微生物分类鉴定(3)讲稿

1、关于微生物的分类鉴定 (3)第一张，PPT共三十三页，创作于2022年6月生物种数：150万种微生物种数：15万20万种微生物分类学 是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群（taxon）的科学。分类学的具体任务：分类（classification）、鉴定（identification）和命名（ nomenclature ）。第二张，PPT共三十三页，创作于2022年6月命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、

2、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。分类(classification)：根据一定的原则对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；微生物的分类、鉴定与命名第三张，PPT共三十三页，创作于2022年6月第一节 通用分类单元及命名1.1 种以上的系统分类单元1.1.1 七级分类单元界Kingdom（Regnum） 门Phylum（phylum） 纲Class（Classis） 目Order（Ordo） 科Family（Familia） 属Gennus（Genus） 种Species（Specie

3、s）辅助单元：亚、超、族第四张，PPT共三十三页，创作于2022年6月1.1.2 种（species）的概念概念：是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他物种有着明显差异的一大群菌株的总称。种是一个基本分类单位。典型菌株（type strain）模式种（type species）新种（species nova，sp. nov或nov sp.）：权威性的分类、鉴定手册种从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。后加“sp.nov”符号。Corynebacrtrium pekinense sp. nov AS 1.299第五张，PPT共三十三页，创作于2022年6月第六张，PPT共三

4、十三页，创作于2022年6月1.1.3 种以下的分类单元1）亚种(subspecies)和变种(variety)：2）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。例如：抗原特征的差异，分为不同的血清型； 对噬菌体裂解反应的不同，分为不同的噬菌体型第七张，PPT共三十三页，创作于2022年6月3）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培 养物都可以称为一个菌株；用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。菌株是微生物分类和研究工作中最基础的

5、操作实体菌株与型的区别： 菌株之间不存在鉴别特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据； 不同型的细菌之间存在鉴别特征的差异，命名或鉴定不同的型必需有分类学依据。第八张，PPT共三十三页，创作于2022年6月1.2 学名（Scientific name）各种微生物均有各自的名称（正名而非俗名）。学名定义科学名称国际公认，学术界通用拉丁词命名按双名法拼写表示第九张，PPT共三十三页，创作于2022年6月1.2.1 双名法 学名属名种名加词1.2.2 三名法 学名属名种名加词+(符号subsp或var）+亚种或变种的加词属名词首须大写种名词首须小写（首命人）+现命人+现名年份排斜体字，不能省略排正体

6、字，一般省略例1：大肠埃希氏菌（大肠杆菌）Escherichia coli（Migula） Castellani et Chalmers 1919例2：枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis （Ehrenberg） Cohn 1872例1：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种（或称蜡螟苏云金芽孢杆菌）Bacillus thuringiensis (subsp) galleria例2：酿酒酵母椭圆变种（椭圆酿酒酵母）Saccharomyces cerevisiae （var）ellipsoideus第十张，PPT共三十三页，创作于2022年6月1.2.3 有关学名的其他知识属名：属名词词首大写，表示种

7、的主要特征；文中首次使用属名时不能缩写，重复出现的可用词首大写的一或几字母加点表示，如Bacillus可缩写为B. 或Bac.种名加词：种名词首小写，表次种的次要特征；使用时写出属名及种名未定时用sp.（一种）或spp.（几种）代替。学名的发音：按规定应按拉丁发音规则，实际以英文发音居多。例1：苏云金芽孢杆菌 B. thuringiensis例2：酿酒酵母 S. cerevisiae 或 Sac. cerevisiae例1：苏云金芽孢杆菌 Bacillus sp. “一种芽孢杆菌” Bacillus spp. “若干种芽孢杆菌”或“一批芽孢杆菌”第十一张，PPT共三十三页，创作于2022年6月

8、第二节微生物分类鉴定的方法第十二张，PPT共三十三页，创作于2022年6月微生物鉴定的工作步骤1. 获取纯培养物（pure culture）2. 测定各鉴定指标：各大类有各自重点指标 真菌以形态为主 酵母和放线菌则以形态与生理兼用 细菌较多使用生理指标3. 查找权威性鉴定手册 分类鉴定技术四个水平：细胞形态和习性水平， 细胞组分水平，蛋白质水平，基因或DNA水平（核酸水平）第十三张，PPT共三十三页，创作于2022年6月2.1 微生物分类鉴定中的经典方法 形态学特征 生理学特征 生态学特征2.1.1 经典鉴定指标： 生活史，有性生殖情况 血清学反应 对噬菌体的敏感性 其他第十四张，PPT共三十

9、三页，创作于2022年6月第十五张，PPT共三十三页，创作于2022年6月2.1.2 微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术API细菌数值鉴定系统（API系统）“Enterotube”系统“Biolog”全自动和手动细菌鉴定系统第十六张，PPT共三十三页，创作于2022年6月2.2 微生物分类鉴定中的现代方法2.2.1 通过核酸分析鉴定微生物遗传型. DNA碱基比例的测定（G+C）mol 亲缘关系相近，其 GC比接近；GC比接近，其亲缘关系不一定接近。 GC比差距很大的微生物，其亲缘关系必定较远 GC比是建立新分类单元时的可靠指标。GC比相差小于2，无分类学上的意义GC比差别在2.54.0之

10、间，为种内各菌株GC比差别大于5，不属于同种 GC比差别大于10，不属于同属第十七张，PPT共三十三页，创作于2022年6月第十八张，PPT共三十三页，创作于2022年6月第十九张，PPT共三十三页，创作于2022年6月第二十张，PPT共三十三页，创作于2022年6月. 核酸分子杂交法（hybridization of nucleic acids）第二十一张，PPT共三十三页，创作于2022年6月. rRNA寡核苷酸编目（oligonucleotide catalog）分析 一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA寡核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的方法。 第二十

11、二张，PPT共三十三页，创作于2022年6月第二十三张，PPT共三十三页，创作于2022年6月第二十四张，PPT共三十三页，创作于2022年6月. 微生物全基因组序列的测定 第一个古菌：詹氏甲烷杆菌第一个细菌：流感嗜血杆菌第一个真菌：酿酒酵母第二十五张，PPT共三十三页，创作于2022年6月2.2.2 细胞化学成分用作鉴定指标. 细胞壁的化学成分 原核生物细胞壁成分的分析。. 全细胞水解液的糖型 放线菌全细胞水解液糖型的分析。第二十六张，PPT共三十三页，创作于2022年6月2.2.3 数值分类法（numerical taxonomy）又称统计分类法或电子计算机分类法，是一种依据数值分析的原理

12、，借助现代计算机技术对拟分类的微生物对象按大量表型性状的相似性程度进行统计、归类的方法。分类工作的基本步骤计算两菌株间的相关系数列出相似度矩阵将矩阵图转换成树状谱第二十七张，PPT共三十三页，创作于2022年6月第二十八张，PPT共三十三页，创作于2022年6月 伯杰氏鉴定细菌学手册(Bergeys Manual of Determinative Bacteriology) 第一版（1923年） 第八版（1974年） 第九版（1994年）美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey) 主编。1957年第七版后，吸收了国际上细菌分类学家参加编写，它的近代版本反映了出版年代细菌分类学的最新

13、成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面分类的权威地位。1. 原核生物分类系统第四节 微生物的分类系统第二十九张，PPT共三十三页，创作于2022年6月19841989年改为伯杰氏系统细菌学手册，简称系统手册 (Bergeys Manual of Systematic Bacteriology) （第一版，分四卷）第二版，分五卷（根据系统发育资料，对分类单元进行了相当大的调整，将细菌分成两个域共25门39纲）第一卷：古生菌、蓝细菌、光合细菌以及最早分支的细菌第二卷：变形杆菌（包括形态及生理学特征多样的革氏阴性菌）第三卷：低G+C含量的革氏阳性菌第四卷：高G+C含量的革氏阳性菌第五卷：浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和衣原体等第三十张，PPT共三十三页，创作于2022年6月伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定