凝胶分析软件BandScan使用手册

凝胶分析软件BandScan使用手册Update:2006-12-31From:丁香园4993者，使用起来有相当难度。琢磨说明书，或者自己一点点试验，难免觉得头绪纷繁，乃至兴味索然。后来我发现，其实用一个实例，从头到尾示范一遍，可以在索了，这样学起来很快。因此我打算做一个常用分子生物学软件STEPBYSTEPBandScan奋战一整天，终于完成了第一个实例学习。BandScan是一个很常用的凝胶图像分析软件，我们用它重要是为了分析蛋白表达量。现在，我就以我自己表达的一个蛋白图，来示范这个软件分析的过程。最后结果是得到目的蛋白占总蛋白的百分数。1.安装软件BandScan5.0。主程序可以在绿谷生物网下载频道下载/soft/biosoft/2009/7529.html。2.安装好以后就会在桌面上出现BandScan的图标。双击打开。3.打开后的界面如图。BandScan可以识别TIF和JPG格式的图片，很方便。打开工具栏上的file/opentiff，jpgfileformat，选中待分析的图片。5.打开。这时候凝胶图像显示出来。1道是低分子量标准，2道是诱导表达的蛋白，3道是未诱导的对照。旁边有一个图像预览窗口ImagePreview，可以看到，除了cancal，其它命令框都是灰色的（不可操作）。其实这里是要你先选定一个图像处理的范围（selectrectangle）。6.undorect可以取消选框，下面的imageoptions可以选择是否和如何旋转图像。本例中均不改动，直接单击acceptselectedregion。7.出现colortosignalselections复选框。这个是选择信号检测方式直接用默认的originalimage或选择grayscale（灰阶）。本例中不改动，单击usecurrentimage。8.和灰度值。移动鼠标就可以看到它的变化。9.现在让BandScan来分析一下电泳条带吧：打开工具栏上的bandfinding/findbands，出现一个让你选择有几条泳道的框selectingnumberoflanes，我们设置成3道。10.看，每一个条带都自动被框起来了：）红色+记号是条带的中心位置，兰色竖线是泳道位置。同时出现了一个复选框selectmoreorselectfewbands。可可以增加或减少条带的数量。选好后单击ok。11.window/bandtablebandlocation的表格。把它最大化，放到右边。这里的数据是每个条带的中心位置（红色+的位置）。12.在bandlocation的数据类型datatype中，选择percent，就会出现各个条带灰度值占本泳道条带总灰度值的百分比。13.单击自己的表达条带，则条带中心的+和相应的百分数的背景都会变成绿色。我表达的融合蛋白约占细菌总蛋白的29.8%。我们要的数据就得到了。自己再重复一下整个过程，会发现，原来是如此简单：）总结：真的只是领进门。因为BandScan绝不仅仅是这么简单，它还可以做很多事情。比如通过设定一个条带的量（标准）来推断表达蛋白的量。比如用手动方浅条带没有被选上，可以用bandfinding/manuallyinsertaband命令把它们选上。这