gogsea富集分析原理和操作1瑞客

富集分生，毕生缘；培训。 富集分析的意 从数以千计的 里面查找其倾向参与的调控通路，2GO富集结果展 3GO富集结果展 生，毕生缘；培训。 功功能富集分析生 AAting / AA功能富功能富集分析生

tainig. .io/ ysismp.pdf生 /i.Lp/Sme/Inde/GOenri entplot.html GOGO富集分析的工具–clueGO，操作简生按图示输入名字（名字格式支持多种）Start即可（clueGo/ehbio_salmon..DESeq2.untrt._lowerThan_.trt.id.xls生，毕生，毕生缘；培GO富集分析的工具–clueGO，更新方 多种网络布支持近200个物生，毕生缘；培训。 GO富集分析的工具–clueGO，交互探 GO富集分析工具–clueGO，多个数据集比较生，毕生缘；培训。 Raw Raw (.fastq (.gtf

(2x150 功功能富集分析R生生，毕生缘；培训。 功功能富集分析R生 (2x150 (.fastqCDNARaw 生，毕生缘；培训。 (2x150

功功能富集分析R生生，毕生缘；培训。 分析结果导入Cytoscape绘制网络 生，毕生缘；培训。 分析结果导入Cytoscape绘制网络 ID类型ID类型(属性文件GO富集分析结果(网络文件

表达表达(属性文件表达(属性文件,table,用于绘制环形图生，毕生缘；培训。 GSEA富集分生，毕生缘；培训。 GSEAGSEA–unsignedlog2Fold生 ysisofexpressedpredictedpost-transcriptionaldecoytargetsinMDA-MB-231;allexpressedgenesweresortedbysiOIP5-AS1toNTabsolutefoldchanges,GSEAusedweightedenrientstatisticsandratioofclasses,withp-valuescomputedusing1kgene-setpermutations.Cell GSEAGSEAunsignedlog2FoldChange（HSCgenesetsareenrichedinGSEAofallZNF384rcasespositiveenrientforgenesupregulatedinETP-ALL(a negativeenrientforgenesupregulatedinPh-likeALLinotherB-ALLcases.Nature 相关相关的GSEA生正因一示正因一示显著相关和负相关的相关性系数作为值进GSEA分析901个MF GO条目去冗余 396个MF条目，用做检测基集(条目集重合小于75%)热图每一行为一个条目，每列为一种，颜色 normalizedenrientscore代码GSEA标准化富集得分(NES)热图分 GSEAwasperformedusingPreRankedweightedmode.Log2FCvaluesforeachscreenwerecomputedintoZscores,andtheaverageZscoreofallORFscorrespondingtoagivengenewascalculated,andusedtogeneratetheGSEArankorderedlist.GSEAwasrunconsideringallthecanonicalpathwaysgenesets(c2.cp.V5.1.symbols)excepttheminimumgenesetsizewasreducedto10(fromdefault=15),tocompensateforthesmallersizeofthisdataset.Redundantgenesetswereexcluded(including,insomecases,genesetsthatwerenon-redundantinnamebutcontainedsimilargenes)andadditionalgenesetsaddedsothateachscreenhadatotaloftengenesets GSEA富集结果展 involvedinfundamentalbiologicalprocesses.GenesetenrientysiswasperformedongenesrankedbyaverageCS(crisprgenescore).生，毕生缘；培训。 GSEAGSEA通路FDR和NES展生 CellEpigeneticmodificationleveland GenesetenrientplotshowingthatgenesassociatedwithhighlevelsofH3K9acandH3K27acareenrichedfortwoindependentlydefinedpluripotencygenesets:MullerPluriNetandWongESCCorePvaluesarecalculatedbasedon1,000permutationsbytheGSEAalgorithmwerenotadjustedformultiple 超级超级增强子调控胚胎干细胞相生Super-enhancersareassociatedwithgenesencodingtranscriptionfactors,coactivators,andchromatinregulatorsimportantformaintenanceofESCstate.Thegenesetenrientysis(GSEA)ofsuper-enhancer-associatedgenesrevealsthatthesegenesencoderegulatorswhoseshRNAknockdownmostimpactOct4expressionandESCstate.KnockdownofgenesimportantforESCidentitycausesOct4loss,whichisreflectedbyanegativeZscore.pvalue(10−2)wascalculatedaspartoftheGSEA生，d毕ire生c缘t.；c培o训m版/s权c所ie有n。 c功能富集分析功能富集分析生Rawsequence(.fastq(.fafile)(.gtffile)

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(.gtf生，毕生缘；培GSEA展示的多种方式，多通 生，毕生缘；培训。 不同统计量的计算结果比 生，毕生缘；培训。 GSEA展示的多种方式，展示NES 生，毕生缘；培训。 GSEA分析软GSEA分析软件安生生，毕生缘；培训。 GSEA启动界 i.LDH/3Nd3urhfRGkw-输入数据 表达量gct格 测试数 生ht毕tp生缘s培o训f版tw权所a有reLLbD/gsea/datasets.3j6s 生输入数据–样品分 息cls文生生，毕生缘；培训。 输入数据 注释gmt文 生，毕生缘；培训。 息同时导入生，毕生缘；培训。 生，毕生缘；培训。 GSEA 生，毕生缘；培训。 GSEA结果解 生，毕生缘；培训。 GSEA结果总结 生，毕生缘；培训。 GSEA结果解 生，毕生缘；培训