总结性生化ii之分子专辑

1、01-编者作为一个对有机化学、01-编者作为一个对有机化学、分子机理以及构效关系有着强的人，习生化时可能不会只从各种生化途径入手。不管如何，分子也算是一种角度。该“专辑”走的明显不是严格的学术路线，而是希望尽能把编者认为的生化有趣好玩的一面展示给读者。视其为一本花边志，于复习苦闷之余，翻翻无妨。鉴于编者能力有限，知识性错误所难免，欢迎指正。 1LaCategoraTPP(thiaminepyrophosphate) 硫胺焦磷酸biotin 生物malonyl-CoA 丙二酰辅酶LaCategoraTPP(thiaminepyrophosphate) 硫胺焦磷酸biotin 生物malonyl-

2、CoA 丙二酰辅酶PLP(pyridoxalphosphate) 磷酸吡哆carbamoylphosphate 氨基甲酰磷lipoate 硫辛VB12(VitaminB12,cobalamin) 维生素B12，钴胺porphyrin 卟ylpyrophosphate) 磷酸核糖焦磷I(hypoxanthine) 次黄嘌THF(tetrahydrofolate) 四氢叶 LaCategorae) 双氯乙quinolone 喹诺actinomycinD 放线菌素icin 利福flurouracil 氟尿嘧2LaCategoraTPP(thiaminepyrophosphate) 此物是维生素（又叫

3、硫胺素抗脚气病维生等等）的衍生物。说到维生素 LaCategoraTPP(thiaminepyrophosphate) 此物是维生素（又叫硫胺素抗脚气病维生等等）的衍生物。说到维生素 B1，曾经用来做安息香缩合（分子缩合为羟基苯乙酮）的催化剂。想想机理就知道 B1 上噻唑 CH 酸性对亲核进攻羰基起了大作用。关于杂环氢原子酸的亲核进攻在酶催化机理上的重要作用，还可参见罗老师生化 I 部的chymotrypsin（糜蛋白酶）中的那两个重要的 His & Asp residue，处不再废话TPP 在生化反应中的作用类似，在醛酮等羰基化合物的生成和裂解应中发挥作用。回忆 TPP 在哪些酶中出现过PD

4、H 酸脱氢酶）见 -ketoglutarate dehydrogenase（-酮戊二酸脱氢酶）见 前两个酶都可以归纳为 -酮酸脱氢酶，典型特征为氧化脱羧，产物CoA-SH 活化了的酰基化合物酸脱羧酶）发酵。这个比较不同一点，因为这并不是氧化脱羧，而只是一次很普通的脱但的确，产物乙醛是羰基化合3biotin 且看生物素的结生物素在生化书中常被述为一载体，也显然它就在各种羧化(carboxylase)中扮演极其重要的biotin 且看生物素的结生物素在生化书中常被述为一载体，也显然它就在各种羧化(carboxylase)中扮演极其重要的角色了。来看看酸羧化酶）对于这比较复杂酶，千万没见过它。于线粒

5、体中，负责酸转化草酰乙酸e)，这么一来呢1，作为 TAC 的补充反应(anaplerotic reaction)，维持草酰乙酸的正供应2，在糖异生(gluconeogenesis)途径中，作为生成 PEP 途中的一步反（顺便提醒诸位，草酰乙酸是不能透过线粒体3，在肥途径中，作为从线粒体到胞液转运 acetyl-CoA 的柠酸系统的一员，忠实执TAC 的第一柠檬酸不过这个时柠檬出来就被运出去啦acetyl-CoA carboxylase(乙酰辅酶 A 羧化酶)途径。位负malonyl-CoA(丙二酰辅酶 A)*propionyl-carboxylase(丙酰辅酶A 羧化酶)见肥途径这个酶（但参与

6、的酶不只它一个帮助了丙酰辅酶 A 转化为琥珀酰4酶A(succinyl-CoA)malonyl-CoA 既然提到了它，就顺便说说。但这货绝对不简1琥珀酸（丁二酸AC）的抑制剂，可以理解成为避免酶A(succinyl-CoA)malonyl-CoA 既然提到了它，就顺便说说。但这货绝对不简1琥珀酸（丁二酸AC）的抑制剂，可以理解成为避免能量浪费而此策2，肉碱酰基转移酶 I(carnitine acyltransferase I)（置粒体膜内侧这个很好理解抑制分3*，细心的孩子会发现在肥 转移后又了，所为何故哉？答曰：羧化乃是活化了甲基，使成为更好的亲核进攻基团。有中 -二羰基化合物策略亦类似PL

7、P(pyridoxalphosphate) 维生素B6 衍生物，在生化 II 中出场次数较少ase，参考有机化学)的形式发挥桥梁作用涉及的酶为所有的 aminotransferase(转氨酶)，机理为不常见的乒乓理 *另外，在嘌一章作为丝氨酸羟甲基转移酶的辅酶，参与了从四氢叶酸到N5,N10-亚甲基四氢叶酸反应的羟甲基的转移5carbamoylphosphate 比较复杂的小分子，但不是辅酶。其现身之处有这也是一尿素循环和嘧：1，由carbamoylphosphate 比较复杂的小分子，但不是辅酶。其现身之处有这也是一尿素循环和嘧：1，由肝细胞线粒体内，carbamoyl phosphate

8、synthetase 与尿素循环；2，由体细胞胞液中的 carbamoyl phosphate synthetase ，参嘧。另外说一点废话。一酶多地、一酶多态是太常见的现象了，在生化 中可以说是俯拾皆是，例如肌肉己糖激酶（liver hexokinase）vs 肝糖激酶（glucokinase，肌肉糖原磷酸化酶（m-GP）vs 肝糖原磷酸GP lipoate 沙发棒”(disulfide bond，二硫键)了吧要多说一句就是作为辅酶的时候它是羧基连在一个氨基酸侧链上的（Lys 等。其实不难猜出这位分子作辅酶的作用了。它在 酸脱氢酶、-dehydrogenase（-酮戊二酸脱氢酶）等 -酮酸氧

9、化酶复合物的 E2 6基(dihydrolipoyl acyltransferase，二氢硫辛酸酰基转移酶)中起到两作用：电子桥梁和酰基载体此外多说一句，硫辛酸近几年作为抗衰老抗氧化各种基(dihydrolipoyl acyltransferase，二氢硫辛酸酰基转移酶)中起到两作用：电子桥梁和酰基载体此外多说一句，硫辛酸近几年作为抗衰老抗氧化各种品炒得很火，可自行谷歌(VitaminB12, cobalamin) B12我觉得我必须把维生B12 的结构放上来，看这个分子的在化学史是具有时代意义的。围绕它的方案，是一群光辉耀眼的字：伍德沃德（有神级利一大堆结构极其复的天然生物活性物质霍夫（与伍

10、德沃德同为分子轨称守恒原理的提出人福井谦一（Fukui Kenichi，前线轨道理论的出人。从生物提取到，如方案适当，成本的下降 有机的文字均为题外好，咱们来看看B12 在生化反应中的作用1，肥酸氧化过程中，B12 作为辅酶参与奇数碳肥酸的氧化过程methyl-malonyl-CoA mutase(甲基丙二酰辅酶 A 变位酶)中充当辅酶帮助丙酰辅酶A 转化为琥珀酰辅酶A(succinyl-CoA)。值得一提的是7一步中包含基，在生化反应中是极其少见一步中包含基，在生化反应中是极其少见但可惜的是在生化 PPT 中ribonucleotide e(核糖核苷酸还原酶一部分我却没有看见 B12 作为辅

11、酶被提及的B12，不过看见基(Tyr*，回忆一下吧)。也许 B12 参与的过程常常伴随基的产生和消灭，仅为个人猜想，尚需资料验证porphyrin 不得不说卟啉是一个极其精巧的结构单元，如多地被各种生物分子借用。中间嵌上不同的金离子，残基被修饰成不同的样子就能发挥不同功能（血红蛋白、叶绿素、细胞色素等等实神奇。在生化 II 中，细胞色素和叶绿素谈到较多，可以说说它1，细胞色素(cytochrome) 在生化 II 中，集中接触它们的地方是在化磷酸化一节，呼吸链上有大量以细胞色素为辅基的蛋白，还有一游动的cyt c。它们中间嵌入一个铁原子，依靠 Fe(II)和Fe(III)的价态换传递电子注意：

12、其一，它们是单电子载体，因而有必要留意一个叫做 Q 的东西，此处不多说；其二，它们不装载还原性氢，因而为质子出提供了某种可关于电子在呼吸链上各个细胞色素的传递顺序，列一个（省略了非胞色素的组分8cytb-cytc1-cytc-cytaa3(其实是cyta 和cyta3 的复合体2，叶绿素(chlorophyll) 植物不写了ylpyrophosphate) 酸5-磷酸核糖经 ATP 活化而来，呤和嘧啶核苷的重cytb-cytc1-cytc-cytaa3(其实是cyta 和cyta3 的复合体2，叶绿素(chlorophyll) 植物不写了ylpyrophosphate) 酸5-磷酸核糖经 AT

13、P 活化而来，呤和嘧啶核苷的重。1，参与形成核苷酸中的糖组分。需要注意的是：嘌呤中作，连接上各种基团最后成环；嘧中，则是先独立出嘧啶环，最后通过一部反应连接上PRPP2，另外，在补途径(salvage pathway)中，PRPP 作为磷酸供可以在腺嘌呤磷酸核糖转移酶(adenine yltransferase)化下将腺嘌呤磷酸化为。I(hypoxanthine) 甚为重要的一种稀有碱基，黄嘌呤少了一个羰基的弟，在嘌呤代谢以及蛋白质中都有比较重要出场。来看看它如何登场的1，IMP（inosate，也称为肌苷，即次黄嘌呤核苷酸）嘌呤中的首个具有完整嘌呤环的化合物。后续步骤列如下从 GTP 活化的

14、天冬氨酸(Asp)处得氨基，被NAD+氧化为 XMP（黄嘌呤核苷酸）经 ATP 活化后从谷氨酰胺9处得氨基而成 GMP这里很明显看出A,G 两种嘌呤的剪不断理还乱的关系，当然对应的也存在各种交叉抑制，此处略2，处得氨基而成 GMP这里很明显看出A,G 两种嘌呤的剪不断理还乱的关系，当然对应的也存在各种交叉抑制，此处略2，其X（Xanthine，黄嘌呤）是嘌呤分解代谢必经。经G而至经I 而至X到一个比较奇嘌呤氧化酶(xanthine oxidase)，既催化 I 氧化为X，又催化X 氧化尿酸(uric acid)，最终转变为尿3，I 作为子的第一位，以通过双键的互变异构实现摆动配对，与 A,C,

15、U 均能形成氢键注意形成的均为两个氢键，因可以预计是欠稳定的THFtetrahydrofolate) 第一遍看生化的时候，因为它的字实在是太长了，我完全没有留这分子，直到看到它若干次重现我才发现它绝对不能被省略掉它的衍生物在嘌和蛋白中都被提1，先来个温和点的，N10-甲酰四氢叶酸(N10-作为甲识得嘌呤环上的字样吧没错，这formate 就是它给的2，同时呢，N10-甲酰四氢叶酸在细菌中作为甲酰基供体负责将Met-tRNA 甲酰fMet-tRNA，从而起始位点(initiation2，同时呢，N10-甲酰四氢叶酸在细菌中作为甲酰基供体负责将Met-tRNA 甲酰fMet-tRNA，从而起始位点

16、(initiationsite)3，另外，四氢叶酸的另一个具有更长名字的衍生物，N5,N10-亚甲四氢叶酸N10-methylenetetrahydrofolate)能作为电子和甲基供体，参与。所以呢，它也是催化 的酶胸腺嘧核苷 se)的辅酶题外话，经典药物磺胺(sulfonamide)的作用机理、巨幼红细胞性的成因等等，也与叶酸衍生物的代谢有关，有意可自。S-腺苷甲硫氨酸锍盐，常见的甲基供体，在生化 II 中的 RNA 修饰中出场，作用RNA 转录开始后使 5-端的新加上的鸟嘌呤甲基化。LaCategorae) 小分子，大作用出于某种机理，此分子强烈抑制 pyruvate dehydroge

17、nase 酸脱氢酶激酶)，而变相激LaCategorae) 小分子，大作用出于某种机理，此分子强烈抑制 pyruvate dehydrogenase 酸脱氢酶激酶)，而变相激活 酸脱氢酶)在生化的世界里有句话常被提到“每一个直接参与代谢过程的背后，都站着一个冷笑的激酶”，不禁让我回想起 MAPKKK的故废话完了，DCA 有这么是可以了解的1，医治乳(lactic acidosis)。可以认为是藉由大，减弱无氧发酵；但这样的解释未免太过勉强2，治疗肿瘤。生化中并未提及，可之氧化磷酸化、光合磷酸化物 引起内窒息。经典，不多说 传递链。注意它另一方面还干扰红细胞携氧而引起低 传递链。注意它另一方面还

18、干扰红细胞携氧而引起低氧血症 ，也是流的用一。可注射碳酸氢钠碱化血液促进排除而解毒DNP 2,4-解偶联剂。凭借自身亲脂而又是弱酸的性质，坏线粒体内膜内外的质子梯度。曾一度被用作减肥药，后因其毒性大而停用valinomycin 缬氨霉化I中便认识了的，属于离子载(ionophore)，通过携带钾离子穿梭过膜而反抗跨膜电势梯度thermogenin 生热素 解偶联蛋白的一种，大量存在于褐色脂肪组e)中。对产热贡献很大，有生理意义quinolone 抗生素大军的一大主力。作用目标扑异构酶(topoisomerase)，造成 DNA 螺旋无法解开（DNA 乱麻解不开，够诺氟沙星的结的妨碍细。特别之处在于它细菌的质粒传导耐