外文网络医学文献数据库 Pubmed

1、外文网络医学文献数据库 Pubmed本节课主要内容一、认识PubMed二、会用PubMed检索系统使用介绍1 PubMed基本检索2 PubMed高级检索3 PubMed限定检索4 PubMed主题检索5 临床查询检索6 PubMed全文获取PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的医学数据库查询系统。 2.网址：/pubmed 或直接输入 3.特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。PubMed简介认识与PubMed有关的几个名词NIH(National Institute o

2、f Health)：美国国立卫生研究院 NLM(Natioanl Library of Medicine)：美国国立医学图书馆 NCBI(National Center for Biotechnology Information： 美国生物技术信息中心) Entrez： NCBI创办了生物技术和生命科学的优秀网站，基于多种数据库的集成检索系统，也是网上最大的免费检索生物医学资源的网站。 通过该平台可检索到NCBI提供的28个数据库，其中，Pubmed属于文献数据库,主要收藏生物医学方面的期刊、图书等。NIH(National Institute of Health)美国国立卫生研究院NLM(N

3、atioanl Library of Medicine)：美国国立医学图书馆NCBI(National Center for Biotechnology Information美国生物技术信息中心) Entrez可以检索的数据库Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库

4、3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEO Profiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词数据库NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSe

5、q和PDB等三大序列数据库）Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMed，科学文献报导数据库PubMed Centra

6、l，科学文献数字全文数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库常用工具使用帮助更多服务/pubmedWelcome to PubMed检索词输入框收录范围 1 MEDLINE 2 PreMEDLINE 3 Publisher supplied citations 4 OldMedline MEDLINE收录了全世界70个国家和地区的4600余种生物医学期

7、刊，起始时间1953年，目前文摘条目1200万篇，年报道量近40万条，英文刊物占90%、3/4有英文摘要，周更新。内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、卫生保健、兽医学等专业。记录标注PubMed - indexed for MEDLINEPreMEDLINE (In process citation)是临时性医学文献数据库1996年8月开始，每天收录由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未经规范处理的数据，该库中的记录只有简单的书目信息和文摘。该库中的数据经MeSH词表标引后,每星期转入Medline一次。记录标注PubMed - in process Publisher Supplied C

8、itation出版商直接向PubMed递送的电子记录。记录标注PubMed - as supplied by publisher备注：提供的数据如果超出MEDLINE数据库的收录范围，如在综合性科学杂志（Science，Nature）上发表的地理学文章等，将不被采用。OldMedline1950-1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。使用帮助常用工具更多服务PubMed检索方法1 PubMed基本检索2 PubMed高级检索3 PubMed限定检索4 PubMed主题检索1、基本检索练习1：查禽流感相

9、关文献词语自动转换功能 将自然语言转换成Mesh转换表、刊名转换表、短语表、著者索引中规范的词进行检索A BA B 逻辑与（AND） -检出记录中同时含有检索词A和检索词B. 如：A AND B 逻辑非（NOT） -在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。 如：A NOT B 逻辑或（OR） -检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。 如：A OR BA B常用的布尔逻辑组合检索作者姓名检索 按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一

10、般用缩写。 考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja,smith jb,smith jr 等。 精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定AU，如：smith jau，这样可避免PubMed自动转换，实现精确查找。练习2：查李兰娟院士发表有关禽流感的文章期刊检索 在检索框中键入期刊名，如：molecular biology of the cell，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成mol biol celljournal进行检索。 也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol biol ce

11、ll，或者是输入刊物的ISSN（国际标准出版物代码）进行检索，如：1059-1524。 如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer， science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加TA。如：cellta期刊数据库（Journal in NCBI Database)期刊数据库的作用：1、可以查看期刊的详细信息，包括出版国家，出版社，出版语言，期刊类目等等；2、可以根据期刊的主题分类，查看medline收录的各学科的期刊，比如查看medline收录的关于麻醉学(Anesthesiology)

12、方面的期刊；3、方便检索某本期刊上被PubMed收录的所有文章。比如：我们想知道期刊Acad Pediatr的全称以及具体的出版社，以方便投稿，如何查？操作方法：点击导航栏上的Journal database，打开期刊数据库检索界面，在检索框中输入Acad Pediatr，再点击Go按钮即可。练习3：利用期刊数据库查PUBMED收录多少种中国出版期刊。练习4：利用期刊数据库查PUBMED收录的针灸方面的杂志。截词检索 截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。如：bacter*，可以检出bacter，bact

13、eria， bacteriophage ，bacterium，等最多600个单词。强制检索功能PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。如：在PubMed主页的检索提问框中键入“single cell”，并用双引号引起来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检索表达式为：single AND cell. 很明显这样的检索结果是不符号要求的。2、高级检索练习5：在高级检索界面利用截词检索查小儿咳嗽方面的文献。（注意“小儿”词使用截词）3、限定检索练习6：利用限定

14、检索只显示小儿咳嗽方面中文的文献。4、主题检索医学主题词表数据库(MeSH Database) MeSH词表：Medical Subject Headings 是美国国立医学图书馆（NLM）用于分析主题词，检索从概念出发查找文献的控制检索词统一书写格式的规范化词表。其按照主题等级编排成分类表，又称树状结构表。词表每年更新。 这里是包含MeSH词汇face的等级表，请注意它的下位词，概念更专指的词， 当PubMed检索face这个MeSH词汇时,系统将自动进行该词所有下位词的扩展检索医学主题词表数据库(MeSH Database)利用主题词进行检索方法:1、点击主页右下角的MeSH Databa

15、se进入主题词检索界面；2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词；3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口；5、点击Search PubMed将显示检索结果。练习7：用主题词检索治疗咳嗽方面中文的文献。思考：主题词检索比普通词检索有何优势 字段限制检索采用字段限制方式进行检索，其规则是：检索词1字段标识 逻辑运算符 检索词2字段标识如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献.检索式：DNAmh AND crickau AND 1993dpAB-Abstract LA-Language AD-Affiliation