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文档简介
MEGA软件构建系统发育树As验证进化假说等。MEGA还可以通过网络(NCBI)进行序列比对和数据搜索。依照有根和无根来区别：树可分为有根树和无根树两类。有根树是具备方向树，依照系统发生树可推断出物种来源包括唯一节点，将其作为树中所有物种近来共同祖先。最惯用拟定树根办法是使用一种或各种无可争议同源物种作为外群(英文outgroup)，这个外群要足够近，以提供足够信息，但又不能太近以至于和树中种类相混。把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其她信息(外群)或假设(如假设最大枝长为根)时不能拟定其树根。无根树是没有方向，其中线段两个演化方向均有也许。基于单个同源基因差别构建系统发生数应称之为基因树。由于这种树代表仅仅是单个基因进化历史。而不是它所在物种进化历史。物种树普通最佳是从各种基因数据分析中得到。例如一项关于植物进化研究中，用了100个不同基因来构建物种树，由于进化是发生在生物体种群水平上，而不是发生在个体水平上，虽然表面上不需要更多数据，但事实上还是有必要。基因树和物种树之间差别是很重要，如果只用等位基因来构建物种数，那许多人人和大猩猩就会分到一起，而不是和其她人分到一起。1.4构建办法要构建一种进化树(phyligenetictree)。构建进化树算法主要分为两类：独立元素法(discretecharactermethods)和距离依托法(distancemethods)。所谓独立元素法是指进化树拓扑形状是由序列上每个状态决定，而距离依托法是指进化树拓扑形状由两两序列进化距离决定。进化树枝条长度代表着进化距离。独立元素法涉及最大简约性法(MaximumParsimonymethods)和最大也许性法(MaximumLikelihoodmethods)；距离依托法涉及除权配对法(UPGMAM
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