Clustalx多重序列比对图解教程(图解使用)

1、Cl ustal x多重序列比对图解教程(ByRai ndy)本帖首发于软件简介：CLUSTALX是CLUSTA因重序歹吐匕对程序的 Windows版本。ClustalX为进行多重序列和轮廓 比对和分析结果提供一个整体的环境。序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。当前版本：PS:如果你是新手或

2、喜欢中文界面，推荐使用本人汉化的版链接地址：(请完整复制)应用:Clustalx 比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列一 编辑序列一 设置参数 完全比对一 比对结果.载入序列：运行ClustalX ,主界面窗口如下所图(图1),依次在程序上方的菜单栏选择 “File ” 一 “ LoadSequencS载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示 是否替换现有序列(Replaceexistingsequences),根据具体情形选择操作。Multiple Alignment Mode MFont Size: 10 算

3、算 等:算算胡 某 算球关线 .:. 某算算 养某 *： . ： 4H10111213RGDV_BU02676 RGDV_AAY14579 RGDV_ABC75537 RGDV_AAY145?6 RGD7_AkYl4530 RGDV_A1O64253 RGDV_AAY1457? RGDV_AAY14578 WTV_P17380RDVS_Q85451RDVO_P17379 RDVA_Q35449 RDVF_Q8S439MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFDTFQGLTIITDISTLS MSRQAUIETSALIECIEEYGTKCSFDTFQGLTINDISTLE MGRQAWI

4、ETSALIECISEYGTKCSFDTFaGITINDISTLSMSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFDTFQGLTINDISm ilSRQArnETSALIECISEYGTKCEFDTFQGLTINDISm MSRCAWIET5ALIEEISEYGTKCSFDTFQGLTINDISTL5 MSRQAWIETSALTECISEYGTKCSFDTFQGLTINDISmHSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFDTFQGLTINDISTL?htudtfiglthtdlstlICHGDTFEGLTTGDFtlAT -MSRQNVVETSALVECISEYIVEMSRQMWLDT

5、SALLEAISEYVVMSRQMWLDTSALLEAISEYVVCMGDTFRC1IGDTFMSR(3MWLriTSALLEAIEEYVVL?mGLTTGDRN支LE一. ic-ci-* * /RCHGDTF 3GLTTGDFKAMSRQMPLDTSALLEAISEYVVRCHGDTFZGLTTGDHNAruler110 . 2D304CFile F:俄的文榭专业费料倭理手徵RGDV分析像重比对P8_Aln_Pm.aln IoFileEdit Alignment 工e5 Colors Quality HelpLoad SequencesAppend Sequences Sequences 曰

6、S一Lmd Profile 1Load Profile 2和电 Profile 1 as._Save Profile 2 as.HVTite Alignment as PostScriptWrite Profile 1 as PostScript Write Profile 2 as PostScript Quitnt Size:l 0 下rJ -话 ititJtifr “ MflrX *崇景 *萧Mt ： 一 俳- * 需款 若HSRQ17IETSALIECISE?GTlCSEDTlQG|TIiTDISTISHlMlTCISVASYGFLNDPiTP MGRQAinETSALIECIEE?G

7、TKCSFDTFQGLTIWDIGnSKlMlIOISVAGVGFLNDPRTP MSRQmiETSALlEClSEYGTKCSFDTFQGLTltiDlSTlSNlMNClSVASVGFLNDPETP 工ETS&L工EC工SEEGTK:mFDTFQGLT 工父匚6TlmN工MNGISTAEVGFLNDPRTPMgRQAVIETgALlEClSEVGTKCSFDTFQGlTlNDlSTLSNlMNClSVASVGFLNDPRTP MSRQAlTlETSALIERlSEYGTKCSFDTFQGlTltiDISTISHlMliOISVJiSVGFLNDFRTP MSRQlVIETSALTEClSE

8、VGTkCSFDTFQGLTlHDIGTLSNlMISViSVGFLNDPRTP HSRQAIETSALlEClSEYGTKCSFDTFQGLTltiDlSTlSNmNQISVASVGFLNDPRTPM5RQJUVET5ALVECI5E MSRQ皿LUTSALLEi工SE? ilSHQMiILriTSALLEilSE? MSRQMFTSALLEISEY MSROMVLrrSALLEilSErIV vv VV vv vv5YGDTF R ：HGDTF R ：NGDTF E1NGDTF RCtJGDTFIGLlOTiT. 5GLTT3DF 1QLTTGDF SGLTTGDFSTLSNMFLSNII

9、FL5NHFLSNMFKUSiaNVGFLND 匚RTP TR 川 0GYQ ；DPRP TQ1SVCSAGYVGDFRF TQISVFWAGYVNDPRTP TQ，S1|eLGV胴DP&VPrulerFile F：我府文探专业费都整理手MRGDV分析侈堇比对WB_AE_PmMn Io图2.编辑序列：对标尺（Ruler）上方的序列进行编辑操作，主要有 Cutsequences（剪切序列）、Pastesequences（粘贴）、SelectAllsequences（选定所有序歹U ）, ClearsequenceSelection（ 清除序 列选定）、Searchforstring（ 搜索字串）

10、、RemoveAllgaps（移除序列空位）、RemoveGap-OnlyColumnstZ移除选定序列的空位）图3.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。通常情况下，我们可以使用默认参数。比对参数主要有六个，分别是 ResetNewGapsbeforeAlignment（比对前重置新的空位参数）， ResetAllGapsbeforeAlignment（比对前重置所有空位参数），PairwiseAlignmentParameters （两两序列比对参数）,MultipleAlignmentParameters（多重序列比对参数）,ProteinGapParameters（蛋白空位参数

11、），SecondarystructureParameters（二级结构参数），如图 4所示：File EditAlignmentTrees Colors Quality HelpMultipleDo Complete Alignment Produce Guide Tree Only Do Alignment from Guide Tree10111213Realign Selected SequencesRealign Selected Residue RangeAlign Profile 2 to Profile 1Align Profiles from Guide TreesAtign

12、Sequences to Profile 1Align Sequences to Profile 1 from TreeIISEYGTKCSFDTFQLTIHDISTLS ISEYGTKCSFDTFQGLTINDISTLE ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLE ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLE ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLESISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLE CISEYGTKCEFDTFQGLTINDISTLEISEYGTKCSFDTFOGLTINDISTLS ISEYI VRYGDTFIGLTEdIDLSTLE ISEYV

13、VRCHGDTFEGLTTGDFHALEISEYVVISEYVVRCMGDTF5GLTTGDFHALEAlignment PaHEEts5Save Log FileOutput Format OptionsHl I I U IMHReset New Gaps before Alignm Reset All Gaps before Alignmen Pairwise Alignment Parameters Multiple Alignment Parameters Protein Gap ParametersFile F:您的文档居业史料博理手琳RGDV分析侈重比对P8_Aln_Pmaln加修

14、改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“MultipleAlignmentParameters ”弹出参数设置窗口，如图 5所示:CLOSEMulliple ParametersGap Opening 0-1 00 ： 10-00 Gap Extention 0-1 flO ： 0.20Delay Divergent Sequences 隅:口0 |DNA Transition Weight 0-1 ：|0-50Use Negative Matrix OFFProtein Weight Matrix r BLOSUM seriesPAM series Gonnet serie

15、sIdentity matrixC User definedLoad protein matrix：DNA Weight Matrix* IUBr CLUSTALW(kB).User definedLoad DNA: I图5.完全比对：返回菜单栏选择“ CompleteAlignment ”标签，此时会弹出输出文件路径的设置 窗口，设置GuideTreeFile （向导树或指导树文件）、AlignmentFile （比对文件）的保存位置（存 放路径），点击“ Align ”按钮程序自动开始序列的完全比对，比对所需时间因序列文件大小和长 度、计算机性能而异，如图6-8所示：File EditCo

16、lors Quality HelpMultipleDo Complete AlignmentProduce Guide Tree OnlyDo Alignment from Guide Tree10111213Realign Selected SequencesRealign Selected Residue RangeAlign Profile 2 to Profile 1Align Profiles from Guide TreesAlign S&quences to Profile 1Align Sequences to Profile 1 from TreeI SEYGTKCSFDTF

17、OinLT IHDISTLE ：ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDIETLE ：ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTU ：ISEYGTKCSFITFQS1TIHDI5TL? 二ISEYGTKCSFDTFQGLTINDISTLE 7： I SEYGTK：SFEjTFi2iSLT IHDI5TU ：ISETGTKCSFDTFQGLTIHDISTLE ：ISEYGTKCSFDTFQGLTIHDISTLEHSEVURSYGDTF：ISEYRHVGDTF1GLTETDLSTLE,ISEY.T?CiTGDTFSG 一lISEYVV：LTTGDFHALSLTTGDFHALELTTGDFHAL

18、ELTTGDFHAL=iISEVC：TGDTFSGiISEYVVlCVGDTFGKC-IGDTF3G1.10.20.4(Alignment ParametersSave Log FileOutput Format OptionsFile F我的文档、专业费科、整理手梅RGDV分析l多重比对PB_Aln_Pg.Hn IoMultiple Alignment Mode Font Size: 1D *:* *RGDV_BAAO2676RGDV_ABC75537 RGD7_AAO64253 RGDV_AAY145765 RGDV_kkY145776 RGDV_AAY145787RGDV_A1Y145?

19、9RGDV_AAY145809RDVA_Q85449J?DVS_QS545111RDVF_O8543912RDVO_P1737913UTV_P17380 Complete AlignmentOutput Guide Tree File：rulerC:Documents and SettingsAdministratDrOutput Alignment Files：Cluslal: Setting5AdmlnistratorffiP8 Aln FALIGN CANCELjZZFile C:Documents and SEttingsAdministiatorP8_Aln_Pro.txt load

20、eMultiple Alignment Mode 下 Font Size:|l 0 TRGDV_ABC75537RiEVRGDVZBAA02676 RGDV二AAY14579 RGDV_AAY145eO RGD汇AAO64263RGEV AAY14577RGDV_AA71457BWTV P1783RDTO_Q65451 RDVO_P17379 RDVCQ65449 RD7F_Q85i39ulsr11SRQAUIETS AL I EC 15E YGTKCSFDTFQGXTI ND ISTLSNLMNQISVASTGFLKDPETP MSRQAUlETSALIECISEVGTKcgFDTFQGlT

21、IKDISTlGNlHHQISVASVGFLKDPRTP MSRQUIETSALIECISEVGTKCSFDTFQGITINDISTISNLMNQISVASVGFLKDFETP MSRQ4UIETSALIECISEYGTKCSFDTFQG1TINDIST1SN1MNQISVASVGFLKDFCTP llSRQiUIETSALIECISEVGTKCSFDTFQGlTINDlSTlSNrMNQlSVASirGFLN-DFCTP MSRQAWIETSALIEhilSEyGTKCSFDTFQGlTlNDlSTlSNlMNQISVASVGFLN-DFRTF ilSRQ1kUlETSALTECISEYGT

22、KCSFDTFQGlTltiD IST1SN1MNQ ISVASVGFLKDFETPM5RQiUlETSALlEClSEVGTKCSFDTFQGlTlNDlSTlSNI.MNQlSVAgVGFLKDPRTPMSRQ WETSALVECI SEE 工 VMSEQKVL DTSAU.EAI SEYV VM SRQHWLrTSAL LEA I SEW V M-RnMVrL?TGALLEAI5EVUV 11SRQMVL71TSALLEAISEY V-7RSYGDTFIG1TETDIST1SH1LSNLSIRCNGDTFBG1TTGD-SHUFTQLSVSNUFTQLSV 1GNHFTUSV ISlff

23、lFTKSVCNGDTEoGLTTGPCNGDTFGITRC/TGDTFnGlTTGJTTGFLIWLRTPi1 IPvp VP vp VPAGYVS SAGYVS SIGYV AGYW11,0203040CLUSTAL-Alignmentfile created |图8当主界面的左下状态栏会提示“ CLUSTALAlignmentFilecreated口 ”时说明比全完毕，这时文 件保存位置的目录下会生成生成两个文件， 分别是*.aln和* dnd , aln是序列比对的文件，可以进 一步用于构树系统发育树，dnd是向导树文件（指导树），这两个文件可以用Windows系统中的“记 事本”或第

24、三方程序“ UltraEdit ”等打开，如：B P8_Aln_Pro -记事本文件 相辑 格式gi亘看功 督助止dCLUSTAL X (1,83) multiple sequence alignmentRGDU_fiBC75537 RGDU_fiAV14576 RGDUZBAA02676 RGDU AA71579 RGDu2fiflV111580 RGDUlAnO64253 RGDU-RAY 仙 5 RGDu2fiftV14578WTU_P17380RDUS_Q85iiF1 RDU口二P17379 RDUA二Q85449 RDUF_Q85li39RGDU_fiBC75537 RGDu2fiA

25、V14576 RGDU二BRA日2676 RGDu2fiAV14579 RGDU二AAY1U58口 RGDU二ARU6U253 RGDu2fiAV14577HSRQAWIETSALIECISEVGTKCSFDTFqGLTIWISTLSNLMNQISUA： HSRQAHIETSALIECISEYGTKCSFDTFqGLTINDISTLSNLHNQISUA- HSRQAHIETSALIECISEVGTKCSFDTFQGLTINDISTLSNLMNqiSUA： HSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFDTFqGLTINDISTLSNLHNQISUA： MSRQfiWIETSfiLIECIS

26、EVGTKCSFDTFQGLTINDISTLSNLMNQISUft! MSRQfiWIETSnLIERISEYGTKCSFDTFqCLTINDISTLSNLMNQISUA： HSRQAWIETSALTECISEYGTKCSFDTFqGLTINDISTLSNLHNQISUA： HSRQAHIETSALIECISEVGTKCSFDTFQCLTINDISTLSNLMNQISUA MSRQNWUETSAHIECISEYIURSVGDTFICLTSTDLSTLSNLLSNLSIfil MSRQMWLDTSfiLLEAISEVUUftCNGDTFSCLTTCDFNftLSNMFTQLSUS： MSRQMW

27、L&TSfiLLEAISEVUURCNGDTFSGLTTGDFNfiLSNMFTQLSUS! MSRQMWLDTSALLEAISEYUURCNGDTFSGLTTGDFNfiLSNMFTQLSUS： MSRQMWLDTSfiLLEAISE?UURCNGDTFSGLTTGDFNALSNMFTqLSUS： W美彗箕 其：黄箕冥冥 美 箕*冥W .：_ * *；_：*：*：LQAMSCEFUHF1STADRHAVMLQKNUFDSDUAPNUTTDNFlATVIHPRF： LQAMSCEFUNFISTADRHAVMLqKNUFDSDUAPNUTTDNFIATYIKPRF： LQAMSCEFUNFIST

28、ADRHAYMLqKNWFDSDUflPNUTTDNFIfiTYIKPRF： LQAMSCEFUHF1STADRHAVMLqKNUFDSDUAPHUTTDNFIATVIKPRF： LQAMSCEFUNFISTADRHAYMLQKNUFDSDUAPNUTTDNFIATYIKPRF： LfJAMSCEFUNFlSTADRHAYMLqKNWFDSDUflPNUTTDNFIfiTYIKPRF： PQAMSCEFUHFlSAADRHAVMLqKNUFDSDUAPNUTTDNFIATVIlfPRF：Ln L P8 Aln Pro,dnd 记事本女性6 编组格式 重叁M 警助1时RCDU_DAAa2676：a.9UOUI)1 RGDU二ARY14579:G.9B090,RCDU_ABC7?537:0.99090, RGDUZAAV14576;0,90225) ：0.00227,RGDU_flfiY1580：映52,RGDU_ftA06253：0,