范艺缤上传ubMed检索神技合辑

PubMed神技合辑内容纲要一、PubMed及NCBI相关数据库简介二、PubMed数据范围

三、PubMed主页的结构四、PubMed检索方法以及检索结果的处理五、PubMedCentralPubMed及相关数据库介绍NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心)NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员ClaudePepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NationalInstitutesofHealth（NIH）底下的NationalLibraryofMedicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。NCBI成立的主要任务为：提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言--DNA在健康与疾病中所扮演的角色发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程，包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。NCBI的组织架构NCBI主要分为三个部门，分别为：ComputationalBiologyBranch（CBB）、InformationEngineeringBranch（IEB）与InformationResourcesBranch（IRB），各部门分别具有不同的任务。NCBI的组织架构ComputationalBiologyBranch（CBB）处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理论问题的基础与应用研究，包括基因体分析、序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力学与交互作用、结构/功能预测等。建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划。提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提高实验研究质量。NCBI的组织架构InformationEngineeringBranch（IEB）进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包括核酸、蛋白质与结构信息。设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程的计算服务。协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整合数据库或连结至外部数据库。建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。提供软件与数据库设计咨询与建议。发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。NCBI的组织架构InformationResourcesBranch（IRB）计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作，包含用来研究、发展与存取公开数据库的计算机系统。提供NCBI人员与外来使用者技术支持。提供NCBI服务之网络操作指导。规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。计划、发展与管理政府合约与合作协议书，已获得支持NCBI信息功能的设备与服务。作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。执行应用研究与发展，提供技术支持与指导，鉴定使用者需求；管理生物使用社群之问卷调查，以评估NCBI发展的软件使用情形。协调政府其它办事处与生物信息资源，促进NCBI数据储存的发展。NCBI的组织架构NCBI还有一个跨多学科的基础研究群，组成人员包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生化学家与物理学家，共同致力于计算分子生物的基础与应用研究。他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题，这些问题包含了基因结构侦测与分析、序列分析、立体结构预测、重复序列类型（Pattern）、建立基因体图谱、HIV感染动力学的数学模型、分析序列错误对数据库搜寻的影响、发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法、建立无重复的序列数据库、使用数学模型评估序列相似性在统计学上的重要性、建立文章检索的载体（Vector）模型等。除此之外，这些研究人员尚与NIH的研究单位、学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验室间维持合作关系，目前仍有多项研究计划正在进行当中。NCBI资源NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具NCBI资源生物数据库生物数据库是一个永久数据的大的组织体，通常结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究人员而言，数据库必须符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能。NCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息，同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开（OpenAccess）数据库包括如下：Entrez以及BLASTEntrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构，和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORFFinder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。Entrez可以检索的数据库Books出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库CancerChromosomes美国国立癌症研究所的MitelmanDatabaseofChromosomeAberrationsinCancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据ConservedDomainDatabase（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3DDomains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEODatasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEOProfiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学文献索引字符串NCBIWebSite，所有NCBI网页NLMCatalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotidesequencedatabase，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）Entrez可以检索的数据库OnlineMendelianInheritanceinMan(OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Proteinsequencedatabase，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChemBioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChemCompound，小分子化学物质结构PubChemSubstance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMed，科学文献报导数据库PubMedCentral，科学文献数字全文数据库SiteSearch，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB)Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库PubMed数据范围数据类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取）提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷PubMed数据范围MEDLINE4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。记录中用[indexedforMEDLINE]标记表示[注]截止2006年3月15日PubMed公布的数据In械p刮ro灶ce同ss摸c爷it旗at尖io商n提供ME伤DL残IN宫E尚未撕经规水范处隔理的慕数据胜。获Me旺SH词后侮，再权加入ME丑DL塘IN法E。记录睬中用[i哗n虑pr属oc巾es歉s]标记庭表示饭。Pu吗bl喘is嫁he衫r央Su合pp旺li造ed裤C低it偏at隶io况ns出版徒商直浸接向Pu侍bM劣ed提供缎电子晨记录包括ME艺DL匠IN炼E未收比录的匠部分盈记录记录奸中用[P犹ub厨Me贴d-挪as认s不up升pl秀ie削d弓by抵p善ub夏li抹sh遭er牲]标记占表示芒。Ol带dM祖ed佩li遭ne19湖50胡-1则96滥5年间饶发表纸的20设0多万注篇文外献没有Me汗SH字段熄和摘送要记录市中用[P绩ub斤Me述d-挡OL初DM梁ED男LI里NE受f杀or温P趟re气19逐66羞]标记廉表示兴。Pu枯bM卫ed姓n般ot税M档ed盈li相nePu掩bM点ed收录Me嘱dl锡in确e不收罗录的袖文献省。记录要中用[P对ub拼Me做d]标记下表示萌。Pu矛bM黄ed与ME抖DL杂IN惭E的区休别收录振范围愉广：ME欺DL区IN剖E收录邮的部莫分生及命科俗学相盾关文蛋章的居非医搏学专刑业期姐刊（蚊物理静、天篇文、沿化学堪等）收录著记录轨新：在ME寒DL握IN清E数据子标引推前的终最新案题录文献闲类型咬全：提供劫电子端原文归链接桶（部肆分免膛费）基本休检索祸输入舒框特征炸栏提乳供辅晴助检索摄功能侧栏描提供敌其他孔检索防如期示刊数种据库右检索棕、规疲范词这数据跑库检协索、辽特定认文献绸检索执行挽检索Pu壮bM湿ed主页Pu死bM壁ed基本赌检索忘规则在检赶索栏药中输录入:一个恩或多沾个检挡索词(系统圣默认酱空格屈为AN博D检索独）自如：pl信ac兼en昨ta坊g饭ro嫁wt贯h姜ox饰yg额en培g也en眯ba虏ce怜v选o著者遮姓名,姓在敏前,名首螺字母介在后谣。如:租sm类it利h脏ab刊名己输全蚕称或ME碌DL犹IN忠E认可贡的标黑准缩重写形汗式如：cl按in谅e置xp建i另mm糕un倾ol布尔良逻辑信运算妨式：(运算超符须锐大写厌）如捎：St仍em到[额ti逃]夺AN润D铸ne骗ur吵os燃ci鲁en刘ce多个索检索塔词输棋入Mo籍or亚e匹AM撰写筒的有凉关接挂触性晓皮炎确的文皂章刊名汗的输估入（字竟段限壁定来婚源出SO）著者呼检索mo欧or残e蔬am浸[a角u]检索必提问党输入仅检秘索有竿文摘太的文溜献Pu贿bM寒ed基本闯检索尘规则截词哈检索址：tr族ea姓t*强迫甲短语社检索观：“br甩ca忠1尸”（不创再自墓动转闭换匹荣配和布扩展秤检索棍）Pu醋bM换ed基本促检索难规则自动幅转换罩检索殊词（au弟to尺ma柏ti聋c冬te章rm约m邪ap醋pi哗ng）自动守对照液规范承词表,期刊榴名表劳，短回语，贩著者涂名索惕引,依次探寻找权转短语起寻找族转换单词仇转换单词家在上世述四设个字馆段寻席找转时换在骑所有膏字段炼中转抄换如：逗输入st暂em测[t野i]喝A银ND挡n饱eu狠ro膊sc秆i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