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文档简介

生命产生的机制(1)无机合成说19世纪早期,维勒首次在实验中人工合成了尿素,有机化学就此创立:有机物在没有活体生物介入的情况下也能产生。20世纪20年代,俄罗斯生物化学家奥巴林猜想:小油滴球形细胞有机大分子酶蛋白质当前1页,总共80页。1953年,芝加哥大学研究生斯坦利·米勒:

CH4+NH3+H2+H2O25个氨基酸分子辐射和紫外线等引入,合成出更复杂的分子,其中就有形成核酸的基本要素—腺嘌呤。无机合成说存在问题:合成的分子如何最终形成生命?至今还不清楚,问题的核心不在于氨基酸,而在于蛋白质。当前2页,总共80页。太空说1871年,开尔文勋爵提出:“生命的种子可能是陨石带到地球的”。1969年9月,澳大利亚墨奇森陨石的年代达45亿年,令人惊讶的是,其上布满了74种氨基酸,其中8种跟形成地球上的蛋白质有关。2001年的分析表明,其还含有一系列复杂的糖。当前3页,总共80页。2000年1月,加拿大塔吉什湖的碳质球状陨石同样存在丰富的有机化合物。哈雷彗星大约25%是有机分子,要是它们经常坠落在地球上,地球就有了生命所需的基本元素。太空说存在问题:没有回答生命是如何产生的,只是把责任推到别的地方。证据仍不足。当前4页,总共80页。生命出现的形式2001年发现,在海洋热液区,古生菌可能是数量最丰富的有机体,它们可以承受高盐(S=35)、高温(113ºC)、高压和强酸性(pH=1)。在地球生物演化的早期阶段,这些微生物或许曾繁荣昌盛,更好地了解他们,可为研究生命起源提供一个新的视角。当前5页,总共80页。一、海洋有机生物地球化学循环的重要性海洋有机组分的研究对于探索地球生命起源具有一定意义。有机组分构成所有生物的组织,同时也是异养生物的主要食物来源。生物除了将有机组分作为生长所需物质与能量来源外,还利用其作为相互联系的中介。信息素、有毒组分、解毒剂当前6页,总共80页。通过络合、吸附作用与许多痕量元素结合,影响其地球化学行为与生物活性。颗粒有机物是生源要素沉降迁出、埋藏的主要载体,对生源要素生物地球化学循环有明显影响。影响沉积物性质,如增加颗粒黏性,限制其再悬浮,为底栖生物提供充足食物来源;提供化石燃料形成以及古海洋学事件的信息。海洋有机生物地球化学循环的重要性当前7页,总共80页。研究与还原性碳相关的物质,揭示海洋生态系结构、功能与演化。研究组分均包含碳,且每个碳都与H、O、N、S等共价结合,形成具有不同粒径、不同极性、不同电荷以及不同环境行为的各种分子。二、海洋有机地球化学研究范畴当前8页,总共80页。海洋有机物至少一半以上仍未鉴定出来。海洋有机组分是不同来源、不同年龄、不同反应历史的集成产物,通常采用的分子水平的分析方法仅仅测定某一组分,往往不能代表混合物的整体。三、海洋有机地球化学的挑战如何鉴别、定量出每一种有机组分?当前9页,总共80页。第2节海洋有机物的组成一、海洋有机组分的分析(1)平均分子组成:C106(H2O)106(NH3)16PO4实际上:由一系列不同分子组成,从低分子量

的烃类(CH4)到高分子量的聚合物

(腐殖酸)。当前10页,总共80页。有机组分的存在形式当前11页,总共80页。有机组分的分析技术方法测量特征参数数量预处理方法样品量元素分析C、H、O、N、S5灼烧<1mg稳定同位素分析13C、2H、18O、15N、32S5灼烧<1mg放射性同位素分析3H、14C2灼烧<1mg红外光谱功能团~20溶解、有机提取<1mg核磁共振谱C、H、N、P类有机组分~30溶解、有机提取1~10mg热解质谱降解产物>100溶解、有机提取<10mg基质辅助激光解析质谱完整分子>100溶解、有机提取<1mg毛细管电泳质谱完整分子>100溶解、有机提取<1mg整体分析技术:当前12页,总共80页。分子水平分析技术对象类别预处理方法色谱检测器碳水化合物类脂非极性溶剂萃取气相火焰离子化脂肪酸类脂碱性水解气相火焰离子化脂肪醇类脂碱性水解气相火焰离子化甾醇类脂碱性水解气相火焰离子化烯酮类脂非极性溶剂萃取气相火焰离子化叶绿素色素非极性溶剂萃取液相荧光类胡萝卜素色素非极性溶剂萃取液相紫外吸收氨基酸胺类酸性水解液相/气相荧光/火焰离子化核酸核苷酸分离液相紫外吸收中性糖碳水化合物酸性水解离子色谱/气相脉冲安培/火焰离子化酸性糖碳水化合物酸性水解离子色谱/气相脉冲安培/火焰离子化木质素酚酚类CuO-NaOH气相/液相火焰离子化鞣酸酚类酸性水解气相火焰离子化角质酸聚酯甲醇气相火焰离子化当前13页,总共80页。二、海洋有机储库的构成POM=POC×2DOM主要由腐殖质和一些较活跃生化组分组成当前14页,总共80页。三、有机组分的类别生物蛋白质多糖类脂色素核酸木质素鞣酸细菌55~703~105~202~52000浮游植物25~505~505~203~202000浮游动物45~703~55~201~52000维管植物2~537~55<35~20<115~40<20木材<140~80<30<120~35<45常见生物的主要生化组成(OC%)当前15页,总共80页。地球化学重要有机组分的功能团分子式功能团/组分R-OH羟基:醇(R=烷基);酚(R=苯基)C=OR羰基:醛(R=H);酮(R=烷基或苯基)C=OOR羧基:羧酸(R=H);酯(R=烷基)-O-醚-NH2胺C=ONH2酰胺-SH硫醇-S-硫化物C=C烯烃当前16页,总共80页。蛋白质是细胞结构的构成部分,作为代谢调节、生物运动和防御的基础。蛋白质由一系列氨基酸通过肽键结合而成,一般将分子量大于10000的多肽聚合物称为蛋白质。氮含量通常被用来衡量活体生物的蛋白质含量。对于海洋浮游生物而言,蛋白质的氮约占浮游植物总氮的60~70%。氨基酸和蛋白质当前17页,总共80页。氨基酸:RCHNH2COOH。浮游生物蛋白质中最丰富的氨基酸:甘氨酸丙氨酸谷氨酸天冬氨酸氨基酸当前18页,总共80页。活生物体中的氨基酸组成非常类似,但生物体外壳有差别,如碳酸钙外壳富含天冬氨酸,而蛋白石外壳中富含丝氨酸。海水中氨基酸浓度介于20~250µg/L,占DOC的2~3%。海水中结合态氨基酸大多以酚-醌络合物或腐殖酸型络合物存在,分子量一般介于400~1000。氨基酸当前19页,总共80页。通用分子式:Cn(H2O)m。所有活体细胞工作和化学反应的能量来源,控制着能量转换和遗传物质的传输,也是海洋颗粒有机物的重要组成部分。可分为:单糖(仅一个碳链)、双糖和多糖。碳水化合物当前20页,总共80页。海水中的主要单糖(monosaccharides)葡萄糖果糖当前21页,总共80页。典型多糖纤维素:陆地植物中化学性质非常惰性的组分褐藻酸:海洋藻类合成,具药用价值甲壳素:甲壳动物的外壳当前22页,总共80页。含量<几百微克每升。高生产力海域一般具有较高颗粒态碳水化合物。颗粒态碳水化合物的含量与分布太平洋当前23页,总共80页。90-95%存在于溶解相溶解态含量:mg/L高生产力近海含量较高溶解态碳水化合物的含量与分布当前24页,总共80页。类脂类脂功能团特征烃类甾醇脂肪酸与脂肪链烯烃类脂结构特征n-C17甲基、双键、异戊二烯等直链类脂含支链类脂当前25页,总共80页。化学式:CnHm低分子量(<C14)、高分子量(>C14)两类可分为饱和、不饱和和芳香族三类,海水中常见的是烷烃和烯烃。芳香族烃类至少含一个苯环,一般认为它们主要由非生物过程产生。烃类当前26页,总共80页。生物主要烃类组分说明硅藻和鞭毛虫n-C21:6高度支链结构,某些硅藻含C20、C25和C30红藻、绿藻和黄藻n-C15和n-C17部分含不饱和n-C17蓝绿藻n-C15和n-C17部分含n-C19:1、n-C19:2和7-甲基庚烷和8-甲基庚烷细菌n-烃类C15~C30+之间的n-烃类均匀分布浮游动物桡足类:降植烷(C19);摄食硅藻浮游动物:n-C21:6降植烷来自叶绿醇支链陆地高等植物n-C25至n-C35+之间的烃类烃类作为生物来源的指标当前27页,总共80页。脂肪酸、脂肪与蜡状物属羧酸一类,至少含一个羧基功能团(-COOH)。脂肪酸主要存在于动物的脂肪、植物的蜡状物中,一般含碳原子数为4~36个。脂肪(fat):固体乙二醇酯油(oil):液体乙二醇酯脂肪酸和脂肪当前28页,总共80页。来自植物的脂肪酸以单数的碳原子链为主。陆地高等植物产生的脂肪酸碳链长度一般大于海洋浮游植物。绝大多数脂肪酸是碎屑有机物降解过程中甘油三酯水解形成。脂肪酸和脂肪当前29页,总共80页。存在于各种活体生物,起到激素与稳定类脂双分子层等的作用。主要由植物合成,细菌不会合成与累积甾醇,动物在摄食植物后,通常将其中的甾醇转化为胆甾醇。甾醇具备作为植物标志物的潜力,较为常用的是应用麦角甾醇指针真菌,黑海甾醇指针鞭毛虫,-谷甾醇指针高等植物。甾醇当前30页,总共80页。含37个碳与2~4个双键的直链链烯烃:(1)由少数几种海洋浮游藻类合成产生(2)链烯烃双键丰度与藻类生长的水温有关链烯烃当前31页,总共80页。碳、氮双键共轭系统选择性吸收可见光难溶于水,没有挥发性,对热敏感叶绿素由植物和细菌合成色素当前32页,总共80页。叶绿素a:普遍存在于各种海洋浮游植物叶绿素b:主要存在于绿藻和高等植物叶绿素c:主要存在于硅藻和鞭毛虫菌绿素:存在于紫色、绿色和棕色的硫光合细菌色素当前33页,总共80页。具有多功能团的多组分混合物由细胞内组分聚集形成的大分子,在活体生物体内并不存在黄色或棕色、无定形、疏水性、非均相、高度络合拥有一系列芳香组分与脂肪组分的功能团,但因互相结合在一起,导致其性质与母体明显不同腐殖质当前34页,总共80页。腐殖质的溶解性质腐殖质类别溶解性质其他化学性质富里酸(fulvicacid)溶于酸和碱较低分子量,芳香与聚集程度较低,一般富含含氧功能团腐殖酸(humicacid)不溶于酸,溶于碱较高分子量、更高程度的聚合胡敏素(humins)不溶于酸和碱腐殖酸经过脱水、聚合、功能团解离等变化后形成当前35页,总共80页。腐殖化过程影响因素:氧、黏土氧:还原性环境的腐殖质,聚合程度较低,碳含量较低,更多以高分子量组分存在。黏土矿物:黏土矿物高区域,腐殖质含量较高。当前36页,总共80页。海水DOM中,40~80%以腐殖质存在,富里酸含量一般大于腐殖酸。海水腐殖质含量与分布受海洋初级生产过程与陆源物质输送的影响。海源腐殖质与陆源腐殖质的性质存在差异。海水中腐殖质的含量与分布当前37页,总共80页。陆源与海源腐殖质地球化学性质的比较项目海源腐殖质陆源腐殖质有机组成1)富含脂肪类物质;脂肪碳约为芳香碳的2倍2)存在芳香组分,但不是主要成分3)厌氧条件导致高聚合有机分子难以形成1)具有明显芳香核心结构;芳香碳占主导2)脂肪组分链连接到芳香

核心;含有更多多核环3)高程度氧化导致高程度

聚合元素组成1)富里酸和腐殖酸碳含量分别为45-50%和50-55%2)高氢3)高氮4)高硫1)碳含量变化大,可高达65%2)低氢3)低氮4)低硫当前38页,总共80页。项目海源腐殖质土壤腐殖质同位素组成1)碳同位素组成较“重”:

13C=-20~-23‰2)15N=9‰,硝酸盐为主要营养盐3)2H变化较小,平均约

-105‰1)碳同位素较“轻”:

13C=-25~-28‰2)15N=2‰,细菌固定大气N23)2H变化较大:

-50~-100‰功能团1)总酸度低,但变化范围大:主要由羧酸功能团贡献2)醇羟基含量高1)总酸度高:主要由羧酸

和酚羟基功能团贡献2)醇羟基含量低陆源与海源腐殖质地球化学性质的比较当前39页,总共80页。有机物分子式例子H/CO/CN/CS/C多糖C100H167O83纤维素1.670.8300蛋白质C100H158O32N26S0.9网采浮游生物1.580.320.260.01类脂C100H189O11油酸1.890.1100RNAC100H100O50N10网采浮游生物0.920.320.400叶绿素C100H140O9.5N7.5叶绿素a1.400.100.080木质素C100H108O38裸子植物1.080.3800鞣酸C100H66O42被子植物0.660.4200海洋浮游植物C100H167O35N16S0.4网采浮游生物1.670.350.160.004细菌C100H167O35N16S0.4革兰氏阴性1.670.350.160.004木材C100H100O50裸子植物1.000.5000树叶C100H100O50N10被子植物1.000.500.100草C100H100O50N10热带1.000.500.100有机组分的元素组成当前40页,总共80页。3颗粒有机物POM的来源:(1)海洋初级生产过程:4×1016gC/a(2)河流输送:4.2×109gC/a(3)大气沉降:很少一、POM的来源与归宿当前41页,总共80页。初级生产力的空间变化当前42页,总共80页。光合作用碳的归宿低分子量有机组分的分泌:约10%浮游动物摄食植物细胞的溶解:10~50%当前43页,总共80页。构成:活体浮游藻类、细菌生物聚集体和小型浮游动物及它们的卵和幼体各种生物的碎屑与他们的粪便生物骨架结构、陆源或大气沉降的有机物由海水溶液沉淀、吸附至颗粒物的有机物POM的构成与迁出POM最主要归宿:垂向输送与埋藏当前44页,总共80页。二、POM的含量、分布与组成变化POC含量:

大多由采水-过滤法获得,代表悬浮颗粒物POC通量:

大多由沉积物捕集器获得,代表沉降颗粒物当前45页,总共80页。对象POC(µM)海水表层水1~17深层水0.2~1.3沿岸水4~83河口水8~833寡营养湖水80河水170富营养湖水170沼泽水170沼泽泥炭水250POC的含量与变化当前46页,总共80页。POC垂直分布当前47页,总共80页。POC的垂向转化当前48页,总共80页。POM转化路径蛋白质:蛋白质多肽自由氨基酸脂肪酸、尿素、CO2、CH4、NH4+、HPO42-、HS-类脂:类脂烃类、碳水化合物、小羧酸分子CO2、CH4多糖:多糖寡糖单糖CO2、CH4深海微生物种类和丰度颗粒物化学组成颗粒物沉降速率

当前49页,总共80页。三、POM垂向输送通量当前50页,总共80页。初级生产力与POC输出通量的关系当前51页,总共80页。不同有机组分输出通量的变化当前52页,总共80页。颗粒有机碳输出通量的时间变化马尾藻海当前53页,总共80页。特定有机组分垂向输出通量的时间变化马尾藻海当前54页,总共80页。沉降颗粒物中生源组分含量的垂直变化深度(m)碳酸盐生物硅有机物(%总重量)37835.15.259.597872.111.716.2277868.417.714.0428071.617.610.7558261.425.013.5当前55页,总共80页。沉降颗粒物C、N、P比的垂直变化海域深度(m)OCNPOC/N沿岸上升流区501902218.82501601411270018017111沿岸非上升流区502602719.92503303311070037025115开阔大洋754102911457546034113105091031129当前56页,总共80页。4溶解有机物(1)大陆径流输入(2)大气沉降输入(3)海洋内部来源一、DOM的来源当前57页,总共80页。河流输入的TOC:33×1012molC/a,其中POC、DOC约各占一半大陆径流输入当前58页,总共80页。河口区DOC的行为当前59页,总共80页。大气沉降输入Williams:降雨输入速率为2.2×1014gC/aHunter和Liss:上述数值高估了,因为存在通过气泡、波浪破碎等由海洋向大气输送的有机物。Gagosian和Peltzer:通过海洋气溶胶的脂类物质组成,证明气溶胶有机物主要来自陆地,且湿沉降是大气输入的主要途径。当前60页,总共80页。海洋生物是有机物内部来源之一,它们通过分泌代谢产物或死亡后的分解,往海水添加各种有机物质。除初级生产者外,其他的海洋生物实际上不是有机物的真正来源,而是有机物的转换者。有机物的内部来源当前61页,总共80页。

(1)浮游植物的细胞外释放(2)摄食导致的DOM释放或排泄(3)细胞溶解导致的DOM释放(4)颗粒物的溶解(5)细菌的转化和释放(6)海洋沉积物海水中DOM的生物产生过程当前62页,总共80页。积分初级生产力:30~8543mgC/m2/d,幅度为285倍上层1000m水体DOM浓度:40~80µM存在DOM的迁出过程:生物过程与非生物过程二、DOM的迁出当前63页,总共80页。DOM的生物消耗原核生物:异养细菌是DOM的主要消耗者,可将LMW组分(500-1000Da)直接透过细胞膜进入到细胞中。HMW组分也可被异养细菌所利用,他们通过分泌水解酶将HMW组分转化为LMW组分,进而吸收进入到细胞中。当前64页,总共80页。细菌生产力与初级生产力的比值当前65页,总共80页。真核生物对DOM的消耗某些海洋真核生物能够直接吸收易降解的DOM组分来满足他们的代谢需求,如异养鞭毛虫可利用55~2000kDa的胶体态DOM;海洋脊椎动物可利用单糖、自由氨基酸等。当前66页,总共80页。DOM的非生物迁出过程光转化:通过直接的光化学反应转化为CO2,少量转化为CO将HMWDOM转化为生物可利用的LMWDOM释放一些易被生物利用的N、P组分Moran和Zepp(1997)估算出光化学反应迁出的DOC约占海洋DOC储库的2-3%当前67页,总共80页。颗粒物对DOM的吸附Druffel等(1996):

东北太平洋深层水POC“年龄”(△14C)远远“老”于上层水POC的年龄?当前68页,总共80页。三、DOM的生物活性(lability)当前69页,总共80页。易降解DOM的特征储库特征文献易降解DOC周转时间:几分钟~几天Fuhrman和Ferguson,1986;Keil和Kirchman,1999HMW和LMW组成,主要为单糖和自由氨基酸Benner等,1992;Amon和Benner,1996上层水体浓度为nM量级Fuhrman和Ferguson,1986;Rich等,1997;Keil和Kirchman,1999;其快速循环支持着大部分异养细菌的生长Ducklow和Carlson,1992;Rich等,1996易降解组分的缺乏会限制异养细菌的快速生长Kirchman等,1990;Carlson和Ducklow,1996当前70页,总共80页。半易降解DOM的特征储库特征文献半易降解DOC周转时间:几个月~几年Ogura,1972;Kirchman等1993潜在的碳垂向输出项Carlson等,1994;Hansell等,2001占DOC的份额空间变化大,具有永久性跃层海域较高Carlson和Ducklow,1995;Hansell,2002由HMW和LMW组成Benner等,1992;Amon和Benner,1996碳水化合物为主Benner等,1992;Pakulski和Benner,1994部分由生物合成的多糖组成Biersmith和Benner,1998碳水化合物份额随深度增加而降低Cowie和Hedges,1994;Skoog和Benner,1997C:N比为6~>20Williams,1995;Carlson等,2000当前71页,总共80页。难降解DOM的特征储库特征文献难降解DOC周转时间:几百~几千年Williams和Drufferl,1987;Bauer等,1992LMW为主Amon和Benner,1996难以被微生物降解Barber,1968;

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