遗传图绘制专题知识专家讲座

第2章遗传图绘制遗传图绘制专题知识专家讲座第1页结构基因组研究策略遗传图绘制专题知识专家讲座第2页为何要绘制遗传图与物理图1)基因组太大,必需分散测序,然后将分散顺序按原来位置组装,需要图谱进行指导。2)基因组存在大量重复次序,会干扰排序,所以要高密度基因组图。3)遗传图和物理图各有优缺点,必须相互整合校正

遗传图绘制专题知识专家讲座第3页DNA测序有一个极大不足：即使是最准确技术，在一个反应中也极难测出大于750bp序列。这就需要将大分子分解为片段。遗传图绘制专题知识专家讲座第4页问题：分析基因组重复区域时会发生错误。遗传图绘制专题知识专家讲座第5页所以，必须首先建立一个基因组图谱，经过标明基因和其它显著特征位置，为测序提供指导。一旦得到了基因组图谱，测序阶段能够采取以下方法进行：全基因组鸟枪法（whole-genomeshotgunmethod）全基因组鸟枪法是一个快速取得真核基因组方法。2.克盛大叠群法（clonecontigmethod）：（作图法测序，限制测序）。这种逐步测序方法花时间多，但准确。遗传图绘制专题知识专家讲座第6页克隆重合群法：contig，指相互间存在重合次序一组克隆。依据重合次序相对位置将各个克隆首尾连接，覆盖物理长度可达百万级碱基对。在单个重合群中，采取鸟枪法测序，然后在重合群内进行组装。由上至下。直接鸟枪法：首先进行全基因组鸟枪法测序，再以基因组图分子标识为起点，将鸟枪法DNA片段进行组装。依据高密度基因组图分子标识，检测组装片段是否处于正确位置，校正因重复次序干扰产生序列误排。由下至上遗传图绘制专题知识专家讲座第7页遗传图绘制专题知识专家讲座第8页全基因组鸟枪法测序和克盛大叠群法测序最终都必须将DNA序列回归到基因组图上，所以基因组图绘制是基因组测序和组装关键内容之一，是基因组全方面测序必要前提。传统上将基因组作图方法分为两类。

1.遗传作图2.物理作图遗传图绘制专题知识专家讲座第9页2.1遗传图谱与物理图谱1）遗传作图（Geneticmapping）：采取遗传学分析方法将基因或其它DNA序列标定在染色体上构建连锁图。这一方法包含杂交试验，家系分析。遗传图距单位为厘摩(cM),每单位厘摩定义为1%交换率。2）物理作图（Physicalmapping）：采取分子生物学技术直接将DNA分子标识、基因或克隆标定在基因组实际位置。物理图距离依作图方法而异，如辐射杂种作图计算单位为厘镭(cR),限制性片段作图与克隆作图图距为DNA分子长度，即碱基对(bp,kb)。遗传图绘制专题知识专家讲座第10页2.1基因组作图方法经过遗传图谱，我们能够大致了解各个基因或DNA片断之间相对距离与方向，如哪个基因更靠近着丝粒，那个更靠近端粒等遗传距离是经过遗传连锁分析取得，使用DNA厘摩标志越多，越密集，所得到遗传连锁图分辨率就越高遗传图谱不但是现阶段定位基因主要伎俩，即使在人类基因组全物理图谱建立起来之后，它依然是研究人类基因组遗传与变异主要伎俩遗传图绘制专题知识专家讲座第11页2.2遗传作图标识任何一类图谱都有可识别标识。遗传图谱标识是什么呢？标识1标识2标识3染色体上基因和DNA序列均可作为路标,路标含有物理属性,他们由特定DNA次序组成.路标位于染色体上位置是固定,不会更改,因而提供了作图依据遗传图绘制专题知识专家讲座第12页2.2.1基因标识在经典遗传学中，研究一个性状遗传必须要求同一性状最少2种不一样存在形式或称表型。起初只有那些能经过视觉区分基因表型用于研究。最初遗传图谱是在20世纪初针对果蝇等生物使用基因作为标识构建。遗传图绘制专题知识专家讲座第13页2.2.1基因标识表型（phenotype)：一个遗传性状必须以两种替换形式或表型存在才能用于遗传学分析等位基因（allele）：每种表型是由不一样等位基因控制肉眼分辨表型：颜色、形状等。如用于果蝇遗传图构建生化表型：微生物遗传学研究遗传图绘制专题知识专家讲座第14页2.2.1基因标识人类生化性状ABO血型HLA（人类白细胞抗原）复等位基因（multiplealleles）：人类白细胞抗原（HLA）是最复杂最具多态性体系，位于6号染色体HLA-DRBI（humanleukocyteantigens-DRBI）基因位点最少有59个等位基因HLA-B抗原编码位点有60多个等位基因遗传图绘制专题知识专家讲座第15页ABO血型基因座上含有编码不一样半乳糖转移酶复等位基因其特异性决定了血型差异遗传图绘制专题知识专家讲座第16页基因是非常有用标识，但并不是理想。原因：可用作标识基因十分有限，许多性状都包括多基因。2.高等生物基因组中存在大量基因间隔区，遗传图中留下大片无标识区段。3.只有部分基因其等位基因组员能够经过常规实验给予区分，因而产生遗传图是不完整。2.2.1基因标识遗传图绘制专题知识专家讲座第17页基因之外作图工具统称为DNA标识。与基因标识一样，DNA标识必须有最少两个等位基因才是有用。有三种类型DNA序列特征能够满足这一要求：限制性片段长度多态性（restrictionfragmentlengthpolymorphisms,RFLP）2.简单序列长度多态性（simplesequencelengthpolymorphisms,SSLP）3.单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphisms,SNP）2.2.2DNA标识遗传图绘制专题知识专家讲座第18页遗传标识发展：第一代标识经典遗传标识（蛋白质和免疫学标识）70年代中后期，限制酶片段长度多态性（RFLP）第二代标识85年，“小卫星序列"（minisatellite）89年，“微卫星序列"（microsatellite）第三代标识单核苷酸多态性标识（singlenucleotide

polymorphism，SNP）遗传图绘制专题知识专家讲座第19页70年代发展起来DNA重组技术、DNA克隆技术和DNA探针技术为拓展遗传图谱构建路径创造了技术条件使人类基因定位方法从细胞及染色体水平过渡到分子水平DNA水平多态性标识位点作为绘制当代遗传图谱主要界标，提升图谱准确度、准确性。遗传图谱绘制进入了一个崭新时代当代遗传图谱概念由BotsteinD等(1980)首先提出，在此基础上，限制性片段长度多态性（RFLP）作为遗传图谱第一代崭新标识得以问世。限制性位点能够用作基因标识。广泛应用到基因组研究中。基因或基因组能够用重合限制性片段来作图。最终扩展到整个序列，构建连锁图谱遗传图绘制专题知识专家讲座第20页同一物种亚种、品系或个体间基因组DNA受到同一个限制性内切酶作用而形成不一样酶切图谱现象，称为限制性片段长度多态性（RFLP)。这是因为基因组DNA某一位点上变异有可能引发该位点特异性限制性内切酶识别位点改变，包含原有位点消失或出现新酶切位点，致使酶切片段长度随之发生改变而产生。遗传图绘制专题知识专家讲座第21页最早发觉DNA分子标识—RFLP：因为同源染色体同一区段DNA序列差异，当用限制酶处理时，可产生长度不一样限制性片段RFLP:restrictionfragmentlengthpolymorphism,限制性片段长度多态性遗传图绘制专题知识专家讲座第22页RFLP是怎样发觉?

在犹他州盐湖城滑雪胜地艾尔塔一场例行学术讨论中,从事经典人类遗传学研究教授与从事分子生物学研究教授进行学术交流。分子生物学家从经典遗传学研究中取得灵感。遗传图绘制专题知识专家讲座第23页DavidBotstein

DavidBotstein开创核酸限制性片段长度多态性分析技术，用于标志不一样个体间基因差异，为以后人类基因组计划奠定了基础。

PRINCETON,N.J.--PrincetonUniversityhasnamedDavidBotstein,arenownedgeneticist,educatorandpioneeroftheHumanGenomeProject,asthenewdirectoroftheLewis-SiglerInstituteforIntegrativeGenomics.

遗传图绘制专题知识专家讲座第24页第1篇相关人类RFLP试验论文AHighlyPolymorphicLocusinHumanDNA

ArleneR.WymanandRayWhite,MIT

Alocusinthehumangenome,notassociatedwithanyspecificgene,hasbeenfoundtobeasite

ofrestrictionfragmentlengthpolymorphism.Thepolymorphismwasfoundbyhybridizinga16-kilobase-pairsegmentofsingle-copyhumanDNA,selectedfromthehumangenomelibraryclonedinphageCH4A,toaSoutherntransferoftotalhumanDNAdigestedwithEcoRI.DNAsfromanumberofindividualsfromwithinMormonpedigreesaswellasrandomindividualshavebeenexamined.Thelocusishighlyvariable,withatleasteightallelespresent,homozygotesaccountingforlessthan25%oftheindividualsexamined.---PNAS|November1,1980|vol.77|no.11|6754-6758遗传图绘制专题知识专家讲座第25页对RFLP检测主要是用Southern杂交方法进行基本流程：组织或细胞→基因组DNA→限制性内切酶消化→琼脂糖凝胶电泳→印迹转移至滤膜→加入探针→杂交→洗膜→放射自显影→取得反应个体特异性RFLP图谱。遗传图绘制专题知识专家讲座第26页

RFLP多态性产生与检测遗传图绘制专题知识专家讲座第27页所用探针位于染色体不一样位点，能够作为一个分子标识，构建分子图谱。遗传图绘制专题知识专家讲座第28页RFLP标识主要特点是：（1）遍布于整个基因组；（2）无表型效应,不受发育阶段及器官特异性限制（3）共显性，可区分纯合子和杂合子；（4）结果稳定、可靠；用途：RFLP主要用于群体水平和系统发育研究上.进行个体识别；绘制遗传图谱；目标基因定位；检测群体内或群体间序列差异程度；辅助育种等。自RFLP问世以来，已经在基因定位及分型、遗传连锁图谱构建、疾病基因诊疗等研究中得到了广泛应用。遗传图绘制专题知识专家讲座第29页共显性:

（两个亲本性状在一个个体中同时出现，没有显隐关系）遗传图绘制专题知识专家讲座第30页问题：克隆可表现基因组DNA多态性探针较为困难DNA需要量大，试验操作较繁锁，检测周期长成本费用也很高。RFLP分子标识分布密度过于稀疏。现已逐步被其它类型分子标识所取代。RFLP是最早发觉分子标识，也被称为第一代分子标识。遗传图绘制专题知识专家讲座第31页2.简单序列长度多态性(SSLP)

1)可变排列简单重复序列,即重复次数不一,在染色体同一座位重复序列拷贝数不一样;2)SSLP类型:

小卫星序列(minisatellite),有时又称可变串联重复（VNTR），重复单位较长。重复序列为16-100个核苷酸，主要分布在染色体端粒及着丝粒

微卫星序列(micrisatellite),或称简单串联重复（STR），重复单位较短。重复序列只有2-6个核苷酸，分布在整个基因组。遗传图绘制专题知识专家讲座第32页microsatellitemarker又称简单串连重复（shorttandemrepeat，STR），最主要优点是高度多态性，提供信息量相对很大；另外可用PCR技术使操作实现自动化，遗传图与物理图研究中非常有用工具20世纪80年代后期,人们开始应用微卫星序列(microsatellite,MS)绘制图谱。1994年底，美、法完成了以RFLP及微卫星ＤＮＡ为标志遗传图谱.图谱包含了5826位点，覆盖4000cM，分辨率高达0.7cM．1996年法国报道了完全以微卫星DNA标志构建遗传连锁图，包含2335位点，分辩率为1.6cM遗传图绘制专题知识专家讲座第33页微卫星序列（SSR）遗传图绘制专题知识专家讲座第34页遗传图绘制专题知识专家讲座第35页共显性遗传图绘制专题知识专家讲座第36页怎样检测SSR依据简单重复次序两侧序列设计引物,PCR，经聚丙烯胺凝胶电泳分辨.遗传图绘制专题知识专家讲座第37页SSR技术优点是：（1）在基因组中随机分布，检测多态性频率高；（2）PCR特异引物，重复性好；（3）共显性，操作相对简单。问题是：（1）SSR需要测序和设计引物，因而需要大量人力、物力和时间；（2）另外其种属特异性强，开发所需费用高昂，所以一些试验室进行了合作，共同开发微卫星引物。遗传图绘制专题知识专家讲座第38页利用SSR标识关键是引物设计对于已经进行基因组全序列测定生物或遗传学研究比较经典生物，能够直接从其基因组进行查找和利用相关程序进行引物设计或利用他人已经发表引物来进行试验；而对于没有基因组序列信息生物，就需要进行相关引物设计工作。遗传图绘制专题知识专家讲座第39页微卫星序列标识研究1)1982年Hamada等首次报道microsatrllite现象(PNAS,79:6564,1982)2)1989年Weber等从GenBank中发觉人类基因组8个位点中,有7个位点存在(CA)n拷贝数改变(Am.J.Hum.Genet.,44:388,1989).3)现已证实人和老鼠基因组中平均每18-28kb含有一个多态性(CA)n.4)获取方法:a)计算机搜寻;b)用限制酶酶切基因组DNA,构建DNA文库。合成简单寡聚重复核苷酸作为探针从库中筛选.遗传图绘制专题知识专家讲座第40页SSLP标识在基因组中分布含有多态性频率高以及分布比较均匀特点，另外SSLP标识能够采取PCR方法直接扩增，经聚丙烯胺凝胶电泳分辩，现已成为主流分子标识，又称为第二代分子标识。SSR标识应用：现已证实微卫星DNA存在于绝大多数真核生物基因组中，所以已广泛应用于遗传图谱构建、品种纯度检测及遗传多样性分析、主要性状基因定位等。遗传图绘制专题知识专家讲座第41页3.SNP(单核苷酸多态性)SNP是指同一物种不一样个体基因组DNA等位序列上单个核苷酸存在差异现象。遗传图绘制专题知识专家讲座第42页SNP只包括单个碱基变异，这种变异能够由单个碱基转换（包含C与T交换，G与A交换），或颠换（包含C与A、G与T、C与G、A与T交换）引发。点突变，位于密码子摇摆位置，表现为缄默突变而被大量保留下来。大多数不能被限制酶识别，必须采取测序或寡聚核苷酸杂交检测在人类基因组中可到达300万个，平均每1000个碱基对就有一个数目多，覆盖密度大，被称为第三代分子标识遗传图绘制专题知识专家讲座第43页依据SNP在基因中位置，SNP可分为：基因编码区SNP（codingSNP,cSNP）基因周围SNP（peripheralSNP,pSNP）基因间SNP（intronicSNP,iSNP）遗传图绘制专题知识专家讲座第44页从对生物遗传性状影响，基因编码区SNP

cSNP又可分为两种：1.同义cSNP(synonymouscSNP)：SNP引发编码序列改变并不影响其翻译蛋白质氨基酸序列;2.非同义cSNP（non-synonymouscSNP）：指碱基序列改变可使以其为蓝本翻译蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质功效，这种改变常是造成生物性状改变直接原因。遗传图绘制专题知识专家讲座第45页SNP标识可用DNA芯片技术检测：将不一样寡核苷酸固定在芯片上，标识待测DNA，一次就可检测很多SNP标识。尽管单一SNP所提供信息量远小于现在惯用分子标识，但SNP数量极其丰富，而且能够自动化检验，所以其含有广泛应用前景。SNP数量比微卫星标识数要高出几个数量级。遗传图绘制专题知识专家讲座第46页比如：3－4个SNP这种相邻界标组成单倍型（haplotype）就能够有8－16种：Haplotype:一条同源染色体上等位基因或遗传标识所组成组合。遗传图绘制专题知识专家讲座第47页遗传图绘制专题知识专家讲座第48页人类不一样群体中存在SNP遗传图绘制专题知识专家讲座第49页SNP发生在全部人群最少1%人中。遗传图绘制专题知识专家讲座第50页大多数SNP位于非编码序列，不影响基因功效。有些SNP位置靠近特定基因，可作为基因标志。其它SNP位于编码序列内，可改变基因表示蛋白质，从而影响人类健康。遗传图绘制专题知识专家讲座第51页多肽链是由氨基酸连接而成。氨基酸含有不一样化学性质。多肽链须折叠成蛋白质立体结构才能发挥正常功效。假如多肽链中一个或多个氨基酸发生了改变，则蛋白质折叠和功效可能会发生改变。遗传图绘制专题知识专家讲座第52页有些SNP尽管位于编码序列内，但并不改变蛋白质组成。例：CUG-CUC亮氨酸遗传图绘制专题知识专家讲座第53页有些SNP会给蛋白质带来微小而无害影响。例：GAU—GAG天东氨酸变成了谷氨酸。二者都是酸性氨基酸。假如发生位置对蛋白质功效影响不大，结果就是无害。蛋白质还会发挥正常功效。遗传图绘制专题知识专家讲座第54页有些SNP会给蛋白质功效带来有害影响，称为变异。例：GAU—GUU天东氨酸变成缬氨酸。因为化学性质完全不一样，会严重地影响到蛋白质折叠和功效。镰刀形红细胞贫血症血红蛋白基因中单个碱基改变造成谷氨酸被缬氨酸取代。变异血红蛋白不能再携氧，造成疾病。遗传图绘制专题知识专家讲座第55页有些SNP带来影响在普通情况下不显现，只有在身体暴露在致病因子时才显现。因为这些SNP所在基因负责调整有害因子吸收，代谢，排泄等。基因微小改变会影响人体对疾病易感性。例：吸烟—肺癌，过量饮酒—肝癌。遗传图绘制专题知识专家讲座第56页当人吸烟时，致癌因子前体进入肺部细胞内。激活蛋白会将致癌因子前体转变成致癌因子。致癌因子会被解毒蛋白变成水溶性物质并经尿排出体外。遗传图绘制专题知识专家讲座第57页位于激活蛋白基因内SNP会影响激活蛋白活性。有些人激活蛋白活性超强，能够在肺部产生大量致癌因子，损害细胞DNA造成癌症。有些人激活蛋白活性超弱，产生致癌因子较少，患癌症可能性较低。遗传图绘制专题知识专家讲座第58页SNP还会影响解毒蛋白活性。有些人解毒蛋白活性超强，能够很快将致癌因子排出体外。患癌症可能性较低。有些人解毒蛋白活性超弱，将致癌因子排出体外速度慢。患癌症可能性较高。遗传图绘制专题知识专家讲座第59页在染料厂工作工人会经常接触芳胺，患膀胱癌可能性较高。肝脏中有两种酶可作用于芳胺。一个是解毒酶，将芳胺转变成无毒物质并排出体外。另一个是激活酶，可将芳胺转变成致癌因子前体，并转运至膀胱，可致膀胱癌。遗传图绘制专题知识专家讲座第60页SNP会影响解毒酶活性。有些人解毒酶活性较低，将芳胺转变成无毒物质速度较慢。较多芳胺会被转变为致癌因子。这些人患膀胱癌可能性较高。遗传图绘制专题知识专家讲座第61页疗效及副作用个体差异。控制药品吸收，转运，代谢，排泄等步骤蛋白SNP。例：将药品转变成有效成份蛋白及将药品转变成有毒副产物蛋白。解释疗效及副作用。遗传图绘制专题知识专家讲座第62页SNP数量众多，稳定及易于检测。用作基因标识。如SNP位于基因附近并随基因一起遗传。发觉了SNP就等于发觉了基因。遗传图绘制专题知识专家讲座第63页科学家们正对很多人基因组进行大规模测序，以找出全部SNP，并绘制SNP图谱。遗传图绘制专题知识专家讲座第64页每个人都有他自己SNP类型。依据SNP类型将一个大人群分为小群体。遗传图绘制专题知识专家讲座第65页不一样SNP类型人对治疗反应不一样。未来，在确诊后，依据患者SNP类型来确定治疗方法。遗传图绘制专题知识专家讲座第66页SNP类型还有利于发觉疾病基因。只在疾病患者上发觉SNP是疾病基因标识。有SNP在基因附近，经过SNP可发觉疾病基因。遗传图绘制专题知识专家讲座第67页SNP类型还有利于发觉患病危险性。例：在随机抽取100正常人中，80人有SNPA，20人有SNPB。而在100个肾癌患者中，60人有SNPA，40人有SNPB。SNPB人患肾癌危险性比SNPA人高。遗传图绘制专题知识专家讲座第68页经过SNP图谱，研究SNP与疾病易感性，治疗有效性等关系。生活方式干预（吸烟，饮酒）,选择适当疗法。遗传图绘制专题知识专家讲座第69页2.3遗传作图方法理论基础：采取一组分子标识构建遗传图方法主要依赖于连锁分析。基本方法：两点测验法和三点测验法遗传图绘制专题知识专家讲座第70页2.3遗传作图方法连锁分析是遗传作图基础：1905，Bateson，Saunder和Punnett首创；1911年Morgan揭示了连锁分析意义在同一条染色体上基因间表现出遗传连锁(Geneticlinkage)，因为它们都是在同一条长DNA分子上部分连锁与重组：比利时细胞学家Janssens发觉减数分裂时同源染色体交换Sturtevant：2个彼此靠近基因之间因交换而分离频率，要比相互远离2个基因之间发生分离频率要小重组率则可成为测量基因之间相对距离尺度，只要取得不一样基因之间重组率，就可绘制一份基因位于染色体上相对位置地理图遗传图绘制专题知识专家讲座第71页遗传图绘制专题知识专家讲座第72页部分连锁与遗传作图构建遗传图谱基本原理真核生物遗传过程中会发生减数分裂，此过程中染色体要进行重组和交换，这种重组和交换概率会伴随染色体上任意两点间相对距离远近而发生对应改变。依据概率大小，人们就能够推断出同一条染色体上两点间相对距离和位置关系。正因为如此，我们得到这张图谱也就只能显示标识之间相对距离。我们称这一距离(概率)为遗传距离(cM)，由此构建图谱也称为遗传图谱。遗传图绘制专题知识专家讲座第73页连锁遗传图做法普通以最左端基因位置为0，如发觉有新基因在更左端位置时，把0点让给新基因，其余基因座位作对应移动因为较远两基因之间发生偶数次交换，但没有出现重组类型，所以交换值要大于重组率。绘制连锁遗传图时，需依据重组率进行图距校正遗传图绘制专题知识专家讲座第74页遗传图偏离重组热点：

近端粒区、着丝点区

特异基因区段（小鼠主要组织兼容性复合座位）

性别影响：不一样性别含有不一样重组热点遗传图绘制专题知识专家讲座第75页2.3.3不一样模式生物连锁分析连锁分析分为3大范围：

1.有性杂交试验2.系谱分析3.DNA转移遗传图绘制专题知识专家讲座第76页杂交试验连锁分析选择已知基因型亲本，设计杂交方案，取得交配子代并分析其表型和基因型对于高等真核生物常规连锁分析并不是直接检验配子，而是检测分别来自两个亲本配子融合形成二倍体基因型，即进行遗传杂交两点杂交和多点杂交遗传图绘制专题知识专家讲座第77页两点杂交：

惯用测交方法分析子代基因型分离比

测交：杂合体X隐性纯合体

子代表型逆推亲代交换率遗传图绘制专题知识专家讲座第78页多点杂交：三个位点分析——双杂交子代基因型观察数推测重组事件ABC/abc

abc/abc987无重组，均为亲代基因型aBC/abc

Abc/abc51A和BC之间发生一次重组ABc/abc

abC/abc63B和AC之间发生一次重组AbC/abc

aBc/abc2发生两次重组，一次发生在C与A之间，一次发生在C与B之间遗传图绘制专题知识专家讲座第79页RFLP连锁图RFLP是第一个用于研究DNA标识（DavidBostein，1980）基本构想：因为同源染色体同一区段DNA次序差异，用限制酶消化时，会得到长度各不相同限制性片段。经过琼脂糖凝胶电泳分离，可直接显示不一样个体同一位点DNA组成差异因为限制酶专一性，用不一样限制酶处理同一DNA样品时，能够产生与之对应不一样限制性片断，从而提供大量位点多态性信息遗传图绘制专题知识专家讲座第80页亲本：A1/B1和A2/B2，个体231；新组合：A1/B2和A2/B1，个体39交换率：39/（231+39）=14%；A与B相距14cM遗传图绘制专题知识专家讲座第81页RFLP原理图示：标识1标识2

遗传图绘制专题知识专家讲座第82页遗传图绘制专题知识专家讲座第83页人类遗传图谱构建

系谱分析作图人类不可能依据需要选择亲本，设计杂交组合，构建分离群体。只能检测现存家庭连续几代组员基因型。

家系分析法。资料有限、必须借助于统计学方法。遗传图绘制专题知识专家讲座第84页系谱分析系谱分析法即对某家庭性状相关组员进行统计，分析性状之间连锁关系，经过重组率进行相关基因定位，这种方法又称家系分析法(pedigreemethod)

不能进行有计划遗传试验，只能搜集家系组员相关资料进行连锁分析，主要包括人类和多年生树木优势对数值（lodscore）分析：lod值是基因连锁可能性对数，用于判定所研究两个标识是否在同一染色体上，换句话说就是基因是否连锁。假如优势对数分析确定了连锁，然后能够提供最可能重组频率程度。理想情况是资料来自不一样系谱遗传图绘制专题知识专家讲座第85页细菌遗传作图转化（transformation）：供体细胞释放一段DNA（通常小于50kb），经受体细胞摄取后整合到基因组中，可借助抗性培养基筛选重组克隆转导（transduction)：经过噬菌体将小片段DNA从供体细胞转移到受体细胞接合转移(conjugation)：两个细菌形成物理接触，DNA从供体转移到受体遗传图绘制专题知识专家讲座第86页细菌遗传重组遗传图绘制专题知识专家讲座第87页细菌遗传作图中采取都是生化标识（如合成色氨酸能力、反抗生素敏感性等），隐性表型（如不能合成色氨酸）是能够互补性状。基因转移在含有野生型等位基因供体品系与含有隐性等位基因受体品系之间进行，依据受体细胞是否取得基因指令生化功效来监测转移DNA是否进入受体细胞接合：依据野生型基因进入受体时间表，能够确定基因所在位置转导及转化：依据所研究基因是否同时出现在受体细胞中，紧密连锁基因总是有最高机率被同时转移。遗传图绘制专题知识专家讲座第88页基因与分子标识共分离共分离：假如限制酶多态性在基因组中自由发生，则有些会在特定基因附近产生。我们能够确定这么限制性标识，因为该标识与突变表型亲密相关。假如比较患病者和正常人DNA限制图谱，可能发觉一个特定限制性位点通常出现(或者丢失)在患者DNA中，原因是限制性标识与表型间100%相关。它暗示限制性标识与突变基因距离很紧，以至于它们在重组中不能分离遗传图绘制专题知识专家讲座第89页2.4遗传图绘制2.4.1人类遗传图人类解剖图包含4张小图，包含了人类基因组计划全部主要内容，它们分别是遗传图（连锁图）、物理图、序列图和转录图。人类遗传图有6000多个遗传标识作为路标，把基因组分成6000多个区域，只要以连锁分析方法，找到某一表现型基因与其中一个遗传标识邻近（即紧密连锁）证据，就能够把这一基因定位于这一标识所界定区域内。这么，假如想确定与某种已知疾病相关基因，即可依据决定疾病性状位点与选定遗传标识间遗传距离，来确定与疾病相关基因在基因组中位置。遗传图绘制专题知识专家讲座第90页人类疾病基因研究致病基因及相关基因克隆在基因组学研究中占据着关键位置。对疾病预防，诊疗，治疗等有主要意义。人类基因组计划直接动因是要处理包含肿瘤在内人类疾病遗传学基础问题。遗传图绘制专题知识专家讲座第91页人类疾病基因研究单基因病疾病基因研究:比如血友病。多基因病疾病基因研究:比如心脏病，糖尿病，癌症等。遗传图绘制专题知识专家讲座第92页单基因病疾病基因研究人类基因组计划使我们了解基因组序列。现在采取定位候选克隆方法极大地提升了发觉疾病基因效率。遗传图绘制专题知识专家讲座第93页定位候选克隆