PubMed数据库检索培训课件

1、PubMed数据库检索石金1/58PubMed数据库检索PubMed及NCBI相关数据库认识PubMedPubMed检索方法PubMed定题推送服务2/58PubMed及相关数据库NCBI(National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心)NCBI是当前国际上几个主要分子生物信息网站之一，其成立原因是为已故参议院议员Claude Pepper发觉计算信息处理方法对生物医学研究主要性，所以，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institutes of Health（NIH）底下National Li

2、brary of Medicine（NLM）部门之一。因为NLM含有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH单位，所以可执行计算分子生物计划。NIH当前是全世界最大生物医学研究单位。 NCBI成立主要任务为：提供生物医学分析与计算工具，帮助研究人员了解生物语言-DNA在健康与疾病中所饰演角色发展新技术帮助了解调控健康与疾病基本分子与遗传过程， 包含建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识自动系统；促进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息传递与管理；执行以计算机为基础进阶信息分析过程，用以分析生物主要分子结构与功效。3/58可检索数据库Books 出版社提供之数字生医图书与医生参

3、考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好cytogenetic、临床与文件相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功效区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功效区块立体结构数据Gene，包含许多物种基因数据库Genome，包含超出800种物种基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Datasets，基因表现试验与生物芯片数值结果数据GEO Profiles，基因表现图谱Homol

4、oGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文件（包含PubMed）MeSH，医学主题词数据库NCBI Web Site，全部NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）4/58可检索数据库Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文件数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swis

5、s-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成份之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMed，科学文件报导数据库PubMed Central，科学文件数字全文数据库Site Search，可搜寻NCBI网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库U

6、niSTS，unique序列卷标地址数据库5/58/pubmed惯用工具Welcome to PubMed使用帮助更多服务检索词输入框认识PubMed6/58出处SO篇名TI作者AU文件类型(状态)Summary结果筛选检索提醒7/58调整显示设置可改变显示模式，显示数量及检索结果排序显示摘要显示数量排序模式8/58在摘要显示模式下能够看到详细文件信息作者地址文件摘要文件作者文件篇名全文链接9/58非英文文件篇名上有中括号 且注明有语种英文文件土耳其语 篇名 英文文件10/58电子优先即最新文件，普通比印刷出版提前三个月以上电子优先年5月年9月11/58PubMed检索方法PubMed基本检索

7、PubMed高级检索PubMed主题检索临床查询检索12/58 PubMed基本检索在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入词相匹配形式，这就是它特有“自动词汇匹配功效”。比如：检索肿瘤 (cancer)方面文章。在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。 PubMed将自动地利用它“自动词汇匹配”功效将主要词语结合在一起，并将不规范词语转换成MeSH词表中规范用词进行检索，比如，检索“cancer” 将自动转换为：neoplasmsMeSH Terms OR neoplasmsAll

8、 Fields OR cancerAll Fields13/58自由词检索时PubMed自动将不规范词转换成规范词进行检索自动词汇转换PubMed基本检索14/58布尔逻辑组合检索，惯用逻辑关系词有AND，OR，NOT等A BA B 逻辑与（AND） -检出统计中同时含有检索词A和检索词B. 如：A AND B 逻辑非（NOT） -在含检索词A统计中，去掉含检索词B统计。 如：A NOT B 逻辑或（OR） -检出统计中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B文件。 如：A OR BA BPubMed基本检索15/58 作者姓名检索 按照姓+名缩写（不用标点）格式键入作者姓名，如：smit

9、h ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字普通用缩写。 考虑到作者姓名不一样形式，PubMed采取自动转换功效进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja, smith jb, smith jr 等。 准确检索：能够用双引号将作者名引发来，再加作者字段限定AU，如：smith jau，这么可防止PubMed自动转换，实现准确查找。PubMed基本检索16/58作者姓名检索按照姓(全写)+名(缩写)，之间不用标点键入作者姓名smith jPubMed基本检索17/58准确检索防止PubMed自动词汇转换，

10、实现准确查找smith jauPubMed基本检索18/58期刊检索 在检索框中键入期刊名，如：molecular biology of the cell，系统“自动词语匹配”功效会将它转换成mol biol celljournal进行检索。 也能够直接输入Medline期刊标准缩写形式，如：mol biol cell，或者是输入刊物ISSN（国际标准出版物代码）进行检索，如：1059-1524。 假如一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer， science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中主题词进行检索。所以，需要将检索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加

11、TA。如：celltaPubMed基本检索19/58期刊普通检索，是在检索输入框中键入期刊名或期刊ISSN号Eur J ImmunolPubMed基本检索20/58期刊标准检索，是在期刊名后面加字段限定TA. 比如:celltacelltaPubMed基本检索21/58期刊数据库在PubMed首页导航栏右下角部分期刊数据库PubMed基本检索22/58 截词检索 截词检索作用：扩大检索范围，提升查全率。 截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后能够表示对全部以该词开头词进行检索。 如：bacter*，能够检出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacteri

12、um，等最多600个单词。PubMed基本检索23/58截词检索能够扩大检索范围提升查全率。bacter*TIPubMed基本检索24/58字段限制检索 采取字段限制方式进行检索，其规则是：检索词1字段标识 逻辑运算符 检索词2字段标识 如：查找作者为crick在1993年发表相关DNA方面文件.DNAmh AND crickau AND 1993dp PubMed基本检索25/58字段限制检索其规则是：检索词+字段标识 DNAmh AND crickau AND 1993dpPubMed基本检索26/58惯用检索字段描述和标识Titleti：篇名字段Abstractab：摘要字段Affili

13、ation ad：著者地址字段。Author nameau：文章作者，检索格式：姓+名。如：smith jaauJournal titleta：期刊名称。如：celltaLanguagela：论文出版语种。语种检索时可只输入前3个字母，如：chila=chinesela；Englishlang=engla比如：检索文章题目中含有高血压汉字文件检索式:hypertensionti AND chilaPubMed基本检索27/58hypertensionti AND chila检索文章题目中含有高血压汉字文件PubMed基本检索28/58惯用检索字段描述和标识Publication datedp:

14、 出版日期。 日期检索形式为：YYYY/MM/DDDP 检索一段时期内文章，日期之间能够加冒号，如： 1993/01:1995/06DPPublication typept: 出版类型。有综述，新闻，传记，临床试验等。 如：reviewptMeSH termsmh：主题词字段。如：hypertensionmhSubheadingssh: 副主题词。与主题词组配检索.比如：检索1995年到1996年出版关于高血压方面综述性文件 hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewptPubMed基本检索29/58检索 1995 年到 1996 年出版关于

15、高血压方面综述性文件hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewptPubMed基本检索30/58强制检索功效 PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。 如：在PubMed主页检索提问框中键入“single cell”，并用双引号引发来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割词组在数据库全部字段中进行检索。 假如不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检索表示式为：single AND cell. 很显著这么检索结果是不符合要求。PubMed基本检索31/58强制检索普通检索single

16、cellsingle cellPubMed基本检索32/58PubMed高级检索33/58PubMed高级检索检索详情检索史高级检索界面下能够看到明细栏，预览，检索史，限定和组合检索等34/58医学主题词表数据库(MeSH Database)利用主题词进行检索方法:1、点击主页右下角MeSH Database进入主题词检索界面；2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词相关主题词；3、点击该主题词深入显示该主题词定义、树状结构、组配副主题词；4、选择适当主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表示式浏览窗口；5、点击Search PubMed将显示检索结果。PubMed主题词

17、检索35/58主题词数据库在PubMed首页导航栏右下角主题词数据库PubMed主题检索36/58将检索词添加到检索表示式浏览窗口选择副主题词PubMed主题检索37/58主题词检索是在有主题标引Medline数据库中检索主题词检索结果PubMed主题检索38/58普通词不是规范化主题词检索结果相关度低普通词检索结果PubMed主题检索39/58注意：MeSH检索不足人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（ In Process），用MeSH会漏检。Medline不收录文件，Supplied by publisher文件，不标MeSH词。新词、一些很专指概念没有对应规范词。查上述类型文件需结合

18、自由词检索40/58检索举例试在PubMed中检索相关“更昔洛韦用于防治器官移植后巨细胞病毒感染”文件。（查准）1. 课题分析： 更昔洛韦（ganciclovir）+器官移植（organ transplantation）+巨细胞病毒感染（cytomegalovirus infection）2.初步检索策略： ganciclovirMeSH AND organ transplantation mesh AND cytomegalovirus infectionsmesh检索举例41/58检索举例42/583. 使用副主题词深入提升查准率。(ganciclovir/administration a

19、nd dosageMeSH) OR(ganciclovir/therapeutic useMeSH) AND organ transplantationmesh AND (cytomegalovirus infections/drug therapymesh OR cytomegalovirus infections/prevention and controlmesh)检索举例43/584. 使用主要主题词限定(organ transplantationmajr) AND (cytomegalovirus infections/drug therapymajr OR cytomegalovirus infections/prevention and controlmajr) AND (ganciclovir/administration and dosagemajr OR ganciclovir/therapeutic usemajr)检索举例44/58临床查询检索 “Clinical queries”是专门为临床医生研究设计内置