进化树的建立过程

进化树的建立过程通过测序后，在NCBI中进行BLAST比对，看和哪个属中的种最近，从而确定进化树中需比较的菌种，然后可以在权威的InternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology杂志中看最近是否有你要建树的菌的图，从而更捷径的得到典型的建树对比菌株（一般上标为T）打开MEGA4在AlignmentfQuery Databanks f在上图红色圈出的空格处添加建树对比菌的登入号,然后直接点击上头的AddtoAlignment,以此添加，当然添加的量可多也可少，按照自己的要求，建的树越大需要比对的就越多，反之,亦然。添加完之后会是如下的图形,可以参照。3添加完对比的后,将自己测序菌株序列导入如果拿回来后的序列是文本文档,就需要将它转化成fasta格式,其实也就是在文本文档上头加个“〉”号就可以，但是序列字母必须是大写的，如果是小写的,可以在DNAman中转化成大写的（或者在EditSeq中的先全选择序列后在edit的reversecase中转变，后如下操作），并且需每列中的数字去掉，保存为fasta格式后，

[r新建文本文档（2）-记事本 □叵更牛E）[r新建文本文档（2）-记事本 □叵AGTCGAGCGGTAACATTTCAAAAGCTTGCTTTTGAAGATGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTGGGAATTTGCCCATTTGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGCTGATGGATAAGCCCAGGTGGGATTAGCTAGTAGGTGAGGTAAGAGGATGATCAGCCfiCACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTfiCGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAACCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAAGGGTGTAAGTTAATACCTTfiCATCTGTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCAGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGCGGTTTGTTAAGCGAGATGTGAAAGCCCCGGGCTCAACTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCTACTCGGAGTTTGGTGTCTTGAACACTGGGCTCTCAAGCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCfiTGTGGTTTAfiTTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTCAGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCfiTGGCTGTCGTCfiGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTfiAGTCCCGCAAATGCCGGGAACTTTAGGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGTGCGAAGCCGCGAGGTGGAGCTAATCCCATAAAGCTGGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGCTGCACCAGAAGTAGATAGCTTAACCTTCGGGAGGGCG在MEGA的Edit—insertsequencestofile将保存的fasta文件导入MEMA中，如果导入的序列是互补链的话，直接在添加的里面，点击导入链，右击后点击互补就行，选中所有的序列后，在Alignment选项中选中Alignbyclustalw让其自动分析后，出现这样的界面，然后在Date选项中输出格式选择为MEGA格式保存然后点击computer就可以输出图了iptiTestofPhylogeny]OptionSelectionDataTypeNucleotideAnalysisPhylogenyreconstructionTreeInference->MethodNeighborJoining•>PhylogenyTestandoptionsInteriorBranchTest(500replicates;seed=64238)IncludeSites->Gaps/MissingData匚cimpletBDeletionSubstitutionModel->ModelNucleotide:MaximumCompositeLikelihood•>SubstitutionstoIncluded:Transitions+Transversions-'PatternamongLineagesSame(Homogeneous)->Ratesamongsites：Uniformrates□□□□JComputeI9?B.subtilisB27l-B.subtilisBISSODB.tequilensis10bsodAB.mojavensisB14^98sodAB.vallismortisB14890sodAB.atrophaeusXE