《基因组学》课程教学大纲

1、基因组学课程教学大纲一、课程基本信息英文名称Genomics课程编号180121060课程类型学科选修课课程学分2 学分/2学分课程学时32学时/32学时适用专业农学、园艺等先修课程遗传学、生物化学、分子生物学与基因工程后修课程课程负责人课程团队二、课程性质与定位基因组学（genomics）是农学类各专业本科生的一门学科选修课程，是对基因组学的基本概念、基本原理、基础知识和对基因组学进行科学研究所必须掌握的技术方法进行较为系统全面介绍的一门科学。三、课程目标1.知识目标通过本课程学习，使学生全面系统地学习基因组学的基本概念、基本原理、基因组作图、基因组测序及序列组装、功能基因组及基因组注释、比

2、较基因组、植物基因组研究等内容，使学生对基因组学主要研究内容和研究技术及其发展动态有一个比较全面的认识和了解。2.能力目标通过本课程学习，使学生了解结构基因组学和功能基因组学的重要研究领域、热点问题与发展趋势，以及国内外研究现状与进展。从而开阔学生的视野，为开展相关研究打下坚实的基础。3.素质目标基因组学强调的是从基因组整体水平上来研究生物的生长与发育。通过对基因组学的学习，可以培养学生从全局的视角来看待问题、研究问题。培养学生对科学方法论有进一步的认识、通过观察现象探索分析事物本质及其规律的科学观认识。四、主要内容和要求第一章 基因组学导论【目的要求】1、掌握基因组学概念及主要研究内容与研究

3、任务。2、熟悉基因组学的分子基础。3、了解基因组学发展历程、发展趋势及应用前景。【讲授内容】1、什么是基因组学及其相关的概念2、生命科学发展的历史阶段3、人类基因组计划及其意义4、基因组学主要研究内容、目标与任务5、基因组学发展现状与发展趋势第二章 基因组作图【目的要求】1、掌握基因组遗传图谱和物理图谱的概念。2、掌握基因组作图的原理与方法。3、了解基因组作图技术在生物研究中的应用。4、了解基因组作图技术与相关技术的新进展。【讲授内容】1、基因组遗传图谱2、基因组物理图谱3、人类基因组图谱第三章 基因组测序与序列组装【目的要求】1. 掌握DNA测序技术的方法基本原理（第一代测序技术、高通量测序

4、技术和第三代测序技术），比较各代测序技术的基本特点；2. 熟悉全基因组测序的各种策略及其优缺点，掌握序列组装基本方法和常用生物信息学平台；3. 了解高通量测序技术的应用。【讲授内容】1、测序基本原理与方法2、各代测序技术的基本特点3、序列组装基本方法4、全基因组测序的各种策略及其优缺点第四章 基因组注释与功能基因组【目的要求】1、掌握基因组功能注释的基本方法；2、了解如何通过生物信息学手段搜寻基因、预测基因、注释基因。3、掌握功能基因组研究策略与研究方法。4、掌握转录组与蛋白组的相关概念、研究方法及高通量功能数据分析方法。5、了解功能基因组学的研究动态。【讲授内容】1、基因组注释2、功能基因组

5、的概念3、功能基因组的主要研究内容与任务4、功能基因组研究策略与方法5、转录组学6、蛋白组学第五章 比较基因组学【目的要求】1、掌握比较基因组概念、原理与方法；2、了解比较基因组的研究内容与在生物学研究中的重要作用。【讲授内容】1、比较基因组学概念2、比较基因组学原理3、比较基因组学方法4、比较基因组学在生物学研究中的重要作用及其发展趋势第六章 植物基因组研究【目的要求】1. 掌握植物结构基因组与功能基因组研究的主要策略与方法。2、熟悉植物基因组结构特点、植物基因组数据库。3、了解植物基因组研究进展【讲授内容】1、植物基因组作图2、植物基因组测序与基因组计划3、植物基因组数据库4、植物功能基因

6、组5、植物基因定位6、植物基因组研究进展五、学时分配建议表理论教学内容学时第一章 基因组学导论4第二章 基因组作图6第三章 基因组测序与序列组装6第四章 基因组注释与功能基因组6第五章 比较基因组学4第六章 植物基因组研究6合计32六、实施建议1、教学组织以系统的理论知识学习为主，并以课堂讨论当前不断发展的基因组学新知识和新动态为辅助内容，在了解掌握基因组学基本知识的基础上，针对该学科的特点，要求学生能够进行简单的比较基因组学分析。同时注意培养分析思考问题的能力，能运用比较基因组学知识分析鉴定重要的功能基因，并在课堂上介绍当前一些领域的最新动态。课堂教学、课堂讨论、国内外发展动态介绍是基本学习

7、方法。2、教学评价本课程主要利用多媒体进行课堂教学。本课程主要以考查为主，平时作业及考勤占30%，期末成绩占70%。3、教学资源（1）教材与参考书目：杨金水编著.基因组学（第3版）（普通高等教育“十一五”国家级规划教材），北京：高等教育出版社，2013斯塔基（英）等著，于军主译.基因组学：核心实验方法，北京：科学出版社，2012马希特贾恩（俄）编著.比较基因组基础，北京：科学出版社，2007T.A.布朗著，袁建刚等译.基因组3. 科学出版社，2009麦克锡等编著，康定明等译.植物基因组作图手册：遗传作图与物理作图，北京：中国农业大学出版社，2010M.贾尼特编著，薛庆中等译.新一代基因组测序：通往个性化医疗，北京：科学出版社，2012（2）相关网址：/science