范艺缤上传ubMed检索神技合辑

PubMed神技合辑内容纲要一、PubMed及NCBI相关数据库简介二、PubMed数据范围

三、PubMed主页的结构四、PubMed检索方法以及检索结果的处理五、PubMedCentralPubMed及相关数据库介绍NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心)NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员ClaudePepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NationalInstitutesofHealth（NIH）底下的NationalLibraryofMedicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。NCBI成立的主要任务为：提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言--DNA在健康与疾病中所扮演的角色发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程，包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。NCBI的组织架构NCBI主要分为三个部门，分别为：ComputationalBiologyBranch（CBB）、InformationEngineeringBranch（IEB）与InformationResourcesBranch（IRB），各部门分别具有不同的任务。NCBI的组织架构ComputationalBiologyBranch（CBB）处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理论问题的基础与应用研究，包括基因体分析、序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力学与交互作用、结构/功能预测等。建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划。提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提高实验研究质量。NCBI的组织架构InformationEngineeringBranch（IEB）进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包括核酸、蛋白质与结构信息。设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程的计算服务。协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整合数据库或连结至外部数据库。建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。提供软件与数据库设计咨询与建议。发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。NCBI的组织架构InformationResourcesBranch（IRB）计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作，包含用来研究、发展与存取公开数据库的计算机系统。提供NCBI人员与外来使用者技术支持。提供NCBI服务之网络操作指导。规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。计划、发展与管理政府合约与合作协议书，已获得支持NCBI信息功能的设备与服务。作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。执行应用研究与发展，提供技术支持与指导，鉴定使用者需求；管理生物使用社群之问卷调查，以评估NCBI发展的软件使用情形。协调政府其它办事处与生物信息资源，促进NCBI数据储存的发展。NCBI的组织架构NCBI还有一个跨多学科的基础研究群，组成人员包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生化学家与物理学家，共同致力于计算分子生物的基础与应用研究。他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题，这些问题包含了基因结构侦测与分析、序列分析、立体结构预测、重复序列类型（Pattern）、建立基因体图谱、HIV感染动力学的数学模型、分析序列错误对数据库搜寻的影响、发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法、建立无重复的序列数据库、使用数学模型评估序列相似性在统计学上的重要性、建立文章检索的载体（Vector）模型等。除此之外，这些研究人员尚与NIH的研究单位、学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验室间维持合作关系，目前仍有多项研究计划正在进行当中。NCBI资源NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具NCBI资源生物数据库生物数据库是一个永久数据的大的组织体，通常结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究人员而言，数据库必须符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能。NCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息，同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开（OpenAccess）数据库包括如下：En足tr细ez炊以及就BL烫AS痕TEn胆tr宅ez砍是N窝CB伸I的能为用万户提吓供整懂合的悼访问坝序列张，定皂位，工分类哪，和跟结构罪数据除的搜筹索和逝检索犁系统脏。E坡nt布re拒z同骗时也集提供慕序列乌和染亏色体劳图谱申的图侄形视案图。旋En助tr漫ez霜是一刻个用孔以整畅合N涌CB馆I数的据库谦中信眨息的敞搜寻漆和检胁索工魂具。文这些嚷数据抬库包敏括核幸酸序跳列，献蛋白忽序列脑，大泊分子塘结构代，全用基因潜组，闻和通夺过P僚ub晓Me身d检吴索的漆ME痰DL舌IN蛮E。投En丑tr慈ez蕉的一苍个强率大和巴独特置的特总点是如检索增相关材的序惨列，流结构丧，和蒸参考舍文献退的能昆力。翼杂志戏文献妥通过艳Pu维bM搏ed崖获得客，P迅ub通Me因d是境一个伍网络谢搜索俘界面俗，可含以提雕供对嘉在M血ED腹LI肯NE邀上的给九百廉万杂王志引牢用的受访问岛，包住含了卷链接蒙到参兔与的举出版伙商网爹络站横点的科全文灰文章册。BL换AS泊T是是一个嚼NC帜BI剥开发蛾的序贼列相该似搜悟索程慨序，红还可诱作为遥鉴别供基因糟和遗环传特骑点的斩手段状。B怒LA学ST衫能够宫在小臣于1奇5秒廉的时订间内翼对整炉个D渔NA夜数据假库执血行序广列搜篇索。链NC露BI旱提供竭的附耗加的峰软件爪工具跑有：钻开放挡阅读局框寻肥觅器葡（O位RF榜F贝in众de纯r）脆，电华子P燥CR膜，和碌序列马提交期工具脾，S秘eq已ui嘉n和拼Ba骂nk贪It遣。所沿有的关NC武BI闻数据泽库和铜软件蕉工具供可以值从W膏WW控或F反TP胜来获系得。猜NC骨BI崭还有芬E-宝ma济il骗服务融器，跨提供厌用文护本搜伤索或望序列臂相似历搜索鼠访问仿数据稿库一模种可勉选方例法。En吊tr渡ez赖可以晕检索蚊的数庙据库Bo族ok里s糕出版壤社提易供之席数字充生医糕图书寸与医赖生参活考书肚籍数道据库Ca殊nc矮er峰C呀hr隐om挤os智om惜es筛美国惩国立磁癌症羊研究遵所的掠Mi恶te画lm叛an脉D输at订ab碗as命e砍of构C掠hr苏om恭os随om慨e旁Ab踩er集ra板ti泥on趋s胁in泡C尼an追ce屈r数晴据库扣里已仓经整桶合好望的c拜yt垮og慕en剖et禽ic桶、临去床与荷文献挺相关举数据Co颠ns槐er醋ve掘d帜Do芬ma雄in榆D贝at腥ab亮as恢e（柳CD疑D）黎，蛋娇白质静功能诸区块祥保留扫序列诸数据善库3D博D绘om当ai随ns县，蛋缺白质培功能蔽区块拆立体能结构喂数据Ge炎ne筐，包恒含许诱多物他种的偿基因己数据挥库Ge武no或me腿，包收含超棋过8终00抬种物络种的识基因育组数欲据库GE陈NS银AT遇，小惹鼠中金枢神圾经系吧统基蛙因表迹现图辨谱GE辉O享Da抱ta搞se议ts屈，基树因表跳现实熄验与慰生物凤芯片爷数值枝结果绝数据GE翅O敏Pr娃of垃il哗es篇，基茎因表灵现图味谱Ho非mo悟lo不Ge施ne溉，同捉源基圾因批临注数手据库Jo面ur烘na蝇ls下，期腥刊文腹献（攀包含缴Pu离bM其ed巩）Me低SH企，医惭学文悔献索街引字召符串NC袜BI狐W昂eb健S含it蜓e，柱所有踪蝶NC市BI旷网页NL帜M筐Ca只ta蒙lo伍g，较美国惹国立变医学手图书娃馆馆纹藏书多目、匠期刊僻、视津听数刊据目动录Nu嫌cl语eo立ti原de蚕s稿eq仙ue搜nc绒e简da威ta认ba竞se杰，核忧酸序许列数畅据库树（包签含G兴en努Ba驻nk兄、R沈ef匪Se芹q和礼PD腿B等吊三大市序列肃数据不库）En暴tr左ez妻可以输检索兽的数蒸据库On北li酸ne枝M汇en盟de翼li赞an信I拌nh窜er华it藏an榜ce里i怒n天Ma峰n做(O槽MI毅M)坛，人窝类遗灯传疾住病相选关文摸献数钻据库Po烘pS套et君，族扎群演兵化分帜析相沫关研久究资游料Pr宝ot漫ei乓n属se钟qu粒en分ce片d耽at福ab墨as垮e，志蛋白旗质序烦列数浙据库护（包船含S若wi城ss甲-P盘ro尸t、汉PI槐R、岸PR仍F、择PD咸B等学数据连库与应从G秘en笨Ba糟nk丙、R堵ef与Se较q核吃酸序活列转孕译之奏蛋白先质序既列资悠料）Pu社bC怪he牙m匪Bi盖oA弄ss李ay诊，化哨学成炊分之末生物侮活性游筛选素资料Pu昆bC第he副m脏Co矛mp祝ou韵nd史，小协分子江化学滩物质参结构Pu纸bC陈he糟m扑Su兴bs词ta剩nc寄e，些具生扯物活个性之谜化学驱物质冻筛选姻数据Pu江bM芝ed么，科男学文门献报津导数裂据库Pu呈bM霉ed廉C泳en舌tr胶al喜，科糖学文锣献数露字全煮文数档据库Si黄te插S灾ea刑rc机h，座可搜绒寻N件CB准I的凶网页互与F浅TPSN森P，狡单点偿核酸姥多样蠢性数盆据库鸽(d肿bS循NP巩)St娘ru心ct榨ur搂e，挡分子荒模型身数据片(M傍MD巴B)Ta缓xo衰no山my秩，以牙核酸因或蛋扒白质倍为基绘础的初分类匆学信逐息Un帮iG潮en刷e，恳人类走un营iq型ue矩基因俩序列械数据衔库Un母iS中TS就，u那ni共qu想e序志列卷则标地忘址数侨据库Pu贱bM庙ed里数据励范围数据烤类型袍：期朱刊论销文、社综述性、以所及与给其他登数据芹资源昼链接礼。特点斜：免费单提供光题录软和文辈摘提供晓与原附文的净网址雨链接(部幕分免翅费获弊取）提供州检索答词自皂动转语换匹册配操作秒简便呜、快筐捷Pu枯bM革ed蜜数据若范围ME布DL然IN喘E48度00槽余种救生物瓶医学传期刊呈，内瓜容涉申及医韵学、瓦护理贴、牙该科、席兽医姑、健乐康保环健系缓统、便前临横床医顾学等昏学科岭。这托些期叼刊来烤源于余美国俊和世浮界上趣70狱多个阳国家扫和地声区。文献剖量达栋1千迹2百防多万希条记劫录，半并回酱溯到孔19言66谈年。记录猎中用信[i全nd愁ex副ed武f房诚or馆M扇ED席LI客NE东]标司记表全示[注臭]弊截止丹20贼06醋年3虫月1释5日干Pu恨bM怕ed晌公布瓦的数经据In出p卸ro风ce剃ss富c削it术at拜io亲n提供牲ME驴DL狠IN侨E尚缠未经嘱规范睬处理贼的数渣据。获M啄eS醉H词工后，江再加芦入M挨ED貌LI恭NE亦。记录韵中用菊[i侨n李pr厕oc蕉es袖s]全标记酒表示曾。Pu仇bl管is弦he鲜r密Su中pp筹li喉ed期C驻it葵at天io郑ns出版誉商直煌接向意Pu捎bM援ed骆提供周电子要记录包括惕ME发DL桂IN秀E未痛收录凯的部种分记祖录记录粪中用胜[P务ub情Me困d-治as零s凳up斑pl无ie甚d铺by纪p欣ub报li喉sh魄er耍]标康记表压示。Ol错dM扁ed格li仰ne19惧50保-1所96刮5年泳间发页表的察20山0多封万篇苏文献没有分Me护SH奸字段食和摘轻要记录膝中用着[P乞ub灾Me羞d-纤OL冰DM乎ED找LI渡NE瞎f善or喇P姿re姓19饰66川]标诵记表馅示。Pu圾bM脖ed捞n关ot华M昨ed礼li向nePu蹲bM艰ed羡收编录M规ed尾li会ne狂不收绳录的肾文献各。记录至中用贡[P宁ub会Me凶d]状标记武表示切。Pu摆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