introduction to pipeline pilot在处理数据中的一些应用

1、Introduction to Pipeline PilotPresenter: Yibo LiPPT: HU J.PP在处理数据中的一些应用HU Jianxing索引PP简介工作流程基本编程知识PilotScript简介处理实际问题一些其他模块Pipeline Pilot简介节点式处理数据可视化输出报告和结果灵活编辑修改高度的逻辑性Pipeline Pilot工作流程Componet1Componet2Viewer or WriterComponet3Componet4Viewer or WriterComponet5PilotScript简介PilotScript是一种Oracle的PL/

2、SQL数据库语言，可以对数据库进行高度自定义的操作。PilotScript主要用在Custom Manipulator和Custum Filter两个Component上，它支持数学计算、布尔变量、日期和字符、属性操作、循环操作和Debug。Pilot Script编程基础知识变量数值与字符条件循环函数及返回值编程基础知识-变量变量（variable）是相对于常量（constant）而言的,意思就是可变化的量。在逻辑语句中，参与运算或者是被操作而改变值的变量可以反映操作的进程、结果，或者对其他变量进行影响。在Pipeline Pilot中，变量以作用域的不同分为两种，即全局变量（GlobalV

3、ariables）和局部变量（Local Variables）,分别用“”和“#”符号来定义。Eg. Protein_path:=d:databasepdb #Number_mol_passed:=$pass编程基础知识-字符与数值在任何一个编程语言中，字符与数值类型的变量在处理方式上几乎都会有一些区别。字符可以转化成ASCII码（INT）,但是字符串的操作往往不能通过数值的计算来实现自定义，这一点在使用过程中要注意！编程基础知识-条件输入条件判断执行1执行2编程基础知识-条件If条件语句在PP中的基本形式为If condition1 Treatment1;Else if condition2

4、 Treatment2;Else Treatment3;End if;编程基础知识-循环循环是一个逻辑性较强的处理语句。一个典型的for循环如下：Resize(a, 5);For i in 1 . 5Loop ai:= i;End loop;Int a5;For(int i=0;i5;i+) ai= i;编程基础知识-循环Resize(a,5);i:=1;While i500 and molecular_weight3 and drug_groups like%approved% 2. rename(generic_name,drugname); keep(DRUGBANK_ID,drugna

5、me,drug_groups);解决实际问题4.给form_merge/all.sdf加一个属性gpid，命名为Drugbank，并加入属性名LA，若分子量小于500,把molecular_weight中的值赋给LA，否则，把GENERIC_NAME赋给LA，结果只保留gpid和和LA两个属性。解决实际问题提示： gpid:=drugbank;if molecular_weight 500then LA:=molecular_weight;elseLA:=GENERIC_NAME;end if;keep(gpid,LA);解决实际问题5.把form_mergeall.sdf中和（form_mergePrestwick Chemical Library.sdf、CheChEBI_lite_3star_2012.sdf）重复的分子去掉，保留来源于all.sdf中的分子