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文档简介

1、De Novo Sequencing Methods in Proteomics蛋白质组学中的从头测序方法Christopher Hughes, Bin Ma, and Gilles A. Lajoie摘要本综述描述了通过质谱进行多肽从头测序的方法。从头测序方法利用计算的方式，直接从MS/MS谱实验来推断多肽序列或部分序列。讨论了很多从头测序方法背后的概念。通过串联质谱来识别多肽的其他方法是匹配碎片离子和来自一个基因组或蛋白质数据库的有效肽离子。当基因组未知时，从头测序方法对识别蛋白质是必不可少的，但甚至当基因组已知时，它们也是非常有用的，因为它们不受在一个搜索数据库中的错误的影响。从头测序方

2、法的另一个优点是，部分序列能够被用来搜索翻译后修饰，或进行由基于同源的软件的突变的识别。引言 质谱分析法（MS）在生物科学中扮演了一个越来越重要的角色。MS一直被用于分析小分子但是最近已经成为了一种可选择的检测蛋白质特性的工具。现代质谱仪能够在一个相对较短的时间里分析一个成千上万条肽的混合物并获得序列信息。因为它的灵敏度、准确性和稳健性，MS已经取代早期化学和酶的方法进行蛋白质测序。MS的最新进展，分离科学和生物信息学，都有助于蛋白质组学的快速出现。事实上，蛋白质组学，或全球研究的整个蛋白质的细胞或组织，已经形成了一个自己的领域。由于这些技术的进步，在一个高吞吐量的程度下，使完成分析一个非常复

3、杂的蛋白质混合物成为可能。蛋白质组学可以提供基因组分析中特别是蛋白质的修饰、定位和量化中不能探究的问题的答案。引言各种质谱分析仪和仪器设计目前可用于蛋白质组学实验。绝大多数仪器设计在现在的研究实验室发现的均是混合工具，结合两个或更多的质谱分析仪（Fig.1）。Database-Dependent MethodsDatabase-Dependent Methods的另一种方法是光谱匹配。在这种情况下，实验光谱是与一个仔细地以前获得的真正的MS/MS谱组装库相匹配。该方法在速度和精度方面有良好的性能。然而，如果MS/MS谱没有被预先的和可靠的识别可能会导致无法鉴别。结论 随着蛋白质组学分析质谱的效

4、率的与日俱增，分析和验证数据软件的需要从这些仪器中获取。初始的解决方案包括数据库搜索软件的使用，是依赖于一批数据库内的基因组序列。尽管被测序的生物体数量越来越多，仍然保留有大量的遗传密码未知的物种。此外，数据库搜索方法由于在数据库内的相应的序列的缺失或由于未知的翻译后修饰，留下大部分无解释的MS/MS谱数据。结论因为它们公正的假设，运用从头测序解释MS/MS谱的该方法迅速地在重要性上有进展。有效率的从头测序软件是运用高分辨率MS仪器的获得高品质光谱的最好的实现。ETD或ECD与CID碎片的结合，也提高了从头测序方法。虽然比数据库搜索方法需要更多的计算，从头测序将在大型的蛋白质组学实验中发挥越来越大的作用。在不远的未来，一个实用的策略可能在使用数据库搜索在第一步，然后是一个在低得分的肽以及在无解释的MS/M

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