细菌16S rDNA序列比对进化树构建

1、细菌16S rDNA序列比对进化树构建生物科学131班 13213103王馨悦一、实验目的学习并掌握使用MEGA软件构建细菌16S rDNA的进化树二、实验原理1、细菌识别与鉴定手段的发展1）传统的表型观察：群体（菌落）、个体2）生理生化分类：如格兰仕阳性或阴性细菌的鉴定3）分子水平鉴定：如（G+C）mol%、16SrDNA等，具有耗时短，成本低，准确性高的优点2、rRNA的特性1）具有重要且恒定的生理功能；2）约占细胞中RNA含量的90%，易于提取3、细菌中包括三种rRNA，分别为5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA1）5S rRNA核苷酸太少，没有足够的遗传信息用于分类研究2

2、）23S rRNA核苷酸数几乎是16S rRNA的两倍，分析较困难3）16S rRNA适于作为序列分析对象的依据在16S rRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度 变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究；16S rRNA分子分子量大小适中，约1540bp，便于序列分析；16S rRNA普遍存在于真核生物和原核生物中（真核生物中其同源分子是18S rRNA）。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。三、实验步骤1、NCBI序列下载根据实验中老师提供的Genbank登录号（EF012357，AF506513，AB017203）在 NCBI 上（ HYPE

3、RLINK /blast/Blast.cgi /blast/Blast.cgi）下载菌株的序列2、Eztaxon序列比对将前一步所得的菌株序列在Eztaxon网站进行序列比对，并下载亲缘关系 较近的模式菌株序歹列如图（ HYPERLINK /eztaxon /eztaxon）队皿皿EzWonHm m -=3 t-bXi h*atahyT Mr-xniBL-: CrwipCmt十QJMEz Genome-TmcinOwrvisIdejuJfyRjKuteArwir-WtRje-Dhcc AcL-euhnEz卧I熙凶E2Fi*igSwwa f mrrl颇 p Cem-TfllEdustiqCeMr

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10、ls&KDEdobsd: al. 2D13LAMJuLlODOO96.42湖削b.将所选序列（Fasta格式文件）下载保存Mh: AJignmenIrbEp|oreAmrysn-Djms)3、MEGA构建进化树Wm 6dll Setch AlflMWTl Wrt) Seoueixs* Ospiay HHpIIIT颇前m FTHJN1 知HtflEfl,EfrcdMWKT/|皿皿 Rat1. DfJt-sL_LawlkjkieinJB-M_15S_iLi&jsu:cLal_se-jjhwe_E=DL2S$7,1S. 0tn：#Li_4LMglL*n_E.L5 III角 fert-sli.ciil

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14、IIIIIUMIIu|i|i|l UIIH llllliailiiilHmiu|i|a四、实验结果1、EF012357Devola pacifies NH131 tDevosta geojnsisDevflsra a Ibogilv IPL15TDwg话g沽ci凯饴Cr4出丁Dsvoj/a fpidtmidihhzidini E34TDwg 话而D$M 171 37t口双 g昭 chinhat etisis IP L1 T口郭3后。础 wE J1TDeosra psychrcpbila Cr7-05TDeu-OiSja crot/rtalPLZO7Devosia subaequoris H S

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18、phonradicis CXBAU 03470TATCC14482L Rfyzobiumpisi DSM 3G132TRhizobium alaini GBV0161Rhizcbium gramjiCCGE 502-一 Rhizobii/m indigaferss CCBAU 71042TRliizobium Qli D5-42t耍Rhizobiumanhui&nseCCBAU 23252r75iocRhizobium rf)rzofp7aeJ3-AN59Pras tliecoi nicrobic/m pneuma tic um (AB017203)陷您暗 hiivdWs E94TKaistia hirudin信 fiCTCC 27833Kais ria terrae 5YN7-3T94