BN分析软件7.5cn在食源性疾病监测和调查处理中的应用

1、最新BN分析软件7.5cn在食源性疾病监测和调查处理中的应用BN分析软件7.5cn是国家和省级食源性疾病分子分型溯源网络TraNet的应用软件。一、BN分析软件与食源性疾病监测和溯源BN分析软件是BioNumerics软件的简称，由比利时Applied-Maths公司研发，该软件是全球唯一用于微生物基因分型图谱数据分析的工具软件，主要用于食源性疾病、传染病以及农业、医学、公共卫生、食品加工业等领域的微生物基因分型溯源。针对我国食源性疾病监测与溯源工作的需要，比利时Applied Maths公司对Bionumerics软件进行汉化研发，形成了汉化版的BN分析软件Bionumerics7.5cn即

2、BN分析软件7.5cn。北京中科助腾科技是从事数据分析的专业机构，作为比利时Applied Maths公司在亚洲的技术合作伙伴和中国地区总代理，负责汉化版Bionumerics和英文版Bionumerics软件在中国的开发与推广。二、BN分析软件7.5cn是食源性疾病监测与溯源的根本工具，是食品平安事故原因调查的重要手段。ABN分析软件7.5cn是我国食源性疾病监测与分析的专用软件，基层疾控机构或其他技术机构安装该软件直接参加国家食品平安风险评估中心建立的“国家食源性疾病分子溯源网络TraNetChina，通过该网络可以及时、准确锁定食品平安事故的病原因子以及病因性食品和加工场所。BBN分析软

3、件7.5cn可以将基层疾控机构采集的致病微生物基因图谱进行聚类分析，并实时上传至“国家食源性疾病分子溯源网络TraNetChina进行分析，并及时收到分析结果。CBN分析软件7.5cn的中文界面和操作提示防止了我国专业人员因语言不通所产生的操作困难，专业人员可以准确、快捷地使用软件进行数据分析。DBN分析软件7.5cn较之于英文版的BN分析软件，功能更加全面，特别增加食源性疾病致病菌耐药监测所必需的数据上报与分析等项功能。EBN分析软件7.5cn不仅用于食源性疾病的监测与溯源，也可用于传染性疾病的监测与溯源。三、BN分析软件7.5cn与“国家食源性疾病分子溯源网络TraNetChinaBN分析

4、软件7.5cn是国家和省级食源性疾病分子分型溯源网络TraNet的应用软件。按照食品平安工作的有关规定，国家食品平安风险评估中心建立了“国家食源性疾病分子溯源网络TraNetChina。TraNetChina网络由汉化版BNServer中央端和数据库及汉化版Bionumerics7.5cn软件构成。针对我国需要，比利时Applied-Maths公司重点对中央端BN Server效劳器和数据库管理及业务脚本进行研发，因此，只有汉化版Bionumerics7.5cn软件才能参加TranetChina网络进行数据上报和比对分析。四、BN分析软件7.5cn与食源性致病菌耐药性监测按照食品平安工作的有关

5、规定，各地要对食源性致病菌的耐药性进行监测与分析，BN分析软件7.5cn可以收集耐药结果和耐药数据进行比拟分析，同时还能将耐药数据上报至“国家食源性疾病分子溯源网络TraNetChina五、BN分析软件7.5cn与省级食源性疾病分子溯源数据库为了进一步提高我国食源性疾病的监测与溯源能力，特别为了加强地方疾控机构对食品平安事故的调查溯源能力，国家食品平安风险评估中心在“国家食源性疾病分子溯源网络TraNetChina框架下建立各省的“省级食源性疾病致病菌分子分型图谱数据库，辖区内各市级疾控中心或其他技术机构安装使用BN分析软件7.5cn，并且与省级数据库对接并进行数据上报和比对分析，由此提高本省

6、范围内的数据利用率和比对分析速度，提高工作效率。六、BN分析软件7.5cn在我国的应用目前，我国全部的省级和局部地市级第一期试点建设地区疾控机构使用BN分析软件6.6cn即将升级为7.5cn参加国家食源性疾病分子溯源网络TraNetChina，其他地市级疾控机构正分期分批参加该网络，这将形成我国食源性疾病监测与溯源分析的快速溯源体系，将有助于食源性疾病溯源分析和食品平安事故的调查处理。七、作为国家和省级食源性疾病分子分型溯源网络TraNet的应用软件，Bionumerics分析软件汉化版BN分析软件7.5cn的主要功能：功能：能够采集、分析与上报各种食源性致病菌的实验室数据，包括脉冲场凝胶电泳

7、分子分型图谱(PFGE)、全基因和宏基因序列、微阵列或表型特征数据等，实现基因图谱的比对分析标准化，并可实现国家中央效劳器端、省级效劳器端及地市级客户端的联网对接，与中央效劳器端的数据库中心构成网络体系，实现数据的实时、快速上报和比对，到达食源性致病菌溯源的要求。模块包括：指纹类型数据Fingerprint Types：能处理PFGE、AFLP、RFLP、RAPD、REP-PCR等指纹图谱数据。特征字符集类型数据Character Types：能处理抗生素敏感性实验数据、脂肪酸甲基化脂FAME分析数据、微阵列数据、生化试验数据、酶活性和代谢活性数据等。序列类型Sequence Types：能处

8、理Sanger测序产生的核酸和氨基酸序列、处理和拼接二代测序数据。聚类分析与建树Comparison & Cluster Analysis：能对关系数据库中的多种试验数据进行分析，并实现多种聚类分析。鉴定和文库分析Identification and Libraries：根据生物试验数据结果，鉴定未知的生物体或物种，可构建文库。数据库共享工具Database Sharing Tool：用户、数据库和实验室之间的数据共享和交换工具。耐药采集上报功能脚本：可以收集耐药结果，根据自定义规那么进行耐药SIR值转换，对耐药收集的数据进行比拟分析。要求具有耐药数据填写功能、耐药值转换功能、上报功能、导入耐

9、药功能及耐药结果分析功能。客户端软件全面汉化。在以上根本模块功能的根底上，BN7.5cn对各模块进行了改良和完善：1指纹图谱模块：强化了12字节的TIFF凝胶图谱处理功能；新的谱带视图功能对预设谱带子集的聚类分析和统计分析提供更多便利；用户可在保存谱带元数据时自定义字段；毛细管测序仪数据导入和分析方面，更易导入测序峰图；查询标准谱带以及数据谱带更为便捷；曲线处理窗口开放手动操作功能，便于谱带的挑选。2特征字符集类型数据：新增特征字符视图功能，用户可以在预设的字符串子集间自由切换；在聚类分析中为生物相似性提供映射矩阵除此之外，BN7.5cn又增加了如下新的功能：配合全基因组多位点测序的运算引擎目

10、前世界上新一代的全基因组多位点测序方法代替了传统的Sanger测序技术，变得更为快速、便捷，本钱也大大降低，新的基因测序技术可以进行全基因组的测序，从原来传统Sanger的7个位点测序开展到现在的1500到2500个位点，得到的分子分型结果更为全面和精确。但是，全基因组测序面临的最大技术壁垒是对于上千位点等位基因信息的管理，这就需要一个高效智能的全自开工具，否那么很难实现新技术带来的实际效益。BN7.5cn新增了全基因多位点测序信息管理插件，可以效劳于任何一种病原菌、细菌的基因测序，提供全套的信息自动管理工具，包括：A等位基因的自动命名B基因序列类型的自动赋值C自全基因组分型的MLST，eML

11、ST，rMLST的生成D质控工具上述插件仅供中央数据库的管理员使用，对于BN系统中的各个实验室用户端，BN7.5cn还提供了客户端插件，该客户端插件配备了一整套基于全基因组多位点测序数据的等位基因自动化鉴别功能：A通过BLAST查询，基于de novo基因组组装鉴别等位基因；B使用免组装方法，诸如直接读取序列鉴别等位基因。为此，BN7.5cn配置了特殊的运算引擎，使得基于de novo基因组的组装运算可以在外置运算平台中进行，既可以通过云计算，亦可以通过本地开发的计算机集群进行计算。通过这样的设置，BN用户系统中，大量的复杂运算被单独放在外置运算引擎中实现，而只有全基因多位点测序的结果从引擎中

12、调出，BN数据库只将全基因多位点测序的等位基因谱作为特殊字符存储下来。这样一来，BN的菌株数据库变得轻巧、便捷。基于此插件，即便系统需要进行大量复杂运算，也不需要高配置的硬件来支持。于此同时，BN7.5cn还提供了新的字符浏览功能，该功能可以让用户自行选择位点组进行测序，同时还可以在软件中自由选择集群分析比方最小生成树或统计实验工具。因此，使用BN7.5cn进行全基因组多位点测序分析的优点如下：A全自动化测序B植入新的运算引擎，兼顾高运算能力和低本钱硬件配置需求C可自由选择基因位点进行测序。2多位点可变数目串联重复序列VNTR分析MLVA插件功能的改良BN研发的MLVA插件一直一来是针对毛细管

13、电泳图谱进行多位点可变数目串联重复序列分析的有效工具。在BN7.5中，此插件与曲线处理窗口无缝整合，使得对可变数目串联重复序列的复制数的判断更快更准确。相对于之前的设置，BN7.5允许一个数据库设置多个MLVA图表，因此当一个菌株数据库包含多个别离株、每个别离株有自己的MLVA图表时，此项功能就能发挥重要作用。BN7.5的MLVA管理界面可以使用户同时进入与MLVA相关的所有设置，每一个MLVA图表又根据其长度、耐受度、偏差等产生自己的理论VNTR bin 预测。另外，MLVA图表可以有一个或多个的用户自定义映射，以针对基因片段大小判断当中的偏差。在流行病学研究中，分配MLVA类型可以大大促进数据通讯。哥怒整套饿VNTR或VNTR的任何分支，可以分配MLVA类型和克隆系。BN7.5中新的MLVA插件还可以允许为某个菌株中同时存在的两个VNTR等位基因进行分配。在比对和相似性计算中，通过字符映射相似性矩阵对两个VNTR分配