Genemapper 微卫星分析中文操作指南

GeneMapper软件微卫星分析中文简易操作手册微卫星分析流程：设定微卫星分析方法：登录软件创建分析所需kit、panel和marker等参数;创建新文件，导入数据；设置分析参数；执行初始分析；a分析并检查结果：编辑分析方法；分析数据；查看结果；打印并导出数据（可选）：打印结果；导出结果。软件术语介绍:术语定义AnalysisParameters软件中分析样品所使用的特定设置；用于计算片段大小和基因型，这些特定设置包括analysismethod,sizestandard和panelbin在marker内设定等位基因的片段大小和颜色binset等位基因特定实验条件下一组binmarker微卫星标记，通过位点名称、片段大小、荧光标记和重复长度进行设定panelMarker组合kitpanel组合设定微卫星分析方法:1.登录GeneMapper软件:1.1选择开始--AllPrograms--AppliedBiosystems--GeneMapper--GeneMapper；或双击桌面快捷方式打开软件；1.2登录GeneMapper软件：用户名默认为gm,在Passwprd中输入密码，点击OK进入GeneMapper软件2创建分析所需kit、panel和marker等参数:2.1点击软件上方工具栏Tools，选择PanelManager；GeneMapperSoftware5-Untitled[Generic]-gmELoggedInDatabasFileEditAnalyTtrtltw[f^7|Help互1GeneMapperManagerCtrl+MPanelManagerCtrl+JStudyManagerTableSettingEd^hor...Ctrl+TSecurityManagerAuditManager,E§igAdministrator►I飞,185c1[F[T4[?61巳月H-^Project2.2在PanelManager对话框中，选中1PanelManager，点击2新建Kit；于NewKit对话框中依次输入Kit名称，Kit类型，并点击OK保存设置;2.3在PanelManager对话框中，选中1STRKIT，点击2新建Panel；3中输入Panel名称;2.4选中1STRpanel,点击2新建Marker，在3位置依次输入MarkerName（Marker名称）,DyeColor（荧光标记种类）,MinSize,MaxSize（片段最小值和最大值），MarkerRepeat（重复次数）；2.5重复2.4步骤，完成所有Marker设置，点击OK保存；D653O0™P-anelManagerBManagermc^sTRKn思ReferenceSagfes■■■|■5z；U*niiYtNlMilkerDyeG.Iq[|DfiS2fe4Clue108.0Max1M.0146.0201.0233.02-10.0326.0354.0创建新文件，导入数据:D653O0™P-anelManagerBManagermc^sTRKn思ReferenceSagfes■■■|■5z；U*niiYtNlMilkerDyeG.Iq[|DfiS2fe4Clue108.0Max1M.0146.0201.0233.02-10.0326.0354.03.1点击1新建文件夹，在2ProjectType中文件夹类型选择Microsatellite，点击OK；饵ampleFd<eGerieMapperSofevare5_-Urktitl-ed[GeriefK：・gmLs虽Pruject™MewProjectProjectT^peOLAAnaJysis51^惬欢AFIPSNaPshat®GenericAbicrosdtdiitdFileEditAn-s^sisVimTqolsHelp画凶言|%・|・・・1U|■国圃|・

3.2导入数据：点击1AddSamplesToProject添加数据，在弹出的对话框中选择待分析数据，通过3AddToList添加到右边的面板中，点击4Add完成数据添加；Software5・饵ampleFd<eGerieMapperSofevare5_-Urktitl-ed[GeriefK：・gmLs虽Pruject™MewProjectProjectT^peOLAAnaJysis51^惬欢AFIPSNaPshat®GenericAbicrosdtdiitdFileEditAn-s^sisVimTqolsHelp画凶言|%・|・・・1U|■国圃|・™AddSamplestoPrajectEditAna>WiFViewToolsHelp|■■in■・■AodT3■・■AodT3Liu.Optrtwu...SamplesAdd:『McroHtelite.CDC6_E019_RLn_CDM_20a2-OS-10_2t)5_&7.fcaCQ0€_ED39_Rjun_C006_3002-05-1O_2DS_J3.fcaCQO6_ElD9_Rur_COM,3D02'05^1D_205,01.fM设置分析参数：4.1完成数据添加后，在1位置，AnalysisMethod中选择NewAnalysisMethod新建分析方法；在弹出的对话框中选择分析类型2Microsatellite，点击OK确认；

tnSHGLBF3P.R32CQimerts5anWTypeSFNAnalysiskietnodPanelsue：FtonaSartreggonew]NoneNone阪ri尊Spirit1—KSAnflI—PlctfxKl-..NmtjMomNoneSampleruNoneKkneNone"一一-口.I1罕，li,-NtwAhN技isMethodSelectaidysstype:_a研理g建姬8砧WteKRuie5373GOAMd浦SWexModelM73DS«yRjlM"30C：ww3一OKCWKEl-4.2设置分析参数：在AnalysisMethodEditor中，点击1General，填写2Name（分析方法名称）；之后点击3Allele，在将4BinSet选择none；其它参数为软件默认，不需要修改；点击OK确认；■:li4sw：:l.rfi1njTeFtinAK^tTfX：AnamasMeltedEditc<•McroHiSfllteIWOlKlor:PnjflsQwi!f|R«g5CancriEna帅sMethodEdto■-MicnKstdlite1MariwRepeat'Use5#四皿依iJLflsc响侦8岫eHexi岫好fisrijkMtoSMrcp»l3ggMF的曲晾朝野，FerriaHonc>1HCut-affvBhje呻［"5Q.吾匚兽F^is&rjt»k邮u.跆a.15-flU^EhbanceCuDL.GL6-.taLGSbjfcBTalwMD.9ED.liEC.1=StuttB*dtffcamePramWD.D0.0姑ToCjD4.5^.3ts4.3选定好之前设定的分析方法，在后续的栏目中设定Panel和SizeStandard（分子量内标）；SizeStancferdMrirkpanel3IMUIK.T-NoneAGS12O0LIZSizeStancferdMrirkpanel3IMUIK.T-NoneAGS12O0LIZ门GS12CMJZ-*GS350ROXGS400HDROX□GS500(-250)ROX4.4完成分析参数设定后，选中AnalysisMethod，Panel和SizeStandard栏目，点击IFile，选择2FillDown；此时，AnalysisMethod，Panel和SizeStandard栏目会使用之前选定的分析参数；也可以使用鼠标分别选择;-ElA|TifeteSitthB：|际csMefr^Defaull.•寻「#二hstiCM■-i-ElA|TifeteSitthB：|际csMefr^Defaull.•寻「#二hstiCM■-i—iDeletefromPnojKiS*r0eMame^Comments~^alysfeMeihodhneiiSiieStandard陟危klKtAl期质w,网，mZSHHmHHficrcstaieReSTRpaneg洌列］»6_6033_Rifi_am其“|册〔&雅Me况蛔%1STRpar^>FiiKhwnMOD龄匚霸eft?Ar^^TisSTRpostFmd...Ctri*Frr*24.5保存分析文件：点击File，选择SaveProject，输入文件夹名称:|hl*e|EditAmlysisNewProject..OpenPro|Kt.t.Pn^Ct"SavePrqjiMtAt-..Ad』S^mpr«略Prejwt.-A^&ocrateSan*ExportTfblr,-,ExportCumbiivedTtblc,.-Pa卵争rtup...[Pnrtt..-LogOtitExitCtri*NCtrkO5.执行初始分析:5.1点击分析按钮1,分析数据:^icrosatelliteProject[Mkrosatellrte]-gmIsLoggedInDahbaseSHGL6F5PR325.2在1Genotypes中查看初步分析结果，或通过2DisplayPlots选项查看样品分型图：21D.S71917UB20.D292451史笫做STRpanel173J71W.172®OJO,C006_E10O<in.STRpml渤5・13K0ISM.O弥F：mECU9172.91EpandE®&*10006-00_^5TR|Wrel173.161SA.92EQIQiCirnrM.ippi*ir-50frwvir^-Micns^^itv-.liteProrfl[Mgrsfltrllhrl-gmI;Loggrd】nmtnb/swSHGIGFIFRI^mom227^3如a£(63OiS6S3IJ2fl政48200566S01愤gMTBO209?6ism299S0?1M&04103HtEfiMVir*T-&SI1Hdpafi2aw■密百•尊t卅iseg；腿性De翎t163+4僵W>43)5JQ3®2J0^eo1125.03130.8711j.obla.^sm|17fi,763127631I.7B41®5.3在样品分型图界面中，PlotSetting选择MicrosatelliteDefault；通过软件上方5.3在样品分型图界面中，的快捷按钮编辑数据显示方式:50004000»00I■皿井I国虹炉国I1,il4Hbt也b*1.[■■■■■_皿$.mptnINarrvadJ4SOOD理PfifWS:11^_tfLon_C0O6-_Mh&S-0S-10_3S5_<Jf£CFlSUffiziIKZIn^JIPSMftLIi0oJWi™O308_ED19_ftUn.CflO&_E019_RiXi,110J01™SeguesPlotAilei^fj^rPi>rricons_EmaRunCaOE_ED19_Ruri.COOG_ECH3_Ri.m.35.97S^.14<00.09ME*20697/III：*22SJ29?；flFileEd^tyiewTcoIeAlleles：HelpPtotSeitangirwtera^aid-LcDeF-auil:h=|空lwh||皿如.”|G血l«:=M]1司£7741D1337axe*口C0O6_ED19_Run,C13OE„ED10RlhiDCS2B46创建BinSet：6.1打开Tools—PanelManager，选中1STRKit，点击2新建BinSet，在弹出的NewBinSet对话框3中输入BinSet名称：

6.2添加参考数据:6.2.1确保1BinSet已选择新建的BinSet,选中2STRPanel,此时会显示出之前新建的每个Marker，点击3AddReferenceData添加参考数据；™卷此M明耳/FileEdit的mView皆Xtf113七牛■为■厝.■■■■■■■由网ManagerUnhwalMjiotfNjmeDyeColoUinSc»MjxSizeConliolAllelesNdkeiRepeatW奴iAnil谕*ih闵Comm«&is□Qwar1,|M5264SkjH109JOl0.0nowD65157-1如L4fi0t?!.D2Fd.O|roK[FM5276Bbe何】■«的20.0rone』炯的Slue240JO28SAWQ.Onone5阮3咽Blue碰JOI^ijo20.03US287Ssn1MJ0J3U)2[D.Onurr?D682«Gmn151JO170?110none6.2.3在AddMicrosatelliteReferenceData对话框中，选择1参考数据，通过2AddToList添加至右面的面板中，点击3Add，完成添加：

6.3生成BinSet：完成参考数据添加后，点击1AutoBin,之后使用软件默认参数，点击2OK，自动生成BinSet：匚a06jE039JE」10MHMJ；CDO6Ru1COO£海;FileEditBinsVim号X寸■■]■匚a06jE039JE」10MHMJ；CDO6Ru1COO£海;FileEditBinsVim号X寸■■]■B!BinSet:STRBnSfi<■回售■]■■■■■■■AlHj&Dirt:STKLetwr{A.B.c,D...J6.4编辑BinSet：分别选中每个Marker1查看其对应的Bin，选中2Bin，右键进行Bin的编辑或者删除，也可通过软件3处的快捷图标进行Bin的编辑；完成后点击OK生成BinSet；匚网.刖弟皿工双刘:CW6上1!09_5_£加_砌EdrtBin...DeleteBin分析并检查结果：1.编辑分析方法：点击软件上方快捷图标1AnalysisMethodEditor,将Allele中的2BinSet修改为之前新建的BinSet,其他参数保持默认，点击OK；w-are5-MicrosaEeElit#Project[Mtcrosatellrte]■gin[5LoggedInDatabaseSHGL6F3PR322.点击分析按钮再次分析数据，通过Genotypes查看分型结果，或选中数据通过DisplayPlots查看样品分型图；

FdiEshAiW^in地*T«bHilpdlmhlipptr'KtimrvB-MicKaalaJtHPn^ict[Mcrcijnltial-gnbLoggedInDilabiMSHQlSFSPIIU->tj■T»CTBn111■旬&*91ITSSUnj:gou—ESBJLFMf"+°OSTClsmdcriRr舟％£HK：_EljlQ_PiMi1A1M泌例佃蹿契^01心匚也foai®_Eim_nui_e用aaw-_EM-j_nui昨洛或C-tSSrtEc*TdjiP6E4Wsrrf=・cf-sjt-r■Xrt£2EQ以QBQ1BSg-EE9_MFdiEshAiW^in地*T«bHilpdlmhlipptr'KtimrvB-MicKaalaJtHPn^ict[Mcrcijnltial-gnbLoggedInDilabiMSHQlSFSPIIU->tj■T»CTBn111■旬&*91ITSSUnj:gou—ESBJLFMf"+°OSTClsmdcriRr舟％£HK：_EljlQ_PiMi1A1M泌例佃蹿契^01心匚也foai®_Eim_nui_e用aaw-_EM-j_nui昨洛或C-tSSrtEc*TdjiP6E4Wsrrf=・cf-sjt-r■Xrt£2EQ以QBQ1BSg-EE9_M而诚-E〔5w03EC-EM-anu?faMDEFRj：*rsMUKSil"IG«<x)€W3«.oaDtjim_nuiSMWd«HHEI0&□■rc-ta『■WW_EW9_Ri<iSirE«4M-oai»_EKn_nwi_3Lt_E£n，_FM1心4WIT*X>i函：的grng#igsijt翼昨口(1211.Q云湖WF522g口EQMMOE«3O3KBOD3D3I16£*Su€»iaoaDt_Eim_nwiSIRW*DfEHEFmIZJCiiBi53:割掘31ZJI3UPC?SO&1.0辎BuQKflCO龄口3KtO:ri«3r3：rSHOOl33tOIIKi]JM1314网nJ10J5T222WIfttlSIBVJO3M-M商住湖］pper扫切5-摆对典-giikbg群!r址也用3.£0襄】BeEidAMlps佃BeEidAMlps佃I技RIQUi瞿=DIiW成罟输■sAk.rp-3"s«FSsSsfaartVtb'tn切幡糜11腐荷椅浒耸靳11加倾阮网1e心豚做M2例龄1L[「E1rF；:r调map用颇m昭jj「F-pjm(J«岫艰1毓廊i碘冲litn&Mi颇KIm皈0也迪(f]F|_ri婿■'招血呷血「层『kIbwIFileEditViewTggAlldtiHelp濒Betting：丽OMteliiEOt^F"—7四I^™：厂HIHHOHfflUUI圜既)回|皿即曲|罔函留TTli-|.』圆够口.i,冬国|匹EampleFileSamFleNamePandOSEQMD6_Efl13_ftjn_CDD6^2Da2-tH-1D_2aa_D7JsaEDIBBTRparal底IdTI[Bt^l|Bi^||IM—|IQPMDRKi4C430PEDOTUIWOO0IIIA..JAJu■J.J.iiijj.Naroernhbds,IPllDa06_E013_Run_l：006_20aZ[H-1D_2a5_07fs^ED19STRpmP而H»6S，-IIDL.IDt5434||BL.1Q(i2003KiMSMi44Ki■III...._JLLI■iiiii■■iix.i.__*Nan:>>Dni1orlabdj■「*ItM03_E019_Rijn_Cfl03J2(M2O5^DJ35_07fmECHSEwRpg|h□nc■-inti200B-55CZ]湖dOtl5DD6DO70144D0II,,Ifm.rhh_..，JA.■!_■.#....，1-Narc"DTTiiorlabdr1r

打印并导出数据(可选)：1.在View中选择不同的界面(Samples,Genotypes等)，再通过File—Export/Print导出或者打印相应的数据：™'GeneMapperSoftwan&^^HsBfZfl[Generic]-grnlsLoggedInDatabaseSbFileEditAnalysis(FileEditAnalysis(View|ToolsHldpr|工SamplesCtrhShrft+1.田”1居!i11「□函Genotypes匚tr*5hift+ZSampleInfoCtrll-i-FlRawDataCtrll-i-FZEPTDataCtirkFJFullViewCtrl,Clo-seBracketY-AxisScaleSizeStandardGS500(-250)LIZGS5i：iLi(-250)L^GS5i：ii：i(-25iijuZBinOffcetE..„/ShowNavigatorCtrl5hift+NNewPmojcdNewPmojcd：-,Qr|*NOpenProject..^CIdheProjectCtri*OSaveProjectSaveProjectAs...Ctri*SAddSamplesPrcjMt™,