设计引物遵循原则、引物保存和各种PCR的引物设计

1、设计引物遵循原则、引物保存和各种PCR的引物设计一设计引物应遵循以下原则1、引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。2、引物扩增跨度：以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb 的片段。3、引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过 多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌吟或嘧啶 核苷酸的成串排列。上下游引物的GC含量不能相差太大。附加序列(RT site, Promoter sequence)加到5端，在算Tm值时不算,但在检测互补 和二级结构是要加上它们.引物对的Tm差异不超过5C，设计时温度 和GC含量是个主要的参数，做

2、复合扩增时更要设计成相近的温度，而 且引物加个尾影响不大。但要切记BLAST，包括查阅文献的引物.如果 两个引物Tm不同，将退火温度设定为比最低的Tm低5C,或者为了提高 特异性，可以在根据较高Tm设计的退火温度先进行5个循环，然后在根 据较低Tm设计的退火温度进行剩余的循环。4、避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3端 的互补，否则会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。引物序列 在模板内应当没有相似性较高，尤其是3端相似性较高的序列，否则 容易导致错配。引物二聚体及发夹结构的能值过高(超过4.5kcal/mo l)易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不

3、 能正常进行。5、引物3端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配 对，以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。6、引物中有或能加上合适的酶切位点，被扩增的靶序列最好有适宜 的酶切位点，这对酶切分析或分子克隆很有好处。引物5端引入酶 切位点得黏性末端，随意加入3个保护性碱基，但是要注意不要形成引 物二聚体，而且以A或G开头为好。7、引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源 性。引物量：每条引物的浓度0.1lumol或10100pmol，以最低引 物量产生所需要的结果为好，引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩 增，且可增加引物之间形成二聚体的机会。8、引物酶切：除非产物非常

4、特异，直接酶切PCR产物效果有时不是很 好，还有一般PCR体系里过量的dNTPs会影响酶切效果。酶切后，可以 用标准得乙醇沉淀法沉淀酶切产物，获得高纯度得酶切产物，也即是 你的黏性目断片断供后边得试验。9、设计软件： 最好学会使用一种design software. PP5,Oligo6,DN Astar, Vector NTI, Online desgin et al.二引物保存 定制引物以干粉形式运输。最好在TE重溶引物，使其最终浓度为100 mMo TE比去离子水好，因为水的pH经常偏酸，会引起寡核苷的水解。引物的稳定性依赖于储存条件。应将干粉和溶解的引物储存在-20C。 以大于10mM

5、浓度溶于TE的引物在-20C可以稳定保存6个月，但在室 温（15C到30C ）仅能保存不到1周。干粉引物可以在-20C保存至少1 年，在室温（15C到30C ）最多可以保存2个月三 各种PCR的引物设计1、长距离PCR：标准PCR的扩增长度在12kb间，不能满足中大型基因的扩增。在此背 景下产生了长距离PCR。其引物设计原则在标准PCR的基础上还要注意 一下几点：a、长度一般在2530bp间；b、两条引物的解链温度趋向相等是非常 重要的。如果两条引物的解链温度的差异大于1度，就可能造成错误引 导以及一条链的优势扩增等问题。2、反相PCR：标准PCR应用于已知片断的扩增。而反相PCR应用于扩增已

6、知片断相邻 的未知片断，主要应用于a，产生探针；b，从总RNA中克隆未知cDNA序 列；c、研究病毒序列、转基因和转座子的整合点位区域的序列。其引物设计除了要注意在模板分子上的设置方向外，其它同标准原则。3、差异显示PCR （DD-PCR）: 次技术的应用在于显示细胞的全部mRNA，通过比较两种细胞或者不同 环境中的同种细胞的cDNA扩增产物的电泳条带谱来鉴定基因表达图谱 的差异。其引物有两套，一为锚定引物，一为随机引物。锚定引物是由12个不 同引物组成的库，序列是5TTTTTTTTTTTTXY3其中X可以是AGC中的任 一个，Y可以是ATGC中的任一个。随机引物是由15个不同的，长度为10 mer的引物组成。它们的序列都是随机形成的，都应改包含几乎相等的 四种单核苷酸，G与C碱基的平衡分布以及具有低自发形成稳定二级结 构的倾向。4、多重PCR:多重PCR就是在PCR中使用一对以上的引物同时扩增目的DNA的几个片断， 以节省模板、节约时间和减少费用。引物设计在遵守标准PCR引物设计 的规则外还要保证反应中所有的引物有相近的熔解温度，引物之间不 会发生相互作用，扩增