基因芯片在生物医药应用中的价值研讨

基因芯片在

生物医药应用中的

新价值李奇研发部经理基因芯片与生物信息领域从业9年什么是基因芯片为什么需要基因芯片丢失的钥匙不一定在灯下解决的目标基因表达研究的目标发现疾病形成的全局信号通路……

上调基因下调基因基因芯片扫描图“传统”表达谱芯片探针的设计8月促销，买3送1，买6送2，买9送3•••••单价7300元，买的越多，送的越多3’IVT ~60,000probesets11probes/gene5’3’Exon ~1,400,000probesets4probes/exon,~40probes/gene(10exons)Tiling ~46,000,000probes1probe/35nt,~1000probes/gene(35kb)新一代表达谱芯片Exon芯片，8月促销，买3送1，买6送2，买9送3•••••单价7900元，买的越多，送的越多疾病形成的全局信号通路Genome-WideCopyNumberAnalysesIdentifiedNovelCancerGenesinHepatocellularCarcinomaHepatology2011长链非编码RNA

的全局信号网络基因表达谱芯片/miRNA芯片筛选诊断标志物Hepatolgy2011癌组织正常重症肝炎恶化进程中的特征基因BMCGenomics2010,11:240发现药物治疗的靶点导致细胞体积增大的表达调控网络

转录前调控AffymetrixPromoterArrayAffymetrixTilingArray

转录后调控AffymetrixmiRNA芯片基因表达调控芯片AffymetrixmiRNA2.0ArraymiRNA与靶基因作用方式全物种miRNA2.0芯片FeatureV1V2miRNAVersion1115Organisms71131MaturemiRNAProbeSets6,70315,644Pre-miRNAProbeSets-2,202snoRNA&scaRNAProbeSets9222,334单价4700元基因调控预测microRNA芯片转录前基因表达调控模式转录调华控的检芽测——以ER转录因子慕为例35b烫pre敞solu惊tion杂交探豆针的设哄计策略——基因表达栽调控芯片基因组DNATiling芯片启动子全Pro供mot移er芯片启动子区悦域10kb覆盖碱基之间全基因组臭拷贝数变但异分析全基因组征甲基化分缴析全基因组寸转录因子窗结合位点售分析全基因组继非编码RNA检测全基因非组可变钢剪切分硬析Aff踏yme剩tri牵x启动子芯凭片35间bp衔res伤olu勇tio光n650杆0元，检倦测全基庆因甲基俭化；650过0元，检测恼转录因子仓调控；全基因组蠢转录因子浆结合基因济筛选全基因捧甲基化哈检测使用MeDI迅P/MB理D抗体甲基化富芯片检测发现基扣因表达妻调控方芬式高甲基铜化低甲基趴化甲基化戚芯片DNA结构变异刚情况LOHSNP突变对困蛋白3级结构的股变化Affy路metr辟ixS旋NP芯片特班征拷贝数厕变异特平征——以拷贝数谨扩增为例SNP肺+拷贝数叼变异芯李片发现疾态病遗传注特征肿瘤组高频扩增俭区Hep忍ato贫lgy201库1与基因表司达无关不知道目厌标基因序候列目标基唯因明确圾，且检倒测数量仅较少快速检测——当日获得膜检测结果何时不荒需要基导因芯片基因注释换查询方法NCB猛I-G劝ene数据库——基因功能平综合注释冤数据库KEGG数据库——信号通路条数据库Gen盛eO施nto晚log氏y数据库——基因功能勇分类数据铁库dbSN飘P数据库——S欧NP数据库UCSC基因组浏锣览器——基因、基滚因调控元圣件定位浏啦览器基本统亿计术语t-t乐est已——两类样抱本间差条异基因类分析方差分握析——单因素多并类样本间袭差异基因避分析相关系蛇数——样本间、闲基因间相啄似程度分鞠析应用基奶因芯片悼的知识嚼基础使用基因律芯片的关挽键点——防止实验丧失败样本样本采犁集须严常格遵守低温原则快速原则清洁原则样本信息愿登记问题纸质样本河单填写潦贷草，样本奔管标潦草，两者白无法对中应——整个项目受样本对应依错乱，全部失棍败前后送蒙样的样眠本管重绘复标记未标记样惕本类型样本——采集问题无样本赛重复节约费诞用仅筛选基绕因，不能播发表论文结果随机徒性强，验艳证失败率芒高两次样狱本重复——性价比虎最差3～5次样本夸重复普遍采奸用组内样酒本一致抢性较好合时最佳5～10次样本贪重复——差异基因刊验证准确率较耗高10次以上撑样本重肚复组内样本绩一直性较点好时，可确用于筛选疾病诊断薪标志物样本——重复问题(表达谱/甲基化适检测)9个样本每3个混合味为一组篇，每组锦检测一嗽张芯片脉，共检脂测3张芯片——生物学重从复9个样本，粮每个样本肺检测一张离芯片，共滔检测9张芯片——生物学重下复9个样本混若合为一组化，等量分谢为3份，分筐别检测升一张芯呀片，共臂检测3张芯片——技术重筑复9个样本混作合为一组搬，检测一枯张芯片，碑共检测1张芯片样本混合晓重复策略SNP检测家系：乒需要患或病双亲驴均入组疾病对哭照研究疯：须通岛过流行截病样本泛量估计钓的方法爱预测拷贝数变赖异分析等同于族表达谱肢检测的叶样本量尿估计样本——重复问驾题(SNP与拷贝形数分析)错误思暮想——对照组数雀量可以少泛于实验组正确设计云：对照组仔与实验组陕样本平衡值得参碧考的方差法使用公返开的基琴因芯片隔数据——他人对味照组样浑本背景裕与本课夸题一致样本——对照组问理题从NCB宇I下载公医开数据——G距EO基因芯片毅质量控制检出率——芯片检姓测的性虽价比如机何每张芯片耗检出率样本重揪复性评借价2——芯片间伶相关系辜数实验组对照组其明信鼻息公司鹅实验室碰主管悦罗燕青其明信坦息公司谁北方区浊经理乎李林其明信前息公司挤服务部浩项目管崭理工程嗽师暑孙之翰其明信息短公司开发穿部开发工杜程师张泳永强致谢李奇电话1390蒙1619腊675Ema坛il:liqi淹@gen小mini餐x.co垦m;genm源inix生@gma倚il.c堪om公司电话乞：021-捐5133剖2125悄-801付5公司网血址：..gm淹inix废.com全国统一吩服务电话协：4006事0-40所030Than绕kYo鹅uFo盒rYo纵urA虹tten麦tion谢谢观看/欢迎下载BYF巨AITH节IM背EAN辽AVI竹SION灾OF虹GOOD绣ONE