微生物学微生物的分类和鉴定

微生物学微生物的分类和鉴定第一页，共三十页，2022年，8月28日界

门

纲

目科属

种瑞典植物学家林奈（Linneaus）于1753年创立第一节通用分类单元一、7级分类单元第二页，共三十页，2022年，8月28日（一）双名法指一个物种的学名由前面一个属名和后面一个种名加词两部分组成学名=属名+种名加词+（首次定名人）+现名定名人+现名定名年份例：大肠埃希氏菌（大肠杆菌）

Escherichia

coli(Migula)CastellanietChalmers1919(二)三名法当某种微生物是一个亚种或变种时，学名就按三名法拼写。学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种或变种的加词二、学名第三页，共三十页，2022年，8月28日属的模式该属中一个具有代表性的种,即模式种BacillusBacillussubtilis

(Cohn,1872)Typestrain:ATCC6051=DSM10=CCTCCAB92068属名种名定种人年代保藏机构及其保藏号种的加词Specificepithet第四页，共三十页，2022年，8月28日当微生物名称是一个亚种（subspecies，简称“subsp．”，排正体字）或变种（variety，简称“var．”，排正体字）时，学名就应按“三名法”构成，即：例1：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种Bacillusthuringiensis

subsp．galleria例2：酿酒酵母椭圆变种Saccharomycescerevisiae

var．ellipsoideus第五页，共三十页，2022年，8月28日1.属名是一个表示该微生物主要特征的名词或用作名词的形容词，单数第一个字母应大写。芽孢杆菌属：Bacillus

可缩写成B.

或Bac.2、种名种名加词又称种加词，它代表一个物种的次要特征。字首一律小写，可由形容词或名词组成，

B.subtilis

。(三)有关学名的其他知识第六页，共三十页，2022年，8月28日（四）种(species)种是一个基本分类单元，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内的其他物种有着明显差异的一大群菌株的总称。典型菌株(typestrain)、模式种(typespecies)第七页，共三十页，2022年，8月28日新种(speciesnova,sp.nov)：是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。第八页，共三十页，2022年，8月28日变种(Variety)

：一个微生物的种的某种特性已起了明显的变化，这种特性的改变是与过去人们在自然界中分离获得的菌种所描述的特性相比较而确定的，而且这种变异的特性又是比较稳定的，这种变异的菌株称为变种。亚种(subspecies,subsp)亚种是进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征与模式种相同的种，是变种的同义词。例2：酿酒酵母椭圆变种Saccharomycescerevisiae

var．ellipsoideus第九页，共三十页，2022年，8月28日（五）菌株(strain)又称品系（在非细胞型的病毒中则称毒株或株），表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。模式菌株（Typestrain)：是一个种的具体活标本，必须是该菌种的活培养物，是由一个被指定为命名的模式菌株传代而来。型（form）：一般特性很难加以区分，某种特殊的特性可以区分。

如：结核菌的人型、牛型、禽型。第十页，共三十页，2022年，8月28日斑马鱼肠道中一株红酵母（Rhodotorula）的鉴定与系统发育分析戚冰洁胡秀彩顾丹梁爽吕爱军*（徐州师范大学生命科学学院，江苏徐州221116）摘要：采用马铃薯葡萄糖培养基（PDA），从野生斑马鱼肠道中分离到一株酵母菌，编号为ZF-2，进行形态学观察、生理生化特征、PCR扩增26SrDNAD1/D2区以及基因测序分析，并构建系统发育进化树。结果表明ZF-2分离株为粉红色菌落、菌体呈椭圆形，出芽繁殖；可以同化利用葡萄糖、乳糖、蔗糖等糖类，基本符合红酵母属（Rhodotorula）特征，初步确定为红酵母。PCR扩增获得26SrDNAD1/D2区序列长度为642bp(HQ323251)，采用BLAST和ClustalX程序进行序列比对分析，结果表明与斯鲁菲亚红酵母（R.Slooffiae）序列相似性在99%-100%之间，构建的系统发育进化树显示菌株ZF-2与R.Slooffiae(EU583485)关系最近，最终鉴定ZF-2菌株为斯鲁菲亚红酵母。这是首次从斑马鱼肠道中分离到斯鲁菲亚红酵母。关键词：斑马鱼，红酵母，分离鉴定，序列分析第十一页，共三十页，2022年，8月28日草鱼肠道中弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定与PCR-SSCP分析郑璐1，吕爱军1*，胡秀彩2，曹成亮1，蒋继宏2(1.徐州师范大学生命科学学院，江苏徐州221116；2.江苏省药用植物生物技术重点实验室，江苏徐州221116)摘要：从草鱼（Ctenopharyngodon

idellus）肠道中分离到3株细菌，暂时编号为Ci-1、Ci-7和LCi-40，结果表明3株菌株均为弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacterfreundii）；系统发育分析结果表明，3株弗氏柠檬酸杆菌16SrDNA序列与DSM30039模式株同源性分别为99.59%、99.47%和99.53%，且位于系统发育树的同一分支。关键词：草鱼；弗氏柠檬酸杆菌；致病性；16SrDNA第十二页，共三十页，2022年，8月28日第二节微生物在生物界的地位一、生物的界级分类学说动物界植物界林奈动物界植物界原生生物界Haeckel植物界动物界原始生物界菌界Copeland植物界动物界原核生物界原生生物界真菌界Whittaker五界上加上病毒界细菌域古生菌域真核生物域美国Woese第十三页，共三十页，2022年，8月28日R.H.Whittaker(1969)proposedafivekingdomclassification.Thekingdomsdefinedbyhim

werenamedMonera,Protista,Fungi,Plantae&Animalia.

第十四页，共三十页，2022年，8月28日三域学说：1977年，美国等人对大量微生物和其他生物进行16S和18SrRNA的寡核苷酸测序，并比较其同源性水平后，提出了一个与以往各种界级分类不同的新系统，称为三域学说。三个域是指细菌域、古生菌域和真核生物域。第十五页，共三十页，2022年，8月28日第十六页，共三十页，2022年，8月28日1、《伯杰氏手册》美国的《伯杰氏鉴定细菌学手册》，为各国微生物分类学界公认的一本经典佳作。2、前苏联克拉西尔尼可夫的《细菌和放线菌鉴定》

3、法国雷沃的《细菌分类学》4、Ainsworth等人的菌物分类系统纲要：《安.贝氏菌物词典》第八版（1995年）第三节微生物的分类系统纲要第十七页，共三十页，2022年，8月28日《伯杰氏鉴定细菌学手册》1923年第一版

1948年第六版1925年第二版1957年第七版1930年第三版1974年第八版1934年第四版1994年第九版1939年第五版现书名已改为《伯杰氏系统细菌学手册》（Bergey’MamualofSystematicBacteriology)

特点：①表型特征②基因序列第十八页，共三十页，2022年，8月28日《伯杰氏细菌鉴定手册》（Bergey’sManualofDeterminativeBacteriology），第九版的伯杰氏手册基于细胞壁的特性将原核生物分成四大类群，其中薄壁菌和厚壁菌两个类群物种数量最多。类群I：薄壁菌（革兰氏阴性菌）组1：暗细菌纲（不进行光合作用）组2：不产氧光合细菌纲（光合细菌，不产氧）组3：产氧光合细菌纲（光合细菌，产氧）类群II：厚壁菌（革兰氏阳性菌）组1：厚壁菌纲组2：放线菌纲类群III:无壁菌组1：柔膜菌纲（缺乏细胞壁的原生质体）类群IV:疵壁菌古生菌纲第十九页，共三十页，2022年，8月28日二、Ainsworth等人的菌物分类系统纲要《安.贝氏菌物词典》第八版（1995年）第二十页，共三十页，2022年，8月28日第四节微生物分类鉴定的方法四个不同水平：（1）细胞的形态和习性水平（2）细胞组分水平（3）蛋白质水平（4）核酸水平微生物形态生理特性抗原特性分子生物学方法分类依据：第二十一页，共三十页，2022年，8月28日一、微生物分类鉴定中的经典方法第二十二页，共三十页，2022年，8月28日二、微生物分类鉴定中的现代方法（一）通过核酸分析鉴定微生物遗传型1、DNA碱基比例的测定是指（G+C）mol%值，简称“GC比”，表示DNA分子中鸟嘌呤G和胞嘧啶C所占的摩尔百分比值（G+C）mol%=G+C/A+T+G+C*100%第二十三页，共三十页，2022年，8月28日通过（G+C）mol%对微生物进行分类有以下几个特点：（1）亲缘关系相近的种，两者的GC比也接近，反之，GC比相近的两个种，它们的亲缘关系则不一定都很接近。（2）GC比差距很大的两种微生物，亲缘关系必然较远。（3）GC比是建立新分类单元时的可靠指标：GC比相差低于2%时，没有分类学上的意义；种内各菌株间的差别在2.5%~4%间；若相差在5%以上时，就可认为属于不同的种，相差在10%，可认为是不同的属。测定DNA中GC的方法很多，其中的解链温度法较为常用。

XG+C=(Tm-69.3)*2.44第二十四页，共三十页，2022年，8月28日2、核酸分子杂交法按碱基的互补配对原理，用人工方法对两条不同来源的单链核酸进行复性，以构建新的杂合双链核酸的技术，称为核酸杂交。包括DNA-DNA、DNA-rRNA和rRNA-rRNA分子间的杂交。一般认为，DNA-DNA杂交同源性超过60%的菌株可以是同种，同源性超过70%者是同一亚种，而同源性在20%~60%范围内，则属于同一个属。第二十五页，共三十页，2022年，8月28日3、rRNA寡核苷酸编目分析一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA寡核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的方法。是“三域学说”提出的科学根据。为何说16SrRNA或18SrRNA是“分子进化尺”？（1）普遍存在于一切细胞内（2）生理功能既重要又恒定（3）在细胞中的含量较高、易提取（4）编码rRNA的基因十分稳定。（5）序列非常保守（6）相对分子质量适中4、微生物全基因组序列测定第二十六页，共三十页，2022年，8月28日（二）细胞化学成分作用鉴定指标细胞壁的化学成分：肽桥，肽尾