲染第88页/共126页

通过新的配位体在蛋白质键包围中的简单图样显示其化学性质和形状配位体口袋状表面（图像）第89页/共126页通过新的配位体在蛋白质键包围配位体口袋状表面蛋白质表面可以采用不同的颜色来区别性质、残基和序列第90页/共126页蛋白质表面可以采用不同的颜色来区别第90页/共126页其余特色自动使用PDB数据库改造HET群针对蛋白质和生物分子的分子力学和分子动力学参数用户自定义的氨基酸库状态显示可以列出原子数、网格电荷以及分子式等参数算法的改进第91页/共126页其余特色自动使用PDB数据库改造HET群第91页/共126页优势蛋白质药物发现可视的化合物数据库新的缎带模型蛋白质序列编辑器活性位表面鉴定对生成热和金属的计算是普通方法精度的4倍晶体的生成和装配新的MM2和MM3方法选择和互动操作是以前版本的10倍第92页/共126页优势蛋白质药物发现第92页/共126页应用实例为何UV光谱可以破坏DNA？胸腺嘧啶的紫外吸收峰为270nm，是DNA在270nm波长处发生紫外吸收的主要原因。第93页/共126页应用实例为何UV光谱可以破坏DNA？胸腺嘧啶的紫外吸收峰为2应用实例

量化Cache中采用ZINDO方法，计算了胸腺嘧啶的紫外光谱，并且分析了当发生光吸收时候的轨道变化。在270nm时，胸腺嘧啶吸收光子，同时一个电子由最高占据分子轨道（HOMO)跳跃到分子的最低空轨道（LUMO)。图例如下：第94页/共126页应用实例量化Cache中采用ZINDO方法，计应用实例

自由基是非常活泼的，为了显示一个激发态的胸腺嘧啶分子是如何与另一个胸腺嘧啶分子反应的，在下图中用不同的颜色标记出了胸腺嘧啶分子表面对自由基攻击的敏感程度。其中黄色靶心的位置更容易被攻击。第95页/共126页应用实例自由基是非常活泼的，为了显示一个激发态应用实例

如果两个胸腺嘧啶分子堆叠到一起，那么激发态胸腺嘧啶分子的LUMO分子轨道就处在靶心的上方，然后胸腺嘧啶的紫外吸收就可以导致二聚作用的发生。为了观察是否有这种可能，采用绿色标记出DNA中的胸腺嘧啶，在下图可以看到两个胸腺嘧啶分子出得非常近。第96页/共126页应用实例如果两个胸腺嘧啶分子堆叠到一起，那么激应用实例

由此，我们可以得出结论：在270nm时，DNA中的胸腺嘧啶分子发生紫外吸收，并且相邻的两个胸腺嘧啶分子发生二聚反应，从而导致整个DNA分子的失活。在这个例子中，我们用到了Cache中的以下功能：几何优化紫外可见光谱分子重叠活性表面分子轨道基团标色第97页/共126页应用实例由此，我们可以得出结论：在270nm时Multi-purposeMolecularDynamicsPackageforWindows

MaterialsExplorer2.0第98页/共126页Multi-purposeMolecularMateriMaterialsExplorer适用的领域有机、聚合物、生物分子、金属、陶瓷、半导体等。晶体、非晶质固体、液体和气体（周期边界）。相变、膨胀、压缩抗张强度、缺陷等第99页/共126页MaterialsExplorer适用的领域有机、聚合物、建模能力CrystalBuilder允许研究无机固态或者是分子晶体体系。SolutionModeler能够通过简单的设定构造多组分液体或气相体系LayerCellModeler用于研究多相体系（例如气－固相互作用，有机双分子膜，固态颗粒边界等）用Cache或者WinMopac编辑器建立的结构可以直接输入到MaterialsExplorer中。很容易设定分子束用于研究晶体或晶体外延生长，表面吸附和表面损坏。拷贝、剪切和粘贴操作使得建立有缺陷或者掺杂的体系变得更加容易。可选的终端－服务器模块使得在矢量机或者对称多处理UNIX服务器上的高性能计算成为可能。PotentialEditor管理势场数据库中势能的形式和参数的读入和编辑。含时的温度和压力控制允许研究相的转换和模拟退火。第100页/共126页建模能力CrystalBuilder允许研究无机固态或者Adsorptionofmethaneonzeolite实例

分子筛是具有均匀的微孔、其孔径与一般分子大小相当为一类吸附剂或薄膜类物质。在化学化工中经常被用作催化剂或者催化剂的载体。第101页/共126页AdsorptionofmethaneonzeoliLayer-CellModelereasilycreatessimulationofwater-benzeneinterface实例

相：在体系内部物理性质和化学性质完全均一的一部分称为“相”（Phase)。相与相之间在指定的条件下有明显的界面，在界面上，从宏观的角度看，性质的改变是飞跃式的。第102页/共126页Layer-CellModelereasilycrea科研性能灵活的模拟性能包括：使用Parrinello-Rahman-Nose方法的NEV，NTV,NPHandNTP对于键的限制的SHAKE和MATRIX算法周期边界条件统一的原子模型对相互作用计算的高级算法可以显著改进计算的效率。外部电场的应用。由大量高质量、已发表的势场组成的势场数据库，包括双体、三体和嵌入的原子模型。第103页/共126页科研性能灵活的模拟性能包括：对相互作用计算的高级算法可以显著MgOSubstrateSputteredbyArPlasma实例

物理气相沉积(PhysicalVaporDeposition，简称PVD)技术是指在真空条件下，用物理的方法，将材料汽化成原子、分子或使其电离成离子，并通过气相过程，在材料或工件表面沉积一层具有某些特殊性能的薄膜的技术。

适用于物理气相沉积的基体材料和膜层材料非常广泛。金属、玻璃、陶瓷、塑料等均可以做为基体材料。膜层材料可以是纯金属、合金或者是化合物。而且可以获得单晶、多晶、微晶、或者非晶结构的薄膜。第104页/共126页MgOSubstrateSputteredbyAr分析能力MaterialsExplorer

可以计算以下性质：针对于X-ray和中子衍射的干扰函数电子对相关和半径分布函数均方位移和扰动常数运行中的积分数和Vorono分析对无定形固体进行描述MonitoringModule显示关于随着时间改变，温度、压力、内能和其它性质的

2D图像的变化情况3DAtomicConfigurationModule显示体系的快照、轨迹和动力学体系的动画。MSDModule可以计算输出文件数据的均方位移（MSD）。然后，显示MSD的2D图像，每一种元素的自扩散系数，以及每一个分子的重心。PCFModule计算电子对相关函数，半径分布函数、运行中的积分数，并且显示相应的2D图像包括随时间变化的所有原子坐标和速率的原始数据可以存成ASCII格式文件以便于二次处理第105页/共126页分析能力MaterialsExplorer可以计算以下性Pressure-inducedphasetransitioninAlPO4实例AqueousLiBrsubjecttoexternalelectricfield第106页/共126页Pressure-inducedphasetransit优势易用性采用鼠标直接操作，具有直观的图形界面可以很容易构建模型，在界面内进行设定并直接开始计算，计算结果可在图形界面中直接显示。第107页/共126页优势易用性第107页/共126页优势完全的MD引擎基于Parrinello-Rahman和Nose方法，由温度、压力的分子动力学方法。由速率的比例来确定控制的温度。同时Shake算法和刚体处理都可以应用于分子体系。

第108页/共126页优势完全的MD引擎第108页/共126页优势适应于高性能计算系统MaterialsExplorer有面向于向量机、大型的SPP－UNIX机器以执行高性能计算的界面。对这些机器，程序具有向量化、并行的分子动力学模块。第109页/共126页优势适应于高性能计算系统MaterialsACD／Labsclarity,efficiency,accuracy,andseamlesscommunication

第110页/共126页ACD／Labsclarity,efficiency,aSpectralLaboratoryChemicalNameLaboratoryPhysico-ChemicalLaboratoryChromatographyLaboratoryDrawingandDatabasingEnterprise-WideSolutionsProducts第111页/共126页SpectralLaboratoryProducts第11SpectralLaboratoryWorkwithExperimentalSpectra

ProcessandcreatedatabasesofNMR,mass,IR,UV-visandRamanexperimentalspectra.PredictNMRSpectra

Predict1H,13C,15N,19F,31Pand2DNMRspectraandpurchaseorcreateyourowndatabases.PredictMassSpectralFragmentation

Predictlikelyfragmentsandrearrangementsaswellasfragmentationbranchesandpathways.SolveComplexSpectroscopyTasks

Groupprocess,analyze,andquantitateauto-sampleddata.Verifyaproposedstructure.Determinethestructurefromtheexperimentalspectra.第112页/共126页SpectralLaboratoryWorkwithEACD/SpecManager1DNMR

2DNMR

MS

UV-vis,IR&Raman

ChromData

OtherAnalyticalData

第113页/共126页ACD/SpecManager1DNMR第113页/共1

ACD/FNMRPredictthe19FNMRchemicalshiftsandcouplingconstantswiththeclickofamouse.

ACD/HNMRAccuratelyperforma1HNMRprediction.

ACD/CNMRAccuratelyperforma13CNMRprediction.

ACD/NNMRPredictthe15Nchemicalshiftsandcouplingconstantswiththeclickofamouse.

ACD/PNMRPredictthe31PNMRchemicalshiftsandcouplingconstantswiththeclickofamouse.

ACD/2DNMRPredictorThepowerful1Hand13Cpredictionalgorithmsarecombinedtogiveyoufull2DNMRPredictioncapability.PredictingNMRSpectra第114页/共126页ACD/FNMR ACD/HNMR ACD/CNMR ACD/MSFragmenterSmartGraphFragmentationTree

MSFragmenterWindowfortheElectronIonization(EI)FragmentationofBenzoylChloride

第115页/共126页ACD/MSFragmenterSmartGraphFPhysico-ChemicalLaboratoryDeterminetheHammett-typeconstantfororganicsubstituents.HammettElectronicConstants

Predicttheboilingpoint,vaporpressure,andflashpoint.

BoilingPoint&Va